genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  56  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18757151--18757175	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
18761392--18761429	19	2.0	20	85	15	53	44	21	0	34	1.52
18764012--18764040	13	2.3	13	94	5	51	31	0	20	48	1.50
18769232--18769300	31	2.2	31	89	0	111	44	13	10	31	1.76
18772629--18772680	27	1.9	27	88	0	77	28	34	19	17	1.94
18781491--18781522	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18781679--18781804	41	3.0	42	80	9	141	32	28	15	23	1.95
18781683--18781852	43	4.0	41	78	14	166	31	28	17	22	1.96
18781683--18781840	84	1.9	84	83	7	205	31	29	17	22	1.97
18785311--18785367	21	2.8	21	89	2	80	63	14	3	19	1.44
18785327--18785373	21	2.2	21	96	0	85	57	14	4	23	1.55
18788072--18788347	91	3.0	90	78	5	293	26	14	22	36	1.93
18788320--18788399	38	2.1	38	83	0	97	26	16	22	35	1.95
18789897--18789942	11	4.3	10	83	10	56	17	2	4	76	1.06
18789897--18789942	5	8.6	5	88	7	56	17	2	4	76	1.06
18789897--18789942	16	2.9	15	83	9	56	17	2	4	76	1.06
18797032--18797949	100	9.2	100	85	2	882	32	22	20	25	1.98
18797032--18797949	299	3.1	299	82	2	1052	32	22	20	25	1.98
18797032--18797949	200	4.6	199	84	2	996	32	22	20	25	1.98
18797045--18797905	50	17.2	50	70	3	381	32	22	20	24	1.98
18798004--18798329	44	7.6	42	77	6	296	30	21	20	27	1.98
18797974--18798381	85	4.8	85	74	9	319	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18797976--18798387	129	3.2	129	94	0	673	32	20	20	26	1.97
18801645--18801675	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18802298--18802326	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
18804591--18804661	35	2.1	34	82	12	83	49	4	0	46	1.21
18811044--18811072	13	2.2	13	100	0	58	13	10	31	44	1.78
18815803--18815852	17	3.0	17	75	19	52	16	2	8	74	1.15
18815805--18815859	18	3.2	18	77	15	62	16	1	9	72	1.18
18815961--18815992	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
18827455--18827503	27	1.9	24	88	12	71	48	18	18	14	1.80
18828661--18828694	13	2.6	13	90	0	50	41	35	0	23	1.55
18828810--18828850	9	4.6	9	84	0	55	26	9	21	41	1.84
18828802--18828868	18	3.7	18	88	4	82	28	5	20	44	1.75
18828802--18828868	27	2.5	27	78	9	73	28	5	20	44	1.75
18832643--18832702	21	2.8	21	85	12	77	65	0	5	30	1.14
18832643--18832694	22	2.3	22	90	9	79	67	0	3	28	1.08
18833163--18833329	92	1.8	91	83	8	223	35	9	15	39	1.80
18833438--18833563	62	2.0	63	93	1	218	45	18	7	28	1.77
18835760--18835792	3	10.7	3	93	6	57	30	0	0	69	0.88
18838988--18839050	31	2.0	31	96	0	117	36	11	22	30	1.89
18843488--18843541	23	2.4	23	81	3	65	33	18	24	24	1.97
18843512--18843603	48	2.0	47	86	4	132	35	16	21	26	1.94
18843475--18843602	24	5.4	24	71	8	84	35	15	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18843772--18844201	67	6.4	67	92	0	662	42	19	1	36	1.62
18844027--18844137	36	3.2	35	67	29	94	41	21	0	36	1.60
18846139--18846197	30	2.0	30	86	3	84	22	15	20	42	1.89
18846494--18846608	51	2.3	51	93	0	194	27	28	0	43	1.55
18846609--18846675	30	2.2	31	94	2	118	32	0	0	67	0.91
18846623--18846665	20	2.2	19	87	4	59	30	0	0	69	0.88
18846751--18846813	18	3.5	18	68	20	51	34	0	3	61	1.12
18848416--18848450	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
18848854--18848968	26	4.7	25	69	21	91	40	3	13	43	1.60
18848971--18849123	29	5.3	29	92	0	261	45	26	0	28	1.54
18849021--18849111	23	3.4	23	70	30	74	46	27	0	26	1.53
18849118--18849299	55	3.3	55	93	3	305	37	10	5	46	1.63
18849283--18849307	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
18849853--18850196	124	2.8	123	91	1	557	33	19	16	29	1.94
18855313--18855367	27	2.0	27	100	0	110	36	25	7	30	1.83
18856134--18856172	15	2.7	15	92	4	62	46	30	12	10	1.75
