genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  23  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8193019--8193056	17	2.3	17	90	4	60	78	2	10	7	1.04
8195271--8195312	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
8208468--8208495	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
8220213--8220257	21	2.2	20	84	4	54	33	6	2	57	1.37
8228802--8228870	32	2.2	32	80	10	81	37	2	0	59	1.12
8235282--8235326	17	2.6	18	82	13	58	31	2	0	66	1.04
8241562--8241612	24	2.1	25	85	3	68	31	9	7	50	1.64
8246900--8247491	130	4.6	128	79	5	535	37	10	17	34	1.84
8248902--8248937	9	4.0	9	85	0	54	44	33	22	0	1.53
8248901--8248933	12	2.8	12	90	0	57	42	33	24	0	1.55
8254902--8254968	34	2.0	34	90	0	107	22	11	16	49	1.78
8266338--8266540	111	1.8	112	87	5	304	49	7	6	35	1.57
8270905--8270929	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8270729--8271194	235	2.0	232	86	3	639	32	11	14	41	1.82
8276779--8276822	21	2.0	22	82	4	54	38	2	2	56	1.24
8277432--8277461	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
8277902--8277940	20	2.0	20	94	0	69	25	10	15	48	1.76
8279431--8279473	17	2.4	17	84	11	50	48	2	0	48	1.14
8314230--8314270	2	20.5	2	94	0	55	0	7	51	41	1.30
8315010--8315061	22	2.3	24	75	18	58	48	1	3	46	1.31
8315013--8315056	20	2.1	22	83	8	56	47	2	2	47	1.27
8327533--8327581	23	2.1	23	100	0	98	34	4	0	61	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8336083--8336155	27	2.7	27	91	0	119	30	23	28	17	1.97
8336160--8336838	19	33.3	19	66	24	211	30	0	13	55	1.41
8336163--8336412	101	2.5	100	92	3	405	29	0	13	56	1.40
8336286--8336493	80	2.6	80	92	3	339	29	0	12	57	1.36
8336365--8336586	101	2.2	99	92	4	374	30	0	13	56	1.41
8336185--8336673	181	2.7	181	95	0	856	30	0	12	56	1.38
8336467--8336732	80	3.3	80	93	0	451	30	0	12	57	1.38
8336286--8336777	261	1.9	268	91	4	818	30	0	12	56	1.38
8336706--8336782	27	3.0	27	85	11	117	29	0	15	54	1.42
8336728--8336837	42	2.6	42	97	0	211	30	0	17	52	1.45
8336836--8336932	33	3.1	32	68	24	82	35	0	10	54	1.34
8336831--8336948	60	2.0	60	88	3	175	33	0	11	53	1.44
8337070--8337106	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
8337177--8337227	15	3.4	15	91	0	84	19	31	31	17	1.95
8342528--8342556	7	4.3	7	91	8	51	82	0	0	17	0.66
8342531--8342556	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8351203--8351249	11	4.1	11	77	17	51	72	0	0	27	0.85
8351793--8351825	17	1.9	17	93	0	57	33	0	21	45	1.52
8351819--8351852	18	1.9	17	88	5	50	70	2	2	23	1.15
8353055--8353111	30	1.9	30	85	0	78	36	3	26	33	1.74
8353437--8353632	69	2.8	69	88	4	266	21	18	28	32	1.97
8358433--8358484	15	3.4	15	83	2	68	53	1	25	19	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8369303--8369417	21	5.5	21	68	8	81	20	18	18	42	1.89
8369305--8369429	42	3.0	43	84	3	173	19	20	18	42	1.90
8369406--8369465	21	2.9	21	87	5	86	13	25	20	41	1.88
8380221--8380251	16	2.0	15	93	6	53	38	0	0	61	0.96
8384171--8384205	18	1.9	18	88	11	54	28	40	0	31	1.57
8386755--8386821	34	1.9	35	87	3	100	35	8	8	46	1.67
8395171--8395201	11	2.9	11	95	4	55	67	6	0	25	1.14
8395317--8396131	153	5.3	153	88	4	1126	29	9	7	52	1.62
8396399--8396474	40	1.9	40	88	0	116	38	25	21	15	1.92
8396539--8396693	41	3.8	40	85	3	193	18	20	31	29	1.97
8397339--8397407	7	9.7	7	80	1	57	15	5	44	33	1.71
8397339--8397394	21	2.6	21	82	2	67	14	5	46	33	1.67
8398672--8398709	16	2.3	17	95	4	69	2	13	21	63	1.42
8401759--8402246	129	3.8	129	89	1	620	27	15	25	32	1.95
8401769--8402232	43	10.8	43	79	4	479	26	15	25	32	1.95
