genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11892066--11892109	23	1.9	23	86	9	63	27	27	27	18	1.98
11914074--11914204	27	4.9	27	71	3	93	36	16	22	24	1.94
11914187--11914261	27	2.8	27	83	4	89	32	12	29	26	1.92
11914211--11914266	27	2.1	27	93	0	94	32	8	32	26	1.87
11923045--11923096	20	2.5	20	81	6	59	53	0	1	44	1.11
11923256--11923322	25	2.5	27	83	11	77	55	0	1	43	1.09
11924296--11924338	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
11924467--11924558	38	2.5	37	82	5	96	27	27	21	23	1.99
11924491--11924601	38	2.9	38	77	8	107	31	25	19	23	1.98
11924491--11924600	41	2.8	38	80	6	114	31	24	20	23	1.98
11927843--11927891	22	2.1	24	88	7	75	61	2	2	34	1.19
11929904--11929955	25	2.1	25	85	7	70	0	28	3	67	1.08
11929905--11929990	10	8.3	10	70	7	55	2	20	4	72	1.14
11929944--11929974	15	2.0	16	93	6	55	6	12	9	70	1.31
11930456--11930480	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
11935182--11935239	23	2.3	26	82	8	77	22	24	20	32	1.98
11935805--11935854	24	2.1	24	80	0	64	50	6	8	36	1.57
11935925--11935956	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
11936905--11936959	22	2.5	22	91	5	85	10	25	18	45	1.82
11939123--11939168	24	1.9	24	83	16	60	32	0	17	50	1.47
11939327--11939467	40	3.6	40	74	6	135	26	18	24	30	1.98
11939654--11939697	11	3.7	12	85	8	54	50	0	20	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11939676--11939714	12	3.2	13	85	10	55	48	0	20	30	1.50
11947773--11947802	8	3.8	8	100	0	60	13	13	13	60	1.60
11954458--11954502	22	2.0	23	86	4	65	35	2	6	55	1.38
11961331--11961374	14	3.0	15	81	15	56	65	0	20	13	1.26
11962836--11962888	18	2.7	20	80	8	56	47	0	7	45	1.31
11970960--11970997	19	2.0	20	85	14	55	26	7	0	65	1.19
11983010--11983077	24	2.8	24	82	6	75	36	22	22	19	1.95
11987276--11987540	102	2.6	102	86	5	356	32	28	20	18	1.96
11987867--11987924	30	1.9	31	86	10	84	29	22	5	43	1.75
11994859--11995073	114	1.9	114	92	0	358	37	9	12	40	1.76
12006336--12006387	9	5.9	9	78	13	54	30	3	0	65	1.10
12006335--12006387	17	3.0	17	78	10	61	30	5	0	64	1.17
12027448--12027486	17	2.3	18	86	8	55	64	0	0	35	0.94
12034110--12034134	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
12053965--12053993	12	2.3	13	94	5	51	72	0	0	27	0.85
12060427--12060609	46	4.0	46	91	0	294	27	27	9	35	1.87
12061355--12061402	17	2.9	17	84	3	62	50	18	2	29	1.59
12064764--12064801	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
12065662--12065760	41	2.4	41	88	5	139	38	11	26	24	1.88
12074425--12074459	15	2.3	15	100	0	70	34	5	11	48	1.63
12098165--12098194	6	5.0	6	91	0	51	0	46	3	50	1.18
12101899--12101994	23	4.2	23	92	5	167	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12102220--12102258	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
12109928--12109959	16	2.0	16	93	0	55	65	0	21	12	1.25
12117296--12117334	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
12128835--12128921	33	2.7	32	77	7	95	27	4	17	50	1.65
12128942--12128980	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
12148022--12148050	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
12148022--12148051	8	3.6	8	95	4	51	13	0	0	86	0.57
12148321--12148357	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
12148337--12148424	46	2.0	46	90	4	144	26	5	29	38	1.79
12148337--12148436	46	2.3	44	85	11	129	28	5	31	36	1.78
12148566--12148617	26	2.0	27	84	3	70	50	1	3	44	1.31
12148665--12148728	28	2.4	28	86	5	87	56	0	0	43	0.99
12148662--12148761	44	2.3	41	77	17	103	52	2	1	45	1.19
12150186--12150289	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
12152855--12152895	18	2.2	19	91	8	66	48	19	0	31	1.49
12153040--12153101	25	2.5	25	94	0	106	41	20	9	27	1.84
