genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59287867--59287955	46	2.0	45	97	2	169	4	11	40	43	1.61
59290755--59290800	17	2.7	17	83	6	58	17	6	0	76	1.00
59293003--59293098	34	2.8	34	74	1	84	22	25	25	27	2.00
59294951--59295059	40	2.7	40	87	2	166	29	25	23	21	1.99
59295049--59295086	19	2.0	19	89	0	58	15	31	23	28	1.96
59295211--59295500	96	3.0	97	89	4	435	41	2	17	39	1.61
59296008--59296069	27	2.3	27	80	5	72	41	1	8	48	1.42
59296141--59296191	11	5.1	11	75	22	58	50	0	0	49	1.00
59298166--59298278	34	3.4	34	84	7	151	43	17	8	30	1.80
59300097--59300138	22	1.9	22	85	0	57	14	21	28	35	1.92
59300107--59300190	41	2.1	41	84	6	111	17	22	25	34	1.96
59301941--59301985	22	2.0	22	83	8	56	24	40	11	24	1.87
59303700--59303754	19	2.8	19	81	15	60	61	1	3	32	1.24
59304722--59304779	4	14.5	4	92	0	98	25	0	20	53	1.46
59310433--59310477	13	3.4	14	84	6	58	31	2	11	55	1.47
59310467--59310515	26	1.9	26	83	4	64	36	6	10	46	1.63
59314477--59314512	16	2.2	17	90	9	58	66	0	19	13	1.24
59314495--59314533	20	2.0	19	90	5	60	64	0	25	10	1.25
59315818--59317011	132	9.1	131	89	2	1720	28	18	24	28	1.98
59317003--59317100	44	2.2	45	85	1	126	33	13	26	26	1.93
59319257--59319302	14	3.4	14	84	3	58	30	2	10	56	1.46
59324362--59324441	3	26.7	3	97	0	151	32	1	0	66	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59324534--59324571	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
59324598--59324635	18	2.1	19	85	5	51	39	13	0	47	1.42
59329310--59329360	25	2.0	25	100	0	102	25	7	15	50	1.71
59338006--59338078	6	12.2	6	70	10	51	61	2	5	30	1.32
59338013--59338078	15	4.2	15	69	17	53	62	3	6	28	1.34
59338109--59338164	15	3.7	15	75	0	58	67	5	1	25	1.21
59342727--59342778	20	2.5	20	81	12	61	23	5	7	63	1.43
59345569--59345613	20	2.2	21	84	11	58	62	2	0	35	1.08
59345849--59345880	6	5.3	6	100	0	64	0	0	65	34	0.93
59350566--59350618	26	2.0	26	85	0	70	32	22	26	18	1.97
59350688--59350902	32	6.7	32	77	7	161	36	21	20	20	1.95
59350693--59350905	64	3.3	63	73	13	202	37	22	21	19	1.95
59350688--59350902	96	2.2	96	83	9	278	36	21	20	20	1.95
59350946--59351005	27	2.2	27	82	11	70	33	23	23	20	1.97
59351074--59351156	24	3.5	23	81	4	76	49	24	4	21	1.69
59351192--59351346	27	5.8	26	82	4	130	20	21	21	35	1.96
59351192--59351388	53	3.7	52	80	6	175	20	21	22	36	1.96
59351192--59351294	26	3.9	26	83	3	125	21	22	20	35	1.96
59351203--59351388	27	7.0	26	83	6	128	20	21	20	37	1.95
59351271--59351389	54	2.2	53	81	8	143	18	21	25	35	1.95
59351904--59351943	20	2.0	21	95	5	73	37	0	0	62	0.95
59351908--59351951	20	2.2	20	84	8	54	36	0	4	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59359836--59359898	21	3.2	19	72	18	58	53	1	0	44	1.10
59361462--59361523	7	8.6	7	76	13	63	64	0	0	35	0.94
59361462--59361523	15	4.3	14	76	11	63	64	0	0	35	0.94
59361420--59361535	23	5.0	22	72	14	74	61	1	2	34	1.20
59364386--59364491	54	2.0	54	90	0	167	22	34	17	24	1.96
59373630--59373671	22	1.9	22	85	0	57	69	2	23	4	1.20
59374753--59374807	28	2.0	29	85	7	78	34	5	12	47	1.65
59376002--59376070	20	3.5	19	88	7	86	53	8	1	36	1.41
59377371--59377404	13	2.7	13	95	4	61	41	0	0	58	0.98
59378576--59378613	19	2.0	20	89	5	60	2	18	2	76	1.02
59379490--59379539	16	3.3	15	83	8	57	32	4	2	62	1.25
59379501--59379539	15	2.6	16	88	8	55	33	2	0	64	1.08
59381225--59381300	27	2.9	25	75	9	80	19	25	19	35	1.95
59381289--59381343	24	2.3	24	80	0	65	21	29	21	27	1.99
59381361--59381418	25	2.3	25	87	0	80	22	27	22	27	1.99
59383634--59383751	50	2.4	50	82	0	128	22	32	19	25	1.98
59387156--59387186	15	2.1	15	100	0	62	38	6	6	48	1.55
