genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1844056--1844087	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1844088--1844273	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
1848515--1848700	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
1853053--1853093	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1866333--1866851	282	1.8	282	93	0	896	38	21	12	27	1.90
1874833--1874860	14	2.0	14	100	0	56	14	14	21	50	1.78
1882812--1882838	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
1884538--1884601	31	2.1	31	81	0	74	35	10	9	43	1.72
1893675--1893735	32	1.9	31	90	3	95	59	1	14	24	1.45
1899447--1899473	14	1.9	14	100	0	54	37	0	18	44	1.50
1899562--1899634	22	3.8	17	72	22	56	65	2	0	31	1.06
1899591--1899632	22	1.9	22	85	9	59	64	4	0	30	1.14
1905852--1905888	16	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
1905890--1905936	24	2.0	24	87	8	69	38	2	4	55	1.31
1911917--1911941	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1912793--1912849	28	2.0	28	96	0	105	31	21	14	33	1.92
1913345--1913387	22	2.0	22	85	0	59	58	4	13	23	1.55
1921609--1921670	30	2.1	30	87	6	90	58	12	3	25	1.50
1923139--1923181	18	2.4	18	96	0	77	53	9	37	0	1.33
1929872--1929928	30	1.9	30	89	3	89	31	3	8	56	1.47
1933971--1934026	24	2.4	24	81	3	69	50	1	5	42	1.35
1935912--1935966	25	2.2	25	96	3	103	65	12	0	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1938276--1938314	18	2.2	17	86	4	51	69	0	0	30	0.89
1939139--1939199	31	2.0	32	87	6	90	31	16	11	40	1.84
1939806--1939835	4	7.5	4	92	0	51	43	0	3	53	1.17
1940044--1940136	31	3.2	30	73	14	95	47	9	18	24	1.78
1940032--1940178	57	2.6	58	84	2	199	52	8	14	23	1.70
1940060--1940151	31	3.2	30	72	13	93	48	8	17	25	1.75
1958280--1958338	31	1.9	31	86	6	84	33	3	11	50	1.56
1967038--1967141	44	2.4	43	77	7	111	25	22	21	30	1.98
1968265--1968563	51	5.9	50	77	5	305	28	14	26	30	1.95
1968265--1968551	102	2.8	102	89	1	425	29	14	26	29	1.95
1968715--1968743	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
1968938--1968991	14	3.8	14	76	11	56	57	0	5	37	1.22
1968935--1968991	28	2.0	28	93	6	98	57	0	5	36	1.21
1970758--1970896	41	3.4	41	90	0	215	31	20	24	23	1.98
1973185--1973284	44	2.3	44	82	0	128	30	23	21	26	1.99
1973247--1973456	87	2.4	87	79	0	240	28	20	20	30	1.98
1973303--1973440	44	3.2	44	73	2	143	28	20	17	34	1.95
1973513--1974033	88	5.9	88	89	2	744	24	26	23	25	2.00
1979973--1980028	27	2.0	27	82	6	67	69	3	3	23	1.20
1982382--1982451	28	2.5	28	97	0	131	38	10	7	44	1.65
1985425--1985454	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
1985428--1985456	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993220--1993271	19	2.7	19	75	16	54	40	9	0	50	1.35
1997238--1997311	31	2.4	31	84	8	89	27	12	10	50	1.73
2003991--2004045	26	2.1	26	96	0	101	43	3	10	41	1.57
2014068--2014108	17	2.3	18	83	8	57	31	0	0	68	0.90
2014072--2014114	17	2.5	17	82	14	52	32	0	2	65	1.06
2018416--2018466	20	2.5	21	81	9	70	39	1	1	56	1.22
2019800--2019830	7	4.4	7	91	0	53	48	16	0	35	1.46
2022147--2022175	12	2.3	13	94	5	51	0	17	17	65	1.27
2031937--2031998	21	3.0	20	77	9	63	59	1	0	38	1.07
2034431--2034526	48	2.0	50	85	4	133	16	32	9	41	1.80
2040078--2040110	15	2.1	16	88	5	50	69	0	6	24	1.10
2041015--2041102	43	2.1	43	93	2	151	32	18	11	37	1.86
2042110--2042142	12	2.8	12	90	0	57	72	12	15	0	1.12
2048543--2048631	36	2.5	36	94	0	160	31	14	23	30	1.94
2048543--2048635	18	5.2	18	86	0	132	31	15	23	30	1.95
2051171--2051258	9	9.8	9	76	14	83	64	3	30	1	1.17
2051245--2051292	18	2.7	18	75	12	53	52	12	35	0	1.40
