genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11179453--11179512	32	1.9	31	86	3	84	48	6	5	40	1.51
11182329--11182421	45	2.0	47	85	8	129	63	8	15	12	1.51
11203526--11203650	42	3.0	42	97	0	232	27	25	24	22	2.00
11214274--11214377	41	2.7	38	79	5	111	35	21	14	28	1.92
11215241--11215276	17	2.0	18	89	10	56	0	27	0	72	0.85
11215330--11215395	20	3.2	20	85	8	71	21	4	4	69	1.24
11215429--11215478	19	2.6	20	84	6	59	36	8	4	52	1.50
11216166--11216201	18	2.1	17	94	5	63	50	0	0	50	1.00
11217698--11217775	3	25.7	3	75	7	68	64	2	3	29	1.25
11217831--11217884	15	3.5	14	77	20	54	74	1	1	22	1.02
11217831--11217879	17	3.0	17	82	8	66	73	2	2	22	1.04
11218003--11218036	17	1.9	18	88	5	52	70	8	2	17	1.25
11230696--11230747	26	2.0	26	85	14	72	34	1	7	55	1.39
11242378--11242450	10	7.5	10	68	27	50	38	2	0	58	1.12
11242357--11242468	30	3.7	28	81	11	125	38	2	0	58	1.19
11242367--11242450	39	2.1	40	82	8	100	39	3	0	57	1.16
11244532--11244629	28	3.5	28	86	4	117	31	12	27	28	1.93
11257103--11257132	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
11261280--11261308	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
11261353--11261377	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
11261685--11261725	12	3.4	12	82	0	55	36	21	31	9	1.86
11261285--11262022	354	2.1	358	96	1	1376	43	14	21	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11261999--11262077	3	26.3	3	100	0	158	67	0	32	0	0.91
11264693--11264750	9	6.4	9	84	7	82	24	12	22	41	1.87
11273005--11273071	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
11274365--11274396	16	2.0	16	93	0	55	25	3	0	71	1.00
11280389--11280451	24	2.4	26	79	15	76	44	1	1	52	1.20
11282478--11282539	31	2.0	32	87	3	90	53	0	6	40	1.27
11287358--11287423	29	2.2	32	81	13	86	48	12	7	31	1.68
11290227--11290290	30	2.1	32	88	5	96	31	9	7	51	1.62
11294112--11294159	21	2.2	21	85	3	69	16	10	6	66	1.41
11294154--11294208	22	2.5	22	76	2	58	20	23	3	52	1.62
11300766--11300800	17	2.1	17	89	10	54	60	0	0	40	0.97
11301534--11301622	41	2.2	40	86	8	117	30	23	19	26	1.98
11303369--11303393	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
11308547--11308618	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
11308576--11308618	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
11308623--11308662	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
11309622--11309736	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
11309622--11309755	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
11313025--11313063	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
11326363--11326408	24	1.9	24	90	0	74	36	4	8	50	1.53
11326915--11326976	30	2.1	30	81	0	70	35	24	9	30	1.87
11336372--11336422	23	2.2	23	96	0	93	37	0	13	49	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11336381--11336422	13	3.5	13	75	18	54	38	0	11	50	1.40
11338881--11338931	24	2.1	24	88	0	75	35	17	29	17	1.93
11338894--11338957	24	2.7	25	81	13	73	39	17	28	15	1.90
11338948--11339013	26	2.6	25	80	7	69	36	22	22	18	1.95
11342945--11342989	20	2.2	20	88	7	65	28	0	4	66	1.11
11344088--11344131	3	15.0	3	90	4	72	63	0	36	0	0.95
11354234--11354262	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
11378935--11378977	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
11386343--11386372	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
11397728--11397765	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
11399340--11399460	44	2.8	43	83	3	136	25	23	23	27	2.00
11410253--11410378	41	3.1	41	87	6	186	37	2	0	60	1.10
11410260--11410363	11	10.2	11	67	27	61	40	2	0	56	1.14
11410328--11410381	15	3.5	15	73	16	56	40	0	0	59	0.98
11413254--11413297	12	3.7	12	84	0	61	40	22	34	2	1.67
11413254--11413295	18	2.3	18	83	0	66	42	21	33	2	1.66
