genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36137598--36137786	50	3.7	50	81	4	198	24	29	21	24	1.99
36137962--36138068	50	2.1	50	81	3	126	19	33	22	24	1.97
36140188--36140237	20	2.5	20	81	12	66	44	20	24	12	1.85
36141264--36141302	20	1.9	21	84	5	53	53	5	0	41	1.23
36151812--36152026	29	7.4	29	77	8	152	36	12	26	25	1.91
36151890--36152113	58	3.8	57	72	8	184	37	13	25	24	1.91
36151861--36152085	116	1.9	117	90	2	355	36	12	25	24	1.92
36151869--36152085	87	2.5	86	82	8	235	36	12	26	24	1.91
36152014--36152088	29	2.6	29	91	2	114	37	10	30	21	1.87
36153560--36153627	33	2.1	33	97	0	127	29	5	22	42	1.77
36154881--36154951	22	3.2	21	74	6	61	40	21	22	15	1.90
36154959--36155142	32	5.8	32	85	8	236	38	20	19	22	1.93
36154959--36155142	61	2.9	61	85	8	228	38	20	19	22	1.93
36154959--36155142	93	2.0	93	92	2	307	38	20	19	22	1.93
36155189--36155253	27	2.4	27	78	14	73	32	20	24	23	1.98
36155317--36155450	24	5.6	24	83	3	135	45	21	5	26	1.75
36155317--36155450	48	2.8	48	82	0	160	45	21	5	26	1.75
36155446--36155513	27	2.5	27	82	0	64	26	20	22	30	1.98
36155469--36155541	26	2.8	26	87	2	101	24	21	17	35	1.95
36155544--36155628	27	3.2	26	88	5	125	25	24	16	32	1.96
36155544--36155667	27	4.6	27	81	8	121	25	21	18	33	1.96
36155554--36155749	54	3.6	54	80	3	180	22	18	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36155615--36155760	54	2.7	53	83	6	186	22	15	19	42	1.89
36155620--36155760	27	5.2	27	81	8	162	23	14	18	43	1.87
36161910--36161969	23	2.6	23	78	0	66	50	16	13	20	1.78
36171783--36171887	40	2.6	41	82	8	126	28	26	21	22	1.99
36172599--36172633	16	2.2	16	90	10	54	31	14	2	51	1.57
36177846--36177892	24	2.0	24	86	0	67	19	31	23	25	1.98
36179601--36179657	30	2.0	28	83	12	73	24	24	5	45	1.74
36184618--36184795	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36184639--36184794	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36190141--36190202	24	2.6	25	71	7	65	41	17	0	40	1.50
36195210--36195262	26	2.0	26	96	0	97	28	26	9	35	1.87
36197539--36197579	22	1.9	22	90	5	66	14	12	9	63	1.52
36197544--36197590	22	2.1	22	84	0	58	12	14	10	61	1.56
36198060--36198146	44	1.9	44	86	4	120	37	5	20	35	1.77
36198278--36198334	26	2.2	27	78	9	64	50	0	1	47	1.11
36198320--36198347	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
36203151--36203206	25	2.2	27	78	18	66	44	25	0	30	1.54
36204787--36204826	15	2.6	16	88	8	64	0	25	0	75	0.81
36212496--36212541	14	3.1	14	87	12	58	2	21	2	73	1.04
36213322--36213363	20	2.2	20	87	12	61	64	2	16	16	1.40
36213809--36213838	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
36214799--36214837	20	1.9	21	89	5	62	33	12	2	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36216150--36216235	38	2.3	38	95	4	156	23	15	10	51	1.74
36220192--36220433	50	4.8	50	89	1	360	21	30	22	26	1.98
36227302--36227544	50	4.8	50	89	0	360	20	30	22	26	1.99
36236872--36236905	16	2.1	16	100	0	68	52	0	0	47	1.00
36237800--36237846	11	4.2	11	88	2	67	17	36	0	46	1.48
36237839--36237868	13	2.3	13	100	0	60	33	26	0	40	1.57
36237852--36237959	51	2.1	51	89	3	164	32	24	1	41	1.65
36239757--36239796	18	2.2	18	95	0	71	22	30	5	42	1.75
36240221--36240268	25	1.9	25	83	8	62	43	2	18	35	1.62
36240297--36240485	25	7.7	25	79	10	203	43	0	13	42	1.44
36240233--36240460	96	2.4	96	95	1	404	43	0	12	43	1.42
36240487--36240616	23	5.7	23	91	0	206	46	23	6	23	1.76
36240487--36240616	69	1.9	69	95	0	233	46	23	6	23	1.76
36242984--36243215	124	1.9	124	87	3	342	34	21	17	27	1.95
36245816--36245878	26	2.4	26	87	10	85	41	1	6	50	1.37
36245957--36246034	38	2.0	39	85	7	106	50	10	14	25	1.74
36248372--36248402	15	2.1	15	100	0	62	35	6	25	32	1.82
36249063--36249168	42	2.5	42	78	0	113	28	19	29	22	1.98
