genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  225  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67674405--67674454	18	2.9	18	75	19	54	48	2	0	50	1.12
67681723--67681756	17	2.0	17	88	0	50	26	2	8	61	1.40
67688046--67688080	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
67692539--67692915	69	5.5	68	81	2	312	37	22	22	17	1.94
67692793--67693038	123	2.0	123	84	1	323	36	21	23	19	1.95
67692965--67693206	69	3.7	66	72	12	219	38	22	21	16	1.93
67693028--67695318	69	35.9	61	69	17	836	39	21	21	17	1.92
67692965--67693209	129	1.9	129	84	3	332	39	22	22	16	1.92
67693157--67693316	51	2.9	53	73	13	162	38	25	21	14	1.91
67693208--67695258	129	15.9	129	83	6	2305	39	21	21	17	1.92
67694948--67695435	69	7.5	67	73	14	310	38	20	22	18	1.94
67695075--67695391	129	2.5	129	86	2	422	37	19	22	19	1.94
67695201--67695320	60	2.0	60	91	0	195	38	20	23	18	1.93
67695387--67695483	48	2.0	48	89	0	149	35	18	23	22	1.96
67695433--67695784	69	5.1	69	82	5	345	34	22	23	19	1.97
67695268--67695613	186	1.9	186	83	2	453	34	20	23	21	1.97
67695448--67695784	138	2.4	136	81	5	390	33	22	24	19	1.97
67695631--67695854	69	3.2	70	83	4	188	37	24	19	18	1.94
67695450--67695852	138	2.9	138	79	4	323	34	23	22	19	1.97
67699280--67699340	14	3.9	15	75	16	54	60	0	4	34	1.18
67704440--67704499	29	2.1	29	93	0	102	40	8	11	40	1.72
67711124--67711164	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67724733--67724791	20	3.0	20	73	9	59	45	11	0	42	1.41
67737393--67737461	31	2.3	30	82	5	77	40	10	5	43	1.62
67739383--67739721	159	2.1	158	84	4	437	35	10	12	41	1.78
67739888--67739921	17	2.0	17	94	0	59	32	17	20	29	1.96
67740249--67740287	16	2.4	16	91	0	60	48	0	17	33	1.48
67740798--67740855	31	1.9	31	92	3	100	46	8	8	36	1.65
67743954--67744070	40	2.9	40	94	0	198	33	16	29	20	1.94
67744018--67744831	112	7.3	112	93	1	1364	24	18	29	26	1.98
67745841--67746041	84	2.4	83	89	4	321	32	19	17	29	1.95
67747242--67747281	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
67748623--67748921	17	16.6	17	69	25	145	43	11	2	42	1.54
67748640--67748803	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
67748614--67748763	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
67748643--67748954	97	3.2	97	92	4	500	41	10	2	44	1.54
67748740--67748864	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
67748789--67748904	44	2.7	43	88	5	166	41	11	3	43	1.57
67748838--67748945	57	1.9	57	94	0	189	40	11	3	44	1.58
67748926--67748996	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
67748926--67748997	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
67749143--67749292	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
67749144--67749260	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
67749329--67749828	26	20.1	26	87	8	697	47	19	0	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67749820--67749873	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
67755321--67755391	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
67755715--67755820	41	2.5	43	86	3	144	38	18	19	22	1.93
67755802--67755841	21	1.9	21	100	0	80	42	25	20	12	1.86
67755823--67756069	42	5.9	42	92	1	379	24	21	20	33	1.97
67761179--67761227	24	2.1	23	85	11	64	30	0	6	63	1.19
67763252--67763400	73	2.0	73	93	0	253	35	6	10	47	1.63
67764290--67764328	16	2.7	15	88	11	55	69	0	28	2	1.02
67769154--67769187	8	4.2	8	96	0	59	2	11	20	64	1.39
67769315--67769376	29	2.2	28	82	2	70	20	19	8	51	1.72
67778012--67778116	18	5.8	18	77	0	93	33	33	12	20	1.90
67778013--67778113	36	2.8	36	76	0	112	33	31	12	21	1.91
67781325--67781706	114	3.4	113	84	5	493	25	27	28	18	1.98
67783748--67783801	15	3.7	15	77	5	56	53	0	14	31	1.41
67784461--67784509	24	1.9	25	84	12	64	63	2	8	26	1.34
67787304--67787346	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