11415243--11415272	6	5.0	6	100	0	60	33	16	50	0	1.46
11417278--11417333	28	2.0	28	82	3	69	19	21	16	42	1.89
11424952--11425300	89	3.9	89	71	15	288	32	8	10	48	1.68
11425328--11425655	91	3.5	89	74	14	225	30	9	11	48	1.71
11425767--11426534	89	8.6	87	74	12	369	27	10	13	47	1.76
11425862--11426181	176	1.8	177	83	7	427	29	12	11	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11427525--11427565	21	2.0	21	85	9	57	41	2	0	56	1.13
11428358--11428389	16	2.0	16	100	0	64	0	18	0	81	0.70
11431068--11431220	75	2.0	75	94	0	270	35	16	19	28	1.93
11438786--11438838	26	2.0	26	96	0	97	28	33	20	16	1.95
11438711--11438911	100	2.0	101	93	0	341	30	27	20	21	1.98
11438816--11438951	41	3.5	41	75	17	162	33	27	17	21	1.96
11438812--11438986	75	2.3	75	93	0	298	33	28	18	20	1.96
11438678--11439016	175	1.9	177	92	1	574	30	27	20	21	1.98
11439342--11439409	30	2.3	30	81	0	82	29	26	8	35	1.87
11446042--11446342	102	3.0	102	93	0	521	30	27	20	20	1.98
11446663--11446728	30	2.2	30	83	0	87	30	24	9	36	1.86
11447396--11447429	11	2.8	12	91	8	52	32	8	14	44	1.76
11450076--11450127	24	2.2	24	82	6	61	50	3	3	42	1.39
11464966--11465032	23	2.9	23	86	6	100	23	20	23	31	1.98
11465508--11465565	16	3.6	16	85	0	80	37	6	27	27	1.82
11465545--11465637	44	2.1	44	92	6	152	33	4	25	36	1.76
11465795--11465847	19	2.8	19	97	2	99	62	0	0	37	0.96
11465744--11465884	74	1.9	75	81	8	171	51	3	0	43	1.23
11467097--11467172	38	2.0	38	89	2	118	47	19	17	15	1.83
11469890--11470025	49	2.8	49	89	2	211	27	13	25	33	1.94
11473745--11473875	41	3.2	41	85	0	145	29	19	24	27	1.98
11476535--11476582	25	1.9	25	87	8	71	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11476679--11476706	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
11476649--11476858	68	3.1	68	95	1	379	45	9	4	40	1.57
11480949--11480979	9	3.3	9	91	8	53	0	12	0	87	0.55
11505243--11505381	68	2.0	69	90	1	217	46	10	17	24	1.80
11507531--11507559	15	1.9	15	100	0	58	48	6	3	41	1.47
11534394--11534737	46	8.1	45	82	13	364	35	14	21	28	1.93
11534428--11534619	36	5.0	36	83	13	240	37	13	20	28	1.91
11534394--11534711	82	3.9	82	80	16	377	36	13	21	28	1.92
11534510--11534619	37	3.0	36	94	2	193	38	12	20	29	1.89
11534428--11534665	119	2.0	118	94	0	413	36	13	20	28	1.91
11541465--11541764	46	6.6	46	93	1	498	32	15	21	30	1.95
11542928--11543253	46	7.6	45	88	8	404	28	21	14	35	1.93
11543109--11543212	36	2.9	36	95	0	181	31	19	10	38	1.86
11551212--11551237	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11563369--11563447	39	2.0	40	95	2	142	31	1	10	56	1.40
11571794--11571890	47	2.1	47	100	0	194	31	14	25	27	1.95
11580880--11580916	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
11580896--11580986	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
11580896--11581003	46	2.5	44	85	11	145	28	3	31	36	1.75
11581144--11581182	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
11581149--11581182	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
11581215--11581254	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11581222--11581285	26	2.4	27	84	12	87	59	1	0	39	1.07
11581344--11581407	32	2.0	32	81	0	74	50	1	0	48	1.10
11582746--11582849	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
11584987--11585020	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
11586087--11586131	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
11586946--11586970	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
11588896--11588948	23	2.4	21	79	14	61	62	0	0	37	0.96
11588899--11588946	16	2.8	16	79	14	51	66	0	0	33	0.92
11589743--11589804	29	2.2	28	88	2	88	43	4	8	43	1.55
11592470--11592511	18	2.3	18	80	8	50	66	4	2	26	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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