genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8618491--8618530	16	2.5	16	80	12	55	45	0	0	55	0.99
8618516--8618551	19	1.9	19	94	5	65	61	0	0	38	0.96
8618540--8618613	19	3.8	19	66	18	53	50	0	1	48	1.09
8625407--8625436	7	4.3	7	95	0	51	53	13	13	20	1.72
8631988--8632022	4	8.8	4	93	0	61	71	0	0	28	0.86
8638888--8638920	17	2.0	17	88	5	50	42	9	24	24	1.83
8651677--8651729	21	2.5	21	84	0	70	24	5	37	32	1.79
8651841--8651896	18	3.1	18	72	23	55	55	3	1	39	1.28
8659220--8659250	15	2.1	15	93	0	53	35	9	9	45	1.70
8661222--8661247	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
8661262--8661301	11	3.5	11	96	3	71	50	2	0	47	1.14
8661273--8661373	34	2.8	37	82	11	104	37	0	0	60	1.10
8662034--8662060	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
8663453--8663660	91	2.3	91	86	2	283	45	4	3	46	1.41
8663810--8663851	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8663801--8663842	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8663785--8664057	147	1.9	147	96	1	503	46	2	3	46	1.34
8663944--8663978	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8664122--8664231	45	2.6	44	81	8	131	31	27	6	34	1.82
8664210--8664263	16	3.4	16	94	0	90	31	35	0	33	1.58
8668627--8668680	7	7.9	7	78	12	58	83	1	11	3	0.85
8668634--8668684	21	2.3	21	86	6	66	82	1	11	3	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8668628--8668683	20	2.8	19	79	12	67	83	1	10	3	0.83
8668625--8668683	30	1.9	30	86	3	82	84	1	10	3	0.80
8669709--8669793	44	1.9	44	82	0	107	30	21	20	28	1.98
8669559--8670598	143	7.3	143	83	2	1164	31	18	20	28	1.97
8670427--8670832	44	9.0	44	70	14	218	32	18	20	29	1.96
8670466--8670688	92	2.4	90	83	4	266	34	18	18	29	1.95
8670997--8671030	14	2.3	15	85	5	52	73	14	2	8	1.19
8672349--8672399	25	2.0	25	96	0	93	13	5	3	76	1.11
8675396--8675545	42	3.6	42	80	3	167	43	16	23	17	1.87
8675417--8675567	21	7.2	21	74	0	122	43	15	23	17	1.88
8675400--8675567	63	2.7	63	81	0	183	43	16	22	17	1.88
8676775--8676873	42	2.4	42	84	6	137	36	10	26	27	1.88
8689743--8689767	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
8697523--8697562	20	2.0	20	95	0	71	25	12	27	35	1.92
8698071--8698114	20	2.2	20	83	0	52	43	15	2	38	1.60
8712883--8712946	21	3.1	20	78	13	67	20	4	6	68	1.30
8713674--8713728	27	2.0	29	82	10	71	50	36	3	9	1.51
8714819--8714860	3	13.7	3	90	5	66	33	2	0	64	1.07
8721438--8721485	16	2.9	16	78	6	60	22	0	20	56	1.43
8725549--8725633	43	2.0	43	92	0	143	44	12	11	30	1.79
8727400--8727499	50	2.0	49	94	3	175	23	15	26	36	1.93
8728725--8728757	17	1.9	17	100	0	66	81	0	12	6	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8730622--8730665	22	2.0	22	82	8	54	43	11	2	43	1.53
8732968--8733001	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
8733374--8733412	19	2.1	19	95	0	69	38	0	0	61	0.96
8733988--8734049	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
8734596--8734643	22	2.2	21	89	7	78	70	12	16	0	1.16
8742756--8742821	34	1.9	34	87	6	98	48	10	6	34	1.62
8742791--8742830	14	2.9	15	85	10	50	47	12	2	37	1.55
8754627--8754702	29	2.5	29	77	10	73	50	1	5	43	1.33
8782057--8782111	23	2.5	22	82	5	67	60	0	0	40	0.97
8782652--8782705	24	2.2	26	83	12	69	48	0	0	51	1.00
8805404--8805444	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8815599--8815652	20	2.7	20	88	2	72	14	7	1	75	1.09
8818493--8818535	15	2.9	15	86	6	52	53	0	0	46	1.00
8818795--8818844	21	2.4	22	75	21	61	56	4	0	40	1.18
8821520--8821563	24	1.9	22	95	4	70	18	20	13	47	1.82
8821527--8821581	24	2.3	24	84	6	67	21	20	14	43	1.87