2069154--2069200	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
2086664--2086711	23	2.1	22	84	7	60	54	2	4	39	1.32
2086670--2086726	23	2.5	22	81	16	62	50	1	1	45	1.22
2086664--2086727	24	2.7	23	83	9	67	51	1	3	43	1.26
2095410--2095971	186	3.0	188	93	1	934	35	15	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107150--2107176	6	4.5	6	100	0	54	18	33	14	33	1.92
2109513--2109991	120	4.0	120	98	0	908	44	2	5	47	1.40
2109821--2109855	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2110139--2110229	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
2110210--2110278	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
2110210--2110278	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
2124930--2124954	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2127685--2127724	19	2.2	18	86	13	55	45	0	0	55	0.99
2140046--2140138	18	5.2	18	90	0	150	32	17	23	26	1.96
2140046--2140138	36	2.6	36	96	0	168	32	17	23	26	1.96
2141487--2141556	34	2.1	34	97	0	131	21	22	28	27	1.99
2141603--2141651	4	12.2	4	100	0	98	48	24	0	26	1.51
2141649--2141673	4	6.2	4	100	0	50	24	52	0	24	1.48
2146007--2146048	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2146810--2146859	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
2152246--2152314	32	2.2	32	89	2	104	39	0	2	57	1.13
2154471--2154538	34	2.0	35	88	2	102	44	14	10	30	1.79
2160487--2160550	17	3.4	19	73	18	62	39	10	12	37	1.78
2160483--2160554	38	1.9	38	91	8	121	40	11	15	33	1.82
2160488--2160571	18	4.5	19	70	18	68	39	10	14	35	1.81
2160645--2160696	17	2.9	18	70	18	54	53	11	13	21	1.70
2160636--2160719	16	4.9	17	77	8	82	58	10	9	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160712--2160757	22	2.1	22	88	11	69	50	10	2	36	1.50
2160604--2160837	126	1.8	128	88	4	364	51	10	8	28	1.67
2160763--2160874	17	6.4	17	79	14	113	50	9	13	26	1.73
2160636--2160873	35	6.7	35	71	16	116	52	10	10	27	1.67
2160604--2160915	126	2.4	126	83	8	353	50	9	9	30	1.67
2162131--2162247	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
2162146--2162247	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
2162519--2162670	54	2.8	55	91	3	236	37	18	14	29	1.90
2162629--2162895	72	3.7	72	92	3	439	34	17	16	30	1.93
2162753--2163500	194	3.7	194	93	4	1156	35	18	15	30	1.92
2162774--2163017	122	2.0	125	87	4	361	36	18	14	30	1.90
2162899--2163093	72	2.8	72	88	2	279	37	18	13	30	1.90
2162968--2164031	144	8.0	125	68	18	408	35	18	15	31	1.92
2163093--2163644	72	7.7	72	94	1	923	34	18	16	31	1.93
2163093--2163648	217	2.6	216	93	2	933	34	18	16	31	1.92
2163093--2164539	145	9.8	144	76	10	1159	34	18	15	31	1.93
2163648--2163909	72	3.7	72	90	3	381	35	18	14	31	1.92
2163789--2164031	121	2.0	125	86	4	343	36	18	14	30	1.90
2163913--2164539	72	8.7	72	92	2	929	33	19	16	30	1.93
2163913--2165173	217	5.9	216	76	12	1271	34	19	15	30	1.93
2164543--2165169	72	8.7	72	91	2	911	34	19	15	30	1.93
2164595--2165169	145	4.0	144	94	1	947	33	18	16	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163093--2165292	630	3.5	627	92	3	3306	34	18	15	30	1.93
2183305--2183344	20	2.0	20	95	0	71	37	12	20	30	1.89
2204367--2204412	21	2.2	21	100	0	92	45	10	0	43	1.39
2204367--2204418	21	2.4	21	93	3	77	50	11	0	38	1.39
2231103--2232205	132	8.3	132	94	0	1841	27	16	26	29	1.97
2238148--2238214	21	3.0	23	77	20	63	50	1	0	47	1.10
2238147--2238211	22	2.9	23	78	19	66	52	1	0	46	1.10
2253701--2253734	17	2.1	17	88	5	52	44	0	8	47	1.34
2254332--2254386	27	2.0	27	92	0	92	34	18	9	38	1.82
2260257--2260297	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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