genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27733964--27734174	112	1.9	115	91	3	347	46	17	8	27	1.76
27734648--27734677	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
27738821--27738877	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
27739054--27739101	13	3.7	13	82	0	69	35	22	6	35	1.80
27742453--27742497	14	3.2	14	81	12	56	35	33	0	31	1.58
27742451--27742490	21	1.9	21	89	0	62	35	35	0	30	1.58
27742461--27742497	7	5.3	7	86	0	56	37	32	0	29	1.58
27747242--27747377	42	3.2	42	84	2	130	12	21	17	48	1.80
27747270--27747377	42	2.6	42	88	2	137	11	21	18	49	1.78
27750419--27750458	9	4.4	9	96	0	62	40	25	10	25	1.86
27750466--27750528	17	3.5	17	69	12	54	49	12	4	33	1.62
27750661--27750753	38	2.4	39	94	1	161	19	3	25	51	1.62
27752802--27752968	72	2.3	72	88	3	248	56	13	5	24	1.57
27753398--27753463	18	3.7	18	93	0	105	37	10	15	36	1.82
27755472--27755515	14	3.1	14	93	0	70	54	22	22	0	1.45
27755731--27755765	18	2.0	18	94	5	63	25	0	34	40	1.56
27755749--27755781	13	2.6	13	85	4	50	21	0	36	42	1.53
27755731--27755794	30	2.1	31	82	8	78	23	0	34	42	1.55
27755824--27755876	17	3.3	16	77	22	58	18	0	37	43	1.51
27755835--27755863	13	2.3	13	94	5	51	13	0	44	41	1.44
27755741--27755905	82	2.0	82	94	2	287	23	4	26	45	1.71
27773154--27773187	6	5.7	6	100	0	68	67	0	14	17	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27773998--27774439	45	9.7	45	72	13	296	28	21	18	30	1.97
27774599--27775187	44	13.7	42	72	9	388	26	21	21	30	1.98
27774651--27775105	85	5.3	83	74	11	319	25	20	22	30	1.98
27774593--27775190	129	4.6	129	90	1	903	26	21	21	30	1.98
27775628--27775684	22	2.5	23	82	8	71	28	26	10	35	1.89
27776379--27776414	18	2.0	18	100	0	72	22	5	27	44	1.75
27776638--27776698	11	5.8	10	86	9	70	1	13	0	85	0.68
27776632--27776698	21	3.0	20	83	16	80	1	14	0	83	0.72
27780414--27780608	107	1.8	106	88	1	300	33	17	16	31	1.93
27780753--27780888	73	1.9	73	95	0	245	34	16	19	28	1.94
27781241--27781333	47	2.0	47	85	8	127	58	0	6	35	1.24
27782412--27782453	20	2.1	20	100	0	84	9	14	14	61	1.55
27785059--27785093	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
27785485--27785595	45	2.4	47	79	10	138	43	8	3	45	1.51
27785510--27785597	45	2.0	45	90	0	140	40	5	4	48	1.47
27785611--27785839	107	2.1	105	79	13	227	46	7	8	36	1.64
27800155--27800210	26	2.2	26	80	6	60	46	10	1	41	1.49
27805620--27805666	22	2.2	21	84	3	58	38	10	4	46	1.58
27806911--27806954	18	2.4	18	100	0	88	9	52	4	34	1.54
27807172--27807221	15	3.3	15	76	17	50	24	2	2	72	1.06
27808777--27808818	15	2.5	17	81	18	61	16	21	28	33	1.95
27808924--27808999	6	12.3	6	72	15	57	13	6	3	76	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27825508--27825689	51	3.6	51	96	0	328	32	15	23	28	1.95
27830156--27830232	29	2.6	29	83	4	91	48	14	11	25	1.78
27831674--27831708	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27835620--27835675	12	4.9	11	77	14	51	19	5	0	75	1.00
27835622--27835675	17	3.2	17	79	10	65	18	5	0	75	0.98
27837286--27837320	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27841132--27841182	26	2.0	25	85	11	68	15	3	39	41	1.66
27847481--27847509	14	2.1	14	100	0	58	17	20	13	48	1.81
27850664--27850688	12	2.1	12	100	0	50	48	0	12	40	1.40
27850694--27850770	36	2.1	36	82	0	91	61	7	9	22	1.52
27852436--27852464	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
27853187--27853244	29	2.0	29	86	0	80	17	17	37	27	1.92
27854380--27854426	24	2.0	24	100	0	94	55	6	8	29	1.55
27859099--27859188	13	6.5	13	73	20	51	68	1	1	28	1.03
27859129--27859189	18	3.6	18	78	19	67	68	0	0	31	0.89
27859127--27859184	28	2.1	27	87	6	80	68	0	0	31	0.89
