genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8960122--8960358	82	2.9	82	93	1	386	29	18	13	37	1.90
8963757--8963821	31	2.1	31	85	2	87	40	10	10	38	1.75
8970661--8970709	23	2.2	22	82	17	57	40	2	2	55	1.23
8972169--8972195	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8973704--8973743	19	2.0	20	85	4	55	50	0	5	45	1.23
8975292--8975578	44	6.6	44	69	10	149	29	21	19	28	1.98
8975241--8975579	174	1.9	174	87	1	500	28	22	20	28	1.98
8976501--8976533	11	3.0	11	91	8	50	0	21	0	78	0.75
8976547--8976604	6	9.7	6	75	20	59	13	0	12	74	1.08
8976546--8976605	7	8.7	7	76	20	56	13	0	11	75	1.06
8976545--8976606	15	4.4	14	75	20	67	12	0	11	75	1.04
8976537--8976604	20	3.2	21	91	6	111	14	0	10	75	1.06
8976537--8976588	26	2.0	27	92	3	88	15	0	9	75	1.05
8976547--8976622	26	2.9	28	80	18	74	14	1	10	73	1.15
8976553--8976622	36	2.0	34	83	13	88	14	1	10	74	1.14
8977375--8977433	25	2.3	25	94	2	100	55	5	18	20	1.61
8983161--8983194	17	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
8983376--8983409	15	2.3	15	94	0	59	64	0	0	35	0.94
8983782--8983950	91	1.9	91	96	0	311	35	21	17	24	1.95
8989355--8989385	2	15.5	2	93	0	53	54	45	0	0	0.99
9011425--9011660	107	2.2	105	88	7	343	34	14	19	31	1.92
9011425--9011660	104	2.2	105	89	7	352	34	14	19	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9013096--9013171	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
9014428--9014623	102	1.9	101	86	2	277	39	19	14	26	1.90
9015990--9016811	110	7.5	109	86	4	1091	29	14	19	36	1.91
9015976--9016811	218	3.8	216	85	3	1077	30	14	18	36	1.91
9018444--9018500	4	14.2	4	96	0	105	50	22	0	26	1.49
9020206--9020267	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
9022464--9022512	24	2.0	24	92	0	80	28	32	20	18	1.96
9029508--9029613	55	1.9	57	88	3	162	28	17	25	28	1.98
9029830--9030035	111	1.8	112	89	3	324	32	16	14	37	1.88
9031077--9031480	110	3.7	109	86	6	579	31	14	18	35	1.91
9031077--9031488	108	3.8	108	87	5	584	30	14	18	36	1.91
9034122--9034177	29	1.9	29	100	0	112	37	16	7	39	1.76
9036636--9036701	34	2.0	33	87	3	96	37	43	4	13	1.65
9040354--9040447	42	2.2	42	82	0	116	17	21	18	43	1.88
9040369--9040498	42	3.1	43	77	4	131	17	23	16	41	1.90
9044397--9044443	23	2.1	22	84	11	60	31	4	2	61	1.27
9055828--9055869	19	2.2	19	87	8	59	33	26	0	40	1.56
9055971--9056112	40	3.6	39	74	10	128	32	23	16	27	1.96
9056991--9057030	20	2.0	20	90	0	62	0	35	0	65	0.93
9057003--9057035	16	2.2	15	89	10	50	0	24	0	75	0.80
9057057--9057105	5	9.8	5	95	0	89	59	2	0	38	1.09
9057696--9057726	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9065267--9065302	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
9065518--9065559	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
9065527--9065568	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
9065637--9065688	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
9065516--9065813	120	2.5	121	91	4	478	48	5	2	43	1.38
9065854--9065901	24	1.9	25	87	8	71	50	2	0	47	1.12
9065809--9066036	92	2.5	92	83	7	234	47	3	3	45	1.37
9075144--9075186	23	1.9	22	90	4	68	41	0	0	58	0.98
9075141--9075197	22	2.6	23	76	15	66	43	0	0	56	0.99
9075433--9075551	60	2.0	60	94	0	211	31	0	12	55	1.37
9075534--9075709	72	2.2	80	76	19	206	29	0	15	55	1.41
9075565--9075742	74	2.5	74	90	4	285	30	0	14	54	1.41
9075768--9075845	27	2.9	27	82	3	95	23	32	24	20	1.98
9075946--9075991	21	2.2	21	81	11	60	71	2	4	21	1.14
9077825--9077905	40	2.0	40	100	0	162	29	12	23	34	1.91
9086775--9086805	16	1.9	16	100	0	62	83	12	3	0	0.75
9087091--9087129	18	2.1	19	90	4	62	2	17	0	79	0.84
