genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7154397--7154520	17	7.5	16	69	18	67	20	16	2	60	1.47
7154406--7154486	21	3.7	21	77	8	72	22	13	3	60	1.49
7154452--7154520	11	6.4	11	73	15	54	20	18	1	59	1.46
7154515--7154898	22	16.3	22	66	24	76	24	13	0	61	1.36
7154507--7154932	48	8.9	45	76	15	305	24	13	0	61	1.35
7154523--7154666	69	2.1	69	86	3	200	24	12	0	63	1.29
7154569--7154701	71	1.9	70	80	9	153	27	9	0	62	1.32
7154513--7154774	26	10.8	25	70	19	114	24	12	0	62	1.34
7154587--7154904	140	2.2	144	83	7	396	25	13	0	60	1.37
7154802--7154963	27	6.4	26	70	19	101	24	14	0	61	1.33
7154822--7154965	77	1.9	78	91	1	236	24	14	0	61	1.34
7155995--7156057	32	2.0	32	100	0	126	53	17	9	19	1.70
7157781--7157846	21	3.1	21	65	8	62	25	0	27	46	1.53
7157900--7157991	34	2.7	34	80	5	105	36	3	18	41	1.67
7158059--7158577	125	4.1	126	86	2	688	37	16	16	29	1.91
7158059--7158577	251	2.1	251	86	2	722	37	16	16	29	1.91
7160640--7160760	21	5.8	21	74	3	109	22	16	16	44	1.86
7160627--7160777	42	3.6	42	83	4	153	21	19	15	43	1.88
7160713--7160777	21	3.1	21	70	0	67	20	20	20	40	1.92
7160642--7160817	42	4.2	42	79	2	129	19	19	17	43	1.88
7164508--7164553	24	1.9	25	86	8	69	58	2	0	39	1.10
7164503--7164566	25	2.5	27	73	19	64	51	1	0	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7166022--7166072	17	3.2	17	73	21	65	13	11	19	54	1.69
7167674--7167711	20	1.9	20	94	0	67	50	0	2	47	1.15
7167678--7167723	20	2.3	20	80	0	56	52	0	4	43	1.21
7167823--7167874	14	3.7	14	86	0	68	38	11	5	44	1.65
7167909--7167940	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
7169078--7169141	30	2.1	30	97	0	119	39	3	29	28	1.72
7184046--7184175	65	2.0	65	100	0	260	43	18	7	30	1.78
7188241--7188310	36	1.9	36	88	0	104	31	28	12	27	1.93
7196585--7196642	29	2.0	30	89	3	91	58	0	0	41	0.98
7196804--7196828	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
7207178--7207396	46	4.8	46	93	0	348	36	9	23	29	1.87
7211115--7211283	46	3.5	46	75	13	151	29	28	15	26	1.96
7211116--7211260	52	3.0	48	79	10	161	29	28	16	24	1.97
7220114--7220162	20	2.5	20	82	0	53	30	8	6	55	1.54
7220621--7220648	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
7220881--7220947	29	2.3	29	81	0	71	58	1	7	32	1.35
7221112--7221184	28	2.7	27	83	8	94	57	6	13	21	1.60
7223888--7223930	21	2.0	21	82	8	52	32	0	6	60	1.23
7223938--7224074	58	2.4	58	79	7	154	41	1	3	53	1.27
7230141--7230251	44	2.5	44	98	0	213	34	16	20	28	1.94
7247335--7247381	24	2.0	24	86	0	67	27	6	8	57	1.53
7254298--7254344	2	23.5	2	95	0	85	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7258542--7258586	21	2.1	21	87	0	63	60	2	2	35	1.22
7274909--7275028	40	2.9	42	80	14	110	18	30	27	23	1.97
7275033--7275091	29	2.1	27	84	9	75	44	13	15	27	1.84
7288672--7288714	18	2.2	21	80	19	58	37	6	2	53	1.41
7294824--7294858	18	1.9	18	94	0	61	25	20	11	42	1.85
7296910--7296964	22	2.5	22	85	5	67	3	9	23	63	1.40
7325350--7325385	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
