genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13161526--13161574	24	2.1	22	85	14	64	42	2	0	55	1.11
13161548--13161589	17	2.5	17	82	17	52	45	4	0	50	1.23
13161840--13161907	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
13162797--13163112	114	2.8	114	77	7	291	30	16	22	31	1.96
13163806--13163873	14	4.8	14	75	8	57	19	2	45	32	1.65
13163806--13163865	7	8.6	7	76	7	59	20	3	46	30	1.66
13164034--13164101	28	2.4	30	80	9	79	19	0	38	42	1.51
13167569--13167618	17	3.2	17	78	21	72	36	6	6	52	1.51
13167587--13167614	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
13167610--13167648	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
13167580--13167728	62	2.4	61	81	4	174	36	5	10	48	1.60
13167765--13167952	95	2.0	95	89	2	288	43	12	4	39	1.62
13167867--13167924	21	2.8	21	89	0	89	37	15	8	37	1.78
13167953--13168014	8	7.0	8	79	16	52	58	11	0	30	1.33
13168043--13168267	9	24.8	9	78	1	243	49	16	1	32	1.57
13168043--13168267	73	3.1	72	90	1	324	49	16	1	32	1.57
13173701--13173751	21	2.4	21	86	0	66	35	17	43	3	1.68
13174190--13174227	20	1.9	20	88	0	58	55	18	18	7	1.66
13174352--13174381	15	2.0	15	93	0	51	13	23	23	40	1.90
13174620--13174709	43	2.1	43	100	0	180	23	11	22	43	1.85
13207389--13207432	16	2.7	16	85	3	61	2	11	4	81	0.92
13210172--13210224	28	1.9	27	96	3	97	24	32	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13211300--13211342	22	1.9	23	85	4	61	32	2	4	60	1.30
13211300--13211351	22	2.4	22	80	6	52	34	1	7	55	1.39
13223952--13224008	28	2.0	28	96	0	105	31	19	0	49	1.49
13233189--13233232	20	2.3	19	80	4	52	36	11	0	52	1.38
13233229--13233261	10	3.3	10	91	8	50	36	9	0	54	1.32
13233222--13233309	19	4.5	19	67	13	54	43	5	0	51	1.25
13233286--13233340	29	1.9	29	85	3	76	34	3	1	60	1.25
13237599--13237645	24	2.0	24	82	0	58	51	8	4	36	1.52
13242499--13242567	25	2.8	25	75	0	75	31	13	30	24	1.93
13247174--13247233	30	2.0	30	83	0	75	26	28	30	15	1.96
13251251--13251291	20	2.0	22	85	9	59	34	0	9	56	1.32
13260866--13261066	91	2.2	90	80	5	235	40	21	8	29	1.82
13261073--13261205	44	3.0	44	72	8	126	57	1	3	36	1.26
13261168--13261239	37	1.9	38	82	2	92	59	2	2	34	1.26
13261410--13261449	21	1.9	21	84	0	53	35	7	0	57	1.27
13261464--13261513	21	2.3	22	86	3	66	36	4	2	58	1.29
13261505--13261558	21	2.6	20	82	8	72	27	1	1	68	1.10
13261640--13261866	91	2.6	90	79	6	259	35	8	18	37	1.82
13263460--13263507	24	2.0	24	87	0	69	37	4	10	47	1.57
13263460--13263523	24	2.7	24	82	4	67	34	3	14	48	1.59
13267878--13267929	24	2.2	24	89	0	77	38	1	7	51	1.42
13269269--13269308	19	2.1	19	90	9	64	30	5	2	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13269286--13269351	32	2.1	31	86	8	89	36	1	0	62	1.05
13279988--13280037	24	2.1	23	82	10	64	50	0	0	50	1.00
13280015--13280060	17	2.7	17	72	0	56	43	0	2	54	1.12
13279989--13280057	25	2.8	24	86	8	86	49	0	1	49	1.09
13279989--13280060	26	2.9	24	82	13	83	48	0	1	50	1.09
13291387--13291631	122	2.0	125	88	2	370	35	12	17	33	1.88
13291716--13291749	18	1.9	17	88	5	50	61	0	8	29	1.26
13295934--13296134	106	1.9	106	94	0	357	29	19	19	30	1.97
13301820--13301904	9	9.5	8	76	14	55	27	10	21	41	1.85
13301820--13301904	18	4.7	18	80	8	102	27	10	21	41	1.85
13301815--13301904	27	3.3	27	80	13	103	26	11	21	41	1.86
13302038--13302064	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
13302356--13302419	30	2.2	30	91	2	103	26	3	12	57	1.50
13302501--13302540	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
13307312--13307343	6	5.3	6	100	0	64	34	15	0	50	1.45
13309238--13309466	49	4.7	48	81	5	228	33	17	25	22	1.96
13309262--13309466	48	4.2	48	82	6	243	34	17	24	22	1.96
13309262--13309466	98	2.1	97	87	4	288	34	17	24	22	1.96
