genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71349915--71350208	19	15.4	19	68	21	109	31	1	12	54	1.45
71350249--71350370	60	2.0	60	85	6	167	31	0	13	54	1.44
71350404--71350485	38	2.2	38	93	0	137	53	3	2	40	1.32
71351771--71351814	22	2.0	22	82	8	54	65	0	0	34	0.93
71361909--71361956	17	2.6	17	78	12	51	45	2	2	50	1.25
71361910--71361958	20	2.6	20	81	9	59	46	2	2	48	1.25
71362650--71362693	22	2.0	22	82	8	54	65	0	0	34	0.93
71366053--71366113	32	1.9	32	83	6	79	11	4	21	62	1.47
71374394--71374423	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
71375195--71375353	77	2.1	77	95	2	284	32	20	23	22	1.98
71376239--71376298	23	2.7	23	79	5	61	65	0	0	35	0.93
71378361--71378676	153	2.1	152	94	0	551	26	20	22	30	1.98
71388360--71388605	32	8.0	31	70	14	152	30	8	13	48	1.71
71388332--71388635	152	2.0	152	98	0	581	29	8	13	49	1.70
71388516--71388609	31	3.0	31	93	3	161	31	9	13	44	1.76
71395113--71395139	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
71399333--71399388	28	2.0	28	96	0	103	44	10	19	25	1.83
71402231--71402296	33	2.0	33	93	0	114	28	12	24	34	1.91
71405424--71405487	31	2.1	31	84	0	83	35	14	9	40	1.78
71406617--71406641	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
71407249--71407342	44	2.1	44	98	0	179	42	5	13	38	1.67
71410138--71410212	30	2.7	27	88	10	107	40	18	40	1	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71424451--71424520	19	3.6	19	71	9	61	32	4	1	61	1.24
71426713--71426755	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
71429228--71429327	3	33.3	3	91	0	164	62	0	4	34	1.14
71429326--71429361	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
71430519--71430546	5	5.6	5	100	0	56	17	17	0	64	1.30
71431856--71432402	110	4.9	110	94	1	916	33	20	15	30	1.94
71432515--71432556	16	2.5	18	85	11	54	73	4	4	16	1.17
71434024--71434062	20	2.0	21	90	10	64	10	20	48	20	1.78
71434388--71434767	50	7.7	50	79	5	227	25	20	22	31	1.98
71434362--71434776	100	4.2	98	80	5	374	25	20	21	32	1.98
71434443--71434716	150	1.9	145	80	5	316	25	18	22	33	1.97
71450877--71451192	110	2.9	110	87	2	451	34	18	17	30	1.94
71453459--71454230	46	17.7	44	74	10	452	26	22	21	29	1.99
71453540--71454101	87	6.4	88	73	8	454	25	22	21	29	1.99
71453459--71454227	44	17.7	44	71	10	341	26	22	21	29	1.99
71453463--71454101	174	3.7	174	92	1	996	25	22	22	29	1.99
71453855--71454141	130	2.2	130	92	1	468	26	22	21	28	1.99
71453681--71454238	304	1.8	305	90	1	895	27	22	20	30	1.98
71453977--71454238	87	3.0	89	75	7	237	28	23	18	29	1.98
71453449--71454178	348	2.1	346	84	4	988	26	22	21	30	1.98
71454241--71454892	86	7.5	86	93	2	807	24	25	22	27	2.00
71454305--71454443	44	3.2	44	66	15	133	28	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71454349--71454487	44	3.2	43	66	15	113	24	23	25	26	2.00
71454523--71454832	43	7.2	43	65	12	197	24	24	23	28	2.00
71456945--71456969	11	2.3	11	100	0	50	0	20	0	80	0.72
71460443--71460731	110	2.7	109	88	2	429	34	19	16	29	1.94
71466104--71466128	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
71472037--71472099	31	2.0	31	87	0	90	36	11	7	44	1.69
71474063--71474118	28	2.0	28	96	0	103	44	10	19	25	1.83
71479071--71479119	22	2.2	21	82	10	62	57	2	2	38	1.22
71487354--71487395	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
71488067--71488176	54	2.0	54	98	0	211	30	21	21	26	1.99
71488433--71488481	20	2.4	20	79	3	62	38	2	0	59	1.09
71507097--71507158	33	1.9	32	93	3	106	37	9	16	37	1.81
71515047--71515109	32	2.0	32	84	12	85	28	12	9	49	1.72
71515049--71515122	32	2.4	30	80	13	80	33	10	9	45	1.71
71516837--71516871	18	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
71523258--71523319	24	2.6	24	89	0	79	14	9	16	59	1.60
