genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22990312--22990367	15	3.9	15	75	6	55	37	1	0	60	1.07
22995347--22995410	29	2.2	29	81	10	69	15	40	20	23	1.90
22997189--22997240	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
22997221--22997315	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
22997453--22997507	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
22997638--22997798	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
23005852--23005930	30	2.7	29	76	5	70	39	0	11	49	1.39
23017947--23018008	32	1.9	33	83	9	83	72	4	12	9	1.25
23018977--23019025	24	2.0	24	84	7	64	57	6	0	36	1.24
23019030--23019076	6	7.7	6	80	4	58	53	0	0	46	1.00
23019024--23019079	12	4.5	13	76	10	64	53	0	0	46	1.00
23019032--23019082	25	2.0	25	96	0	93	58	0	0	41	0.98
23019009--23019079	19	3.9	19	72	20	62	56	0	0	43	0.99
23019117--23019158	19	2.3	18	84	11	59	14	69	2	14	1.30
23019117--23019153	6	6.2	6	93	6	58	16	67	2	13	1.34
23032934--23033018	41	2.1	41	95	0	152	24	22	18	34	1.96
23037616--23037710	21	4.5	21	79	0	100	46	18	22	12	1.83
23037616--23037717	42	2.4	42	83	3	125	46	17	23	12	1.83
23037906--23037942	17	2.2	17	90	0	56	48	16	0	35	1.46
23043704--23043774	21	3.4	21	86	0	97	47	18	19	14	1.82
23057016--23057050	18	2.0	17	88	5	52	20	17	8	54	1.68
23060733--23060799	30	2.2	30	83	5	80	17	50	1	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23061211--23061245	18	2.0	18	88	5	54	34	5	0	60	1.21
23066796--23066837	15	2.9	15	83	16	54	57	16	4	21	1.58
23073191--23073253	28	2.2	28	82	2	72	68	1	6	23	1.22
23076502--23076609	51	2.1	51	87	3	155	43	14	10	31	1.79
23076502--23076609	17	6.4	17	70	4	83	43	14	10	31	1.79
23077651--23077758	33	3.5	31	74	12	89	50	15	0	33	1.51
23079176--23079242	32	2.1	31	83	8	82	37	5	0	56	1.24
23084345--23084381	19	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
23086537--23086593	26	2.2	26	84	9	73	17	24	5	52	1.65
23097341--23097472	43	3.0	44	79	9	130	32	24	17	25	1.97
23101109--23101167	18	3.5	18	70	25	65	40	32	0	27	1.56
23104460--23104530	21	3.2	22	82	9	83	63	8	14	14	1.51
23104460--23104530	22	3.3	22	78	13	76	63	8	14	14	1.51
23104587--23104648	22	2.7	23	76	14	83	56	6	11	25	1.58
23104587--23104703	40	2.7	43	79	9	132	56	8	15	19	1.65
23108669--23108844	91	2.0	88	86	5	248	35	19	11	32	1.89
23108973--23109034	10	6.3	10	81	3	81	66	1	1	30	1.11
23108971--23109034	19	3.3	19	80	4	83	65	1	1	31	1.11
23108974--23109035	29	2.2	28	88	2	88	64	1	1	32	1.13
23110072--23110182	19	5.8	19	86	0	168	38	8	14	38	1.76
23110079--23110182	38	2.7	38	96	0	190	39	7	13	39	1.73
23110072--23110208	19	6.9	21	84	4	105	37	7	15	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23120540--23120566	6	4.5	6	100	0	54	70	0	29	0	0.88
23131650--23131692	22	2.0	22	95	0	77	34	18	9	37	1.83
23134936--23134975	17	2.4	17	91	0	62	20	25	40	15	1.90
23136347--23136425	36	2.2	35	84	8	106	12	12	34	40	1.81
23139618--23139689	27	2.6	28	84	6	94	30	4	2	62	1.28
23139906--23140080	93	1.9	91	81	5	208	37	7	16	38	1.77
23139906--23140080	92	1.9	91	81	6	210	37	7	16	38	1.77
23140375--23140419	8	6.1	7	80	19	56	13	0	40	46	1.43
23140489--23140605	34	3.4	34	81	5	146	41	0	15	41	1.53
23140682--23141951	125	10.2	125	84	1	1467	38	15	16	29	1.89
23140702--23141913	625	1.9	625	85	2	1684	39	15	16	28	1.89
23146943--23146981	18	2.2	18	90	0	60	46	7	20	25	1.77
23148524--23148562	20	1.9	21	84	5	53	66	2	2	28	1.18
23149993--23150032	6	6.7	6	100	0	80	17	35	15	32	1.91
23151533--23151589	28	2.0	28	96	0	105	29	12	14	43	1.81
23152876--23152908	7	4.7	7	100	0	66	45	12	0	42	1.41
23157509--23157671	86	1.9	86	84	5	222	36	23	13	25	1.92
