genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58932325--58932421	3	32.7	3	69	10	56	29	5	3	61	1.33
58932463--58932518	30	1.9	30	85	3	78	28	12	5	53	1.60
58934554--58934591	20	1.9	20	94	0	67	55	5	23	15	1.61
58935922--58935949	10	2.8	10	100	0	56	21	17	0	60	1.36
58936662--58936695	5	6.6	5	96	3	59	79	2	0	17	0.86
58938532--58938666	42	3.2	42	62	19	98	28	24	22	24	1.99
58938387--58939141	86	8.9	86	88	4	1050	28	22	23	24	1.99
58938398--58939141	335	2.2	342	87	5	1069	28	22	23	25	1.99
58940710--58940803	3	31.7	3	68	10	50	29	5	3	61	1.33
58940735--58940803	12	5.8	12	75	3	68	28	7	2	60	1.38
58940847--58940902	30	1.9	30	85	3	78	28	12	5	53	1.60
58940936--58940967	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
58940940--58940982	18	2.4	18	88	0	59	44	11	0	44	1.40
58944557--58944709	44	3.3	44	68	10	117	26	16	22	33	1.95
58944547--58944760	94	2.3	94	90	0	329	27	17	21	33	1.96
58944578--58944805	94	2.4	93	83	5	253	29	17	22	31	1.96
58944639--58944936	139	2.2	138	84	1	373	32	17	19	30	1.95
58944673--58944986	139	2.3	138	80	3	344	33	17	19	29	1.95
58944908--58945024	44	2.7	44	76	5	110	33	20	17	29	1.95
58945751--58945805	12	4.3	12	82	11	65	78	12	9	0	0.97
58952286--58952346	18	3.4	18	74	17	56	31	3	1	63	1.20
58952724--58952773	14	3.7	14	82	17	54	50	2	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58954219--58954299	9	8.6	9	76	10	81	39	27	8	24	1.84
58954218--58954296	29	2.7	29	92	0	131	40	27	8	22	1.84
58954306--58954403	17	5.4	17	67	21	56	51	13	3	32	1.56
58954297--58954349	20	2.9	18	75	8	54	49	16	1	32	1.57
58954304--58954424	37	3.3	37	90	1	181	48	14	4	33	1.62
58957051--58957095	23	2.0	23	90	0	72	37	17	24	20	1.93
58958562--58958648	9	9.3	9	75	14	52	65	4	3	26	1.28
58958562--58958648	21	3.9	21	72	24	52	65	4	3	26	1.28
58958591--58958648	3	19.3	3	84	7	73	67	1	3	27	1.17
58960230--58961184	170	5.6	170	95	0	1676	26	22	20	30	1.98
58973393--58973446	21	2.5	22	79	8	58	59	3	0	37	1.15
58973625--58973676	3	17.3	3	82	7	61	67	1	3	26	1.18
58975452--58975485	16	2.1	16	100	0	68	50	11	0	38	1.39
58975452--58975495	16	2.6	16	89	7	52	47	11	0	40	1.39
58976507--58976544	16	2.4	16	86	0	58	18	5	39	36	1.73
58980990--58981041	24	2.2	24	85	0	68	53	11	1	32	1.48
58982554--58982622	21	3.3	21	67	20	56	44	0	1	53	1.09
58985008--58985290	97	2.9	97	94	3	475	31	11	10	45	1.75
58993315--58993370	21	2.7	20	83	10	69	64	1	12	21	1.36
58993553--58993870	60	5.4	58	71	16	219	62	3	5	28	1.32
58993691--58993791	52	1.9	53	89	4	159	62	3	5	27	1.36
58993608--58993971	128	3.1	116	80	11	325	62	3	5	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58993752--58993841	15	5.7	15	67	14	56	66	2	7	23	1.29
58993752--58993794	22	2.0	21	82	13	52	72	0	6	20	1.08
58993753--58993849	31	3.1	31	72	21	101	68	2	7	22	1.25
58993552--58994122	175	3.2	176	79	12	597	62	3	5	28	1.34
58993727--58993838	33	3.5	32	72	18	99	62	3	6	27	1.36
58993768--58993906	74	1.9	71	89	4	215	64	2	5	27	1.28
58993904--58993939	16	2.3	16	90	4	56	61	5	0	33	1.19
58993843--58993961	54	2.2	55	92	3	195	62	3	5	29	1.33
58993935--58994040	35	3.1	35	65	16	85	63	2	7	26	1.35
58993552--58994172	198	3.3	190	82	9	616	62	3	5	28	1.34
58993898--58994172	69	4.1	69	84	10	383	62	3	6	27	1.37
58993723--58994181	128	3.6	128	87	6	651	62	3	6	27	1.35
58995151--58995190	21	2.0	20	85	5	53	15	15	0	70	1.18
58995685--58996172	44	11.1	44	80	6	474	28	24	16	30	1.96
58996639--58996681	18	2.4	18	84	0	59	44	4	16	34	1.68
59007376--59007424	25	1.9	26	91	4	64	71	0	8	20	1.11
59007354--59007410	21	2.8	20	82	12	71	66	1	10	21	1.31
59007572--59007601	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
