genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67028787--67028846	29	2.1	30	82	14	74	33	5	6	55	1.48
67029171--67029265	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
67033837--67033910	20	3.8	19	75	10	69	36	1	2	59	1.20
67033869--67033920	20	2.5	20	84	9	70	34	0	1	63	1.06
67033829--67033933	48	2.2	47	80	11	115	40	0	1	57	1.16
67033986--67034197	88	2.5	84	84	8	268	31	8	20	38	1.84
67034301--67034341	21	2.0	21	85	0	55	56	0	2	41	1.13
67035166--67035231	32	2.1	32	94	0	114	33	10	16	39	1.83
67039064--67039103	9	4.3	9	84	6	53	67	0	2	30	1.04
67043319--67043392	24	2.8	26	88	12	98	64	2	16	16	1.40
67043323--67043375	15	3.5	15	78	17	65	67	3	15	13	1.35
67043353--67043408	25	2.3	24	84	3	67	64	0	23	12	1.27
67043401--67043458	29	2.0	29	93	0	98	48	0	22	29	1.51
67046397--67046444	26	1.9	25	87	8	71	66	2	14	16	1.34
67046432--67046479	20	2.2	21	85	10	62	56	0	20	22	1.43
67058183--67058227	17	2.6	17	80	13	56	35	0	0	64	0.94
67058278--67058322	23	2.0	23	86	4	65	55	0	2	42	1.12
67063480--67063572	31	3.1	28	74	12	78	39	2	7	50	1.43
67066083--67066152	30	2.3	30	95	0	122	28	28	11	31	1.92
67067152--67067199	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
67069532--67069570	19	2.0	20	90	5	62	23	0	30	46	1.53
67069795--67069832	19	2.1	19	85	5	51	34	7	15	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67071155--67071339	46	4.0	46	88	5	268	36	9	25	28	1.87
67076076--67076201	46	2.8	46	92	1	200	28	24	11	35	1.90
67077439--67077486	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
67077639--67077708	30	2.3	30	85	0	86	34	11	24	30	1.90
67078520--67078574	20	2.8	20	80	0	65	40	0	14	45	1.45
67078503--67078587	20	4.3	20	77	1	55	38	2	10	48	1.51
67078637--67078758	57	2.1	57	83	0	145	45	6	12	35	1.68
67078750--67078826	20	4.0	20	74	12	63	37	5	18	38	1.73
67078766--67078833	19	3.6	18	72	20	50	36	7	16	39	1.76
67082260--67082300	20	2.2	18	86	8	55	36	0	7	56	1.27
67083025--67083061	16	2.3	16	86	13	58	51	0	0	48	1.00
67085713--67085761	18	2.7	18	93	0	71	18	20	26	34	1.95
67101103--67101148	20	2.3	20	85	10	60	36	2	4	56	1.31
67102194--67102225	17	1.9	17	93	6	57	65	9	6	18	1.42
67103339--67103367	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
67110872--67110920	26	2.0	25	84	8	64	44	6	2	46	1.39
67112761--67112813	21	2.4	21	73	17	54	47	7	3	41	1.50
67121269--67121313	22	2.1	21	84	12	56	44	0	2	53	1.13
67124446--67124591	73	2.0	73	94	0	256	39	27	8	25	1.84
67126615--67126661	15	2.9	17	84	12	64	68	4	2	25	1.19
67126704--67126752	25	2.0	25	91	0	80	51	4	16	28	1.63
67126841--67126881	3	14.3	3	80	10	50	70	0	2	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67126825--67126882	28	2.0	29	83	9	75	68	0	6	24	1.13
67131159--67131203	16	2.7	17	82	6	56	44	0	55	0	0.99
67131807--67131878	31	2.3	32	80	2	92	41	6	12	38	1.70
67135685--67135792	51	2.1	50	89	1	162	30	12	12	44	1.79
67136398--67136491	34	2.8	34	93	4	156	43	19	4	32	1.70
67136550--67136578	8	3.6	8	100	0	58	44	0	0	55	0.99
67141057--67141085	14	2.1	14	100	0	58	6	31	48	13	1.69
67141908--67141941	18	1.9	18	88	5	52	20	5	8	64	1.43
67145845--67145885	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
67152825--67152849	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
67152916--67152964	23	2.3	20	77	16	55	48	2	0	48	1.12
67159026--67159151	65	1.9	65	96	0	234	33	2	9	54	1.46
67171280--67171318	17	2.3	17	81	0	51	46	30	5	17	1.70
67173309--67173376	34	2.0	34	94	0	118	57	13	19	10	1.64
67187438--67187509	8	8.8	8	74	19	51	38	2	1	56	1.22
67187425--67187501	31	2.5	30	74	15	77	38	2	1	57	1.21
67188331--67188368	19	2.0	19	85	10	51	23	5	2	68	1.23
