genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22226264--22226315	16	3.2	16	94	0	95	38	34	1	25	1.67
22227623--22227675	21	2.7	20	91	5	81	37	13	11	37	1.80
22227623--22227686	19	3.1	22	82	15	66	40	10	12	35	1.78
22227903--22227947	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
22228239--22228315	37	2.1	37	80	11	86	37	9	1	51	1.42
22228405--22228448	23	2.0	22	86	4	61	34	9	2	54	1.44
22228625--22228702	3	26.0	3	86	0	111	33	0	6	60	1.22
22229895--22229933	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22230161--22230249	45	2.0	45	95	0	160	19	22	28	30	1.98
22230159--22230250	23	4.0	23	90	2	150	20	21	27	30	1.98
22237532--22237627	45	2.1	46	94	1	167	19	22	28	29	1.98
22237530--22237627	23	4.3	23	89	2	153	20	22	27	29	1.98
22243303--22243339	18	2.1	18	100	0	74	45	16	10	27	1.80
22248138--22248167	15	2.0	15	93	0	51	20	16	23	40	1.91
22248454--22248479	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
22250998--22251047	20	2.5	20	80	0	73	50	0	6	44	1.26
22253297--22253389	30	3.1	30	83	6	116	27	16	20	35	1.94
22254604--22254759	21	7.4	21	77	5	93	18	21	14	45	1.85
22254617--22254754	42	3.3	42	84	2	152	19	22	14	43	1.87
22254617--22254759	63	2.3	63	86	2	207	19	22	14	43	1.87
22254897--22254939	21	2.0	21	91	8	70	11	20	18	48	1.79
22254928--22254956	15	1.9	15	100	0	58	17	27	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22254906--22254975	36	1.9	36	88	0	104	14	22	21	41	1.89
22254942--22255009	21	3.3	21	76	11	61	17	20	20	41	1.91
22255808--22255839	17	1.9	16	93	6	55	25	12	31	31	1.92
22270611--22270637	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
22275818--22275853	19	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
22277209--22277247	20	2.0	20	100	0	78	15	51	17	15	1.77
22280012--22280042	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
22280200--22280238	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
22280981--22281010	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
22284372--22284402	15	2.1	15	93	0	53	41	6	29	22	1.78
22284560--22284598	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
22289309--22289348	21	1.9	21	84	0	53	40	10	17	32	1.83
22295759--22295823	33	2.0	33	96	0	121	35	21	27	15	1.94
22300114--22300255	39	3.7	39	82	0	178	28	15	23	32	1.95
22302641--22302712	28	2.4	28	81	9	81	65	2	6	25	1.31
22302689--22302740	3	17.0	3	76	4	50	67	5	1	25	1.23
22302690--22302741	15	3.4	15	84	5	59	69	5	1	23	1.20
22305672--22305788	21	5.6	20	81	9	94	52	14	8	24	1.70
22305672--22305788	42	2.8	42	86	2	155	52	14	8	24	1.70
22305691--22305789	21	4.8	20	81	9	101	51	14	9	25	1.71
22308735--22308789	23	2.5	22	82	11	69	40	12	3	43	1.60
22311385--22311418	7	4.7	7	96	3	59	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22312471--22312700	89	2.6	87	81	10	241	38	20	8	32	1.83
22312699--22312810	46	2.4	48	76	10	124	61	0	2	34	1.16
22312769--22312835	9	7.6	8	74	14	53	67	1	2	28	1.14
22312741--22312819	26	2.8	28	79	13	72	62	0	2	35	1.09
22312796--22312856	18	3.4	17	72	18	52	67	4	4	22	1.30
22312770--22312868	37	2.7	39	76	16	95	64	3	3	29	1.23
22312768--22312854	27	3.3	26	78	12	72	66	3	3	26	1.23
22313108--22313141	10	3.6	10	84	15	54	35	0	0	64	0.94
22313185--22313386	89	2.3	90	86	5	286	31	9	21	37	1.86
22315483--22315536	29	1.9	28	85	14	76	16	29	35	18	1.93
22316654--22316781	26	4.9	26	79	8	111	36	28	14	20	1.92
22316653--22316781	52	2.5	51	83	7	154	37	27	14	20	1.92
22318827--22318865	16	2.5	16	83	4	53	28	2	2	66	1.18
22330784--22330810	11	2.5	11	100	0	54	66	18	0	14	1.25
22356797--22356873	33	2.3	33	82	10	95	31	18	23	27	1.97
22366106--22366148	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
