genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7898437--7898565	12	10.8	12	77	8	93	57	10	7	24	1.59
7898521--7898583	29	2.2	29	85	5	83	60	9	6	23	1.51
7898586--7898622	16	2.3	16	95	0	65	48	16	8	27	1.74
7899034--7899076	21	2.1	20	95	4	77	23	25	20	30	1.99
7906354--7906391	19	2.0	19	85	10	51	2	0	28	68	1.03
7929411--7929447	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
7929754--7929800	24	1.9	25	86	4	69	34	17	14	34	1.90
7933906--7933933	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
7934742--7934831	40	2.2	41	80	3	103	32	7	17	42	1.78
7935038--7935138	45	2.2	45	85	3	132	21	16	18	42	1.89
7937568--7937722	46	3.6	46	78	16	204	36	13	21	28	1.92
7937604--7937676	36	2.0	36	94	0	128	38	15	20	26	1.92
7937698--7937747	25	2.0	25	100	0	100	40	8	28	24	1.83
7937652--7937790	71	2.0	68	91	4	224	35	13	25	25	1.93
7940922--7941028	45	2.4	45	79	6	128	38	17	21	22	1.93
7941228--7941320	40	2.3	40	83	7	118	39	19	7	33	1.80
7941228--7941295	21	3.3	21	68	15	61	38	20	8	32	1.84
7942021--7942069	14	3.4	14	80	2	62	0	22	0	77	0.77
7942030--7942081	18	3.1	18	81	13	58	0	26	0	73	0.84
7942025--7942082	24	2.5	24	91	2	91	0	25	0	74	0.82
7942015--7942078	14	5.0	14	69	19	59	0	25	0	75	0.81
7942112--7942140	14	2.1	14	93	6	51	10	13	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942306--7942346	20	2.0	20	85	9	55	51	2	0	46	1.14
7944500--7944623	29	4.2	30	75	10	96	31	15	8	45	1.75
7945701--7945735	10	3.4	10	88	7	52	34	0	0	65	0.93
7945745--7945777	8	4.2	8	84	7	50	42	0	0	57	0.98
7945746--7945776	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
7945703--7945777	23	3.0	23	73	22	71	37	4	0	58	1.17
7947212--7947254	12	3.6	12	83	0	50	51	37	9	2	1.47
7947212--7947252	18	2.3	18	91	0	64	53	36	7	2	1.42
7953579--7953606	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
7961261--7961288	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
7961809--7961858	24	2.1	24	81	7	57	36	8	0	56	1.29
7966656--7966711	28	2.0	29	82	3	69	42	7	7	42	1.59
7966938--7966989	26	2.0	27	84	3	70	63	7	0	28	1.22
7967947--7967994	23	2.1	23	88	3	71	39	0	2	58	1.10
7968145--7968208	33	1.9	32	84	12	85	59	1	0	39	1.07
7968182--7968222	18	2.4	17	88	11	66	68	0	0	31	0.90
7968374--7968415	16	2.6	16	88	3	57	66	0	0	33	0.92
7975014--7975094	10	8.1	10	75	13	60	59	2	3	34	1.29
7975007--7975078	29	2.5	29	80	6	76	59	1	4	34	1.25
7975027--7975094	29	2.3	30	80	10	77	61	2	1	33	1.20
7980965--7981009	22	2.1	21	84	12	56	51	2	0	46	1.13
7985815--7985864	20	2.4	21	80	12	59	48	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7994002--7994032	7	4.4	7	95	0	53	38	0	0	61	0.96
7995647--7995708	31	2.0	31	93	0	106	35	8	17	38	1.80
8000325--8000377	28	1.9	28	88	3	81	49	0	0	50	1.00
8000325--8000383	27	2.2	26	81	6	73	54	0	0	45	0.99
8001973--8002005	12	2.8	12	95	4	59	27	0	9	63	1.24
8001973--8002027	21	2.5	22	82	8	67	27	1	7	63	1.31
8003104--8003287	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
8004082--8004132	27	2.0	25	81	14	59	37	0	1	60	1.08
8005489--8005523	17	2.1	17	89	10	54	28	11	0	60	1.32
8006661--8006713	10	5.3	10	74	17	56	60	0	0	39	0.97
8007012--8007058	15	3.5	14	77	16	55	31	0	0	68	0.90
8007012--8007045	7	4.7	7	85	7	50	32	0	0	67	0.91
8007019--8007073	25	2.2	25	86	0	74	41	0	0	58	0.98
8008565--8008601	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8008816--8008863	25	1.9	25	86	0	69	22	37	0	39	1.55
8009977--8010005	11	2.6	11	100	0	58	34	0	10	55	1.34
8011832--8011923	46	2.0	46	87	2	132	40	1	13	45	1.50
8011982--8012029	24	2.0	24	88	8	71	50	12	20	16	1.78
