genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59565469--59565536	34	2.0	34	100	0	136	32	14	20	32	1.93
59569901--59569945	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
59573839--59573991	51	3.0	51	94	1	281	44	16	9	29	1.79
59573942--59574047	33	3.2	34	83	10	105	42	16	8	33	1.78
59577104--59577185	26	3.0	27	75	12	87	43	1	2	52	1.22
59577239--59577280	18	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
59577239--59577273	18	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
59577186--59577410	120	1.9	119	94	0	396	44	1	6	48	1.36
59577359--59577393	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59577359--59577413	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
59577347--59577662	156	2.0	157	95	0	571	48	5	3	42	1.42
59577515--59577549	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59577785--59577815	16	1.9	16	100	0	62	35	38	0	25	1.56
59579325--59579376	24	2.2	24	89	0	77	38	3	7	50	1.50
59583702--59583753	24	2.2	24	89	0	77	38	3	7	50	1.50
59588589--59588655	33	2.0	33	97	0	125	20	22	14	41	1.89
59591137--59591185	18	2.8	18	84	12	66	42	6	2	48	1.39
59618066--59618115	24	2.3	23	80	13	61	50	0	2	48	1.12
59618071--59618114	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
59618094--59618131	14	2.4	16	87	12	53	44	0	0	55	0.99
59618077--59618144	31	2.3	28	78	9	73	52	0	2	44	1.16
59619053--59619093	3	13.7	3	84	0	55	36	0	4	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59636769--59636864	46	2.1	46	94	3	167	31	3	28	37	1.73
59642499--59642541	15	2.8	17	83	16	58	44	0	0	55	0.99
59662256--59662351	46	2.1	46	94	3	167	31	3	28	37	1.73
59668023--59668065	15	2.8	16	89	6	54	41	0	0	58	0.98
59685426--59685527	43	2.3	43	80	11	125	51	0	20	26	1.53
59685487--59685527	18	2.2	19	91	4	66	48	0	24	26	1.51
59687686--59687733	22	2.2	22	84	0	60	16	14	16	52	1.76
59690873--59691306	125	3.5	125	87	0	600	32	17	20	29	1.96
59694347--59694400	16	3.0	19	67	25	53	38	0	9	51	1.34
59694420--59694693	21	12.7	21	73	16	104	24	0	30	45	1.54
59694430--59694487	28	2.1	28	87	6	82	20	0	34	44	1.52
59694458--59694976	42	12.2	42	77	9	439	26	0	26	46	1.58
59694781--59694976	21	9.2	21	89	2	293	22	1	30	45	1.59
59694974--59695007	12	2.8	12	100	0	68	8	0	35	55	1.31
59695014--59695053	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
59695011--59695053	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
59694478--59695159	291	2.3	291	88	5	980	26	0	25	46	1.58
59695068--59695159	21	4.4	21	91	5	159	22	0	31	45	1.53
59695068--59695159	41	2.2	43	94	3	161	22	0	31	45	1.53
59697514--59697567	27	2.0	28	81	3	65	53	0	3	42	1.18
59697617--59697681	11	6.1	10	83	13	69	47	3	27	21	1.65
59697617--59697691	33	2.2	33	84	9	98	48	2	28	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59697617--59697677	22	2.8	22	85	5	79	45	3	29	21	1.67
59698911--59698955	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
59699389--59699802	131	3.1	132	88	1	616	25	26	19	28	1.99
59699799--59700087	89	3.2	89	90	0	418	24	23	25	26	2.00
59699852--59700153	45	6.8	45	68	15	135	23	22	23	29	1.99
59700096--59700526	44	9.6	45	71	11	242	29	22	16	32	1.95
59706699--59706729	12	2.5	12	94	5	53	61	3	6	29	1.37
59715162--59715285	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
59715162--59715396	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
59715247--59715423	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
59722859--59722982	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
59722859--59723093	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
59722944--59723120	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
59727033--59727162	48	2.7	48	79	13	119	34	16	21	27	1.94
59728696--59728736	20	2.2	19	86	8	57	41	2	2	53	1.27
59728885--59728955	22	3.1	22	73	18	74	39	4	1	54	1.28
