genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15892183--15892240	19	3.4	17	70	13	55	37	12	13	36	1.82
15892560--15892604	24	1.9	24	86	4	65	0	22	0	77	0.76
15892795--15892836	17	2.5	17	84	0	57	7	21	50	21	1.72
15892881--15892950	4	17.0	4	77	16	63	0	25	0	74	0.82
15892881--15892948	26	2.7	25	82	13	77	0	25	0	75	0.81
15893060--15893127	35	1.9	35	85	11	95	1	14	8	75	1.12
15893434--15893567	59	2.3	59	83	6	155	38	5	22	34	1.77
15893432--15893565	30	4.5	30	77	7	130	38	5	23	32	1.77
15893691--15894526	76	10.9	76	86	6	1055	34	21	17	26	1.95
15893692--15894526	304	2.7	303	91	2	1323	34	21	17	26	1.95
15902884--15903295	52	7.9	51	82	7	285	46	9	12	31	1.74
15902895--15903506	35	17.3	35	75	8	400	46	9	12	31	1.75
15902890--15903506	17	34.9	17	74	9	391	45	9	12	31	1.75
15903431--15903504	18	4.0	19	73	18	66	39	9	16	35	1.81
15902935--15903482	17	30.9	17	76	10	422	46	9	12	31	1.74
15903472--15903511	20	2.1	20	86	9	57	32	10	10	47	1.70
15903612--15903660	19	2.4	21	83	10	66	34	6	12	46	1.66
15903615--15903659	20	2.3	20	88	3	65	35	6	13	44	1.70
15903613--15903717	19	5.6	18	66	24	56	38	9	14	38	1.78
15904034--15904078	24	1.9	24	86	4	65	0	22	0	77	0.76
15904341--15904415	10	7.3	10	81	14	82	0	24	0	76	0.80
15904338--15904416	14	5.7	14	81	14	76	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15904343--15904416	4	19.0	4	75	20	52	0	25	0	74	0.82
15904522--15904590	35	2.1	33	84	13	88	0	15	10	73	1.08
15904895--15905062	89	1.9	90	83	6	225	35	4	25	35	1.75
15904895--15905062	30	5.6	30	82	4	164	35	4	25	35	1.75
15904950--15905061	59	1.9	59	90	3	181	34	2	25	37	1.70
15907625--15907749	62	2.0	62	98	0	241	35	24	23	17	1.95
15908705--15908759	28	2.0	28	89	7	85	67	1	3	27	1.17
15915031--15915077	23	2.0	23	83	0	58	40	10	10	38	1.75
15919211--15919347	46	3.0	45	92	2	211	29	25	8	36	1.86
15920576--15920622	17	2.8	17	93	3	78	53	19	0	27	1.45
15921267--15921347	22	3.8	21	73	12	60	70	2	24	2	1.12
15921331--15921361	11	2.8	11	95	0	53	64	0	35	0	0.94
15931947--15932011	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
15932560--15932634	23	3.4	22	77	15	82	74	12	12	1	1.13
15936412--15936630	46	4.6	46	85	6	285	30	21	13	34	1.92
15939320--15939359	20	2.0	20	90	4	64	62	0	0	37	0.95
15939992--15940048	23	2.6	22	75	22	57	47	10	3	38	1.55
15940003--15940048	23	2.1	23	84	15	62	43	8	4	43	1.55
15942019--15942058	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
15943168--15943197	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
15948310--15948367	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
15948579--15948610	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15948705--15949146	50	8.7	50	88	2	616	25	24	31	18	1.98
15948705--15949153	100	4.4	100	94	2	738	25	24	31	19	1.98
15953898--15954041	50	2.9	50	84	3	182	20	29	24	25	1.99
15954135--15954166	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
15958216--15958253	4	9.5	4	83	11	51	73	0	2	23	0.95
15962830--15962854	11	2.3	11	100	0	50	48	0	24	28	1.52
15971847--15971873	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
15972542--15972713	10	17.7	10	67	21	75	58	2	3	36	1.28
15972669--15972784	19	6.5	17	65	22	51	63	0	6	30	1.18
15991553--15991623	37	1.9	37	94	2	126	35	9	30	23	1.88
15996661--15996729	23	3.0	23	86	0	102	37	24	23	14	1.92
15996638--15996729	46	2.0	46	82	4	114	36	22	25	15	1.93
15998594--15998638	23	2.0	23	86	4	65	33	0	8	57	1.30
16000718--16000761	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
16002686--16002852	18	9.5	17	74	16	101	49	10	11	28	1.72
16002647--16002724	38	2.1	36	81	13	88	42	12	6	38	1.69
16002685--16002852	17	9.6	17	75	15	123	48	10	11	29	1.72