23165777--23165870	12	8.8	11	68	21	58	10	21	2	65	1.33
23165814--23165877	18	3.5	19	82	4	69	9	21	1	67	1.28
23167735--23167811	40	1.9	40	91	0	127	33	12	22	31	1.92
23170496--23170531	18	2.1	17	89	5	54	44	0	8	47	1.33
23171150--23171192	16	2.6	16	85	3	50	44	2	2	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23175709--23175749	21	1.9	22	90	5	66	12	7	12	68	1.39
23176570--23176601	7	4.4	7	96	4	55	84	0	3	12	0.74
23182035--23182077	21	2.0	23	86	9	63	58	9	2	30	1.42
23182802--23182899	34	2.9	33	87	6	142	42	13	14	29	1.83
23184166--23184190	11	2.3	11	100	0	50	48	16	0	36	1.46
23192677--23192728	26	1.9	28	84	7	72	69	5	3	21	1.26
23193114--23193160	18	2.7	17	75	18	51	25	6	2	65	1.27
23194114--23194156	12	3.5	12	78	6	50	62	2	2	32	1.20
23197629--23197684	29	1.9	29	88	0	85	23	33	25	17	1.96
23198033--23198063	16	1.9	16	93	0	53	61	22	3	12	1.46
23202453--23202479	6	4.5	6	100	0	54	51	33	0	14	1.43
23202729--23202773	23	2.0	23	82	8	56	37	8	4	48	1.55
23225003--23225462	232	2.0	232	90	0	722	36	21	13	28	1.91
23225995--23226055	22	2.8	22	76	0	68	42	13	18	26	1.86
23225891--23229409	749	4.7	749	95	0	6233	36	21	13	28	1.92
23229936--23229983	24	2.0	24	100	0	96	58	16	8	16	1.61
23232469--23232624	68	2.3	68	87	0	213	29	25	12	32	1.93
23234475--23234531	25	2.3	25	87	3	80	19	17	24	38	1.93
23234732--23234787	28	2.0	28	100	0	112	39	14	14	32	1.86
23235671--23235697	12	2.2	12	100	0	54	14	22	25	37	1.93
23240463--23240494	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
23240654--23240809	43	3.7	42	72	14	151	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23243476--23243527	22	2.4	21	76	17	54	63	3	3	28	1.30
23243518--23243559	18	2.2	20	80	16	54	47	2	0	50	1.14
23249801--23249840	20	2.0	21	90	5	64	70	10	0	20	1.16
23258121--23258156	13	2.8	13	91	0	63	36	38	8	16	1.79
23258527--23258569	23	1.9	22	90	4	68	0	13	6	79	0.93
23259284--23259435	45	3.3	46	80	9	148	38	5	4	50	1.47
23259316--23259468	24	6.7	23	73	12	120	38	6	3	51	1.44
23264232--23264266	17	2.1	17	100	0	70	54	0	22	22	1.45
23267355--23267743	180	2.2	175	83	8	471	31	18	20	29	1.97
23267952--23267991	20	2.0	21	90	5	64	70	17	0	12	1.18
23269323--23269358	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
23275950--23275991	11	4.1	10	79	14	50	64	2	2	30	1.19
23279309--23279354	19	2.5	19	80	16	53	76	2	8	13	1.11
23288262--23288315	8	6.8	8	95	0	99	50	0	14	35	1.44
23289672--23289718	25	2.0	22	88	12	67	38	0	2	59	1.09
23289672--23289716	24	2.0	22	86	8	63	37	0	2	60	1.09
23293174--23293205	9	3.6	9	95	0	55	34	18	34	12	1.89
23294322--23294363	9	4.9	9	88	11	70	57	9	0	33	1.31
23294329--23294366	16	2.4	16	95	0	67	55	10	0	34	1.34
23297239--23297272	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
23304623--23304652	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
23310361--23310399	18	2.1	18	85	4	51	23	2	2	71	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23310995--23311130	67	2.0	67	100	0	272	30	8	25	35	1.86
23313398--23313485	41	2.2	40	83	2	104	48	14	18	18	1.81
23314402--23314452	24	2.1	24	100	0	102	31	11	27	29	1.92
23314747--23314894	45	3.3	45	85	3	208	29	16	24	29	1.96
23314947--23314993	24	2.0	24	95	0	85	23	19	19	38	1.93
23315187--23315406	45	4.9	45	82	3	151	31	20	22	25	1.98
23314970--23315309	181	1.9	181	85	2	468	31	19	20	28	1.97
23315187--23315430	89	2.7	89	83	1	265	31	21	20	26	1.98
23315011--23315449	44	9.8	45	77	6	293	32	19	21	27	1.97
23315492--23315692	100	2.0	100	98	0	384	30	16	21	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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