59729442--59729561	55	2.2	55	95	0	213	60	1	8	30	1.36
59730246--59730270	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
59730245--59730282	19	2.0	19	85	10	51	68	2	0	28	1.03
59730514--59730554	21	2.0	21	85	0	55	34	4	19	41	1.73
59730559--59730596	10	4.1	9	86	13	51	42	2	0	55	1.14
59730561--59730601	18	2.3	18	87	8	57	41	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59737873--59737925	26	2.0	27	88	3	81	37	7	20	33	1.81
59737957--59738117	79	2.0	80	97	1	306	27	6	8	57	1.54
59741235--59741324	47	1.9	46	95	2	162	56	7	0	35	1.28
59741308--59741332	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
59741767--59741791	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
59743279--59743373	28	3.4	27	73	12	93	18	15	18	46	1.84
59745929--59746001	23	2.9	27	73	19	68	53	0	6	39	1.28
59753587--59753626	19	2.0	19	85	9	53	65	5	0	30	1.14
59760704--59760779	18	4.3	18	75	16	70	59	0	2	38	1.12
59760709--59760767	8	7.1	8	80	14	57	57	0	1	40	1.09
59760715--59760782	32	2.0	34	83	8	86	58	0	2	38	1.13
59764342--59764390	11	4.5	11	77	10	55	18	20	12	48	1.79
59773669--59773694	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
59774294--59774335	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
59792958--59793033	38	2.0	38	86	0	107	38	9	11	40	1.74
59799234--59799274	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
59809317--59809342	13	2.0	13	100	0	52	30	38	0	30	1.58
59811185--59811271	27	3.2	27	91	0	138	42	18	17	21	1.89
59811185--59811285	27	3.7	27	86	2	116	39	20	15	23	1.91
59811436--59811519	26	3.2	26	81	0	105	23	16	17	41	1.89
59818925--59818976	27	1.9	27	84	7	70	36	23	17	23	1.95
59819221--59819282	28	2.2	28	85	2	81	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59831613--59831712	49	2.0	49	88	0	146	59	11	8	22	1.57
59832476--59832540	28	2.4	27	85	12	80	50	3	0	46	1.17
59834331--59834483	43	3.6	42	80	7	139	28	16	24	29	1.97
59836530--59836571	21	2.0	22	90	4	68	30	4	26	38	1.77
59838029--59838194	43	3.9	42	77	4	154	33	25	16	24	1.96
59839284--59839308	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
59841835--59841897	28	2.2	28	77	0	72	25	19	3	52	1.60
59841991--59842090	52	1.9	52	83	4	130	41	1	6	52	1.33
59844817--59844997	86	2.1	86	98	1	355	40	4	7	47	1.52
59845064--59845283	51	4.1	51	86	13	325	45	17	7	29	1.75
59845154--59845181	12	2.3	12	100	0	56	57	21	0	21	1.41
59845103--59845232	63	2.1	63	100	0	260	47	18	6	27	1.72
59845064--59845343	114	2.5	114	98	1	537	46	18	7	27	1.75
59845217--59845343	63	2.0	63	96	3	238	48	19	6	25	1.73
59845268--59845295	12	2.3	12	100	0	56	57	21	0	21	1.41
59845240--59845343	33	3.2	33	64	20	85	47	19	7	25	1.76
59845289--59845399	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
59848421--59849164	120	6.2	120	97	0	1364	43	2	6	48	1.40
59848872--59848906	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59849113--59849147	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59849312--59849402	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
59849383--59849451	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59849383--59849451	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
59851252--59851320	11	6.5	11	76	17	58	59	0	1	39	1.06
59851234--59851311	29	2.6	30	80	10	97	60	0	1	38	1.05
59851247--59851339	40	2.4	39	85	8	136	63	0	1	35	1.02
59851305--59851350	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
59852981--59853016	9	4.0	9	100	0	72	33	0	22	44	1.53
59857781--59857805	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
59857965--59858021	9	6.2	9	71	4	51	43	26	10	19	1.83
59859546--59859588	16	2.7	16	82	7	52	44	2	16	37	1.60
59864147--59864184	18	2.1	19	90	5	60	65	0	2	31	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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