12153331--12153388	26	2.2	26	96	0	107	43	25	13	17	1.86
12161750--12161789	16	2.4	16	87	4	53	37	2	0	60	1.11
12161733--12161791	20	3.1	19	79	16	68	38	3	0	57	1.15
12168062--12168104	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
12168212--12168305	9	10.4	9	89	0	125	24	8	24	42	1.82
12168212--12168305	27	3.5	27	91	0	152	24	8	24	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12168716--12168766	21	2.4	21	76	0	57	41	23	17	17	1.90
12179084--12179187	53	2.0	53	100	0	208	35	5	21	37	1.77
12179259--12179297	18	2.2	18	90	0	60	35	12	7	43	1.72
12206627--12206685	29	2.0	30	96	3	111	42	16	13	27	1.86
12223241--12223344	53	2.0	53	100	0	208	37	21	5	35	1.77
12245615--12245717	51	2.0	52	98	1	199	36	5	21	35	1.78
12262136--12262199	31	2.1	31	100	0	128	25	14	15	45	1.83
12267704--12267758	13	4.6	11	76	14	56	65	3	3	27	1.26
12267872--12267915	11	4.3	10	88	8	63	27	0	2	70	0.99
12267858--12267917	20	3.0	20	75	24	63	31	0	1	66	1.01
12268924--12268969	24	1.9	24	100	0	92	36	8	4	50	1.53
12270173--12270213	21	2.0	21	100	0	82	39	4	24	31	1.76
12273310--12273406	10	10.6	9	70	17	51	59	2	3	35	1.24
12273447--12273498	9	5.6	9	73	8	50	67	1	1	28	1.12
12273425--12273462	11	3.5	11	85	3	51	76	0	5	18	0.97
12273892--12274123	9	24.6	9	69	17	118	33	1	3	61	1.23
12273890--12274014	40	3.2	38	75	13	110	30	1	4	63	1.25
12273891--12274065	20	9.1	18	68	22	90	32	1	4	62	1.21
12274001--12274082	29	2.8	29	81	14	96	35	0	2	62	1.09
12274109--12274165	20	2.8	20	86	7	71	22	3	5	68	1.25
12278825--12278909	42	2.0	42	100	0	170	11	16	22	49	1.78
12288519--12288585	25	2.8	24	71	13	57	20	22	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12288749--12288811	25	2.6	23	75	7	63	17	22	26	33	1.96
12294252--12294302	5	9.6	5	79	12	57	60	1	0	37	1.08
12294252--12294302	17	3.2	15	78	13	57	60	1	0	37	1.08
12295178--12295226	16	3.1	16	75	18	50	38	16	0	44	1.48
12295483--12295625	73	1.9	74	81	6	175	35	22	22	19	1.96
12295559--12295606	23	2.1	23	84	0	60	29	22	31	16	1.96
12295589--12295657	26	2.7	25	80	4	84	37	24	20	17	1.93
12300831--12301081	50	4.9	50	83	4	281	27	20	28	23	1.99
12307065--12307142	35	2.3	35	82	10	99	60	1	1	37	1.13
12307203--12307306	20	5.3	20	69	23	53	55	4	3	35	1.39
12311123--12311217	32	3.1	31	80	4	111	31	7	14	46	1.72
12311254--12311354	42	2.4	43	83	6	125	28	17	25	27	1.98
12318167--12318197	6	5.2	6	100	0	62	51	16	0	32	1.44
12320431--12320458	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
12322735--12322764	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
12333223--12333257	6	5.8	6	86	0	52	14	74	0	11	1.08
12341320--12341351	6	5.3	6	100	0	64	18	46	34	0	1.49
12341311--12341350	18	2.2	18	86	0	53	22	47	27	2	1.64
12341320--12341361	18	2.3	18	87	0	57	21	45	30	2	1.65
12342367--12342418	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
12342399--12342508	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
12342630--12342684	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12342825--12343038	88	2.4	88	83	9	279	46	4	3	45	1.38
12342859--12342998	44	3.2	43	67	16	115	47	2	2	47	1.29
12347020--12347100	40	2.0	40	100	0	162	37	17	12	33	1.87
12348783--12348842	28	2.1	28	84	6	77	48	0	6	45	1.29
12350125--12350161	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
12350374--12350433	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
12351595--12351644	12	4.1	12	78	2	55	16	22	2	60	1.46
12351595--12351643	18	2.7	18	87	3	62	16	22	2	59	1.47
12353044--12353202	77	2.1	77	98	0	309	27	20	11	40	1.87
12358825--12358940	61	2.0	60	86	8	166	50	5	3	41	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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