genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12754239--12754263	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12764537--12764576	16	2.3	18	87	8	57	70	7	2	20	1.24
12787774--12787844	27	2.6	26	80	8	70	32	35	16	15	1.91
12789417--12790550	565	2.0	565	99	0	2259	37	14	15	32	1.88
12790499--12790570	24	3.0	25	70	24	64	43	2	0	54	1.15
12790499--12790571	26	2.9	25	73	17	71	43	2	0	53	1.15
12793118--12793182	24	2.6	25	82	7	78	64	1	3	30	1.18
12793106--12793180	33	2.3	33	79	9	82	64	4	2	29	1.26
12793580--12793609	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
12797559--12797638	36	2.2	36	81	0	97	36	38	7	17	1.78
12797575--12797645	36	2.0	36	88	0	106	30	35	11	22	1.89
12802136--12802173	15	2.6	15	91	4	60	47	0	0	52	1.00
12802133--12802177	10	4.7	10	81	13	51	46	0	0	53	1.00
12802133--12802176	19	2.3	19	84	7	54	47	0	0	52	1.00
12804388--12804446	21	2.8	21	73	19	59	45	11	15	27	1.81
12804610--12804705	46	2.1	46	86	1	131	47	10	1	40	1.45
12805780--12805819	13	3.2	13	78	7	55	40	17	0	42	1.49
12805779--12805816	12	3.0	13	76	7	51	42	18	0	39	1.50
12807089--12807171	5	16.6	5	72	16	57	39	1	3	55	1.25
12807130--12807180	18	2.6	20	84	12	70	43	0	1	54	1.11
12808292--12808405	22	5.0	22	76	6	111	17	24	17	40	1.91
12808285--12808382	47	2.1	47	90	3	153	18	24	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12814026--12814073	24	2.0	24	88	8	71	52	6	2	39	1.39
12814300--12814329	13	2.3	13	94	0	51	36	3	0	60	1.14
12819384--12819410	14	1.9	14	100	0	54	29	14	7	48	1.71
12820549--12820690	71	2.0	71	88	2	214	43	16	11	28	1.82
12821016--12821064	24	2.0	25	88	7	75	51	0	0	48	1.00
12821015--12821066	23	2.2	23	83	12	70	48	0	0	51	1.00
12825297--12825474	61	3.0	60	72	16	161	43	1	3	51	1.28
12825389--12825447	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
12825402--12825457	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
12825428--12825496	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
12825374--12825513	17	8.6	17	67	23	61	45	1	0	52	1.14
12825741--12825808	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
12829042--12829308	51	5.3	51	90	3	387	32	15	23	28	1.95
12832285--12832311	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
12833679--12833706	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
12834467--12834510	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
12842098--12842152	28	2.0	28	82	7	67	1	20	14	63	1.39
12847791--12847835	5	9.0	5	100	0	90	0	20	0	80	0.72
12891873--12892069	98	2.0	98	95	0	358	37	25	10	27	1.88
12893362--12893474	19	5.8	19	81	4	145	34	14	11	39	1.82
12893362--12893474	40	2.9	39	87	5	158	34	14	11	39	1.82
12893687--12894458	44	17.7	43	71	15	391	27	22	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12893676--12894511	217	3.8	217	92	2	1322	27	22	20	30	1.98
12921736--12921865	25	5.2	25	73	8	97	22	25	15	36	1.93
12921736--12921806	24	3.0	23	85	6	88	21	28	15	35	1.94
12923015--12923175	88	1.8	88	89	2	252	22	27	20	28	1.99
12924418--12924459	17	2.6	16	88	7	66	26	0	21	52	1.47
12925688--12925826	46	3.0	46	91	0	215	35	9	26	28	1.87
12927194--12927240	23	2.0	23	100	0	94	12	34	17	36	1.87
12937224--12937276	21	2.5	21	81	0	61	32	33	7	26	1.84
12937569--12937621	27	2.0	27	96	0	97	28	30	24	16	1.97
12937432--12937685	103	2.5	103	88	4	395	29	29	20	20	1.98
12945071--12945112	22	2.0	20	86	9	57	57	4	19	19	1.58
12945329--12945381	21	2.5	21	81	0	61	32	33	7	26	1.84
12945538--12945905	103	3.6	104	94	1	607	30	30	20	18	1.97
12945777--12945828	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
12949535--12949574	19	2.2	18	90	4	62	47	0	7	45	1.31
12951052--12951103	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
