genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28262534--28262581	25	1.9	25	82	0	60	22	6	2	68	1.23
28270299--28270339	8	5.0	8	88	5	64	82	0	2	14	0.76
28270299--28270339	17	2.5	15	85	14	55	82	0	2	14	0.76
28271973--28272004	15	2.1	16	94	5	57	43	9	6	40	1.62
28274599--28274630	13	2.4	14	85	15	50	71	0	3	25	1.00
28274888--28274925	20	2.1	18	85	14	51	42	0	5	52	1.24
28275542--28275770	20	11.4	20	68	1	127	19	28	16	35	1.93
28275544--28275802	40	6.5	40	87	0	338	19	30	15	35	1.93
28275544--28275810	20	13.4	20	68	7	121	19	29	15	35	1.93
28275621--28275876	20	12.8	20	68	6	81	17	29	17	35	1.93
28275544--28275856	40	7.8	40	84	2	326	18	29	16	35	1.93
28281475--28281525	17	2.8	17	85	11	66	80	3	1	13	0.94
28281475--28281525	6	8.5	6	81	14	61	80	3	1	13	0.94
28287849--28287899	25	2.0	25	84	3	66	5	11	0	82	0.83
28296385--28296438	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
28296481--28296545	32	2.0	32	100	0	130	50	18	0	30	1.47
28298310--28298384	30	2.5	30	80	6	89	58	5	0	36	1.21
28299368--28299405	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
28299702--28299773	31	2.4	29	77	13	74	38	12	12	36	1.81
28299939--28299982	16	2.7	17	82	10	56	22	4	29	43	1.73
28300186--28300210	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
28303041--28303083	20	2.2	20	95	0	77	37	18	20	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28304143--28304186	21	2.0	21	86	8	61	75	0	18	6	1.02
28310124--28310153	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
28329256--28329315	23	2.5	24	81	5	77	16	28	25	30	1.97
28329235--28329335	24	4.2	24	78	6	98	13	27	24	33	1.94
28331417--28331471	10	5.6	10	72	10	51	30	1	0	67	1.01
28332842--28332918	36	2.2	36	95	2	138	42	25	12	18	1.86
28333056--28333081	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
28335541--28335626	37	2.3	37	100	0	172	25	10	22	41	1.85
28335950--28336008	28	2.1	28	100	0	118	30	15	10	44	1.79
28338892--28338926	18	2.0	17	88	5	52	40	2	22	34	1.69
28339278--28339338	26	2.3	26	85	2	77	37	14	19	27	1.91
28345634--28345659	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
28359311--28359343	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
28359470--28359513	11	4.1	11	88	11	65	50	0	0	50	1.00
28364795--28365174	193	2.0	193	94	0	670	33	18	8	38	1.82
28365811--28365909	23	4.3	23	83	5	137	30	29	19	21	1.97
28365811--28365908	46	2.1	46	90	0	151	30	29	19	20	1.97
28366135--28366173	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28370259--28370291	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
28377251--28377317	34	1.9	35	84	3	91	44	13	8	32	1.75
28394190--28394284	49	1.9	49	83	8	122	43	8	16	31	1.78
28400470--28400572	28	3.9	27	71	12	88	40	12	0	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28400460--28400563	51	2.0	51	96	0	190	37	10	0	50	1.43
28400810--28400860	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
28411530--28411601	27	2.7	27	91	0	108	30	33	19	16	1.94
28421285--28421326	15	2.6	17	75	17	54	23	7	9	59	1.53
28422959--28423008	15	3.2	15	80	8	64	20	6	4	70	1.25
28431871--28431911	21	1.9	22	85	5	57	51	14	14	19	1.77
28441324--28441362	18	2.1	19	85	4	53	10	10	2	76	1.10
28462266--28462355	29	2.9	31	74	14	80	43	21	13	22	1.87
28473958--28474242	140	2.0	141	93	0	482	37	13	15	33	1.87
28479165--28479286	43	2.9	41	81	4	145	25	18	26	30	1.98
28481088--28481247	59	2.8	57	82	7	189	27	13	20	38	1.90
28481088--28481320	29	8.1	29	75	7	170	25	13	21	39	1.89
28481092--28481358	57	4.6	57	76	6	166	25	13	22	39	1.90
28486036--28486194	60	2.7	60	80	2	167	44	3	10	42	1.55
28490138--28490201	23	2.8	24	83	7	78	43	0	9	46	1.35
28491045--28491102	22	2.6	23	81	8	66	24	1	1	72	1.03
28491732--28491765	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
