genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25706558--25706601	17	2.5	18	88	3	63	20	2	15	61	1.45
25708546--25708596	24	2.1	24	85	7	68	29	23	3	43	1.72
25713958--25714440	139	3.5	137	81	6	521	32	20	18	28	1.97
25714092--25714538	44	9.9	44	68	14	194	31	19	19	28	1.97
25714815--25714861	18	2.4	18	82	10	58	57	27	2	12	1.47
25716452--25716497	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
25716531--25716691	26	6.3	26	70	12	84	30	5	6	57	1.48
25716483--25716633	73	2.1	73	100	0	302	32	7	3	55	1.47
25716662--25716696	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
25716843--25716877	13	2.8	12	87	12	52	37	0	0	62	0.95
25716846--25716942	35	2.8	34	75	15	101	37	5	3	54	1.38
25717271--25717314	17	2.5	18	88	3	63	20	2	15	61	1.45
25720028--25720092	29	2.3	27	78	19	71	38	1	1	58	1.17
25723440--25723489	3	16.3	3	80	12	57	62	0	4	34	1.14
25723440--25723489	12	4.4	11	85	14	66	62	0	4	34	1.14
25723506--25723540	18	1.9	18	88	0	52	68	2	8	20	1.29
25725026--25725319	44	6.5	45	75	9	177	29	20	16	33	1.94
25726099--25726347	50	4.8	50	84	3	291	26	22	28	21	1.99
25726099--25726348	100	2.4	103	84	5	326	26	22	28	22	1.99
25727690--25728294	44	13.5	44	72	13	322	30	21	17	30	1.96
25727687--25727980	89	3.3	87	75	16	287	31	22	17	29	1.96
25727854--25728112	132	2.0	133	90	0	412	30	22	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25727868--25728294	89	4.8	88	74	9	337	30	22	17	29	1.97
25727989--25728374	181	2.1	181	87	0	558	30	21	16	31	1.95
25727692--25728293	313	1.9	314	90	0	963	30	21	17	30	1.96
25732022--25732071	3	16.3	3	80	12	57	62	0	4	34	1.14
25732022--25732071	12	4.4	11	85	14	66	62	0	4	34	1.14
25732088--25732122	18	1.9	18	88	0	52	68	2	8	20	1.29
25735403--25735542	52	2.7	52	87	5	194	35	25	21	17	1.95
25735575--25736104	114	4.7	113	83	4	589	27	21	17	33	1.96
25736026--25736158	61	2.2	61	80	6	137	21	18	18	42	1.90
25736049--25736165	61	1.9	61	85	3	164	20	19	18	41	1.91
25736160--25736305	53	2.8	52	84	4	188	22	24	22	30	1.99
25736160--25736304	52	2.8	52	83	5	186	22	24	22	30	1.99
25738661--25738691	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
25739445--25739504	30	2.0	31	83	3	77	40	0	38	21	1.54
25739799--25739829	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
25741039--25741245	91	2.3	91	82	1	245	29	12	22	36	1.90
25741337--25741441	38	2.7	39	79	4	115	34	16	15	34	1.90
25746573--25746623	27	1.9	26	88	4	75	50	11	15	21	1.76
25746455--25746620	57	2.9	57	74	6	154	45	15	16	22	1.85
25747984--25748098	30	3.8	30	83	4	135	26	47	4	21	1.69
25748598--25748727	23	5.5	23	69	17	72	35	4	3	56	1.35
25748663--25748814	25	6.0	26	75	9	100	34	7	4	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25748680--25748759	30	2.7	29	84	3	79	33	5	3	57	1.38
25748764--25748833	25	2.9	25	82	4	72	31	7	5	55	1.50
25748791--25748850	23	2.8	21	73	14	59	31	5	5	58	1.41
25748970--25749017	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
25748970--25749021	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
25751304--25751349	22	2.1	22	91	0	74	69	15	2	13	1.28
25752350--25752463	60	1.9	60	90	1	185	54	11	13	21	1.69
25752354--25752465	29	3.9	28	76	15	120	54	11	13	20	1.70
25754316--25754371	24	2.3	24	100	0	112	26	17	8	46	1.78
25755209--25755244	5	7.2	5	100	0	72	41	19	19	19	1.90
25756264--25756300	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25757416--25757453	18	2.1	19	85	5	51	57	2	2	36	1.26
25757501--25757570	31	2.3	30	76	9	79	34	1	1	62	1.13
25757538--25757571	17	1.9	18	88	5	52	32	2	0	64	1.08
25758656--25758689	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
25758657--25758710	24	2.3	23	84	9	65	29	0	3	66	1.09
25761322--25761352	14	2.2	14	100	0	62	19	6	29	45	1.75
