genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21786692--21786730	7	6.0	7	85	14	57	43	0	56	0	0.99
21786692--21786727	19	1.9	18	94	5	63	44	0	55	0	0.99
21788415--21788480	10	6.1	11	71	25	52	27	33	0	39	1.57
21788423--21788480	22	2.6	22	91	2	98	31	31	0	37	1.58
21788450--21788565	51	2.3	51	95	0	205	28	25	0	45	1.54
21789710--21789734	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21790977--21791127	29	5.7	29	65	26	111	43	25	4	26	1.74
21790931--21791456	50	10.4	50	82	8	555	45	26	2	25	1.66
21791142--21791271	23	5.6	23	70	22	101	46	25	0	27	1.58
21791239--21791293	29	1.9	28	92	3	92	47	25	0	27	1.52
21791227--21791278	23	2.2	23	89	3	77	48	23	0	28	1.51
21790948--21791297	21	14.2	24	64	26	103	44	26	2	26	1.66
21791097--21791510	208	2.0	209	88	5	615	45	26	1	26	1.64
21791364--21791476	21	5.1	20	75	20	91	46	29	0	23	1.52
21791364--21791522	71	2.2	71	92	0	255	47	27	1	23	1.60
21791435--21791534	50	2.1	46	85	10	132	46	25	2	27	1.64
21791749--21791841	30	3.2	30	86	8	113	36	3	0	60	1.13
21791786--21791889	11	9.9	11	78	17	114	41	1	0	56	1.10
21791786--21791889	52	2.0	53	96	1	192	41	1	0	56	1.10
21791797--21791857	30	2.0	30	90	6	97	42	1	0	55	1.09
21791809--21791888	9	8.1	9	80	10	61	40	1	0	58	1.06
21792062--21792279	116	1.9	116	95	0	391	38	8	9	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792255--21792296	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
21796806--21796916	20	5.8	20	70	18	85	40	0	2	56	1.13
21796862--21796995	57	2.3	57	87	1	187	43	0	2	53	1.16
21797173--21797231	16	3.7	16	82	13	68	35	27	0	37	1.57
21797162--21797232	32	2.2	31	78	11	81	33	26	2	36	1.71
21798508--21798549	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
21799786--21799848	30	2.1	29	82	11	74	57	0	0	42	0.99
21799982--21800059	29	2.7	29	76	13	79	35	1	2	60	1.19
21799994--21800078	27	3.1	27	80	10	75	30	1	3	64	1.17
21800018--21800104	37	2.3	36	81	14	97	29	0	1	68	0.96
21800021--21800102	44	1.9	42	90	9	130	30	0	1	68	0.98
21800023--21800127	44	2.4	44	81	9	117	32	0	1	64	1.11
21801232--21801337	53	2.0	54	86	1	151	28	8	14	49	1.72
21812374--21812412	21	1.9	19	85	10	51	61	10	10	17	1.55
21813862--21813920	19	3.1	19	80	4	66	54	0	0	45	0.99
21813873--21813897	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21814403--21814428	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
21814396--21814460	30	2.1	31	91	2	105	33	4	0	61	1.16
21814403--21814526	41	3.0	41	86	4	169	33	4	0	61	1.20
21816941--21816978	20	1.9	20	88	0	58	50	13	7	28	1.69
21816927--21816993	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
21822011--21822060	23	2.2	23	81	0	55	40	12	16	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21822018--21822061	23	1.9	23	90	0	70	36	13	18	31	1.90
21822529--21822577	24	2.0	24	88	7	73	30	0	4	65	1.11
21822514--21822584	34	2.2	32	82	14	83	32	0	4	63	1.14
21822530--21822576	16	2.9	16	79	17	53	27	0	4	68	1.08
21822764--21822788	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21832126--21832176	21	2.4	21	96	0	93	25	7	37	29	1.84
21837326--21837362	16	2.2	17	90	4	58	40	2	51	5	1.39
21840788--21840917	42	3.1	42	84	13	178	33	3	0	63	1.10
21840793--21840935	40	3.5	41	88	7	209	34	2	0	62	1.10
21840875--21840935	31	2.0	31	90	6	97	37	1	0	60	1.07
21843778--21843829	26	2.0	25	85	3	68	63	7	5	23	1.43
21846170--21846220	25	2.0	25	96	0	93	37	11	25	25	1.90
21847229--21847258	15	2.1	14	93	6	51	70	0	3	26	1.03
21850862--21850922	24	2.4	26	75	5	63	21	24	21	32	1.98
21871174--21871202	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
21879942--21879982	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
