genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70172253--70172306	16	3.5	16	78	14	60	55	0	1	42	1.10
70187034--70187097	30	2.2	28	76	15	67	50	0	4	45	1.22
70187836--70187867	10	2.8	12	86	13	50	0	15	3	81	0.82
70190537--70190585	25	2.0	25	95	0	89	42	10	14	32	1.79
70191156--70191197	22	1.9	22	85	0	57	45	19	4	30	1.71
70192501--70192599	50	1.9	52	85	4	139	41	26	12	20	1.87
70197740--70197850	56	2.0	56	98	0	213	34	14	27	23	1.94
70198408--70198444	16	2.2	18	85	9	51	24	16	5	54	1.63
70199194--70199240	21	2.1	23	84	7	62	27	4	2	65	1.22
70202665--70202697	17	1.9	18	88	11	52	36	0	6	57	1.23
70215792--70215819	6	4.7	6	100	0	56	17	32	50	0	1.47
70217061--70217094	13	2.8	12	87	12	52	47	0	0	52	1.00
70217061--70217112	24	2.2	24	80	19	56	48	0	0	51	1.00
70219274--70219307	11	3.1	11	87	12	52	2	17	0	79	0.86
70219699--70220204	234	2.2	229	90	2	789	31	10	16	41	1.83
70220002--70220417	209	2.0	211	79	3	455	31	9	15	43	1.78
70220211--70220753	232	2.3	233	83	5	672	29	8	16	45	1.76
70238210--70238291	41	2.0	41	92	0	137	28	10	14	46	1.78
70239496--70239538	21	2.0	22	86	4	61	46	6	0	46	1.30
70240679--70240715	14	2.5	15	91	8	58	64	0	0	35	0.94
70243231--70244249	218	4.7	217	77	10	863	29	15	19	35	1.92
70259751--70259901	57	2.6	58	78	10	148	42	19	17	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70262881--70262999	59	2.0	59	98	0	229	57	10	8	24	1.59
70269924--70269951	13	2.2	13	100	0	56	42	21	0	35	1.53
70275384--70275424	21	2.0	21	81	18	50	26	4	0	68	1.10
70276354--70276422	29	2.3	30	80	5	77	37	2	13	46	1.58
70276776--70276804	14	2.1	14	100	0	58	31	0	0	68	0.89
70276810--70276860	25	2.1	25	85	3	68	31	1	1	64	1.15
70276810--70276867	25	2.5	24	81	10	66	37	1	1	58	1.18
70277756--70277798	19	2.3	19	87	0	59	37	0	9	53	1.33
70286895--70286937	21	2.0	21	86	8	61	23	11	0	65	1.25
70294499--70294596	54	1.9	50	84	12	128	20	15	14	50	1.78
70297368--70297417	22	2.3	22	96	0	91	46	8	0	46	1.32
70298655--70298686	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
70299204--70299386	39	4.4	39	86	12	222	40	20	18	20	1.91
70299187--70299308	51	2.4	51	90	0	190	41	18	18	21	1.90
70306191--70306218	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
70314384--70314417	17	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
70315591--70315664	21	3.0	26	75	22	86	37	27	4	31	1.75
70316760--70316852	27	3.7	27	76	16	99	40	25	5	27	1.77
70316774--70316814	21	2.0	21	95	0	73	46	26	0	26	1.53
70320489--70320526	20	1.9	20	100	0	76	76	5	13	5	1.13
70321219--70321543	132	2.5	131	91	4	510	27	24	16	31	1.97
70321645--70322983	50	26.9	50	73	6	734	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70321647--70322983	100	13.4	99	85	5	1383	26	19	20	32	1.97
70324296--70324320	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
70325459--70325510	6	9.0	6	77	14	56	1	17	0	80	0.80
70325466--70325501	16	2.3	16	95	4	65	0	16	0	83	0.65
70325520--70325562	9	4.9	9	88	5	70	9	0	2	88	0.60
70325513--70325562	26	1.9	25	91	4	73	10	2	4	84	0.84
70325521--70325561	17	2.4	17	91	0	73	9	0	2	87	0.62
70326281--70326317	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
70330574--70330612	14	2.8	14	100	0	78	15	48	28	7	1.72
70334047--70334182	51	2.7	51	83	2	166	25	14	27	32	1.95
70334202--70334373	48	3.6	48	85	1	220	25	22	29	22	1.99
70338273--70338307	14	2.5	14	85	0	52	51	14	17	17	1.77
70343907--70343933	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
70347607--70347670	31	2.1	31	96	0	119	18	29	26	25	1.98
70348161--70348208	6	7.5	6	82	13	60	12	0	6	81	0.87
70350214--70351450	439	2.8	438	90	2	1950	33	12	16	36	1.87
70351195--70351219	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
