genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52044789--52044823	7	5.0	7	85	0	52	45	40	0	14	1.45
52044832--52044872	21	2.0	21	85	0	55	51	24	2	21	1.60
52045212--52045380	41	4.0	42	83	6	202	29	29	19	21	1.98
52045597--52045731	58	2.3	57	83	7	166	43	0	3	51	1.24
52045822--52045915	44	2.1	44	82	11	111	37	25	4	32	1.76
52045897--52045951	16	3.4	16	82	0	56	32	23	5	38	1.78
52046115--52046152	20	2.0	20	94	5	69	57	10	7	23	1.58
52047527--52047562	18	2.0	18	94	0	63	30	16	0	52	1.44
52050152--52050301	73	2.1	73	94	0	264	38	3	31	27	1.73
52059910--52059961	26	2.0	26	88	0	77	34	3	7	53	1.48
52062984--52063050	33	2.0	33	97	0	125	28	23	19	28	1.98
52063827--52063907	10	8.3	10	80	10	87	37	1	0	61	1.04
52063829--52063907	19	4.1	19	74	18	74	36	1	0	62	1.04
52063829--52063907	29	2.7	29	81	11	81	36	1	0	62	1.04
52063827--52063907	39	2.1	39	83	4	101	37	1	0	61	1.04
52064001--52064030	10	3.0	10	100	0	60	30	0	0	70	0.88
52067920--52068046	63	2.0	64	87	3	184	45	8	16	29	1.77
52068030--52068068	20	2.0	20	94	0	69	61	5	20	12	1.50
52067935--52068064	63	2.1	63	85	2	172	47	8	16	27	1.75
52077735--52077784	21	2.4	22	83	16	70	24	36	0	40	1.55
52088753--52089150	193	2.1	193	96	0	733	22	22	28	26	1.99
52091792--52091867	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52091988--52092346	47	7.6	47	92	1	565	29	30	7	32	1.86
52091988--52092346	190	1.9	190	93	0	619	29	30	7	32	1.86
52093761--52093785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
52096787--52096865	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
52096847--52097035	43	4.4	43	99	0	369	26	34	14	23	1.94
52098886--52098961	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
52099082--52099438	47	7.6	47	93	0	552	29	30	8	31	1.86
52100853--52100877	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
52103881--52103959	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
52103941--52104128	43	4.4	43	97	1	360	27	34	14	23	1.94
52103943--52104128	85	2.2	85	99	0	363	27	34	14	23	1.94
52105980--52106055	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
52106176--52106530	47	7.6	47	92	1	543	29	30	7	31	1.86
52107945--52107969	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
52110972--52111050	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
52111032--52111220	43	4.4	43	99	0	369	26	34	14	23	1.94
52113070--52113145	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
52113266--52113611	47	7.6	47	87	7	462	29	30	7	32	1.84
52113317--52113611	86	3.2	90	86	9	415	31	30	6	32	1.83
52113266--52113596	133	2.4	134	86	5	436	29	31	7	31	1.85
52115026--52115050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
52115107--52115485	188	2.0	188	99	0	749	44	24	7	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52126266--52126371	48	2.2	49	86	1	142	38	5	3	51	1.43
52135840--52136038	38	5.3	38	74	2	150	19	21	25	34	1.96
52135881--52136040	76	2.1	75	84	1	203	19	21	26	32	1.97
52135881--52136110	75	3.0	75	82	4	228	17	21	26	33	1.96
52136043--52136161	41	2.9	41	78	0	121	19	19	24	36	1.94
52144854--52144880	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
52151000--52151043	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
52152531--52152580	18	2.7	18	93	3	82	66	0	0	34	0.92
52168899--52168933	17	2.0	18	88	5	54	25	0	2	71	1.00
52174978--52175058	26	3.2	26	66	16	78	53	6	12	28	1.62
52174991--52175070	25	3.2	25	66	16	74	55	7	8	28	1.58
52174968--52175070	51	2.0	51	100	0	206	51	7	11	29	1.66
52180157--52180198	19	2.2	20	91	4	68	40	21	0	38	1.53
52184410--52184628	27	8.2	27	83	6	257	44	21	14	20	1.86
52184410--52184628	53	4.1	54	81	6	250	44	21	14	20	1.86
