genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16739150--16739200	21	2.4	21	86	0	66	3	41	17	37	1.68
16742265--16742357	3	30.3	3	76	12	82	30	3	3	63	1.26
16742277--16742362	33	2.6	34	85	7	108	30	4	2	62	1.28
16743989--16744033	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
16744995--16745113	40	3.0	39	79	4	121	19	18	22	39	1.92
16750950--16750974	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16752073--16752098	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
16755729--16755769	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
16768517--16768564	14	3.3	14	75	11	51	27	6	18	47	1.72
16769449--16769742	75	3.9	75	84	4	369	27	18	20	32	1.96
16769474--16769744	150	1.8	150	90	1	436	27	18	21	32	1.96
16773348--16773400	25	2.1	24	80	10	61	60	1	3	33	1.26
16784807--16784844	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
16789681--16789791	43	2.6	43	81	8	111	25	19	27	27	1.99
16794172--16794260	44	2.0	44	97	0	169	29	21	20	29	1.98
16797342--16797494	43	3.6	43	90	3	220	24	18	26	30	1.98
16803172--16803224	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
16803217--16803256	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
16803236--16803379	71	2.0	71	100	0	288	9	26	2	61	1.41
16813939--16813986	8	6.0	8	95	0	60	8	50	0	41	1.33
16813951--16813986	2	18.0	2	94	0	63	2	50	0	47	1.15
16813933--16813985	12	4.4	12	90	0	61	9	50	0	39	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16821509--16821561	25	2.2	24	89	3	79	18	24	20	35	1.95
16826731--16826790	24	2.5	24	78	7	61	68	0	3	28	1.05
16826747--16826832	16	5.1	16	70	18	59	65	0	3	31	1.10
16833688--16833713	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16837447--16837524	34	2.3	34	86	0	111	23	10	29	37	1.88
16840846--16840932	15	6.0	15	74	15	76	55	0	0	44	0.99
16840847--16840991	57	2.4	58	85	10	188	55	0	0	43	1.09
16840884--16840979	24	4.0	24	72	12	72	55	0	1	43	1.06
16841591--16841713	56	2.2	57	94	4	216	41	0	6	51	1.33
16841888--16841970	37	2.3	38	93	6	145	38	0	2	59	1.11
16841902--16841962	19	3.3	19	70	21	65	37	0	3	59	1.14
16843538--16843588	24	2.2	25	86	10	72	13	13	15	56	1.67
16843742--16843798	21	2.8	21	78	7	55	0	31	1	66	1.02
16843845--16843878	16	2.1	16	94	0	59	14	26	0	58	1.36
16860042--16860084	18	2.5	17	84	3	59	53	2	2	41	1.26
16865565--16865591	11	2.5	11	100	0	54	55	0	33	11	1.35
16877726--16877788	22	2.7	23	79	18	69	46	0	3	50	1.17
16877720--16877800	12	7.5	11	71	25	50	45	0	2	51	1.14
16877917--16878000	43	2.0	43	85	0	114	50	23	0	26	1.50
16878024--16878174	19	8.5	19	61	25	62	45	20	0	33	1.56
16878005--16878184	25	7.2	25	82	12	219	45	20	0	33	1.56
16877920--16878347	9	49.8	9	66	23	194	45	22	1	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16878025--16878242	96	2.2	97	80	13	225	44	21	0	33	1.59
16878147--16878244	31	3.5	29	75	17	100	43	21	1	33	1.59
16883736--16883900	66	2.5	65	85	4	206	40	19	26	13	1.89
16883885--16883928	21	2.1	21	86	0	61	34	13	45	6	1.70
16883935--16883989	21	2.6	21	82	0	74	36	12	45	5	1.66
16884413--16884504	43	2.1	43	90	4	141	32	27	18	21	1.97
16884431--16884565	43	3.2	42	80	5	112	26	28	21	23	1.99
16884656--16884699	22	2.0	22	95	0	79	43	27	20	9	1.82
16886103--16886135	17	1.9	18	88	11	52	51	9	9	30	1.64
16886158--16886237	25	3.2	24	72	15	63	50	11	8	30	1.68
16887381--16887414	17	1.9	18	94	5	61	35	11	5	47	1.65
16889296--16889412	25	4.7	25	73	4	92	21	24	19	34	1.97
16891264--16891322	24	2.5	24	77	5	66	22	23	15	38	1.92
16891417--16891481	25	2.6	25	82	4	78	21	30	20	27	1.98
16891462--16891570	49	2.2	50	80	9	125	21	30	18	30	1.97
16891492--16891569	25	3.2	24	85	3	95	21	32	15	30	1.94