67192135--67192170	16	2.4	15	90	9	56	47	2	0	50	1.15
67192098--67192208	49	2.3	50	76	16	117	47	2	0	48	1.22
67195441--67195513	20	3.7	19	76	8	58	46	12	1	39	1.50
67195445--67195528	40	2.1	40	84	0	105	44	11	2	41	1.54
67201268--67201292	9	2.8	9	100	0	50	12	44	12	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67203422--67203480	29	2.0	30	86	3	84	50	10	3	35	1.53
67216654--67216748	3	31.0	3	82	14	106	32	3	1	63	1.17
67217356--67217491	72	1.9	72	90	0	218	29	17	19	33	1.95
67218228--67218252	7	3.6	7	100	0	50	60	0	28	12	1.32
67218714--67218758	13	3.1	15	81	15	58	31	0	13	55	1.38
67218716--67218761	15	3.1	15	76	14	51	34	0	13	52	1.40
67230602--67230651	23	2.1	24	85	10	68	74	2	8	16	1.15
67232833--67232917	28	2.9	29	81	8	84	40	7	4	48	1.51
67232867--67232927	31	2.0	31	90	0	95	39	4	3	52	1.39
67234997--67235035	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
67247353--67247379	7	3.9	7	100	0	54	14	11	0	74	1.08
67253505--67253808	72	4.2	72	87	0	437	35	20	13	30	1.91
67253505--67253808	144	2.1	144	94	1	529	35	20	13	30	1.91
67256092--67256189	3	33.0	3	74	10	85	33	4	3	59	1.32
67259231--67259287	22	2.7	21	76	12	55	33	0	3	63	1.12
67271377--67271414	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
67277300--67277352	24	2.2	24	89	0	79	58	3	1	35	1.27
67297071--67297374	72	4.2	72	87	1	439	35	19	13	30	1.91
67297071--67297374	144	2.1	144	93	1	520	35	19	13	30	1.91
67304184--67304365	3	61.0	3	71	9	86	35	3	4	56	1.37
67307329--67307373	22	2.0	22	83	8	56	37	0	2	60	1.09
67320426--67320478	24	2.2	24	89	0	79	58	3	1	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67332136--67332191	23	2.4	23	82	5	69	55	3	3	37	1.35
67332390--67332458	23	3.2	23	79	16	69	66	0	8	24	1.19
67332422--67332456	15	2.3	15	90	9	54	65	0	5	28	1.15
67333089--67333146	5	11.4	5	77	18	50	79	0	5	15	0.90
67333100--67333143	16	2.7	16	89	3	61	81	0	4	13	0.83
67333095--67333146	23	2.3	22	83	9	61	80	0	3	15	0.85
67337712--67337783	35	2.1	35	97	0	135	40	11	18	30	1.85
67347378--67347709	165	2.0	167	95	1	596	28	18	20	32	1.96
67349090--67349114	10	2.5	10	100	0	50	52	20	12	16	1.75
67360035--67360590	306	1.8	306	94	0	986	41	16	10	31	1.83
67369559--67369706	72	2.1	72	85	2	199	37	18	14	29	1.91
67378000--67378024	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
67378595--67378649	28	2.0	28	96	0	101	29	9	16	45	1.78
67378696--67378753	29	2.0	29	86	6	82	37	24	6	31	1.82
67381418--67381470	24	2.2	24	82	0	70	56	3	3	35	1.35
67381424--67381469	24	1.9	24	90	0	74	52	4	4	39	1.41
67388836--67388904	23	3.2	23	79	16	69	66	0	8	24	1.19
67388868--67388902	15	2.3	15	90	9	54	65	0	5	28	1.15
67392558--67392605	25	2.0	25	91	4	80	29	0	0	70	0.87
67392559--67392603	16	2.8	18	78	21	55	28	0	0	71	0.87
67394150--67394199	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
67398788--67398837	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67401248--67401294	25	2.0	25	91	8	80	29	0	0	70	0.88
67404416--67404458	23	1.9	23	90	4	70	30	9	4	55	1.52
67404867--67404916	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
67409506--67409555	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
67418498--67418586	31	3.0	29	73	14	81	41	12	11	34	1.78
67427514--67427556	22	2.0	21	81	4	50	34	37	0	27	1.57
67428887--67428929	15	2.8	15	80	16	52	69	0	0	30	0.88
67431581--67431995	127	3.3	126	84	3	532	33	15	22	29	1.94
67433311--67433348	19	2.0	19	85	10	51	39	23	5	31	1.77
67433745--67433784	21	1.9	21	94	0	71	32	12	5	50	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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