genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21169966--21170017	21	2.5	20	81	9	59	34	38	0	26	1.57
21170025--21170085	21	2.9	21	82	2	68	39	32	3	24	1.72
21170058--21170095	15	2.6	15	83	4	51	44	39	0	15	1.47
21170053--21170152	22	4.7	21	70	14	69	47	31	2	20	1.61
21170110--21170156	14	3.4	14	81	0	58	46	34	0	19	1.50
21170367--21170705	114	3.0	114	89	1	529	26	28	19	25	1.99
21170609--21170793	88	2.1	87	89	4	282	30	31	18	19	1.96
21170750--21170910	73	2.2	73	93	0	277	29	26	18	26	1.98
21170697--21171067	187	2.0	186	88	0	553	26	27	19	26	1.99
21170810--21171024	114	1.9	114	87	0	313	26	27	19	26	1.99
21173248--21173432	50	3.7	50	83	0	226	22	30	21	25	1.99
21178028--21178115	34	2.5	35	79	1	97	38	32	10	18	1.84
21178575--21178641	31	2.2	31	94	0	116	35	14	5	43	1.71
21183051--21183149	29	3.4	28	66	12	72	33	11	15	40	1.82
21183057--21183172	60	1.9	59	81	6	135	41	10	12	35	1.78
21188356--21188386	16	1.9	16	93	0	53	64	3	12	19	1.41
21195338--21195526	52	3.6	52	84	2	220	22	16	26	33	1.95
21195338--21195513	26	6.8	26	82	1	176	21	17	26	34	1.95
21196122--21196156	13	2.8	13	91	4	54	34	0	20	45	1.51
21198129--21198245	42	2.8	42	83	11	157	21	20	29	29	1.98
21201277--21201351	36	2.1	36	100	0	150	25	18	16	40	1.91
21202051--21202087	9	4.1	9	100	0	74	45	10	10	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21202136--21202192	30	1.9	30	92	0	96	21	40	0	38	1.53
21202302--21202361	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
21202430--21202486	19	3.1	17	74	18	53	22	29	0	47	1.52
21204454--21204481	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
21205908--21205958	17	2.9	17	71	11	50	68	7	0	23	1.15
21206131--21206196	22	3.0	22	79	0	69	57	15	21	6	1.59
21207499--21207570	28	2.8	24	70	22	74	44	6	8	40	1.61
21209211--21209263	23	2.3	23	87	6	72	43	5	1	49	1.37
21209284--21209339	24	2.4	23	85	11	78	46	1	1	50	1.22
21214027--21214051	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
21222857--21223043	84	2.2	85	97	1	349	52	14	1	30	1.51
21225456--21225485	16	1.9	15	93	6	51	66	10	0	23	1.21
21230544--21230579	18	2.0	18	88	0	54	36	2	2	58	1.27
21232794--21232837	13	3.1	14	75	18	54	47	0	0	52	1.00
21232795--21232838	16	2.9	16	71	28	51	47	0	0	52	1.00
21232795--21232845	17	3.4	17	70	27	51	47	0	0	52	1.00
21232795--21232856	29	2.1	29	84	6	79	48	0	1	50	1.10
21233662--21233691	14	2.1	15	93	6	53	56	0	13	30	1.37
21238593--21238638	21	2.2	21	84	0	56	56	10	17	15	1.67
21240350--21240378	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
21246020--21246105	25	3.5	25	78	12	97	23	25	19	31	1.98
21250940--21250994	27	2.0	27	85	0	74	36	21	21	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21255602--21255688	26	3.3	26	80	0	102	35	31	12	20	1.90
21258321--21258866	47	11.4	47	90	2	786	32	8	29	29	1.88
21258985--21259063	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21261709--21261750	21	1.9	23	90	9	70	35	2	0	61	1.09
21261738--21261771	8	4.0	8	85	14	50	35	5	0	58	1.22
21261709--21261765	23	2.5	23	81	16	66	35	5	0	59	1.20
21262956--21263006	25	2.0	26	84	3	68	37	3	21	37	1.72
21267189--21267264	32	2.4	31	93	6	134	57	0	7	34	1.28
21267352--21267405	21	2.5	22	88	5	85	29	31	7	31	1.85
21268675--21268751	31	2.5	31	78	2	84	41	10	7	40	1.68
21270520--21270566	24	2.0	24	83	8	60	55	10	8	25	1.62
21274943--21274971	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
21275106--21275156	17	3.1	17	83	10	54	41	0	3	54	1.19
21278092--21278196	47	2.2	46	83	10	122	32	29	16	21	1.95
21289203--21289288	33	2.6	33	76	7	93	27	22	16	33	1.95
21291764--21291862	23	4.3	23	90	0	162	21	22	24	32	1.98