16891509--16891569	25	2.4	25	91	0	104	22	32	16	27	1.96
16895256--16895509	129	2.0	130	92	2	431	42	7	7	42	1.61
16912948--16913009	25	2.5	25	82	10	74	32	0	8	59	1.26
16914686--16914737	22	2.4	22	84	9	63	46	1	1	50	1.23
16914696--16914740	22	2.1	22	91	4	74	40	2	0	57	1.11
16918117--16918163	21	2.2	21	85	7	60	29	2	2	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16918132--16918171	20	2.0	21	90	5	64	30	0	2	67	1.04
16918291--16918329	15	2.6	16	88	8	55	25	0	2	71	0.98
16919853--16919898	12	3.8	12	79	0	56	67	23	4	4	1.27
16919829--16919898	36	1.9	36	82	0	86	65	21	7	5	1.38
16920179--16920221	14	3.0	14	82	3	50	51	2	2	44	1.27
16923470--16923534	26	2.4	26	80	14	69	13	9	12	64	1.49
16933370--16933695	166	2.0	166	95	0	589	32	23	13	30	1.93
16937349--16937454	53	2.0	53	100	0	212	45	7	15	32	1.74
16937806--16937915	52	2.1	50	85	8	141	30	21	28	19	1.97
16937806--16937895	25	3.5	24	77	10	81	31	23	26	18	1.98
16937834--16937915	25	3.2	26	82	6	105	28	21	30	19	1.98
16938998--16939219	27	8.3	26	77	6	194	45	22	15	16	1.85
16938998--16939219	54	4.1	53	80	2	246	45	22	15	16	1.85
16942646--16942948	27	11.3	27	81	2	333	46	20	14	18	1.84
16942646--16942948	81	3.8	81	81	4	371	46	20	14	18	1.84
16951126--16951167	21	2.0	22	85	4	59	52	14	0	33	1.42
16956512--16956587	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
16966154--16966195	18	2.5	17	80	7	50	26	11	14	47	1.78
16984615--16984724	33	3.2	33	75	17	98	42	11	8	37	1.71
16986512--16986562	22	2.3	22	77	12	52	70	9	1	17	1.24
16989855--16990050	97	2.0	97	100	0	392	34	14	22	28	1.93
16994999--16995086	43	2.0	43	100	0	176	43	13	9	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17004608--17004655	10	4.9	10	76	2	53	66	0	8	25	1.19
17007112--17007199	22	4.1	21	70	18	56	32	3	2	61	1.25
17010760--17010788	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
17013722--17013777	24	2.3	24	78	0	58	41	17	12	28	1.86
17019078--17019121	21	2.1	21	100	0	88	54	22	4	18	1.61
17021009--17021097	46	1.9	46	97	0	169	37	12	26	23	1.90
17024788--17024839	24	2.2	25	83	16	76	26	11	17	44	1.83
17025433--17025585	69	2.2	70	82	9	190	39	14	5	41	1.68
17028095--17028263	67	2.5	67	81	9	184	37	17	4	41	1.68
17030358--17030397	18	2.2	19	86	4	55	40	0	2	57	1.12
17040946--17041016	35	2.0	35	91	0	115	39	11	35	14	1.81
17042606--17042657	26	2.1	24	86	10	70	28	0	1	69	0.99
17042582--17042660	26	3.0	26	71	23	67	31	0	2	65	1.06
17044196--17044230	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
17044654--17044738	29	2.9	28	71	19	75	41	0	2	56	1.12
17044677--17044724	24	2.0	23	84	15	62	39	0	2	58	1.10
17044655--17044767	58	1.9	59	80	5	131	40	1	7	50	1.40
17047599--17048121	126	4.2	126	92	0	859	27	17	17	36	1.93
17047599--17048121	251	2.1	252	93	0	877	27	17	17	36	1.93
17048178--17048280	34	3.1	33	81	5	134	39	16	0	43	1.48
17054726--17054759	6	5.7	6	92	0	59	32	0	47	20	1.51
17056862--17056892	5	6.4	5	92	7	55	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17059831--17059965	66	2.0	67	95	2	247	42	6	4	45	1.50
17059862--17059968	34	3.2	34	71	10	121	42	8	4	43	1.55
17060978--17061010	15	2.3	15	89	5	50	54	6	6	33	1.50
17065555--17066048	91	5.4	91	88	3	656	23	20	14	41	1.89
17065557--17066088	46	11.7	45	86	3	647	23	20	14	41	1.89
17065557--17066088	137	3.9	135	85	3	672	23	20	14	41	1.89
17065936--17066006	23	3.1	23	61	15	56	23	19	9	46	1.80
17071047--17071181	68	2.0	69	86	1	191	50	3	4	41	1.40
17079538--17079599	28	2.2	28	91	2	99	45	6	0	48	1.28
17079551--17079607	28	2.0	28	86	3	78	47	7	0	45	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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