36250512--36250600	44	2.0	44	97	0	169	48	13	8	29	1.73
36250943--36250982	20	2.0	19	90	9	62	30	2	10	57	1.45
36251476--36251500	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
36255616--36255666	19	2.6	20	87	3	68	39	9	3	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36270985--36271012	12	2.3	12	100	0	56	14	25	17	42	1.87
36271061--36271146	42	2.0	42	97	0	163	27	12	0	59	1.34
36271061--36271125	14	4.6	14	76	14	71	27	12	0	60	1.33
36275779--36275888	31	3.6	31	93	1	177	34	23	3	38	1.73
36275783--36275866	17	5.3	17	64	25	58	33	22	3	40	1.71
36275800--36275851	14	3.5	14	72	23	52	34	19	1	44	1.62
36277592--36277651	22	2.9	22	85	11	74	60	0	0	40	0.97
36277625--36277651	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
36278006--36278070	33	1.9	35	90	6	107	12	0	38	49	1.41
36278098--36278389	95	3.0	95	79	7	295	38	3	16	42	1.65
36278387--36278498	9	13.1	9	76	11	101	31	1	22	44	1.63
36278388--36278495	25	4.2	26	77	5	96	31	1	22	44	1.63
36278386--36278573	16	10.9	16	69	15	58	28	2	22	45	1.66
36278465--36278530	18	3.7	18	76	10	55	25	4	25	43	1.73
36278421--36278560	34	4.1	33	68	14	88	26	3	23	46	1.68
36278556--36278637	33	2.5	32	78	9	85	34	2	15	47	1.59
36278586--36278629	21	2.1	21	87	8	63	34	2	15	47	1.58
36278621--36278689	34	2.0	36	91	5	115	36	1	15	46	1.56
36278682--36278720	19	2.2	19	90	9	64	56	0	2	41	1.13
36278784--36278926	15	9.4	15	74	19	93	52	4	1	41	1.29
36278788--36278928	17	8.1	17	70	19	78	51	4	1	42	1.30
36278791--36278851	31	2.0	30	87	3	86	54	6	1	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36279018--36279250	123	1.9	121	81	6	283	44	3	6	45	1.49
36285509--36285767	44	5.9	44	75	5	227	27	22	20	30	1.98
36285509--36285679	89	1.9	88	86	3	245	26	22	21	29	1.99
36285806--36286290	50	9.7	50	75	1	425	25	21	21	31	1.98
36285784--36286294	100	5.1	100	87	2	724	25	20	21	32	1.98
36285784--36286294	200	2.6	199	90	1	799	25	20	21	32	1.98
36297559--36297689	35	3.8	35	74	2	120	30	22	24	22	1.99
36297509--36297659	69	2.2	69	84	0	194	33	20	23	22	1.97
36297536--36297652	34	3.4	34	75	2	117	29	21	24	23	1.99
36297545--36297690	69	2.1	69	84	1	184	30	22	24	21	1.99
36297725--36297771	20	2.3	20	88	0	76	40	25	0	34	1.56
36301616--36301844	29	8.0	29	77	8	173	23	23	13	39	1.90
36301721--36301831	55	2.0	55	92	0	186	21	19	14	44	1.86
36301751--36301831	26	3.0	25	77	16	99	19	17	17	45	1.85
36303727--36303798	24	2.9	24	82	12	83	27	25	23	23	2.00
36303727--36303805	25	3.2	24	81	13	81	29	24	24	22	1.99
36314801--36314832	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
36319930--36319961	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
36322636--36322669	14	2.5	13	86	9	50	64	5	2	26	1.30
36327781--36327844	32	2.0	32	90	0	101	35	10	26	26	1.90
36327894--36327931	15	2.5	15	91	4	58	36	0	2	60	1.11
36331161--36331596	217	2.0	218	98	0	847	40	14	12	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36333527--36333555	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
36334236--36334266	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
36338306--36338501	50	3.8	50	79	6	189	26	19	29	25	1.98
36338766--36338804	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
36348879--36348930	21	2.4	20	81	15	59	67	5	5	21	1.33
36352057--36352166	54	2.0	54	84	3	141	28	28	26	17	1.97
36360182--36360207	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
36365195--36365282	25	3.6	25	76	11	83	27	26	15	30	1.96
36365183--36365297	50	2.3	49	82	7	151	26	24	17	31	1.97
36367296--36367476	51	3.6	50	87	3	247	30	25	16	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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