27859698--27859736	7	5.4	7	85	14	53	84	0	2	12	0.72
27859698--27859740	22	2.0	23	90	9	72	83	0	4	11	0.78
27861763--27861809	6	7.5	6	90	9	76	80	0	0	19	0.70
27861755--27861809	18	3.0	19	87	12	80	78	0	0	21	0.76
27868834--27868869	16	2.2	17	90	5	56	27	5	2	63	1.30
27870304--27870367	22	3.0	23	80	19	68	21	15	12	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27871761--27871899	46	3.0	46	93	0	233	29	25	10	35	1.88
27872646--27872678	17	1.9	17	100	0	66	57	18	0	24	1.40
27875238--27875284	23	2.0	24	84	8	62	31	4	0	63	1.13
27875371--27875432	29	2.1	29	84	6	79	48	0	1	50	1.10
27879821--27879862	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
27879288--27880471	594	2.0	594	99	0	2359	37	7	17	37	1.78
27880415--27880456	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
27880821--27880919	27	3.9	26	75	7	105	22	27	16	34	1.95
27880937--27880990	25	2.2	25	93	0	90	18	29	20	31	1.96
27880937--27880999	25	2.5	25	87	5	74	22	26	22	28	1.99
27880937--27881023	25	3.5	24	75	17	72	22	25	20	31	1.98
27887416--27887477	30	2.1	30	82	14	76	62	0	12	24	1.30
27888427--27888474	25	1.9	25	87	8	71	27	29	14	29	1.95
27888487--27888578	25	3.7	25	74	8	71	22	26	19	31	1.98
27900707--27900771	35	1.9	33	87	6	94	24	20	6	49	1.71
27900711--27900775	18	3.7	18	74	13	64	24	21	6	47	1.73
27910385--27910629	27	9.1	27	85	1	312	39	22	16	22	1.92
27910995--27911057	28	2.3	28	91	2	101	20	20	25	33	1.97
27910986--27911090	33	3.3	33	76	14	103	22	24	23	28	1.99
27914128--27914224	42	2.3	42	80	7	108	25	25	27	20	1.99
27918258--27918308	23	2.2	23	96	0	93	37	9	21	31	1.86
27921322--27921356	11	3.3	11	84	8	54	68	0	11	20	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27923508--27923572	27	2.4	27	86	2	85	64	3	21	10	1.38
27923526--27923566	21	2.0	21	90	0	64	70	0	19	9	1.14
27927115--27927189	37	2.0	37	100	0	150	34	13	21	30	1.92
27942096--27942264	26	6.8	26	66	17	81	38	20	21	18	1.94
27942973--27943014	20	2.0	20	86	4	57	35	7	2	54	1.41
27943228--27943257	15	2.1	15	93	6	53	13	13	33	40	1.83
27948965--27949059	26	3.8	25	77	10	86	40	17	20	22	1.92
27950941--27951015	4	18.8	4	100	0	150	24	0	25	50	1.49
27951579--27951776	50	4.0	50	80	1	209	24	13	26	35	1.93
27951566--27951791	50	4.5	50	79	3	186	24	13	27	34	1.92
27953365--27953541	39	4.5	39	81	0	183	44	20	6	28	1.76
27959537--27959634	50	2.0	50	95	0	178	35	31	3	29	1.73
27965169--27965205	18	2.1	18	100	0	74	24	32	10	32	1.90
27965560--27965623	12	5.7	11	89	7	51	28	1	0	70	0.97
27965568--27965612	6	7.5	6	100	0	90	31	0	0	68	0.89
27967795--27967853	25	2.4	25	85	0	73	22	25	15	37	1.93
27977163--27977199	19	1.9	19	100	0	74	40	0	10	48	1.38
27979024--27979139	31	4.2	30	72	21	94	32	2	0	64	1.07
27979037--27979091	17	3.4	17	80	14	71	34	3	0	61	1.13
27979027--27979160	39	3.4	39	81	9	146	33	2	0	63	1.10
27979134--27979173	21	1.9	21	89	0	62	40	2	0	57	1.12
27979986--27980029	22	2.0	22	90	0	70	27	11	25	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27982099--27982198	50	2.0	50	100	0	200	32	14	14	40	1.85
27992856--27992904	20	2.4	21	83	6	57	55	2	4	38	1.31
27995209--27995268	27	2.2	29	82	11	81	26	5	18	50	1.67
27999169--27999216	21	2.2	22	85	10	64	52	0	12	35	1.40
28000580--28000621	20	2.1	20	86	8	59	38	2	9	50	1.48
28000697--28001265	288	2.0	287	85	2	766	31	18	13	35	1.91
28002285--28002332	14	3.4	14	80	11	53	20	0	6	72	1.05
28005552--28005634	44	1.9	43	82	7	105	44	8	1	45	1.41
28006135--28006174	19	2.1	19	85	4	53	55	2	2	40	1.27
28010601--28010656	27	2.1	27	83	6	69	60	1	1	35	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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