genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21991902--21991950	20	2.5	19	80	6	62	67	6	10	16	1.39
21996837--21996961	56	2.2	56	87	2	171	40	7	14	38	1.73
21996955--21997016	23	2.7	23	89	0	88	32	0	22	45	1.53
21996984--21998430	29	51.4	29	87	5	1983	30	0	27	41	1.58
21997115--21997188	22	3.1	22	84	11	85	29	1	29	39	1.65
21996983--21998430	137	10.3	139	88	5	1812	30	0	27	41	1.58
21997408--21997464	22	2.6	22	88	0	78	28	0	33	38	1.57
21997423--21997468	22	2.1	22	100	0	92	26	0	34	39	1.57
21996981--21998430	195	7.4	197	86	6	1757	30	0	27	41	1.58
21997755--21997800	22	2.1	22	100	0	92	26	0	34	39	1.57
21997966--21998008	23	2.0	21	95	4	68	30	0	20	48	1.50
21998094--21998140	12	4.2	11	78	13	51	25	0	36	38	1.56
21998089--21998135	16	3.2	16	74	22	57	31	0	29	38	1.58
21998094--21998140	22	2.1	23	88	4	69	25	0	36	38	1.56
22000758--22000824	32	2.2	30	91	5	107	61	0	1	37	1.05
22000858--22000908	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
22000861--22000958	52	1.9	51	91	2	160	38	0	31	29	1.58
22000913--22000958	21	2.1	21	88	4	65	41	0	32	26	1.56
22003062--22003118	13	4.0	14	75	16	55	40	1	0	57	1.09
22003192--22003238	17	2.9	16	77	20	53	25	6	2	65	1.27
22009170--22009206	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
22023394--22023437	20	2.1	20	83	8	52	52	6	0	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22023585--22023618	17	1.9	18	94	5	61	79	0	2	17	0.86
22029157--22029202	21	2.3	20	85	7	67	36	13	0	50	1.41
22029165--22029208	21	2.0	21	86	4	61	31	15	0	52	1.44
22035067--22035196	42	3.1	42	81	5	140	46	18	21	13	1.84
22035190--22035243	21	2.6	21	76	5	56	42	14	24	18	1.88
22037646--22037722	25	3.1	25	76	14	79	29	22	24	23	1.99
22037637--22037750	50	2.3	51	83	6	135	31	21	22	23	1.98
22037662--22037750	25	3.6	24	78	14	83	30	22	24	22	1.99
22040745--22040905	81	2.0	81	95	0	286	29	13	16	40	1.87
22049981--22050035	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
22050001--22050035	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22049950--22050632	120	5.8	116	87	6	671	51	3	1	42	1.31
22050121--22050273	18	8.0	18	68	21	89	54	1	1	42	1.20
22050091--22050632	118	4.5	119	93	3	878	52	3	1	42	1.28
22050091--22050632	238	2.3	238	92	2	903	52	3	1	42	1.28
22050448--22050514	18	4.5	15	66	26	52	58	0	1	40	1.07
22058384--22058433	24	2.1	24	96	0	91	38	14	12	36	1.83
22061053--22061082	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
22064762--22064808	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
22067717--22067796	41	1.9	42	89	2	126	58	1	15	25	1.44
22068075--22068136	28	2.2	28	100	0	124	19	12	6	61	1.53
22072655--22072701	18	2.6	18	86	0	67	36	12	8	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22073126--22073297	72	2.4	71	87	0	254	26	6	13	54	1.63
22074680--22074724	21	2.1	21	87	0	63	31	13	35	20	1.91
22075341--22075378	13	2.9	13	88	0	58	39	23	10	26	1.87
22075395--22075441	20	2.4	20	82	13	62	63	0	23	12	1.28
22075536--22075566	15	2.1	14	94	5	53	35	0	6	58	1.24
22076698--22076772	19	3.8	19	86	6	105	37	9	14	38	1.79
22076699--22076761	21	3.1	21	88	4	94	38	9	12	39	1.76
22076970--22077010	20	2.0	22	85	9	59	14	9	4	70	1.30
22077446--22077472	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
22077405--22077472	8	8.4	8	75	10	59	22	0	4	73	1.01
22077397--22077472	16	4.4	17	71	20	59	21	1	3	73	1.06
22090500--22090558	21	2.9	21	85	9	77	76	0	18	5	0.97
22091948--22092276	44	7.5	43	66	19	142	29	19	25	25	1.98
22092339--22092753	44	9.7	44	69	13	192	26	18	23	30	1.98
22091808--22092352	132	4.1	132	94	0	910	30	20	24	25	1.99
22092423--22092755	173	1.9	172	92	4	564	27	19	23	30	1.98
22092512--22092973	217	2.1	216	85	3	610	28	18	23	29	1.98
