genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60601994--60602036	21	2.0	21	86	8	61	44	0	34	20	1.52
60602072--60602108	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
60607924--60607968	22	2.0	22	82	0	54	53	15	17	13	1.73
60607861--60608012	42	3.6	42	77	5	153	45	17	21	16	1.85
60609168--60609234	32	2.1	32	94	0	116	29	19	7	43	1.78
60609518--60609575	30	1.9	30	92	0	98	27	22	24	25	2.00
60609688--60609759	26	2.8	26	86	0	99	37	20	22	19	1.94
60609932--60610185	27	9.4	27	82	5	318	19	17	18	45	1.86
60613845--60613910	23	2.8	24	84	4	82	21	13	25	39	1.90
60613849--60613922	23	3.2	23	77	11	80	22	12	24	40	1.88
60621586--60621639	25	2.2	25	83	9	67	22	16	7	53	1.67
60622882--60623075	43	4.6	43	72	9	128	30	20	22	26	1.98
60622815--60623086	128	2.1	129	88	4	417	30	18	23	27	1.97
60624675--60624739	30	2.2	30	97	0	121	41	7	0	50	1.31
60629336--60629386	25	2.0	26	84	3	68	39	11	9	39	1.75
60650292--60650383	9	9.4	9	74	11	67	33	3	0	63	1.11
60650292--60650385	20	4.8	19	76	7	82	32	3	0	63	1.10
60651393--60651430	20	1.9	19	89	5	58	34	7	0	57	1.28
60651512--60651556	22	2.0	22	87	8	65	51	0	0	48	1.00
60652382--60652423	22	2.0	22	90	4	68	47	2	9	40	1.49
60652723--60652909	96	2.0	94	85	7	254	40	5	16	37	1.71
60652786--60652840	27	2.0	28	92	3	94	50	3	7	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60654356--60654421	28	2.4	28	97	0	123	40	10	0	48	1.38
60655097--60655155	19	3.2	19	82	4	84	37	13	0	49	1.43
60655366--60655431	19	3.5	19	72	12	73	50	3	9	37	1.50
60655852--60655916	28	2.3	29	91	2	105	50	0	7	41	1.31
60656051--60656173	62	2.0	61	98	1	237	60	11	6	21	1.52
60656326--60656369	15	2.8	16	86	6	63	70	0	9	20	1.14
60657888--60657926	13	2.8	13	85	11	51	7	5	7	79	1.05
60658108--60658507	44	9.1	44	80	1	408	29	20	17	33	1.95
60658108--60658521	177	2.3	175	81	6	449	29	20	16	33	1.95
60663356--60663391	14	2.6	14	95	0	63	5	30	2	61	1.33
60668068--60668111	15	2.8	16	86	6	63	70	2	9	18	1.24
60676139--60676239	33	3.1	33	80	0	112	41	13	20	23	1.89
60676149--60676268	33	3.7	33	78	4	111	41	10	23	24	1.86
60678467--60678492	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
60694673--60694756	27	2.9	28	75	21	75	38	1	1	59	1.13
60695197--60695361	66	2.5	66	87	2	215	40	18	26	14	1.89
60695337--60695386	21	2.4	21	90	6	75	34	18	44	4	1.68
60695721--60696010	43	6.8	42	81	6	273	26	20	26	27	1.99
60696091--60696133	22	2.0	22	85	0	59	46	25	18	9	1.79
60696400--60696448	9	5.4	9	85	9	73	26	10	22	40	1.86
60696398--60696448	18	2.8	18	93	0	93	29	9	21	39	1.85
60697554--60697579	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60699001--60699050	15	3.4	15	81	10	50	48	0	0	52	1.00
60699178--60699221	21	2.1	21	83	8	54	47	2	2	47	1.27
60700216--60700295	40	2.0	40	97	0	151	25	11	25	38	1.88
60704801--60704856	26	2.2	26	83	6	69	44	21	17	16	1.86
60707991--60708043	12	4.8	12	75	15	51	41	0	28	30	1.56
60717393--60717423	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
60717888--60718446	279	2.0	276	84	2	717	35	16	14	33	1.89
60721705--60721835	62	2.1	62	90	4	201	34	3	12	48	1.60
60728012--60728053	15	2.9	15	78	3	50	40	0	0	59	0.97
60729615--60729656	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60735520--60735621	50	2.0	50	100	0	204	52	5	13	27	1.63
60736271--60736374	52	2.0	52	100	0	208	36	17	23	23	1.95
60747667--60747973	156	2.0	156	92	0	506	27	19	18	34	1.95
60748317--60748351	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
60755506--60755536	15	2.1	15	93	0	53	29	29	22	19	1.98
60755707--60755771	22	3.0	22	86	0	94	33	16	18	30	1.94
60755711--60755781	22	3.2	22	83	0	88	36	18	16	28	1.93