9091871--9091917	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
9101808--9101851	23	1.9	23	86	9	63	68	2	2	27	1.14
9104372--9104411	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
9104492--9104553	32	1.9	32	87	6	90	41	4	12	40	1.65
9104561--9104612	26	2.0	26	81	7	61	50	5	7	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9104640--9104704	26	2.4	27	80	15	71	53	6	7	32	1.54
9106236--9106277	20	2.1	20	91	8	68	57	4	4	33	1.41
9106732--9106806	28	2.7	29	74	13	77	22	4	33	40	1.73
9124964--9125033	35	1.9	37	85	5	99	38	7	4	50	1.50
9125217--9125281	29	2.2	30	86	2	87	49	9	1	40	1.44
9125792--9125836	17	2.5	19	79	20	60	26	8	0	64	1.23
9125802--9125837	17	2.2	17	95	5	65	30	11	0	58	1.33
9126079--9126291	110	1.9	110	99	0	417	51	4	7	37	1.50
9126341--9126365	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
9132070--9132109	21	1.9	21	84	0	53	7	7	7	77	1.13
9139644--9139680	17	2.2	17	90	0	56	27	2	18	51	1.60
9140905--9140998	46	2.0	46	93	4	163	31	7	29	30	1.85
9150900--9150926	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
9153550--9153582	16	2.0	17	88	5	50	39	12	3	45	1.57
9153658--9153710	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
9171729--9171799	36	2.0	35	88	2	106	30	23	12	32	1.92
9177920--9177949	14	2.1	14	100	0	60	30	26	13	30	1.94
9182013--9182075	22	2.9	22	80	0	72	17	25	17	39	1.91
9183408--9183448	22	1.9	22	85	5	57	43	0	2	53	1.13
9184032--9184125	27	3.3	27	80	10	107	37	1	1	60	1.11
9184031--9184123	31	3.2	31	81	15	117	38	1	1	59	1.12
9192068--9192148	25	3.2	25	78	0	81	38	18	24	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9193850--9193880	14	2.1	15	94	5	55	41	6	3	48	1.45
9200601--9200692	25	3.7	24	78	9	87	29	23	25	21	1.99
9200624--9200828	49	4.2	50	74	6	141	36	19	24	19	1.95
9205269--9205293	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9221880--9221909	9	3.3	9	100	0	60	46	10	23	20	1.80
9228576--9228604	12	2.3	13	94	5	51	31	10	0	58	1.31
9239957--9240035	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
9239882--9240035	40	3.8	39	75	7	139	36	18	22	22	1.95
9240071--9240186	41	2.8	40	88	5	162	19	20	31	28	1.97
9240403--9240477	21	3.5	22	75	8	75	28	0	30	41	1.56
9240419--9240459	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
9240472--9240534	22	2.9	22	80	4	65	17	0	44	38	1.49
9240565--9240606	11	3.8	11	80	20	52	30	0	0	69	0.89
9240572--9240616	23	1.9	24	90	4	74	35	0	0	64	0.94
9240814--9240854	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
9240811--9240864	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
9245415--9245659	43	5.7	43	88	1	307	25	17	30	26	1.98
9245415--9245659	85	2.9	85	85	3	314	25	17	30	26	1.98
9245731--9245773	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
9250121--9250161	15	2.7	15	96	0	73	39	12	2	46	1.54
9251091--9251128	20	1.9	20	88	0	58	31	0	0	68	0.90
9251091--9251141	21	2.4	22	83	9	61	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9251092--9251135	20	2.2	20	83	0	52	31	0	2	65	1.05
9255301--9255348	21	2.1	21	85	11	60	35	0	22	41	1.54
9256349--9256381	14	2.3	15	90	10	52	0	39	0	60	0.97
9256695--9257666	179	5.3	183	93	2	1551	42	7	24	25	1.82
9264130--9264174	22	2.0	23	82	4	56	28	31	0	40	1.57
9269780--9270053	75	3.7	73	77	9	275	40	9	5	43	1.61
9270046--9270348	152	2.0	151	95	1	545	30	14	15	39	1.87
9271832--9271990	85	1.9	85	86	0	228	41	13	15	29	1.85
9272748--9272842	49	1.9	49	84	0	127	31	25	13	29	1.94
9273905--9273930	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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