22369955--22369992	9	4.2	9	89	0	58	47	13	7	31	1.71
22372087--22372210	27	4.6	26	68	12	81	23	24	12	40	1.88
22372232--22372406	67	2.6	68	85	3	239	23	26	17	32	1.96
22378748--22378810	27	2.4	27	75	2	74	30	25	4	39	1.76
22378915--22379016	28	3.6	28	81	0	96	31	19	10	38	1.86
22380878--22380912	10	3.5	10	88	0	52	11	31	0	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22397550--22397583	12	2.7	13	86	9	52	44	17	0	38	1.49
22397642--22397750	13	8.3	13	74	2	92	34	21	3	40	1.71
22397642--22397750	26	4.2	26	82	4	112	34	21	3	40	1.71
22404442--22404491	18	2.7	20	76	20	54	64	12	8	16	1.49
22408018--22408176	23	7.0	23	75	12	116	51	2	8	37	1.45
22408106--22408208	47	2.2	45	85	10	129	53	3	5	36	1.43
22408189--22408222	18	1.9	17	88	5	50	55	2	5	35	1.39
22419117--22419178	31	2.0	30	87	3	88	37	4	3	54	1.38
22423896--22423977	35	2.3	35	80	0	92	29	23	19	28	1.98
22425294--22425342	17	3.0	16	85	11	64	59	0	2	38	1.09
22425428--22425480	22	2.5	22	84	3	63	30	33	5	30	1.81
22441029--22441158	64	2.0	63	85	1	170	23	20	23	33	1.98
22441857--22441914	24	2.4	24	100	0	116	32	10	13	43	1.78
22444877--22444925	16	2.9	17	80	19	66	69	0	0	30	0.89
22445490--22445530	19	2.1	20	86	4	57	60	7	0	31	1.24
22452487--22452520	10	3.4	10	100	0	68	0	50	41	8	1.34
22452538--22452565	13	2.2	13	100	0	56	17	0	0	82	0.68
22452572--22452626	27	2.0	27	86	6	76	29	0	1	69	0.99
22460522--22460564	17	2.4	18	85	11	54	65	2	0	32	1.06
22460531--22460564	16	2.1	17	89	10	54	67	2	0	29	1.05
22463286--22463472	93	2.0	93	100	0	374	34	21	14	28	1.94
22466765--22466959	86	2.3	85	83	7	245	40	16	7	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22467058--22467101	10	4.6	10	83	11	56	70	0	2	27	0.99
22467058--22467099	18	2.3	19	91	4	68	71	0	2	26	0.98
22467995--22468103	45	2.5	44	84	4	130	27	5	29	37	1.79
22468011--22468103	44	2.1	45	86	6	127	30	4	30	35	1.77
22468260--22468294	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22468235--22468748	120	4.3	120	91	3	811	48	5	2	44	1.36
22468378--22468414	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
22468497--22468533	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
22468235--22468748	239	2.1	240	90	2	818	48	5	2	44	1.36
22471368--22471495	25	4.9	25	73	9	112	23	20	32	24	1.98
22471337--22471497	80	2.0	80	100	0	322	26	19	32	22	1.97
22471596--22471673	33	2.4	32	83	12	97	25	8	19	46	1.79
22472973--22473071	35	2.8	35	90	0	162	53	20	3	23	1.59
22473044--22473098	27	2.0	27	82	6	67	49	20	5	25	1.70
22475017--22475092	36	2.1	36	87	2	118	53	5	5	35	1.46
22476698--22476734	16	2.3	16	95	0	65	37	16	5	40	1.71
22477908--22477975	30	2.2	31	82	7	77	44	4	23	27	1.72
22478740--22478774	16	2.2	16	100	0	70	31	17	25	25	1.97
22479530--22479665	57	2.3	60	83	10	181	31	19	24	24	1.98
22479800--22479930	67	2.0	67	96	0	244	20	17	33	28	1.95
22481667--22481707	20	2.0	21	95	4	75	29	0	14	56	1.39
22485287--22485342	25	2.2	25	83	0	67	42	14	21	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22485329--22485451	46	2.7	46	91	3	198	36	22	11	29	1.89
22485931--22485980	20	2.5	20	90	6	75	52	20	28	0	1.47
22485935--22485980	15	3.1	15	87	6	58	52	21	26	0	1.47
22485948--22485980	10	3.3	10	91	0	57	54	21	24	0	1.45
22488381--22488415	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
22495316--22495343	5	5.6	5	100	0	56	60	21	0	17	1.36
22498019--22498064	24	1.9	24	100	0	92	23	17	10	47	1.79
22500679--22500731	19	3.0	17	78	10	61	35	7	20	35	1.81
22500703--22500760	22	2.7	21	86	7	80	34	3	18	43	1.68
22505835--22505892	22	2.7	21	84	7	71	34	1	18	44	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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