genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6978346--6978393	24	1.9	25	87	8	71	37	4	8	50	1.52
6978447--6978510	33	2.1	28	83	16	76	46	6	1	45	1.37
6978657--6978690	7	4.9	7	88	0	50	44	38	2	14	1.61
6978885--6978944	7	9.0	7	77	17	65	33	41	0	25	1.55
6978897--6978921	13	1.9	13	100	0	50	32	52	0	16	1.44
6978890--6978958	20	3.5	20	78	13	79	36	39	0	24	1.56
6978992--6979059	15	4.4	15	67	18	50	52	22	1	23	1.55
6979190--6979265	39	1.9	39	86	5	109	50	15	2	31	1.58
6979829--6980182	114	3.1	114	74	8	290	28	20	18	32	1.97
6983095--6983122	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
6985717--6985746	10	3.0	10	95	0	51	46	20	3	30	1.66
7006786--7006843	20	2.8	20	81	2	71	36	1	10	51	1.46
7008409--7008435	6	4.5	6	100	0	54	0	70	0	29	0.88
7022230--7022318	3	30.3	3	74	18	66	66	1	3	29	1.15
7022226--7022318	30	3.0	30	77	14	100	65	1	3	30	1.15
7022889--7022963	37	2.0	38	84	7	100	16	5	40	38	1.71
7023748--7023910	80	2.0	80	98	0	317	38	12	20	28	1.89
7029672--7029717	18	2.6	18	80	13	51	21	0	4	73	1.00
7030941--7031007	24	2.6	26	81	6	84	38	4	1	55	1.29
7031080--7031144	27	2.4	27	92	5	105	27	24	27	20	1.99
7031268--7031306	19	2.0	21	85	10	55	23	2	10	64	1.37
7031366--7031397	3	10.7	3	93	0	55	0	3	31	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7031538--7031563	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
7032170--7032207	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
7036942--7036990	24	2.0	24	96	0	89	53	0	8	38	1.31
7037681--7037821	19	6.8	22	70	22	74	1	27	0	70	0.95
7037704--7037821	4	29.0	4	74	20	86	0	28	0	70	0.93
7037669--7037830	45	3.8	44	75	20	159	1	29	0	69	0.97
7037677--7037818	37	4.0	34	75	19	105	1	27	0	71	0.95
7037668--7037766	37	2.6	38	84	10	130	2	25	0	72	0.95
7037699--7037821	34	3.8	33	67	20	78	0	29	0	69	0.94
7037866--7037932	27	2.5	27	95	0	116	14	26	29	28	1.96
7037972--7038003	11	2.6	13	90	9	50	12	3	9	75	1.16
7038005--7038072	25	2.6	25	90	9	102	48	0	10	41	1.37
7038181--7038232	26	2.0	26	85	7	70	50	3	0	46	1.20
7048533--7048571	19	2.1	19	85	0	51	38	0	7	53	1.30
7049652--7049692	9	4.6	9	90	0	64	24	9	24	41	1.85
7049644--7049692	18	2.7	18	96	0	89	24	8	24	42	1.81
7049939--7049989	7	7.3	7	86	6	68	17	0	0	82	0.67
7049944--7049989	21	2.2	21	96	0	83	19	0	0	80	0.71
7052627--7052686	12	5.3	12	76	13	56	61	0	1	36	1.06
7052646--7052759	38	3.3	38	65	31	108	63	0	2	34	1.09
7052670--7052730	17	3.5	17	72	12	52	67	0	0	32	0.91
7052669--7052741	27	2.7	26	89	6	101	63	0	1	35	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7052727--7052752	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
7054011--7054059	19	2.7	19	82	17	68	36	6	0	57	1.24
7055732--7055795	27	2.4	27	97	0	119	42	10	0	46	1.39
7055833--7055909	27	2.9	27	86	0	109	32	22	33	11	1.90
7056179--7056216	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
7056513--7056686	45	4.0	45	90	7	295	39	14	0	45	1.50
7056475--7056680	45	4.9	42	84	10	262	39	13	1	45	1.53
7056475--7056681	85	2.5	85	91	1	337	40	13	1	44	1.53
7056692--7056721	15	2.0	15	100	0	60	40	0	13	46	1.43
7057231--7057294	27	2.4	27	94	0	110	48	0	9	42	1.35
7063088--7063115	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
7083893--7084087	51	3.9	50	76	6	196	29	28	16	25	1.97
7083901--7084083	101	1.8	101	89	5	289	30	27	16	25	1.97
7088265--7088314	23	2.2	23	96	0	91	32	28	20	20	1.97
7088538--7088576	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
7090388--7090473	24	3.5	25	77	6	88	38	19	25	16	1.92
7096223--7096264	18	2.3	18	87	0	57	16	4	54	23	1.61