22092423--22092836	173	2.4	171	85	8	504	27	18	23	30	1.98
22092561--22093053	217	2.3	217	83	3	564	29	19	23	28	1.98
22093365--22093439	19	3.8	19	86	6	105	37	8	16	38	1.78
22093366--22093428	21	3.1	21	90	4	103	36	9	14	39	1.78
22093418--22093462	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22093637--22093676	19	2.0	22	85	14	59	15	10	5	70	1.32
22101405--22101504	51	2.0	51	84	4	130	55	3	9	33	1.47
22101547--22101579	13	2.5	14	85	14	52	69	0	0	30	0.88
22110768--22110799	10	3.2	10	100	0	64	18	0	0	81	0.70
22113554--22113589	12	2.7	14	87	12	58	38	13	0	47	1.44
22114261--22114289	14	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
22115756--22115805	21	2.4	21	83	9	59	26	28	4	42	1.73
22115980--22116017	19	2.1	19	90	5	60	47	18	23	10	1.79
22125515--22125545	16	1.9	16	100	0	62	25	9	19	45	1.81
22125536--22125581	13	2.8	18	69	30	57	28	6	13	52	1.65
22127589--22127660	36	2.0	36	100	0	144	41	11	27	19	1.85
22131901--22131930	12	2.5	12	94	0	51	43	6	13	36	1.70
22135614--22135654	13	3.1	13	86	6	55	58	0	2	39	1.11
22135626--22135655	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
22137263--22137344	42	1.9	43	87	7	123	64	0	1	34	1.01
22138838--22138877	20	2.0	20	85	0	53	25	10	15	50	1.74
22140085--22140118	11	3.1	11	100	0	68	44	8	11	35	1.72
22140986--22141019	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
22150292--22150347	21	2.6	21	77	11	60	41	0	0	58	0.98
22150701--22150751	19	2.7	20	78	9	61	43	11	0	45	1.40
22159276--22159342	13	5.2	13	72	0	53	34	4	22	38	1.74
22159284--22159342	26	2.3	26	75	0	64	37	3	23	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22160022--22160053	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
22165065--22165119	22	2.5	22	85	5	67	20	12	25	41	1.87
22165449--22165571	52	2.4	52	100	0	246	26	7	23	43	1.80
22165501--22165844	116	2.9	116	93	3	582	26	9	20	43	1.83
22165732--22165849	52	2.3	52	100	0	236	27	6	22	43	1.78
22166866--22166938	23	3.3	23	66	11	71	45	2	4	47	1.36
22166860--22166965	43	2.5	41	86	9	142	48	4	2	44	1.38
22170117--22170323	91	2.3	90	88	3	290	45	3	3	46	1.39
22170473--22170514	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22170464--22170505	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22170448--22170764	157	2.0	157	97	0	598	47	4	3	44	1.41
22170630--22170671	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22170621--22170662	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22170800--22170903	45	2.5	40	78	15	120	32	28	3	34	1.76
22170816--22170906	45	2.0	44	89	2	137	35	28	4	31	1.77
22170885--22170922	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
22174794--22174919	29	4.2	29	65	20	80	55	0	1	42	1.09
22176531--22176610	31	2.9	27	77	16	92	66	3	1	28	1.17
22179631--22179688	17	3.4	17	77	15	57	18	5	0	75	0.98
22183956--22183983	7	4.0	7	100	0	56	57	14	14	14	1.66
22196872--22196929	17	2.9	21	71	28	54	31	6	0	62	1.22
22196853--22196914	17	3.6	18	81	14	60	22	8	0	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22196882--22196961	13	6.2	13	70	24	53	37	5	1	56	1.29
22196888--22196936	26	1.9	25	87	4	71	36	4	0	59	1.17
22196893--22196950	26	2.2	26	81	6	64	37	5	1	55	1.33
22199177--22199339	87	1.9	86	84	3	220	39	21	12	26	1.88
22207130--22207161	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22207379--22207578	51	4.0	51	78	7	228	30	28	17	24	1.97
22207387--22207570	100	1.8	102	89	4	293	31	27	17	23	1.97
22210215--22210255	20	2.0	21	90	4	66	63	4	4	26	1.35
22211142--22211175	15	2.3	15	100	0	68	44	17	8	29	1.79
22224664--22224698	18	1.9	18	94	0	61	40	22	0	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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