52184410--52184661	80	3.1	80	83	8	298	44	21	14	20	1.86
52187402--52187454	18	2.7	20	80	8	65	73	3	16	5	1.17
52190477--52190523	24	2.0	24	91	0	76	27	6	21	44	1.76
52190477--52190537	24	2.5	24	83	0	59	26	8	21	44	1.80
52190653--52190718	26	2.5	26	80	0	78	21	19	24	34	1.96
52190712--52190801	32	2.8	33	80	11	105	22	17	20	40	1.92
52190741--52190802	32	1.9	32	93	6	108	24	19	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52204089--52204181	6	15.3	6	75	6	62	22	5	2	69	1.19
52204089--52204165	19	4.2	18	78	9	75	22	6	1	70	1.18
52204071--52204178	36	3.0	37	78	10	109	24	6	2	66	1.28
52204089--52204178	13	7.4	12	75	18	62	23	5	2	68	1.21
52204099--52204177	19	4.3	19	74	6	63	24	6	2	67	1.27
52204089--52204189	12	8.6	11	76	20	73	22	4	1	70	1.17
52206140--52206187	24	2.0	24	84	12	62	18	6	6	68	1.32
52221142--52221226	42	2.0	42	93	0	143	22	16	24	36	1.94
52226188--52226231	15	2.8	16	80	16	56	43	0	2	54	1.12
52237650--52237678	13	2.2	13	100	0	58	34	0	24	41	1.55
52239738--52239769	14	2.1	16	88	11	50	31	0	3	65	1.08
52241112--52241180	10	7.3	10	70	23	51	56	0	4	39	1.19
52241112--52241233	19	6.6	18	68	16	54	55	0	3	40	1.22
52241102--52241233	47	2.8	47	74	17	112	55	2	3	39	1.28
52241278--52241346	30	2.3	30	85	7	86	65	1	5	27	1.24
52241652--52241726	20	3.7	19	75	15	62	56	0	5	38	1.22
52241666--52241726	31	1.9	32	83	3	79	59	0	4	36	1.19
52241666--52241730	11	6.2	11	70	8	55	60	0	4	35	1.18
52241678--52241751	20	3.6	21	78	7	71	59	1	4	35	1.25
52243972--52244001	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
52246680--52246754	19	3.8	19	91	6	114	36	18	10	34	1.86
52247101--52247480	44	8.9	42	73	15	227	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52247244--52247499	89	2.9	88	84	3	343	30	25	15	29	1.95
52247224--52247498	133	2.1	133	94	0	487	30	25	14	29	1.95
52247244--52247499	44	5.8	44	86	2	361	30	25	15	29	1.95
52247507--52247815	88	3.5	88	92	1	503	23	26	23	25	2.00
52247550--52247781	44	5.3	44	70	4	198	25	28	23	22	1.99
52247820--52248463	88	7.3	88	89	0	939	25	26	22	25	2.00
52248056--52248460	44	9.2	44	68	10	200	25	26	23	23	2.00
52251175--52251236	31	2.0	31	93	0	106	19	19	22	38	1.93
52254170--52254244	19	3.8	19	91	6	114	36	18	10	34	1.86
52255001--52255071	37	1.9	36	83	8	90	38	5	5	50	1.49
52255038--52255099	24	2.6	23	78	16	72	40	11	1	46	1.49
52255126--52255234	50	2.2	49	91	3	175	44	12	0	42	1.42
52256939--52256973	16	2.2	16	89	0	52	22	14	20	42	1.88
52259422--52259481	7	8.4	7	78	15	61	81	1	15	1	0.85
52259430--52259475	6	7.8	6	81	13	60	82	0	17	0	0.67
52259419--52259475	12	5.1	11	81	8	62	84	1	14	0	0.71
52259985--52260021	15	2.6	15	87	8	51	67	0	18	13	1.23
52261255--52261481	44	5.2	44	63	8	138	25	17	26	30	1.97
52261563--52261794	44	5.3	44	63	10	132	25	22	23	28	1.99
52261252--52261864	88	7.0	88	91	0	902	27	19	24	28	1.99
52262218--52262510	126	2.3	125	81	10	310	30	19	21	29	1.97
52262896--52262935	21	1.9	21	84	0	53	15	50	20	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52263052--52263091	17	2.2	18	86	8	55	80	0	12	7	0.91
52263767--52263824	3	18.3	3	80	16	64	29	0	1	68	0.99
52263767--52263825	7	8.7	7	87	12	79	28	0	1	69	0.98
52269296--52269325	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
52269807--52269866	9	6.2	9	81	14	75	25	10	30	35	1.88
52269808--52269866	31	1.9	31	96	0	109	25	10	30	33	1.89
52269929--52269987	28	2.1	28	80	0	64	40	6	16	35	1.76
52273062--52273147	28	3.0	28	83	11	102	30	19	5	44	1.74
52273237--52273303	22	3.0	20	73	16	53	41	26	2	28	1.70
52274027--52274057	9	3.4	9	90	0	53	0	9	3	87	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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