genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72920361--72920410	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
72924350--72924408	29	2.0	29	100	0	118	30	13	20	35	1.91
72925105--72925171	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
72932647--72932797	75	2.0	75	100	0	302	40	11	19	27	1.87
72939707--72939741	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
72940890--72940938	25	2.0	25	88	4	73	24	0	18	57	1.41
72942634--72942659	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
72942625--72942728	40	2.6	40	84	6	147	34	2	0	62	1.10
72942685--72942762	29	2.6	30	84	10	88	30	1	1	66	1.07
72942626--72942750	40	3.1	39	76	16	114	31	2	0	65	1.11
72944996--72945062	31	2.2	31	84	7	84	38	11	2	46	1.56
72945009--72945120	31	3.7	29	75	7	98	41	8	2	47	1.49
72946860--72946898	19	2.0	20	85	5	53	48	0	2	48	1.15
72954038--72954105	34	2.0	34	100	0	136	32	8	20	38	1.84
72955155--72955215	31	2.0	31	90	0	95	49	1	4	44	1.33
72956064--72956137	37	2.0	37	81	5	87	31	18	8	41	1.80
72957068--72957539	182	2.6	182	90	1	721	33	12	20	32	1.91
72957368--72957898	207	2.6	203	83	3	643	31	11	22	34	1.90
72961845--72962138	46	6.3	47	90	6	420	35	14	21	28	1.93
72961779--72962138	98	3.8	93	85	8	485	34	14	21	28	1.93
72961779--72962127	144	2.4	144	95	0	628	34	15	21	28	1.94
72962102--72962358	37	7.0	37	95	0	455	37	15	21	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72964324--72964661	168	2.0	168	82	4	405	26	12	15	44	1.83
72964963--72965294	86	3.9	85	86	4	389	31	8	17	42	1.79
72965315--72965399	40	2.1	40	84	4	109	30	7	12	49	1.68
72965821--72965891	29	2.5	29	77	11	74	29	9	22	38	1.86
72978889--72978931	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
72982621--72982665	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
72991952--72992007	8	6.8	8	74	22	53	39	0	1	58	1.08
72996980--72997029	14	3.7	14	80	19	54	4	24	0	72	1.02
72997461--72997846	192	2.0	194	81	7	453	33	15	12	38	1.85
72998994--72999104	30	3.8	29	68	13	84	41	8	6	44	1.59
72999068--72999130	30	2.0	32	82	14	78	39	11	7	41	1.70
73010572--73010637	30	2.2	30	81	5	80	43	12	6	37	1.67
73019549--73019595	12	4.0	12	75	2	51	51	2	0	46	1.13
73022629--73022959	69	5.0	67	72	12	236	35	18	6	40	1.76
73030433--73030474	10	4.3	9	85	14	57	83	0	2	14	0.75
73030433--73030474	19	2.2	20	86	4	59	83	0	2	14	0.75
73031389--73031432	14	3.1	15	74	12	56	29	0	0	70	0.88
73033168--73033213	17	2.8	16	83	3	56	56	0	2	41	1.11
73033615--73033673	26	2.3	26	82	8	68	55	1	3	38	1.26
73041503--73041538	18	2.0	18	88	0	54	75	16	0	8	1.04
73051978--73052024	24	2.0	24	83	8	60	63	0	14	21	1.30
73067475--73067603	61	2.1	61	100	0	258	26	9	13	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73069093--73069135	19	2.3	19	92	8	70	39	6	16	37	1.75
73071198--73071222	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73079356--73079380	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
73089179--73089210	7	4.6	7	100	0	64	12	0	43	43	1.42
73089544--73089594	25	2.0	25	100	0	102	45	3	23	27	1.70
73089549--73089604	25	2.2	25	90	3	85	50	3	21	25	1.65
73092395--73092424	7	4.3	7	100	0	60	26	56	0	16	1.40
73113564--73113604	21	1.9	22	85	5	57	26	19	31	21	1.97
73117598--73117658	30	1.9	32	83	9	81	24	11	14	49	1.77
73125553--73125590	6	6.3	6	96	0	58	5	15	15	63	1.48
73126136--73126163	12	2.3	12	100	0	56	0	32	0	67	0.91
73142145--73142201	28	2.0	28	100	0	114	36	10	17	35	1.84
73146268--73146326	21	3.1	21	72	27	76	20	22	5	52	1.65
73146286--73146315	15	2.0	15	100	0	60	20	13	6	60	1.55
73149634--73149695	32	1.9	32	100	0	124	35	8	25	30	1.85
73149731--73149822	28	3.4	27	73	11	82	29	18	8	43	1.80
73150767--73150796	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
73162352--73162389	16	2.4	16	90	0	58	47	2	7	42	1.46
73162323--73162378	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
73162374--73162458	26	3.3	26	68	22	81	41	4	8	45	1.55
73162382--73162517	59	2.6	50	80	19	184	41	5	8	45	1.56
73162399--73162526	59	2.2	59	100	0	256	39	4	8	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73162508--73162535	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
73162632--73162676	24	1.9	24	86	4	65	60	2	2	35	1.22
73163852--73163908	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
73164169--73164237	23	3.0	23	89	4	104	33	21	26	18	1.97
73167987--73168062	28	2.7	28	83	0	98	30	18	17	34	1.94
73170754--73170782	15	1.9	15	100	0	58	34	0	17	48	1.47
73170800--73170866	31	2.2	30	79	10	73	38	10	13	37	1.79
73170817--73170879	31	2.0	31	96	0	117	33	11	12	42	1.78
73170971--73171044	36	2.1	36	97	0	139	45	16	16	21	1.84
73175418--73175442	11	2.3	11	100	0	50	44	16	12	28	1.83
73183759--73183786	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
73183790--73183814	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
73199215--73199356	74	1.9	75	89	4	225	47	12	7	32	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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The End!