8824544--8824653	37	3.0	37	93	2	179	24	22	16	36	1.94
8824616--8824838	52	4.6	46	87	6	266	27	23	15	34	1.94
8829004--8829207	44	4.6	46	70	15	160	47	2	2	46	1.32
8829132--8829178	15	3.3	14	81	18	53	46	0	0	53	1.00
8829137--8829179	15	2.9	15	86	13	54	51	0	0	48	1.00
8829004--8829210	87	2.3	91	91	4	334	47	2	2	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829120--8829276	47	3.1	49	72	17	126	48	2	2	46	1.29
8829217--8829515	120	2.5	120	98	0	580	44	2	4	48	1.37
8829296--8829486	61	3.2	61	70	11	194	42	3	6	47	1.44
8829467--8829501	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8829658--8829755	45	2.2	45	87	5	137	33	29	5	31	1.79
8832520--8832550	16	1.9	16	93	0	53	51	0	3	45	1.17
8833246--8833289	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
8833313--8833349	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
8840147--8840218	20	3.5	20	71	14	74	40	0	6	52	1.28
8841836--8841928	18	5.2	18	80	0	114	27	20	16	35	1.94
8841836--8841928	36	2.6	36	89	0	150	27	20	16	35	1.94
8855025--8855049	7	3.6	7	100	0	50	16	24	32	28	1.96
8860527--8860599	31	2.4	31	83	4	94	56	12	6	24	1.60
8862510--8862557	17	2.7	18	78	12	55	64	4	4	27	1.30
8862552--8862585	17	2.0	17	88	0	50	58	2	5	32	1.37
8862607--8862656	20	2.4	22	80	10	59	60	0	2	38	1.09
8863277--8863336	10	6.3	9	74	12	50	40	3	1	55	1.27
8863353--8863416	10	6.4	10	70	20	53	37	3	1	57	1.24
8863707--8863786	19	4.3	18	73	7	63	67	1	6	25	1.21
8863776--8863814	17	2.3	16	83	12	51	64	0	2	33	1.08
8863800--8863839	21	2.0	21	85	5	55	57	5	7	30	1.48
8864066--8864117	27	2.0	27	84	3	70	42	1	0	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8864079--8864136	19	3.2	17	73	20	55	41	1	0	56	1.09
8868166--8868190	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8872885--8872941	24	2.6	21	81	10	62	33	0	0	66	0.92
8872959--8873016	28	2.1	28	83	6	73	27	3	1	67	1.17
8873048--8873072	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8877144--8877195	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
8881552--8881603	24	2.2	24	89	0	77	50	7	3	38	1.50
8887362--8887422	27	2.2	27	94	2	104	18	9	0	72	1.11
8887729--8887784	27	2.1	27	100	0	112	28	0	23	48	1.51
8896693--8896730	20	1.9	19	85	15	51	47	7	0	44	1.32
8906139--8906232	46	2.0	46	95	0	170	34	6	27	31	1.82
8907576--8907620	22	2.0	23	95	4	83	40	22	8	28	1.84
8918218--8918258	20	2.0	21	85	4	57	39	0	12	48	1.41
8920157--8920209	25	2.1	25	85	0	70	16	24	24	33	1.96
8920204--8920260	22	2.6	23	83	8	73	15	21	19	43	1.87
8923328--8923359	12	2.8	11	90	9	55	31	0	0	68	0.90
8923374--8923426	26	2.1	25	83	16	65	35	0	1	62	1.06
8923369--8923426	25	2.3	25	81	18	68	36	0	1	62	1.06
8925514--8925599	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
8925541--8925601	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
8927204--8927228	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
8938646--8938674	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8951774--8951803	15	2.0	15	93	0	51	23	16	20	40	1.91
8954613--8954661	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
8954749--8954788	20	2.0	20	95	0	71	45	12	10	32	1.75
8955045--8955158	58	2.0	58	98	0	219	42	13	11	32	1.79
8957071--8957153	42	2.0	42	95	0	148	39	10	18	31	1.85
8959909--8960358	46	10.6	46	73	21	383	30	20	14	35	1.92
8959954--8960105	35	4.0	36	80	16	153	28	19	15	36	1.92
8959910--8960158	82	3.0	81	88	5	349	29	20	15	34	1.93
8959909--8960330	215	2.0	214	91	1	693	30	19	14	35	1.92
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