59007865--59007989	43	3.1	41	69	24	122	64	4	4	27	1.29
59007715--59008031	78	4.4	73	84	10	413	64	3	5	26	1.31
59007900--59007960	27	2.2	28	81	16	67	72	3	4	19	1.18
59007715--59008267	69	8.1	67	74	14	422	63	3	5	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59008073--59008151	8	9.0	9	76	17	51	62	1	3	32	1.21
59007604--59008257	69	9.9	61	72	18	333	63	2	5	27	1.32
59009702--59009750	18	2.7	18	77	3	53	40	44	2	12	1.53
59009858--59009933	9	8.4	9	82	0	89	26	9	22	42	1.83
59009858--59009933	27	2.8	27	83	0	98	26	9	22	42	1.83
59011196--59011240	19	2.3	20	75	17	51	62	2	0	35	1.08
59012261--59012311	26	2.0	26	92	0	84	31	15	9	43	1.80
59013019--59013065	20	2.4	19	86	10	60	38	8	0	53	1.32
59013019--59013084	19	3.5	20	78	15	68	39	7	0	53	1.30
59013013--59013084	38	1.9	36	83	5	90	40	6	0	52	1.28
59018657--59018700	22	2.0	22	90	0	70	29	2	20	47	1.62
59019252--59019285	18	1.9	18	88	5	52	41	38	5	14	1.70
59037565--59037650	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
59037592--59037652	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
59038040--59038094	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
59039163--59039263	45	2.2	46	81	8	118	24	17	16	40	1.90
59039246--59039286	6	6.7	6	83	5	55	19	17	14	48	1.81
59044668--59044794	41	3.1	41	90	0	182	33	22	22	21	1.98
59046990--59047129	41	3.4	41	75	7	135	15	22	27	35	1.93
59047673--59047739	15	4.9	15	77	15	56	28	0	31	40	1.57
59048002--59048030	10	2.9	10	100	0	58	41	0	17	41	1.49
59051090--59051231	43	3.3	42	81	2	124	29	29	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59057791--59057831	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
59058232--59058316	35	2.4	36	82	2	109	43	30	3	22	1.70
59058281--59058346	22	3.0	24	72	17	61	42	28	3	25	1.70
59058691--59058984	41	7.2	41	91	0	473	31	31	21	15	1.94
59059431--59059455	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
59059935--59059987	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
59060060--59060084	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
59060058--59060124	21	3.0	21	72	18	64	47	14	1	35	1.54
59060060--59060149	44	1.9	45	82	10	110	48	13	1	36	1.50
59060142--59060228	17	4.9	17	70	18	61	51	20	1	26	1.54
59060200--59060229	13	2.3	13	94	0	51	53	20	0	26	1.46
59060319--59060643	9	37.8	9	70	13	186	46	20	2	31	1.62
59060348--59060639	25	11.5	25	70	16	140	46	19	2	31	1.62
59060368--59060478	43	2.6	41	83	10	134	47	21	0	30	1.51
59060319--59060570	34	7.5	34	73	15	154	47	20	1	30	1.61
59060368--59060466	52	1.9	52	89	0	153	46	23	0	30	1.52
59060458--59060599	61	2.3	60	84	13	193	47	16	2	33	1.62
59060595--59060654	25	2.4	25	91	0	93	45	18	1	35	1.60
59066169--59066199	12	2.6	12	94	0	53	41	16	38	3	1.64
59066634--59066861	85	2.7	84	85	7	275	25	23	21	29	1.99
59066634--59066861	43	5.4	41	85	7	264	25	23	21	29	1.99
59068748--59069060	158	2.0	157	98	0	608	34	13	27	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59070380--59070426	24	2.0	24	83	8	60	53	2	4	40	1.32
59072105--59072142	19	2.0	20	85	10	53	13	10	0	76	1.02
59072761--59072795	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
59073747--59073784	19	2.0	20	85	10	53	13	10	0	76	1.02
59074848--59074913	24	3.0	22	89	10	75	12	18	0	69	1.18
59074857--59074909	12	4.5	12	85	2	72	13	18	0	67	1.22
59074857--59074913	24	2.4	24	97	2	107	12	19	0	68	1.20
59075596--59075638	17	2.6	16	78	7	50	76	2	13	6	1.08
59089814--59089843	8	3.8	8	100	0	60	90	0	10	0	0.47
59091557--59091585	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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