16002685--16002851	35	4.8	35	76	10	153	48	10	11	29	1.73
16003023--16003069	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
16003432--16003527	8	12.0	8	76	12	99	0	19	0	80	0.72
16003427--16003525	15	6.5	15	81	9	112	0	19	0	80	0.71
16003427--16003527	53	1.9	53	86	8	143	0	19	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16003640--16003682	17	2.6	16	81	7	50	0	13	20	65	1.27
16003850--16003877	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
16003943--16003992	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
16003947--16003989	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
16010960--16011042	12	6.5	12	68	15	51	54	0	2	43	1.13
16011278--16011303	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
16013071--16013133	31	2.0	31	96	0	117	38	31	7	22	1.83
16014381--16014428	18	2.6	17	81	12	51	37	25	0	37	1.56
16015180--16015237	30	1.9	31	92	3	100	8	10	12	68	1.38
16016817--16017377	237	2.4	228	88	3	818	44	7	8	38	1.64
16031287--16031333	19	2.5	20	80	16	55	48	0	21	29	1.50
16033473--16033507	15	2.3	15	95	0	61	22	2	5	68	1.24
16033653--16033720	33	2.1	31	83	5	82	39	8	2	48	1.49
16033720--16033775	19	2.8	20	76	17	62	33	8	1	55	1.42
16034215--16034350	73	1.9	73	95	0	245	27	17	18	36	1.94
16038171--16038227	6	9.3	6	81	11	71	78	1	19	0	0.83
16038174--16038227	11	5.0	11	80	13	67	79	1	18	0	0.82
16038171--16038227	26	2.1	29	87	9	84	78	1	19	0	0.83
16040109--16040423	41	7.7	41	91	0	459	22	26	20	29	1.99
16043015--16043593	134	4.3	134	76	6	494	30	23	21	23	1.99
16043016--16043596	178	3.3	176	80	6	566	30	23	21	23	1.99
16043015--16043596	89	6.5	89	81	4	480	30	24	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16043011--16043487	223	2.1	224	80	4	534	30	24	21	23	1.99
16043581--16043647	31	2.2	31	86	0	89	37	19	23	19	1.94
16043946--16044072	44	2.9	45	75	12	118	34	14	25	25	1.94
16045427--16045453	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
16045619--16045732	52	2.3	50	76	13	117	38	8	1	50	1.44
16045726--16045778	26	2.0	26	85	0	70	39	5	3	50	1.44
16046150--16046291	73	2.0	72	90	4	223	28	19	16	35	1.94
16053401--16053429	15	2.0	15	93	6	51	24	0	6	68	1.13
16054958--16054997	20	2.1	18	86	9	53	60	2	2	35	1.24
16055677--16055734	21	2.8	21	77	10	57	37	1	1	58	1.18
16055709--16055748	15	2.7	15	92	7	64	37	0	0	62	0.95
16055709--16055744	14	2.5	15	86	13	58	36	0	0	63	0.94
16061560--16061584	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
16062172--16062215	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
16062199--16062269	22	3.2	22	63	21	58	38	7	12	42	1.70
16062194--16062287	44	2.1	44	100	0	188	42	6	13	37	1.70
16065665--16065698	17	1.9	18	88	5	52	41	17	11	29	1.85
16065665--16065713	18	2.7	18	84	6	55	36	16	12	34	1.86
16066481--16066533	19	2.7	19	83	13	65	30	0	3	66	1.10
16066470--16066527	30	1.9	30	89	0	89	34	1	3	60	1.24
16066501--16066594	28	3.3	29	75	10	95	37	2	1	59	1.16
16066481--16066586	38	2.7	39	77	11	119	36	1	1	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16067449--16067502	21	2.6	21	87	0	72	31	33	7	27	1.84
16071263--16071323	29	2.1	29	85	11	81	47	0	4	47	1.23
16075243--16075283	20	2.0	21	85	4	57	29	2	19	48	1.61
16079863--16079892	7	4.3	7	100	0	60	13	46	13	26	1.80
16079984--16080028	22	2.1	21	88	12	65	26	15	4	53	1.61
16094653--16094685	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
16117119--16117298	45	4.0	45	83	4	213	36	27	15	20	1.93
16117123--16117298	90	2.0	89	85	1	235	36	28	14	20	1.91
16119640--16119773	40	3.4	39	77	9	130	33	23	17	26	1.96
16120014--16120150	40	3.5	40	80	5	163	39	20	17	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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