67787419--67787448	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
67787882--67787918	18	2.1	18	89	0	56	35	8	0	56	1.29
67788469--67788494	12	2.2	12	100	0	52	42	15	0	42	1.47
67788594--67788650	11	5.3	11	79	12	64	29	1	3	64	1.20
67788593--67788657	32	2.0	32	100	0	130	29	3	3	64	1.23
67794623--67794663	19	2.2	18	86	4	55	56	4	7	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67803493--67803527	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
67805317--67805356	19	2.1	19	85	4	53	30	2	5	62	1.29
67808541--67808574	15	2.3	15	90	5	52	38	2	2	55	1.30
67809273--67809377	33	3.2	33	82	5	122	37	19	13	30	1.90
67810890--67810914	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
67812527--67812577	23	2.2	23	86	6	68	64	7	7	19	1.44
67812825--67812891	17	4.1	16	75	9	55	35	2	2	58	1.29
67813201--67813233	17	1.9	17	88	11	50	51	6	0	42	1.26
67813422--67813453	15	2.1	15	94	0	55	50	25	0	25	1.50
67819512--67819581	35	2.0	35	97	0	131	38	20	8	32	1.83
67838859--67838910	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
67838868--67838922	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
67838904--67838941	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
67842762--67842792	14	2.1	15	94	5	55	48	0	25	25	1.52
67844303--67844334	3	10.7	3	93	0	55	62	0	0	37	0.95
67853451--67853485	18	1.9	18	94	0	61	37	2	0	60	1.12
67853451--67853492	18	2.3	18	87	4	57	35	2	0	61	1.09
67855576--67855835	141	1.8	141	79	8	305	23	22	15	38	1.92
67858092--67858197	52	2.0	53	83	5	135	34	17	11	35	1.86
67858479--67858551	37	2.0	36	84	7	94	32	21	0	45	1.53
67859318--67859347	13	2.3	13	100	0	60	0	6	6	86	0.70
67859312--67859346	13	2.8	12	87	8	52	0	11	5	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67865803--67865895	48	1.9	48	86	0	132	34	25	19	20	1.96
67867857--67867957	45	2.2	45	85	1	139	24	26	8	39	1.85
67867885--67867959	18	3.7	18	69	27	60	25	25	9	40	1.85
67879175--67879226	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
67881142--67881193	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
67894857--67894899	22	2.0	22	100	0	86	32	32	0	34	1.58
67896137--67896174	20	1.9	20	100	0	76	34	10	28	26	1.90
67897745--67897796	20	2.6	20	87	6	70	63	3	1	30	1.23
67900760--67900809	7	7.0	7	77	4	55	36	0	4	60	1.16
67902161--67902368	91	2.3	91	90	0	317	45	3	4	46	1.39
67902283--67902343	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
67902201--67902343	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
67902384--67903156	120	6.4	120	95	0	1361	42	2	5	49	1.38
67902509--67902560	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
67902749--67902800	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
67902869--67902909	15	2.9	15	82	10	50	48	0	0	51	1.00
67903109--67903150	15	2.9	15	82	10	52	50	0	0	50	1.00
67903300--67903393	45	2.1	44	84	5	118	37	27	4	30	1.76
67904882--67904916	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
67909431--67909502	36	2.0	36	97	0	135	31	11	8	48	1.68
67910311--67910344	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
67914950--67914983	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67918305--67918340	15	2.3	15	85	4	54	58	0	19	22	1.40
67925271--67925301	14	2.1	15	94	5	55	48	0	25	25	1.52
67927297--67927556	141	1.8	141	79	8	305	23	21	15	39	1.91
67929902--67930644	113	6.5	114	77	4	588	31	19	22	27	1.98
67929986--67930644	342	1.9	342	82	3	824	31	19	22	27	1.98
67930024--67930571	228	2.4	229	79	3	561	31	18	22	26	1.97
67929967--67930641	114	5.9	115	76	6	507	31	19	22	26	1.97
67930809--67930931	7	17.0	7	69	15	63	18	1	39	40	1.61
67930829--67930895	23	2.9	23	86	4	91	19	0	38	41	1.51
67930880--67930929	22	2.3	21	89	3	73	18	2	40	40	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240