59387915--59387953	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
59390522--59390611	32	3.0	32	75	14	84	38	1	3	56	1.23
59390561--59390585	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59397206--59397245	15	2.4	18	76	20	50	37	2	5	55	1.35
59404167--59404194	6	4.7	6	100	0	56	0	0	64	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59406502--59406564	27	2.3	28	83	8	85	57	3	22	17	1.54
59411245--59411294	23	2.2	23	92	0	82	12	32	24	32	1.91
59426215--59426281	32	2.1	32	86	10	93	31	0	46	22	1.52
59435381--59435438	22	2.6	22	88	2	89	31	29	0	39	1.57
59435403--59435522	50	2.4	50	90	2	188	30	24	0	45	1.54
59436833--59437183	126	2.8	126	85	3	458	33	21	15	29	1.94
59440269--59440324	29	2.0	28	82	3	67	53	1	1	42	1.21
59442714--59442742	5	6.0	5	92	8	51	82	0	17	0	0.66
59442714--59442742	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
59444591--59444652	24	2.6	24	75	17	65	40	12	4	41	1.65
59452281--59452325	19	2.4	19	85	3	56	51	0	2	46	1.13
59466243--59466289	22	2.1	23	84	11	62	10	0	36	53	1.36
59466317--59466375	28	2.1	27	87	9	84	50	0	11	37	1.39
59466317--59466375	27	2.1	28	87	9	86	50	0	11	37	1.39
59466341--59466448	36	3.0	36	73	19	107	46	0	12	40	1.42
59466364--59466479	35	3.4	33	80	11	117	45	0	11	43	1.39
59466395--59466479	33	2.5	34	88	5	118	45	0	8	45	1.33
59466539--59467059	126	4.1	126	90	1	765	38	16	16	28	1.91
59466539--59467062	251	2.1	253	89	1	793	37	16	16	28	1.91
59470516--59470552	18	2.1	18	94	0	65	43	5	24	27	1.76
59471133--59471157	7	3.6	7	100	0	50	56	28	0	16	1.41
59472098--59472149	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59473057--59473104	23	2.1	23	84	7	62	60	22	6	10	1.52
59473499--59473526	10	2.8	10	100	0	56	71	0	17	10	1.14
59485183--59485322	40	3.5	41	74	11	121	31	22	17	27	1.97
59486177--59486212	17	2.1	17	89	0	54	5	19	2	72	1.17
59486145--59486204	22	2.8	20	74	16	57	3	25	5	66	1.27
59488826--59488859	17	2.0	17	100	0	68	23	35	11	29	1.90
59491546--59492022	50	9.5	50	71	4	368	24	19	23	33	1.97
59491544--59492143	100	6.1	100	84	3	700	24	19	23	32	1.98
59492349--59492602	44	5.6	43	69	18	131	28	19	18	33	1.96
59492190--59492618	142	3.0	142	95	0	759	27	20	18	33	1.96
59492537--59492620	44	1.9	44	90	0	132	25	17	22	34	1.96
59494682--59494724	21	2.0	21	86	0	59	2	25	0	72	0.97
59500749--59500779	11	2.8	11	95	0	53	83	3	0	12	0.75
59501152--59501197	22	2.1	22	100	0	92	4	4	52	39	1.41
59501157--59501204	22	2.2	22	92	0	78	6	8	47	37	1.59
59508845--59508884	18	2.2	19	91	8	66	0	25	2	72	0.97
59509794--59510126	27	12.3	27	86	0	414	42	17	16	23	1.88
59510303--59510370	26	2.6	26	88	0	91	14	23	25	36	1.93
59510485--59510545	30	2.0	31	87	9	90	18	27	24	29	1.98
59510485--59510575	33	2.9	30	83	9	94	19	27	25	27	1.99
59513170--59513581	155	2.7	155	86	1	531	31	24	18	24	1.98
59513680--59513720	9	4.6	9	84	9	57	39	26	0	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59517550--59517579	15	1.9	16	93	6	53	6	10	3	80	1.01
59519208--59519241	11	3.1	11	88	12	52	47	23	0	29	1.52
59529641--59529767	37	3.4	37	83	4	166	37	28	14	20	1.91
59529665--59529801	37	3.6	38	82	7	145	35	31	13	19	1.91
59542809--59542842	10	3.2	10	91	8	50	85	0	2	11	0.71
59545827--59545865	14	2.8	14	84	0	51	51	2	5	41	1.38
59550573--59550626	26	2.1	25	93	3	90	18	20	25	35	1.95
59550723--59550785	33	1.9	33	83	6	83	22	22	25	30	1.99
59555037--59555082	22	2.1	22	84	8	58	45	4	15	34	1.66
59561226--59561264	19	2.1	19	100	0	78	30	20	15	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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