genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27407070--27407209	31	4.5	31	66	16	85	51	0	0	47	1.05
27407147--27407216	15	4.7	14	78	15	61	58	0	0	41	0.98
27407202--27407249	19	2.7	17	81	15	53	62	2	2	33	1.18
27407270--27407308	19	2.0	21	90	10	64	61	0	0	38	0.96
27407240--27407308	19	3.5	20	71	13	63	57	0	0	42	0.98
27407350--27407385	17	2.1	18	89	5	56	50	5	0	44	1.25
27407312--27407474	86	1.9	86	82	9	210	46	3	3	46	1.36
27415503--27415545	20	2.2	20	84	16	54	62	0	4	32	1.15
27417860--27417935	24	3.2	24	90	0	107	50	9	3	36	1.53
27423638--27423682	21	2.1	22	83	4	56	33	4	13	48	1.62
27438251--27438430	91	2.0	89	89	6	272	44	10	5	40	1.61
27438670--27438735	31	2.1	31	86	5	89	33	13	10	42	1.79
27458337--27458382	21	2.2	21	92	0	74	28	8	6	56	1.54
27458346--27458384	11	3.6	11	79	6	53	25	10	2	61	1.41
27458343--27458384	21	2.0	21	100	0	84	23	9	4	61	1.45
27460410--27460845	129	3.4	129	80	1	480	33	16	12	37	1.86
27460798--27460875	35	2.2	36	81	2	86	30	15	14	39	1.87
27462648--27462721	28	2.5	29	82	6	78	18	18	17	44	1.87
27471826--27471932	15	6.6	16	70	12	69	31	0	2	65	1.07
27471853--27471932	16	5.1	15	71	18	56	31	0	2	66	1.05
27471905--27471949	19	2.4	19	82	17	58	26	0	2	71	0.98
27472047--27472077	12	2.6	12	100	0	62	16	6	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27487321--27487358	19	2.0	20	84	5	51	36	31	5	26	1.79
27506087--27506434	118	3.0	118	93	3	602	31	22	12	34	1.91
27513222--27513261	10	3.9	11	84	12	50	45	0	0	55	0.99
27513222--27513261	21	2.0	20	85	5	53	45	0	0	55	0.99
27513852--27513898	22	2.1	21	85	14	60	53	10	0	36	1.36
27514914--27514957	23	1.9	23	85	0	61	36	20	15	27	1.93
27515098--27515135	17	2.2	18	85	4	51	39	21	2	36	1.67
27516859--27516934	26	2.9	26	94	2	134	43	19	18	18	1.88
27522104--27522148	16	2.7	18	77	19	53	51	2	0	46	1.13
27529760--27529800	16	2.6	16	92	0	64	46	7	2	43	1.44
27530999--27531090	42	2.2	42	96	2	166	47	2	14	35	1.56
27530999--27531114	42	2.8	41	84	10	137	46	2	15	35	1.60
27545218--27545280	28	2.2	28	85	0	81	30	23	23	22	1.99
27545237--27545306	28	2.5	28	90	0	95	31	24	21	22	1.98
27545237--27545298	28	2.2	28	94	0	106	30	25	22	20	1.98
27545697--27545888	27	7.1	27	80	8	194	21	15	19	43	1.87
27545688--27545875	81	2.3	81	85	0	250	22	14	19	43	1.88
27556125--27556177	24	2.2	24	96	0	97	28	22	26	22	1.99
27564730--27564771	21	2.0	21	86	13	61	38	2	9	50	1.48
27564928--27564968	21	2.0	21	85	0	55	36	0	21	41	1.54
27565043--27565079	19	1.9	19	88	0	56	21	5	10	62	1.48
27564990--27565228	115	2.1	112	87	4	347	35	2	7	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27567955--27568082	65	2.0	64	89	1	193	23	22	14	39	1.91
27569330--27569550	26	8.5	25	77	9	174	19	14	26	38	1.91
27569329--27569550	52	4.3	51	81	5	230	19	14	26	38	1.91
27569329--27569531	105	1.9	104	85	4	275	19	15	26	39	1.91
27576166--27576217	11	4.6	11	78	4	50	61	3	0	34	1.14
27576191--27576236	15	3.0	16	78	9	51	56	0	0	43	0.99
27576192--27576238	19	2.4	20	75	13	53	59	0	0	40	0.97
27576201--27576236	4	9.2	4	90	6	56	55	0	0	44	0.99
27587950--27588209	126	2.1	126	85	4	355	27	17	22	32	1.96
27590945--27590975	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
27593662--27593784	40	3.1	38	72	9	104	40	21	17	20	1.91
27600096--27600240	44	3.3	43	76	14	127	22	17	28	31	1.97
27600332--27600375	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
27612663--27612875	40	5.3	40	84	1	248	20	29	18	32	1.96
27612749--27612813	20	3.2	20	65	8	51	18	27	16	36	1.93
27612663--27612901	119	2.0	119	80	4	268	20	28	17	33	1.96
27615339--27615456	56	2.1	56	82	3	139	26	26	25	22	2.00
27616443--27616536	25	3.8	25	81	1	109	31	22	26	19	1.97