25761612--25761641	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
25765570--25765777	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
25765780--25765855	28	2.8	27	74	7	75	46	1	0	52	1.08
25765807--25765838	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
25765788--25766084	119	2.5	119	90	3	465	42	2	5	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25766033--25766067	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25766021--25766294	147	1.9	148	95	2	498	47	2	3	46	1.34
25766180--25766214	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25766448--25766501	16	3.4	16	92	0	72	35	33	0	31	1.58
25772165--25772395	122	1.9	122	83	3	304	30	26	16	26	1.96
25776208--25776337	40	3.2	39	79	9	125	25	12	26	35	1.91
25777008--25777386	22	16.5	22	70	11	224	22	11	22	43	1.85
25777008--25777431	69	6.1	69	81	5	453	23	11	21	42	1.86
25777125--25777186	11	5.6	11	74	0	52	24	4	27	43	1.74
25777078--25777289	47	4.5	48	79	6	247	24	10	22	42	1.85
25777147--25777365	117	1.9	117	93	1	377	22	12	23	42	1.87
25777874--25777901	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
25779080--25779318	114	2.1	115	96	1	444	48	6	12	32	1.67
25780957--25781152	50	3.9	49	72	4	142	26	17	20	35	1.95
25780962--25781177	100	2.2	100	84	3	283	25	18	22	34	1.96
25781016--25781172	50	3.1	49	73	5	145	25	19	22	33	1.97
25781293--25781827	44	11.5	44	69	18	239	27	20	18	32	1.96
25781193--25781794	142	4.3	142	92	1	944	27	20	18	32	1.96
25781872--25782543	131	5.2	131	89	0	936	23	24	22	29	1.99
25788587--25788637	21	2.4	22	72	24	54	58	17	5	17	1.57
25789165--25789222	26	2.2	27	82	14	68	56	3	6	32	1.42
25790870--25791028	87	1.8	87	95	0	291	24	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25790989--25791069	41	2.0	41	100	0	162	27	29	17	25	1.97
25790902--25791156	128	2.0	128	91	1	413	25	25	20	28	1.99
25791030--25791392	87	4.2	87	92	1	570	25	25	21	28	1.99
25792976--25793054	19	4.2	20	71	19	53	11	17	2	68	1.31
25793063--25793110	14	3.4	14	76	23	55	12	4	4	79	1.02
25800697--25800819	28	4.4	28	88	0	165	32	25	11	30	1.91
25800697--25800819	56	2.2	56	89	0	183	32	25	11	30	1.91
25808523--25808645	28	4.4	28	88	0	165	32	25	11	30	1.91
25808523--25808645	56	2.2	56	89	0	183	32	25	11	30	1.91
25812197--25812249	20	2.7	20	90	0	79	39	5	32	22	1.78
25815770--25815997	122	1.9	122	85	3	316	32	27	13	26	1.94
25817729--25817868	27	5.2	27	82	0	145	41	20	17	20	1.90
25817729--25817848	54	2.2	54	85	5	172	41	20	17	20	1.90
25817729--25817867	54	2.6	53	80	8	165	41	20	17	20	1.90
25819619--25819810	105	1.8	105	82	2	251	34	15	17	32	1.91
25824440--25824534	41	2.3	41	96	0	172	28	20	27	24	1.99
25824706--25824881	41	4.3	41	89	0	271	29	18	27	25	1.98
25832638--25832772	41	3.3	41	95	0	243	28	19	28	23	1.98
25835219--25835243	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25842705--25842746	20	2.1	20	90	0	66	78	2	11	7	1.04
25843820--25843895	35	2.2	34	84	11	93	35	5	0	59	1.20
25847181--25847582	114	3.5	113	88	1	554	37	17	20	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25847831--25847879	21	2.3	22	85	3	64	20	2	24	53	1.56
25847974--25848000	14	1.9	14	100	0	54	0	0	55	44	0.99
25847980--25848035	14	4.0	14	79	9	51	19	0	35	44	1.51
25848950--25849007	24	2.5	24	83	8	75	29	36	0	34	1.58
25849579--25849638	26	2.3	26	94	0	102	41	13	3	41	1.60
25850465--25850540	28	2.6	29	85	12	93	51	15	0	32	1.44
25850480--25850782	16	18.7	16	69	19	166	47	18	0	32	1.55
25850480--25850784	9	35.4	9	69	17	159	47	18	0	32	1.56
25850494--25850540	12	4.2	12	79	20	66	53	14	0	31	1.42
25850491--25850540	20	2.5	20	93	3	82	52	16	0	32	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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