60755764--60755866	24	4.4	24	83	2	120	38	20	13	27	1.90
60759207--60759252	20	2.2	20	88	7	65	69	4	0	26	1.07
60759285--60759404	11	11.5	11	65	22	53	58	4	3	34	1.34
60761242--60761320	27	3.0	26	75	7	70	54	3	8	32	1.49
60764991--60765048	30	2.0	29	86	10	82	20	39	0	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60771054--60771140	45	1.9	45	95	0	156	41	4	3	50	1.40
60772492--60772701	105	2.0	105	99	0	411	37	6	18	38	1.76
60777649--60777694	23	2.0	23	95	0	83	58	8	15	17	1.61
60796840--60796935	39	2.5	39	83	6	106	46	20	3	29	1.66
60811856--60811896	13	3.3	12	84	15	57	19	0	24	56	1.42
60811860--60811900	22	1.9	21	90	5	64	17	0	24	58	1.38
60813281--60813307	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
60813498--60813527	4	7.5	4	92	0	51	53	0	23	23	1.46
60814935--60815004	31	2.3	29	77	20	81	45	8	1	44	1.43
60829399--60829482	40	2.1	40	100	0	168	21	26	17	34	1.96
60831015--60831089	31	2.5	31	80	6	82	25	10	12	52	1.70
60832481--60832542	31	2.0	31	87	0	88	45	11	20	22	1.83
60833344--60833386	16	2.7	15	82	17	52	34	0	0	65	0.93
60833342--60833406	25	2.7	25	79	9	64	38	1	0	60	1.07
60834396--60834504	39	2.8	40	84	2	130	37	18	21	22	1.94
60834598--60834673	40	1.9	40	83	0	98	23	19	18	38	1.93
60835056--60835104	14	3.5	14	80	0	53	20	0	32	46	1.51
60835114--60835245	7	18.6	7	67	16	58	22	1	28	47	1.60
60835119--60835167	14	3.4	14	86	10	64	22	0	26	51	1.49
60835301--60835420	14	8.5	14	71	15	52	25	0	29	45	1.59
60835365--60835406	22	2.0	21	86	13	59	23	0	30	45	1.53
60835361--60835420	7	8.4	7	81	3	57	23	0	28	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60835428--60835479	6	8.7	6	100	0	104	17	15	51	15	1.76
60837500--60837538	17	2.3	17	95	0	69	35	5	0	58	1.20
60838222--60838264	18	2.4	18	84	0	59	51	4	9	34	1.55
60838243--60838639	109	3.7	109	92	3	658	29	16	19	34	1.94
60838238--60838639	217	1.8	218	96	0	743	30	16	18	34	1.93
60842351--60842398	7	7.1	7	86	6	64	79	0	20	0	0.74
60842353--60842407	14	4.3	14	76	19	66	80	0	20	0	0.72
60842351--60842405	24	2.3	25	87	9	80	78	0	21	0	0.76
60842355--60842401	21	2.2	22	88	11	80	78	0	21	0	0.75
60844666--60845698	85	12.0	85	74	9	693	31	16	21	30	1.95
60844765--60845707	129	7.3	128	80	6	589	31	16	21	30	1.95
60844767--60845609	214	3.9	215	83	4	1096	31	16	21	30	1.95
60844819--60845699	428	2.1	428	92	0	1474	31	16	21	30	1.95
60844819--60845928	214	5.1	214	80	5	956	31	16	21	30	1.95
60845814--60846015	44	4.7	42	72	10	140	32	16	20	30	1.95
60845428--60846174	353	2.1	353	94	0	1287	30	17	21	30	1.96
60845781--60846081	129	2.3	129	88	0	449	30	18	20	30	1.97
60847862--60847900	17	2.3	17	90	0	60	38	5	0	56	1.22
60848589--60848631	18	2.4	18	84	0	59	51	4	9	34	1.55
60848610--60849006	109	3.7	109	91	3	658	29	16	19	34	1.94
60848605--60849006	217	1.8	218	96	0	743	30	16	19	34	1.94
60852033--60852123	43	2.1	43	85	2	121	32	10	12	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60852392--60852558	43	3.9	43	85	6	196	29	18	26	25	1.98
60852774--60852820	18	2.7	18	80	9	53	23	0	4	72	1.02
60853231--60853284	17	3.1	17	76	10	54	66	1	27	3	1.19
60854261--60854317	25	2.3	24	85	8	78	3	28	1	66	1.18
60867710--60867954	73	3.4	73	80	8	227	29	24	24	21	1.99
60868393--60868482	23	4.0	24	78	18	88	21	0	42	36	1.53
60868416--60868485	8	9.3	7	76	14	59	18	0	41	40	1.51
60868423--60868480	15	3.8	15	86	2	71	17	0	44	37	1.49
60868752--60868828	40	2.0	40	85	12	106	20	2	37	38	1.67
60869882--60870048	83	2.0	83	90	4	266	38	9	19	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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