12951087--12951193	39	2.6	41	76	10	110	35	5	27	31	1.80
12951339--12951373	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12951667--12951824	26	6.5	26	65	22	83	53	2	0	43	1.19
12951317--12951842	236	2.2	237	91	3	867	51	3	0	43	1.26
12951317--12951842	120	4.4	119	93	3	862	51	3	0	43	1.26
12958451--12958597	62	2.4	62	96	0	267	38	15	26	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12959978--12960029	25	2.1	25	100	0	104	46	3	15	34	1.64
12964656--12964702	23	2.0	23	100	0	94	29	29	0	40	1.57
12976277--12976310	18	1.9	17	94	5	59	38	0	0	61	0.96
12987316--12987365	24	2.1	25	92	7	86	46	4	14	36	1.63
12991941--12991987	23	2.0	23	100	0	94	29	29	0	40	1.57
13009638--13009724	18	4.8	18	88	0	129	28	24	14	32	1.95
13009632--13009724	36	2.6	36	92	0	150	29	23	15	32	1.95
13028499--13028681	50	3.7	49	83	4	228	20	34	20	24	1.96
13028499--13028695	97	2.0	97	85	5	243	20	36	19	23	1.95
13033644--13034079	146	3.0	147	90	2	698	30	18	11	38	1.87
13039786--13039853	29	2.3	30	76	16	72	27	4	2	64	1.27
13040099--13040137	12	3.1	12	85	7	51	28	0	2	69	1.02
13040152--13040185	16	2.2	15	89	5	50	14	8	0	76	1.01
13047886--13047949	26	2.5	24	73	11	65	42	4	9	43	1.57
13055512--13055548	7	5.3	7	100	0	74	13	45	0	40	1.43
13060659--13060692	6	5.7	6	89	0	50	35	8	35	20	1.84
13060659--13060694	18	2.0	18	94	0	63	33	8	36	22	1.84
13061285--13061356	37	1.9	37	94	0	126	40	4	15	40	1.66
13062674--13062706	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
13066828--13066931	49	2.1	49	89	3	156	31	9	8	50	1.66
13068128--13068155	9	3.1	9	100	0	56	32	10	14	42	1.80
13068328--13069163	120	7.0	120	94	3	1465	42	1	4	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13068748--13068785	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
13068853--13069149	38	7.2	44	63	27	138	43	0	3	52	1.22
13069314--13069401	45	2.0	45	86	6	126	38	26	4	30	1.76
13075198--13075227	10	3.0	10	95	0	51	53	6	0	40	1.27
13085204--13085246	22	2.0	22	90	0	68	18	20	18	41	1.90
13085471--13085495	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
13090325--13090365	14	2.9	14	85	0	55	73	0	24	2	0.96
13093039--13093111	25	2.9	25	83	0	83	35	17	24	21	1.95
13097493--13097546	28	1.9	28	92	0	90	44	1	14	38	1.56
13098359--13098404	20	2.3	20	88	0	74	63	0	0	36	0.95
13108141--13108216	3	25.3	3	72	10	57	57	3	3	34	1.35
13108464--13108566	4	25.8	4	73	5	57	65	0	9	24	1.29
13109529--13109586	26	2.2	27	84	9	75	8	10	6	74	1.23
13110783--13110834	27	1.9	27	88	0	77	51	7	15	25	1.69
13122411--13122458	22	2.1	23	85	11	64	54	18	6	20	1.65
13130426--13130515	46	2.0	46	100	0	180	32	15	15	36	1.89
13131725--13131790	31	2.1	30	86	5	87	37	9	7	45	1.64
13133569--13133610	22	1.9	22	85	0	57	54	2	9	33	1.46
13133832--13133868	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
13135069--13135112	18	2.4	18	80	0	61	77	9	4	9	1.12
13136008--13136041	7	5.1	7	89	10	54	88	11	0	0	0.52
13136008--13136041	13	2.6	14	90	9	54	88	11	0	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13136258--13136315	29	1.9	31	86	6	84	56	12	3	27	1.51
13138487--13138536	21	2.4	21	96	0	91	40	20	26	14	1.90
13139332--13139422	40	2.3	40	80	0	101	21	27	14	36	1.92
13141020--13141070	5	10.4	5	97	2	95	41	0	17	41	1.50
13142207--13142282	28	3.0	25	66	17	66	23	13	30	32	1.93
13142206--13142305	51	2.0	51	89	0	155	25	14	30	31	1.94
13142522--13142553	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
13161395--13161572	61	3.0	60	72	16	161	43	1	3	51	1.28
13161487--13161545	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
13161500--13161555	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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