21883327--21883374	23	2.1	23	84	0	60	22	14	18	43	1.87
21893093--21893208	43	2.7	43	91	0	196	31	18	25	25	1.97
21893093--21893279	84	2.2	85	82	5	227	29	17	26	26	1.98
21897627--21897905	41	6.8	41	85	5	348	24	27	19	28	1.99
21897627--21897908	82	3.4	82	88	1	386	24	26	19	28	1.99
21897639--21897941	123	2.5	122	84	5	317	24	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21898226--21898435	78	2.8	77	80	7	214	40	17	4	38	1.70
21898718--21898768	21	2.4	21	79	17	61	43	9	3	43	1.56
21898713--21898773	23	2.7	23	92	0	95	44	9	3	42	1.54
21898607--21898750	80	1.9	74	91	4	189	43	12	3	40	1.59
21898736--21898986	78	3.2	78	94	1	430	43	11	3	40	1.60
21898644--21898851	103	2.0	102	98	1	400	43	11	3	40	1.59
21898915--21899105	63	3.1	62	91	6	307	45	14	3	36	1.62
21901430--21901617	3	61.7	3	79	13	172	61	2	3	32	1.23
21901540--21901616	7	9.4	8	77	14	61	62	2	5	29	1.30
21901655--21901718	30	2.1	31	83	11	80	51	10	21	15	1.74
21903276--21903527	44	5.8	43	70	10	174	28	21	17	32	1.96
21903211--21903524	129	2.4	129	90	0	493	29	20	19	30	1.97
21913518--21914089	46	13.6	45	81	13	581	36	13	20	29	1.92
21913554--21913954	36	10.0	36	80	14	298	37	13	19	29	1.90
21913518--21914089	82	6.9	81	76	17	518	36	13	20	29	1.92
21913682--21913999	118	2.7	118	94	0	546	37	13	19	30	1.90
21914609--21914766	76	2.1	76	93	0	271	24	15	24	36	1.94
21917234--21918181	316	3.0	316	98	0	1826	27	25	20	26	1.99
21919968--21920009	11	3.8	11	81	9	50	66	0	0	33	0.92
21920019--21920092	37	2.0	37	84	5	96	62	2	6	28	1.35
21920231--21920302	3	23.3	3	74	16	58	62	2	5	29	1.32
21920231--21920295	15	3.6	18	78	20	64	61	3	6	29	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21920266--21920303	7	5.3	7	85	14	51	68	0	2	28	1.03
21927545--21927619	38	2.0	38	91	0	123	30	34	1	33	1.66
21929188--21929228	19	2.1	20	86	4	57	46	4	0	48	1.23
21929188--21929241	19	2.7	20	82	8	56	48	7	0	44	1.31
21933686--21933719	18	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
21937360--21937513	18	8.9	18	67	18	85	42	0	1	55	1.13
21937295--21937775	120	4.0	120	94	0	791	43	1	4	51	1.28
21937719--21937753	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21937989--21938040	16	3.2	16	81	10	61	34	32	0	32	1.58
21948299--21948364	34	1.9	35	81	3	80	39	25	4	30	1.76
21957718--21957797	33	2.4	33	87	0	106	16	42	16	25	1.88
21967868--21967926	21	2.8	21	68	0	55	16	28	16	37	1.92
21967844--21967929	42	2.0	42	86	8	122	15	25	17	41	1.88
21970049--21970138	36	2.5	36	94	0	153	22	28	26	22	1.99
21970470--21970515	15	3.1	15	90	0	65	28	4	0	67	1.10
21970458--21970536	6	13.2	6	86	5	79	24	2	1	72	1.05
21970454--21970536	12	6.9	12	83	5	96	24	2	1	72	1.04
21971266--21971565	110	2.7	110	95	1	523	31	15	20	34	1.93
21972803--21973075	61	4.5	61	81	2	271	26	27	16	29	1.97
21972850--21972954	29	3.5	30	67	13	81	25	27	20	26	1.99
21972803--21973075	122	2.2	121	82	1	314	26	27	16	29	1.97
21973200--21973352	53	2.9	53	88	0	225	28	28	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21978927--21979042	10	12.1	9	70	21	67	37	2	0	60	1.11
21978927--21979059	69	2.0	66	89	7	205	35	2	0	62	1.08
21978956--21979050	11	9.4	11	72	19	73	37	3	0	58	1.14
21979465--21979520	24	2.4	24	78	3	60	48	0	1	50	1.11
21979567--21979613	25	1.9	25	91	4	78	42	0	0	57	0.98
21982282--21982318	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
21986992--21987039	13	3.7	13	88	0	78	27	8	25	39	1.84
21987658--21987690	12	2.8	12	100	0	66	24	39	9	27	1.85
21989069--21989306	72	3.3	72	91	1	354	56	14	5	24	1.58
21990473--21990516	20	2.2	20	100	0	88	50	9	4	36	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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