21291764--21291862	46	2.2	46	96	0	180	21	22	24	32	1.98
21292814--21292881	2	34.0	2	100	0	136	0	0	50	50	1.00
21296491--21296546	23	2.4	23	81	3	67	46	1	3	48	1.30
21305255--21305302	22	2.2	23	85	7	64	35	12	0	52	1.40
21319354--21319386	13	2.5	13	95	0	57	39	0	21	39	1.53
21326686--21326727	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21326825--21326869	21	2.1	21	95	0	81	46	24	8	20	1.78
21326845--21326905	30	2.0	30	93	0	104	49	21	4	24	1.69
21333321--21333365	23	2.0	23	82	8	56	55	0	0	44	0.99
21345373--21345433	31	2.0	31	87	6	88	39	3	4	52	1.39
21354129--21354171	17	2.5	17	88	3	68	13	6	0	79	0.93
21358824--21359029	103	2.0	103	98	0	394	30	21	27	20	1.98
21376435--21376468	15	2.3	15	90	5	52	2	5	23	67	1.26
21378126--21378150	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21378059--21378236	98	1.8	98	80	7	218	44	12	6	36	1.69
21381488--21381694	90	2.3	90	88	4	290	44	4	3	46	1.41
21381699--21382119	54	7.1	57	65	20	179	42	2	4	50	1.37
21381748--21382066	66	5.2	64	66	19	232	41	3	5	49	1.43
21381710--21382125	120	3.5	120	96	0	742	42	2	5	50	1.38
21381783--21382090	61	5.1	61	67	14	253	42	2	6	49	1.40
21381955--21382006	15	3.6	15	80	12	56	44	0	0	55	0.99
21382084--21382125	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21382075--21382116	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21382059--21382375	157	2.0	157	97	0	598	47	4	3	44	1.40
21382228--21382262	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21382060--21382298	75	3.1	75	64	18	191	46	3	3	46	1.35
21382410--21382514	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21382408--21382528	45	2.8	42	80	9	131	33	29	6	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21390186--21390225	18	2.2	19	86	4	55	67	15	7	10	1.41
21391080--21391138	21	2.7	22	77	17	70	38	0	3	57	1.15
21391228--21391298	31	2.3	31	85	0	88	25	15	9	49	1.75
21395487--21395554	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
21398410--21398460	16	3.2	16	75	5	50	62	5	3	27	1.36
21405699--21405894	39	5.0	39	90	0	284	23	15	34	27	1.94
21406701--21406875	87	2.0	87	100	0	350	47	8	8	36	1.62
21409058--21409108	23	2.2	23	82	6	59	50	19	11	17	1.76
21410212--21410249	14	2.7	14	92	8	60	57	0	2	39	1.12
21414763--21414802	21	1.9	21	84	0	53	27	5	22	45	1.73
21416907--21416948	11	3.8	11	87	0	66	71	0	14	14	1.15
21416905--21416948	22	2.0	22	100	0	88	72	0	13	13	1.12
21417957--21417992	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21423260--21423346	32	2.7	33	78	10	90	49	10	5	34	1.61
21425299--21425361	29	2.3	27	83	5	72	39	9	17	33	1.82
21427224--21427341	49	2.3	50	82	8	132	65	8	21	5	1.40
21439555--21439644	47	1.9	47	97	0	171	47	1	11	40	1.46
21442520--21442669	45	3.7	45	69	26	161	17	6	21	55	1.63
21442580--21442706	51	2.6	47	82	9	157	14	5	22	56	1.59
21442508--21442689	74	2.5	72	88	7	273	15	6	21	56	1.61
21442654--21442694	12	3.4	12	89	0	64	7	4	24	63	1.40
21442508--21442718	23	8.9	23	73	13	160	14	6	21	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21443545--21443795	116	2.2	115	95	1	450	45	5	2	45	1.41
21443773--21443811	16	2.5	16	95	4	71	28	0	0	71	0.86
21443661--21443956	130	2.3	132	95	1	524	44	4	2	48	1.36
21443910--21443943	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
21446174--21446277	49	2.1	49	92	0	172	30	8	10	50	1.67
21447664--21448742	120	9.0	120	92	2	1807	42	1	4	51	1.31
21448104--21448157	15	3.8	13	77	22	56	37	1	0	61	1.07
21448090--21448144	17	3.4	17	82	9	62	38	1	0	60	1.08
21448211--21448244	17	2.0	17	94	0	59	38	2	0	58	1.13
21448328--21448365	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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