18860120--18860161	21	2.0	21	90	0	66	23	21	16	38	1.93
18860752--18860943	94	2.0	94	86	2	269	35	8	22	33	1.84
18861915--18861977	30	2.1	30	83	16	78	53	3	7	34	1.46
18872605--18872643	20	2.0	20	85	5	53	41	5	41	12	1.65
18882583--18882624	16	2.6	16	85	7	59	28	2	4	64	1.26
18892989--18893117	43	3.0	42	82	15	174	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18893962--18894289	93	3.5	93	96	0	588	28	19	14	37	1.91
18893962--18894289	46	7.1	46	93	1	566	28	19	14	37	1.91
18906556--18906663	54	2.0	54	100	0	216	27	27	22	22	1.99
18907286--18907325	6	6.7	6	97	0	53	42	7	50	0	1.30
18907285--18907325	12	3.4	12	89	0	64	41	9	48	0	1.36
18908536--18908568	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
18915754--18915791	18	2.1	19	85	14	53	60	2	2	34	1.24
18926284--18926335	24	2.1	25	96	3	97	46	17	19	17	1.85
18929719--18929746	13	2.2	13	100	0	56	25	14	14	46	1.82
18942339--18942379	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
18949511--18949541	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
18959559--18959591	16	2.1	16	94	0	57	48	0	18	33	1.48
18959703--18959747	20	2.1	22	84	8	58	33	2	4	60	1.29
18959956--18960014	31	1.9	31	89	6	93	42	16	6	33	1.75
18961795--18961828	6	5.7	6	96	0	59	17	2	32	47	1.63
18961795--18961834	18	2.2	18	86	0	53	20	5	30	45	1.72
18968238--18968286	24	2.0	24	84	7	64	6	2	28	63	1.30
18968530--18968571	19	2.2	19	83	8	50	38	16	2	42	1.61
18969813--18969853	14	3.0	14	86	10	50	56	7	4	31	1.48
18970917--18970952	17	2.1	17	100	0	72	41	16	5	36	1.72
18974469--18974506	19	2.0	19	100	0	76	26	5	36	31	1.79
18975096--18975154	22	2.7	21	81	5	55	40	0	16	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18975247--18975282	6	6.0	6	100	0	72	66	0	16	16	1.25
18977175--18977271	48	2.0	48	95	0	176	35	17	12	35	1.87
18978584--18978609	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
18981061--18981101	19	2.2	19	90	0	64	58	2	0	39	1.11
18981323--18981360	16	2.4	16	82	4	51	31	0	5	63	1.17
18982974--18983026	22	2.4	22	78	9	54	32	5	0	62	1.19
18987073--18987175	42	2.5	42	80	0	125	17	26	16	39	1.90
18988483--18988690	51	4.2	51	84	8	304	31	21	14	33	1.93
18988487--18988701	95	2.3	95	93	0	358	31	21	14	32	1.94
19006733--19006797	33	2.0	33	100	0	130	24	29	21	24	1.99
19013767--19013799	16	1.9	17	88	11	50	42	0	30	27	1.56
19020802--19020832	16	1.9	16	100	0	62	6	29	0	64	1.18
19028804--19028931	11	12.4	11	71	23	100	58	0	2	39	1.11
19028864--19028920	19	2.8	19	84	15	71	56	0	3	40	1.17
19028873--19028940	30	2.3	29	92	7	120	55	0	1	42	1.08
19028804--19028932	51	2.6	49	78	11	145	58	0	2	39	1.11
19038461--19038493	16	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
19039747--19039796	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
19041795--19041838	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
19045322--19045373	25	2.1	25	100	0	104	40	0	34	25	1.56
19045978--19046327	86	4.1	86	92	0	547	25	22	24	27	2.00
19046032--19046165	42	3.1	42	61	19	96	26	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19046383--19046810	46	9.4	46	62	17	140	26	19	23	30	1.98
19046275--19046684	134	3.1	134	96	0	732	27	19	22	30	1.98
19046586--19046781	97	2.0	97	96	1	360	29	17	22	29	1.97
19046452--19046914	231	2.0	229	96	0	845	28	19	22	28	1.98
19046681--19046958	134	2.1	132	89	3	414	28	18	23	29	1.98
19047166--19047593	46	9.4	46	62	17	149	26	19	23	30	1.98
19047058--19047467	134	3.1	134	96	0	741	27	19	22	29	1.98
19047403--19047562	45	3.4	45	67	17	126	28	17	24	29	1.97
19047369--19047564	97	2.0	96	95	1	349	29	18	22	29	1.97
19047235--19047697	231	2.0	229	96	0	845	28	19	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240