71530792--71530838	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
71534741--71534787	11	4.3	11	77	17	53	31	2	4	61	1.27
71534741--71534786	17	2.7	18	80	12	53	32	2	4	60	1.28
71535375--71535439	14	4.6	14	74	12	62	67	4	4	23	1.28
71535393--71535447	19	2.9	19	81	5	58	67	7	5	20	1.35
71538740--71538782	19	2.2	20	91	4	70	69	6	0	23	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71550465--71550503	19	2.0	20	90	9	64	33	17	2	46	1.62
71550471--71550512	19	2.3	18	87	4	57	38	14	2	45	1.58
71552535--71552584	21	2.4	21	93	3	84	46	24	8	22	1.78
71553692--71553726	18	1.9	18	88	0	52	62	5	8	22	1.45
71557175--71557251	13	5.9	13	90	0	127	25	9	25	38	1.85
71557175--71557253	39	2.0	39	95	0	140	26	8	25	39	1.85
71557885--71557952	22	3.0	23	68	23	72	45	4	10	39	1.58
71558920--71558944	12	2.1	12	100	0	50	64	20	8	8	1.46
71579370--71579408	18	2.2	18	90	4	62	43	0	12	43	1.42
71592887--71593111	115	2.0	115	86	6	316	46	7	4	41	1.51
71595809--71596460	232	2.8	232	93	0	1092	35	19	15	28	1.93
71596593--71596972	187	2.0	187	95	1	690	44	15	15	25	1.85
71610985--71611019	15	2.3	15	90	0	52	68	0	0	31	0.90
71611754--71611805	20	2.5	20	85	11	70	26	5	1	65	1.26
71616649--71618519	729	2.5	740	81	10	2003	37	11	13	36	1.82
71621913--71621939	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
71622007--71622048	18	2.3	18	100	0	84	33	0	14	52	1.42
71626690--71626716	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
71628897--71628945	25	2.0	25	84	8	64	46	0	2	51	1.12
71632246--71632281	18	1.9	19	88	5	56	33	11	5	50	1.61
71633921--71633947	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
71643007--71643044	17	2.2	17	86	9	51	10	10	52	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71645967--71646039	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
71648711--71648770	31	1.9	31	83	12	79	41	10	6	41	1.65
71649632--71649701	21	3.3	21	75	11	63	18	35	24	21	1.95
71650907--71650932	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
71650981--71651045	30	2.2	29	81	10	69	43	9	4	43	1.57
71650988--71651047	30	1.9	32	86	6	88	41	8	6	43	1.61
71652761--71652944	100	1.8	99	82	3	235	35	15	15	33	1.89
71652761--71652972	100	2.1	99	79	4	219	36	14	14	34	1.87
71653910--71653956	16	2.9	17	81	9	62	25	6	17	51	1.69
71654204--71654246	22	2.0	22	81	4	52	11	23	16	48	1.78
71660440--71660483	15	2.6	17	79	20	56	43	4	4	47	1.44
71668694--71669303	305	2.0	305	99	0	1211	35	15	20	28	1.93
71669353--71669412	28	2.2	27	91	8	95	15	6	11	66	1.42
71669410--71669486	5	15.4	5	97	0	145	38	1	0	59	1.06
71694547--71694596	15	3.6	14	73	15	50	58	6	2	34	1.34
71694544--71694608	27	2.4	27	89	5	96	60	4	1	33	1.27
71696069--71696132	30	2.1	30	88	0	92	48	10	3	37	1.54
71696716--71696755	21	1.9	21	85	10	55	42	2	0	55	1.13
71697155--71697207	25	2.2	25	83	9	67	54	0	1	43	1.11
71704528--71704581	20	2.7	21	82	8	67	59	5	1	33	1.31
71711717--71711753	15	2.5	15	90	0	56	64	0	5	29	1.15
71749741--71749786	17	2.5	19	83	16	62	60	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71749789--71749846	29	2.1	29	83	6	75	55	3	1	39	1.27
71750334--71750414	31	2.7	30	79	9	85	49	3	13	33	1.60
71764220--71764461	25	9.7	25	82	4	190	30	1	22	45	1.60
71764230--71764475	41	5.8	41	78	13	160	30	1	22	45	1.60
71764256--71764436	16	11.0	16	74	15	122	28	1	23	46	1.60
71764222--71764441	9	26.3	9	72	16	161	30	0	22	46	1.58
71764338--71764449	58	1.9	58	90	0	179	31	0	22	45	1.58
71769380--71769440	26	2.3	27	88	5	88	40	3	0	55	1.16
71769492--71769543	27	1.9	27	92	0	86	28	25	32	13	1.93
71770106--71770162	19	3.1	18	75	14	62	36	10	0	52	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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