8405864--8405919	27	2.1	27	83	6	69	26	8	1	62	1.35
8406125--8406335	43	4.8	43	82	5	228	25	18	28	27	1.98
8406125--8406335	89	2.4	86	84	5	264	25	18	28	27	1.98
8406145--8406337	86	2.2	90	87	5	270	24	18	29	27	1.98
8423380--8423404	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
8429689--8429746	29	2.0	29	89	0	89	53	10	5	31	1.57
8438968--8438995	6	4.7	6	100	0	56	50	0	14	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8443997--8444110	47	2.4	47	81	8	126	27	13	27	32	1.93
8444023--8444131	47	2.2	50	79	6	116	22	11	30	36	1.88
8444674--8444735	25	2.5	25	86	5	81	22	22	17	37	1.94
8444696--8444776	22	3.5	23	74	14	78	19	24	17	38	1.93
8444674--8444783	47	2.3	48	78	13	129	20	23	17	38	1.93
8447905--8447974	28	2.5	28	97	2	133	41	11	0	47	1.40
8447963--8448001	20	2.0	20	89	0	60	82	5	2	10	0.93
8448031--8448109	27	2.9	27	90	0	122	27	21	32	17	1.96
8448415--8448480	19	3.5	19	80	12	91	37	9	1	51	1.43
8448707--8448803	18	5.2	19	79	7	117	48	0	13	38	1.43
8448707--8448803	38	2.6	37	95	3	176	48	0	13	38	1.43
8449377--8449459	27	3.1	27	87	0	112	16	30	25	27	1.97
8449510--8449572	26	2.4	27	97	2	119	47	0	11	41	1.39
8457542--8457610	25	2.8	24	80	8	66	30	17	23	28	1.97
8466027--8466165	25	5.5	25	73	6	93	32	21	25	20	1.98
8466271--8466320	26	1.9	26	83	0	64	38	22	22	18	1.94
8485755--8485792	14	2.7	14	91	0	58	47	5	7	39	1.55
8488865--8489050	100	1.9	100	91	0	309	37	19	15	27	1.92
8496104--8496135	15	2.1	15	94	0	55	71	6	6	15	1.26
8496309--8496365	28	2.0	28	100	0	114	31	21	0	47	1.51
8496308--8496352	14	3.1	15	70	23	51	33	22	0	44	1.53
8496318--8496364	14	3.4	14	72	21	53	34	19	0	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8496653--8496731	32	2.5	32	85	4	97	41	27	5	25	1.76
8499390--8499568	46	3.9	46	83	2	225	36	10	24	29	1.88
8499390--8499566	92	1.9	92	86	2	248	36	10	24	28	1.88
8512631--8512729	33	2.9	33	85	5	119	46	0	11	42	1.39
8512791--8513188	127	3.2	126	85	2	530	36	15	18	29	1.91
8516144--8516258	54	2.2	53	81	7	126	50	6	1	41	1.37
8516201--8516257	25	2.3	24	77	11	62	54	3	1	40	1.28
8516678--8516733	18	3.1	18	94	0	94	41	8	26	23	1.84
8518284--8518326	20	2.1	21	83	12	54	67	2	6	23	1.27
8518694--8518738	18	2.5	18	88	0	72	40	11	26	22	1.87
8520288--8520331	22	2.0	23	82	13	56	68	2	6	22	1.25
8521837--8521909	31	2.4	31	83	2	85	45	10	12	31	1.76
8534614--8534650	17	2.2	18	90	9	60	27	0	5	67	1.12
8534979--8535050	29	2.4	29	81	9	83	40	16	18	25	1.91
8537188--8537232	21	2.1	22	88	12	67	22	4	13	60	1.51
8537189--8537233	20	2.2	21	84	11	58	24	4	13	57	1.54
8547110--8547180	21	3.2	21	67	18	63	23	8	23	43	1.81
8547104--8547193	45	2.0	45	100	0	180	26	8	24	40	1.84
8549127--8549254	37	3.5	37	94	0	220	47	0	13	38	1.48
8549140--8549248	18	5.9	18	75	8	103	47	0	11	39	1.47
8563494--8563553	21	2.9	21	87	5	86	13	25	20	41	1.88
8578172--8578206	18	1.9	18	88	11	54	28	40	0	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580754--8580820	34	1.9	35	87	3	100	35	8	8	46	1.67
8589031--8589061	11	2.9	11	95	4	55	67	6	0	25	1.14
8589177--8589987	151	5.3	151	85	6	1003	29	9	8	52	1.63
8589197--8589995	305	2.6	305	86	6	1082	30	9	8	52	1.62
8590252--8590322	35	2.0	36	91	5	117	38	22	21	18	1.94
8590252--8590330	35	2.2	36	88	6	115	41	21	18	17	1.90
8590390--8590509	40	3.0	40	91	2	197	19	22	30	27	1.98
8590394--8590537	40	3.7	38	81	9	132	20	22	27	29	1.99
8590932--8590960	14	2.0	15	93	6	51	31	0	34	34	1.58
8591036--8591180	78	1.8	79	89	4	231	28	1	24	44	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240