8012120--8012241	42	2.9	43	85	3	149	18	19	15	46	1.84
8013956--8014057	41	2.5	40	85	6	132	27	25	18	28	1.98
8015693--8015756	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
8015975--8016171	41	4.8	41	91	5	308	27	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8017705--8017729	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
8021912--8022026	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
8021912--8022045	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
8025954--8026017	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
8026240--8026436	41	4.8	41	92	5	317	27	22	20	28	1.99
8027972--8027996	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
8028788--8028812	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
8031871--8031970	42	2.3	43	86	1	139	29	17	22	32	1.96
8031832--8031990	43	3.7	44	76	15	138	25	16	26	32	1.96
8049711--8049762	27	1.9	27	88	0	77	44	30	1	23	1.64
8050626--8050659	14	2.3	15	85	10	52	58	0	8	32	1.29
8053581--8053619	12	3.0	12	80	20	51	48	0	25	25	1.51
8054607--8054647	10	4.2	10	82	14	50	51	0	7	41	1.30
8057368--8057553	95	2.0	93	95	2	336	47	9	12	30	1.73
8088500--8088562	31	2.0	31	96	0	117	34	9	33	22	1.86
8092120--8092188	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
8092120--8092188	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
8092169--8092259	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
8092424--8092458	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8092704--8092901	66	3.2	65	66	21	161	48	6	2	43	1.39
8092407--8092986	120	4.8	120	96	0	975	48	5	2	43	1.37
8093094--8093126	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093472--8093621	59	2.6	58	84	3	203	37	22	18	22	1.94
8095553--8095605	27	2.0	26	88	7	79	50	1	5	41	1.36
8099603--8099627	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
8122523--8122563	6	6.8	6	100	0	82	17	14	17	51	1.77
8133655--8133690	18	2.0	18	88	0	54	5	36	8	50	1.56
8137693--8137717	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
8140097--8140143	9	4.8	10	80	12	53	68	0	2	29	1.02
8143244--8143387	39	3.5	39	75	10	135	22	19	24	33	1.97
8143264--8143354	45	2.0	45	86	0	128	20	20	21	36	1.95
8144531--8144557	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
8151703--8151727	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
8153593--8153680	25	3.6	24	76	8	70	35	19	27	18	1.95
8158527--8158599	38	1.9	37	89	8	112	50	4	6	38	1.48
8160066--8160098	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
8162747--8162809	32	2.0	32	87	6	92	38	11	9	41	1.73
8164019--8164055	19	1.9	20	94	5	67	43	0	2	54	1.14
8169416--8169491	37	2.1	37	87	0	107	26	31	18	23	1.97
8169613--8170391	49	16.2	48	89	4	1162	30	29	7	32	1.86
8169613--8170389	96	8.1	96	95	0	1342	30	29	7	32	1.86
8169613--8170389	289	2.7	289	95	0	1380	30	29	7	32	1.86
8172021--8172098	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
8174163--8174475	40	7.8	40	80	6	244	25	28	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8174182--8174475	120	2.5	119	79	8	269	26	28	19	25	1.98
8174258--8174483	80	2.8	80	87	1	292	25	28	19	26	1.98
8174286--8174483	40	4.9	40	88	2	281	24	28	19	27	1.99
8174501--8174579	29	2.7	29	84	5	97	27	31	15	25	1.95
8174561--8174861	43	7.0	43	98	0	548	26	34	16	22	1.95
8176728--8176803	37	2.1	37	84	0	98	25	35	18	21	1.95
8176924--8177704	47	16.2	47	87	5	1112	30	29	7	32	1.86
8176924--8177704	96	8.1	96	93	2	1296	30	29	7	32	1.86
8176924--8177704	293	2.7	289	93	2	1334	30	29	7	32	1.86
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