28498247--28498298	23	2.3	23	93	0	86	36	1	13	48	1.54
28498257--28498298	13	3.5	13	75	18	54	38	0	14	47	1.44
28500096--28500131	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
28500416--28500494	24	3.5	24	73	16	62	36	0	10	53	1.35
28500436--28500470	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28500605--28500646	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28500614--28500655	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28500603--28500900	120	2.5	121	92	4	496	49	4	3	42	1.39
28500281--28500748	259	1.8	259	82	6	608	44	3	5	47	1.42
28500640--28500827	61	3.1	61	66	17	183	47	6	2	43	1.42
28500940--28500987	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
28504484--28504534	21	2.4	22	77	6	61	39	3	1	54	1.30
28504539--28504661	25	5.1	25	77	15	150	34	8	6	50	1.58
28504543--28504661	23	5.0	24	77	14	138	34	8	6	50	1.59
28504526--28504661	48	2.8	48	100	0	272	36	7	5	50	1.55
28509149--28509199	13	3.9	13	80	10	68	29	5	27	37	1.80
28510856--28510924	32	2.2	32	97	0	129	23	4	31	40	1.74
28518328--28518377	18	2.7	18	93	3	82	46	14	6	34	1.69
28521620--28521676	17	3.4	17	83	9	64	61	5	1	31	1.28
28523646--28523676	12	2.5	13	94	5	55	16	22	0	61	1.34
28531360--28531395	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
28536312--28536349	6	6.2	6	96	3	67	15	2	0	81	0.80
28541791--28541836	21	2.1	22	84	4	58	39	0	6	54	1.26
28551946--28552015	34	2.1	34	89	5	106	30	10	21	38	1.86
28554733--28554788	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
28579135--28579200	24	2.7	24	88	2	96	25	21	24	28	1.99
28579139--28579227	25	3.6	24	82	8	99	26	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28583239--28583276	20	2.0	20	94	5	69	26	10	13	50	1.73
28583704--28583742	21	1.9	21	89	5	62	41	25	5	28	1.77
28585681--28585719	19	2.1	19	90	0	60	41	2	5	51	1.38
28586689--28586723	17	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
28589833--28589917	42	2.0	42	100	0	170	16	11	32	38	1.85
28597618--28597700	41	2.0	40	83	4	103	25	16	25	32	1.96
28598296--28598382	25	3.5	25	69	13	81	24	17	13	44	1.85
28598324--28598405	23	3.5	23	68	12	76	26	18	15	39	1.91
28598277--28598505	48	4.7	49	85	2	300	26	16	15	41	1.88
28598277--28598505	99	2.3	97	86	3	316	26	16	15	41	1.88
28605479--28605590	42	2.7	42	78	2	118	28	16	25	29	1.97
28606151--28606237	25	3.5	25	69	13	81	24	17	13	44	1.85
28606179--28606260	23	3.5	23	66	12	67	26	17	15	40	1.89
28606136--28606359	48	4.6	48	85	5	288	25	15	16	42	1.87
28606136--28606359	99	2.3	96	86	3	306	25	15	16	42	1.87
28607419--28607481	27	2.4	27	74	12	67	50	17	7	23	1.72
28621196--28621253	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
28621196--28621321	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
28621428--28621482	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
28621607--28621706	44	2.4	41	79	11	105	32	28	5	35	1.79
28621616--28621713	45	2.2	44	80	8	117	32	26	5	35	1.78
28621694--28621745	16	3.2	16	91	0	77	34	34	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28626570--28626611	18	2.3	19	88	12	61	47	2	7	42	1.43
28626580--28626622	19	2.3	18	84	8	50	44	2	9	44	1.49
28647002--28647038	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28654715--28654773	27	2.2	27	96	0	109	52	32	0	15	1.43
28661834--28663070	617	2.0	617	97	0	2339	34	17	13	33	1.89
28675970--28676138	73	2.3	73	88	7	254	59	10	17	13	1.61
28678786--28678843	27	2.1	27	84	6	73	32	25	10	31	1.89
28683388--28683453	28	2.4	28	80	14	75	18	6	1	74	1.10
28687432--28687486	20	2.8	19	86	8	74	27	9	21	41	1.83
28687452--28687630	93	1.9	92	83	9	231	27	13	16	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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