7099095--7099120	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
7100990--7101035	22	2.1	21	84	4	56	17	4	19	58	1.55
7101021--7101104	23	3.7	23	88	0	132	20	7	28	44	1.78
7105465--7105512	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
7105540--7105612	28	2.7	27	68	19	62	41	2	1	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7105687--7105728	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7105678--7105719	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7105918--7105952	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7106188--7106223	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
7110103--7110237	40	3.4	40	76	5	121	36	21	23	18	1.95
7110276--7110514	41	5.8	41	79	8	245	17	25	23	34	1.95
7110275--7110514	123	2.0	123	83	3	304	17	25	22	34	1.95
7111025--7111062	15	2.5	15	83	8	51	23	0	42	34	1.55
7111808--7111874	30	2.2	31	79	10	77	19	0	44	35	1.51
7115079--7115118	20	2.0	20	100	0	80	65	0	30	5	1.14
7115231--7115290	17	3.3	17	67	24	50	48	8	1	41	1.43
7115215--7115370	34	4.1	38	77	15	185	47	9	0	42	1.41
7115201--7115477	78	3.6	79	84	10	314	47	11	0	41	1.42
7115203--7115468	56	4.7	56	81	12	337	47	11	0	40	1.42
7115287--7115477	22	8.6	22	78	16	157	47	11	0	41	1.40
7117121--7117286	66	2.5	65	86	4	217	40	19	25	13	1.88
7117265--7117306	21	2.0	21	90	0	66	40	16	38	4	1.70
7117303--7117374	21	3.4	21	84	0	99	31	15	44	8	1.76
7117722--7117933	86	2.5	86	86	0	280	24	16	31	28	1.96
7117723--7117933	43	4.9	43	82	0	233	24	16	31	27	1.96
7118856--7118894	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
7118888--7119028	44	3.1	43	68	16	124	45	4	4	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7118861--7119110	91	2.7	94	94	1	434	46	3	3	47	1.34
7118918--7119063	44	3.1	47	69	19	133	43	3	3	49	1.36
7119031--7119073	21	2.0	21	82	8	52	48	0	0	51	1.00
7118883--7119129	47	5.3	45	68	19	168	45	3	3	47	1.36
7119226--7119255	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
7119126--7119542	120	3.5	120	92	1	676	41	2	5	49	1.40
7119380--7119426	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
7119376--7119426	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
7119754--7119790	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
7125238--7125322	25	3.3	25	73	6	73	74	4	9	11	1.21
7125297--7125355	13	4.5	13	80	17	61	72	0	20	6	1.06
7127400--7127672	88	3.1	88	89	3	417	27	23	25	23	2.00
7127805--7128213	44	9.3	44	72	7	296	31	20	20	28	1.97
7127805--7128216	88	4.7	88	72	8	329	31	19	20	27	1.97
7128201--7128525	40	7.8	40	70	13	224	32	21	19	26	1.97
7128156--7128576	127	3.3	125	86	4	576	33	21	19	25	1.97
7129044--7129090	22	2.1	22	88	0	67	65	21	0	12	1.25
7130245--7130353	40	2.7	41	84	11	161	60	0	2	36	1.11
7130227--7130370	40	3.7	39	81	15	158	61	0	2	36	1.13
7136690--7136714	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7139444--7139476	11	2.9	11	95	4	57	78	0	0	21	0.75
7139803--7139853	23	2.2	23	85	0	66	29	7	19	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7148843--7148883	20	2.0	20	85	0	55	26	9	39	24	1.86
7150711--7151030	90	3.6	89	93	1	498	25	4	13	56	1.55
7150711--7151207	180	2.8	178	82	7	498	24	4	13	57	1.54
7151533--7151591	29	2.0	29	100	0	118	16	20	38	23	1.92
7153800--7153908	53	2.1	49	80	12	114	26	8	1	63	1.33
7153923--7154023	5	18.0	5	73	20	58	29	14	0	54	1.47
7153923--7153998	28	2.7	29	83	6	93	31	14	0	53	1.41
7153928--7154039	30	3.6	31	71	21	90	29	13	0	56	1.44
7154397--7154520	6	22.6	5	75	15	54	20	16	2	60	1.47
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