70353599--70353646	8	6.1	7	80	20	51	14	0	6	79	0.92
70361300--70361333	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
70365939--70365972	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
70367087--70367308	113	2.0	111	94	3	392	58	2	30	9	1.42
70374367--70374437	21	2.9	26	74	22	80	39	26	4	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70381695--70381748	25	2.2	25	93	0	90	38	1	9	50	1.45
70382137--70382217	39	2.1	39	100	0	162	46	12	22	18	1.82
70383722--70383765	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
70392524--70392633	49	2.2	49	98	0	211	31	7	18	42	1.77
70403806--70403847	21	1.9	23	90	9	70	38	0	0	61	0.96
70403806--70403849	22	1.9	23	86	9	63	38	0	0	61	0.96
70404263--70404297	9	3.7	9	85	14	52	31	2	0	65	1.07
70409854--70409885	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
70411806--70411844	21	1.9	21	89	5	62	23	2	2	71	1.10
70411801--70411851	21	2.5	20	74	6	57	29	1	1	66	1.13
70411801--70411856	20	2.7	21	72	10	53	28	3	1	66	1.19
70412176--70412206	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
70414120--70414173	25	2.2	25	80	12	58	33	0	3	62	1.12
70415428--70415465	20	1.9	20	88	0	58	44	5	5	44	1.49
70425410--70425449	18	2.1	20	86	9	57	37	0	0	62	0.95
70426623--70426696	21	3.0	26	75	22	86	37	27	4	31	1.75
70427792--70427884	27	3.7	27	76	16	99	40	25	5	27	1.77
70427806--70427846	21	2.0	21	95	0	73	46	26	0	26	1.53
70430327--70430437	49	2.3	49	85	3	143	33	10	13	42	1.79
70446663--70446701	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
70452412--70452741	122	2.7	121	87	6	393	1	28	0	70	0.96
70452513--70452746	25	9.2	26	69	17	84	0	28	0	70	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70452468--70452747	61	4.6	61	76	14	267	1	28	0	70	0.95
70452440--70452743	38	7.7	38	73	20	200	1	28	0	70	0.96
70452485--70452741	122	2.1	123	96	1	473	1	28	0	70	0.94
70452475--70452746	16	16.2	17	68	23	152	1	28	0	70	0.94
70452790--70452858	27	2.6	26	88	6	102	15	28	28	26	1.96
70452923--70452980	28	2.2	27	87	9	84	51	0	5	43	1.24
70452924--70452980	27	2.1	28	90	3	89	52	0	5	42	1.24
70452924--70452992	27	2.6	27	81	4	77	50	2	4	42	1.37
70456539--70456575	16	2.4	16	86	8	51	32	0	5	62	1.18
70468532--70468584	13	4.1	13	72	0	52	32	26	7	33	1.84
70473991--70474023	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
70474145--70474177	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
70504236--70504278	13	3.3	13	78	12	52	11	0	9	79	0.95
70511611--70511643	10	3.0	11	91	8	50	54	0	0	45	0.99
70511616--70511679	27	2.3	26	80	15	67	42	0	1	56	1.09
70519345--70519406	3	20.7	3	100	0	124	66	0	33	0	0.92
70522282--70522344	19	3.3	19	78	14	67	60	6	0	33	1.22
70522351--70522402	10	5.6	9	84	11	61	76	1	0	21	0.87
70522373--70522402	8	3.6	8	95	4	51	80	0	0	20	0.72
70532641--70532665	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
70536703--70536732	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
70537424--70537482	29	2.0	29	100	0	118	23	16	13	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70543148--70543185	21	1.9	20	89	10	60	52	0	2	44	1.14
70558150--70558177	14	2.0	14	100	0	56	71	7	21	0	1.09
70566531--70566606	22	3.2	22	69	24	64	47	1	1	50	1.18
70570557--70570598	20	2.1	20	90	0	66	30	0	19	50	1.48
70575563--70575603	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
70580794--70580836	22	2.0	21	86	4	59	44	0	0	55	0.99
70581005--70581113	42	2.6	42	89	2	166	35	25	18	20	1.95
70581136--70581175	11	3.7	11	96	3	73	27	25	10	37	1.88
70584249--70585064	112	7.3	112	93	1	1332	26	27	17	29	1.97
70584249--70585064	223	3.6	224	93	1	1350	26	27	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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