13316913--13316962	19	2.6	19	84	9	57	48	16	8	28	1.74
13316925--13316962	19	2.0	20	89	5	60	44	15	7	31	1.75
13318470--13318496	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
13340876--13341159	140	2.0	140	98	0	550	45	14	10	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13341349--13341530	46	4.0	46	86	2	258	29	23	8	38	1.84
13341353--13341530	92	1.9	92	90	2	286	29	23	7	38	1.83
13349323--13349403	39	2.1	39	86	4	110	33	13	27	25	1.94
13363604--13363638	17	2.0	17	88	5	52	54	14	2	28	1.54
13364193--13364349	43	3.7	42	79	4	136	30	28	19	21	1.97
13366351--13366381	15	2.1	15	100	0	62	32	22	25	19	1.97
13368683--13368726	23	2.0	23	86	4	63	56	0	4	38	1.20
13369505--13369546	22	1.9	22	85	0	57	40	2	16	40	1.62
13373108--13373167	30	2.0	31	86	3	86	38	0	40	21	1.54
13373381--13373417	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
13374264--13374316	21	2.5	21	75	0	52	39	18	22	18	1.92
13374428--13374518	25	3.7	25	85	1	112	24	23	7	45	1.79
13387996--13388081	30	2.8	31	82	3	111	51	0	1	47	1.08
13388009--13388054	22	2.1	22	84	8	58	52	0	2	45	1.13
13392274--13392425	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
13392342--13392610	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
13392385--13392604	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
13392342--13392610	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
13407080--13407119	21	2.0	20	85	5	53	35	15	20	30	1.93
13409379--13409483	25	4.2	25	80	1	104	21	27	19	31	1.97
13417292--13417502	27	7.8	26	81	11	223	42	19	20	17	1.90
13417292--13417502	54	3.9	53	83	7	248	42	19	20	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13417294--13417502	81	2.6	80	85	6	260	42	19	20	17	1.89
13423648--13423723	38	2.0	39	86	2	109	44	22	9	23	1.81
13424534--13424625	46	2.0	45	83	6	114	23	21	16	38	1.93
13425392--13425442	26	1.9	27	88	11	79	60	0	0	39	0.97
13425478--13425532	16	3.2	16	80	14	65	61	0	0	38	0.96
13429960--13429990	16	1.9	16	100	0	62	38	0	29	32	1.57
13430322--13430361	18	2.2	18	95	0	71	42	2	0	55	1.13
13431173--13431855	345	2.0	343	90	2	1093	30	13	21	34	1.91
13434045--13434092	25	2.0	24	83	4	60	31	2	6	60	1.33
13434064--13434099	17	2.2	16	90	5	54	30	0	2	66	1.06
13447791--13447820	14	2.2	13	94	5	51	76	6	0	16	0.99
13447925--13447981	21	2.8	20	92	7	98	36	10	15	36	1.82
13448207--13448251	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
13448401--13448450	23	2.2	23	82	7	57	36	2	0	62	1.07
13448724--13448767	23	2.0	22	95	4	79	36	6	2	54	1.40
13448946--13448985	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
13450592--13450632	20	2.0	21	85	9	57	36	14	19	29	1.92
13452438--13452479	22	1.9	22	85	9	59	2	19	2	76	1.01
13462278--13462406	25	5.2	25	70	10	70	33	22	25	18	1.97
13462317--13462441	25	5.1	25	74	6	94	32	20	27	19	1.97
13470810--13470841	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
13471144--13471176	5	6.6	5	86	13	50	78	0	18	3	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13476024--13476056	16	2.1	16	88	5	50	42	12	24	21	1.86
13476466--13476492	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
13489358--13489382	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13489681--13489844	42	3.9	42	78	4	143	31	21	20	27	1.98
13490147--13490281	66	2.0	66	91	0	216	14	27	17	40	1.88
13491294--13491402	41	2.7	41	88	0	164	25	28	18	27	1.98
13491884--13492223	115	3.0	114	92	0	563	41	14	3	41	1.62
13493198--13493222	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
13497525--13497603	25	3.2	25	85	0	104	31	2	17	48	1.61
13497550--13497681	41	3.2	41	92	0	210	30	3	18	47	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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