27616489--27616606	25	4.8	24	77	8	94	36	16	23	23	1.94
27618495--27618528	5	7.2	5	90	9	54	58	0	0	41	0.98
27618605--27618664	31	2.0	30	96	3	111	50	25	3	21	1.64
27628522--27628569	19	2.5	19	90	10	71	58	8	0	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27628522--27628577	19	2.9	19	84	10	62	57	8	0	33	1.30
27630674--27630717	14	3.3	14	85	14	58	22	9	0	68	1.18
27631249--27631297	10	4.7	10	80	9	53	34	0	0	65	0.93
27634152--27634613	237	1.9	237	90	0	735	22	19	25	32	1.97
27635155--27635197	23	2.0	22	90	9	70	2	18	0	79	0.85
27645961--27645985	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
27661944--27662003	7	8.6	7	100	0	120	28	0	15	56	1.39
27663152--27663597	108	4.2	96	74	19	345	46	20	1	32	1.58
27663342--27663394	22	2.5	22	93	3	90	45	32	0	22	1.53
27663234--27663496	130	2.1	124	92	5	429	46	20	1	31	1.59
27663353--27663408	22	2.5	22	85	5	69	50	21	0	28	1.49
27663363--27663597	102	2.3	101	89	4	348	45	21	1	32	1.60
27663182--27663619	225	1.9	232	85	12	614	46	20	1	32	1.58
27663567--27663681	22	5.4	21	84	6	151	44	30	0	25	1.54
27663684--27663735	26	2.0	26	85	14	72	48	0	0	51	1.00
27663767--27663836	21	3.4	21	92	2	106	44	30	0	25	1.55
27663617--27663993	155	2.4	156	91	3	625	45	22	0	31	1.58
27663922--27663988	21	3.2	21	97	0	125	44	32	0	22	1.53
27667094--27667529	125	3.5	124	86	2	570	30	20	17	31	1.96
27667578--27667619	21	2.0	22	85	4	59	50	30	0	19	1.48
27669218--27669272	12	4.5	12	81	4	65	16	1	3	78	0.98
27669239--27669268	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27670226--27670266	21	2.0	21	85	0	55	14	7	2	75	1.12
27670269--27670327	24	2.4	25	82	5	66	28	10	3	57	1.48
27673796--27673927	25	5.5	24	87	6	180	40	21	21	15	1.90
27673795--27673927	49	2.8	49	87	6	175	41	21	21	15	1.90
27674747--27674778	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
27674950--27674975	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
27675035--27675069	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
27675026--27675069	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
27681053--27681184	25	5.5	24	87	6	180	40	21	21	15	1.90
27681052--27681184	49	2.8	49	87	6	175	41	21	21	15	1.90
27682008--27682039	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
27682212--27682237	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
27682297--27682331	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
27682288--27682331	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
27690200--27693111	948	3.0	948	93	1	4824	33	16	23	26	1.96
27695023--27695438	132	3.2	132	87	1	566	29	19	25	25	1.99
27695422--27695586	50	3.3	50	82	0	213	34	22	17	25	1.96
27697024--27697089	25	2.6	25	80	4	71	30	9	3	57	1.45
27697309--27697356	23	2.1	23	88	0	69	16	6	10	66	1.41
27703706--27703754	24	2.0	24	100	0	98	32	4	12	51	1.58
27704656--27704706	26	1.9	27	84	11	70	37	23	3	35	1.74
27727186--27727272	24	3.8	23	74	9	79	19	2	51	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27727171--27727269	45	2.3	43	84	8	137	18	2	54	25	1.54
27728854--27728904	22	2.4	21	84	9	68	27	23	3	45	1.70
27730055--27730086	9	3.6	9	91	0	55	0	25	0	75	0.81
27730053--27730083	13	2.4	13	94	0	53	0	25	0	74	0.82
27730122--27730167	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
27730125--27730178	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
27730135--27730192	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
27731855--27732313	159	2.9	158	82	5	561	35	16	14	32	1.90
27732390--27732593	82	2.5	82	92	1	329	27	6	15	50	1.68
27733847--27733891	21	2.1	21	100	0	90	31	31	4	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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