7333248--7333300	26	2.0	26	85	0	70	22	20	22	33	1.97
7337821--7337867	21	2.2	21	92	0	76	2	42	17	38	1.61
7345465--7345511	9	5.1	9	84	5	67	34	0	23	42	1.54
7346717--7346762	24	1.9	24	90	0	74	45	4	4	45	1.43
7348283--7348442	72	2.2	73	84	3	198	26	18	16	37	1.93
7348550--7348617	35	1.9	35	93	0	118	39	2	8	48	1.49
7348938--7349005	7	9.6	7	82	3	73	45	33	1	19	1.59
7349026--7349185	41	3.9	41	82	2	180	20	23	16	39	1.92
7349746--7349788	22	2.0	22	81	9	52	55	9	13	20	1.66
7351737--7351828	46	2.0	46	97	0	175	29	21	11	36	1.89
7355583--7355617	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30
7359520--7359545	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
7360014--7360060	7	6.9	7	76	13	53	23	0	4	72	1.02
7360259--7360436	89	2.0	89	80	2	196	35	13	11	39	1.80
7360520--7360574	27	2.2	25	83	9	67	65	1	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7365085--7365118	18	1.9	17	88	5	50	79	0	20	0	0.73
7374439--7374464	7	3.7	7	100	0	52	42	30	0	26	1.56
7380289--7380331	21	2.0	21	81	0	50	32	9	32	25	1.88
7380260--7380406	77	1.9	77	97	0	276	31	12	31	24	1.93
7395387--7395491	20	5.2	20	68	11	61	19	8	33	39	1.82
7395419--7395491	21	3.5	21	76	10	60	20	8	32	38	1.82
7396132--7396165	14	2.4	14	90	0	50	35	2	2	58	1.28
7396914--7396965	24	2.1	24	82	13	61	50	0	5	44	1.26
7403034--7403204	85	2.0	85	100	0	342	22	18	30	28	1.97
7404118--7404151	16	2.1	17	88	5	52	79	8	2	8	1.03
7405148--7405189	22	1.9	22	90	0	66	28	11	26	33	1.92
7406322--7407486	581	2.0	581	95	1	2102	32	13	21	32	1.92
7409575--7409839	40	6.7	40	85	6	342	26	26	21	25	1.99
7413015--7413118	41	2.5	41	93	3	174	23	27	21	27	1.99
7425608--7425700	18	5.2	18	88	0	141	31	15	24	29	1.95
7425608--7425700	36	2.6	36	92	0	159	31	15	24	29	1.95
7435486--7435515	4	7.5	4	100	0	60	23	0	76	0	0.78
7439636--7439666	16	1.9	16	93	0	53	83	3	12	0	0.75
7439659--7439919	101	2.5	101	83	7	330	37	15	17	29	1.90
7439977--7440186	108	1.9	110	89	1	325	30	18	13	37	1.90
7440711--7440902	51	3.8	50	83	3	233	30	27	17	25	1.97
7444112--7444233	23	5.3	23	83	0	172	23	21	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7444112--7444233	46	2.7	46	93	0	199	23	21	24	30	1.99
7445413--7445535	49	2.5	49	97	0	228	25	15	26	32	1.95
7445413--7445551	49	2.8	48	92	4	224	25	15	26	32	1.96
7446524--7446650	21	6.1	21	74	3	89	48	18	18	14	1.82
7446543--7446679	42	3.3	42	85	0	193	48	18	16	16	1.82
7456410--7456471	25	2.5	25	75	15	65	22	22	16	38	1.92
7459868--7459912	21	2.1	21	83	0	54	40	26	6	26	1.81
7475552--7475764	103	2.0	106	87	4	308	26	19	21	32	1.97
7476457--7476708	90	2.8	91	86	5	368	25	6	14	52	1.66
7480894--7480932	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
7481614--7481680	21	3.2	21	87	8	109	29	11	0	58	1.34
7481941--7482000	6	11.0	5	92	7	75	18	18	0	63	1.31
7481996--7482085	26	3.6	25	71	19	80	26	12	0	61	1.31
7482001--7482098	48	2.0	48	86	7	137	24	11	1	63	1.34
7482006--7482083	21	3.4	21	70	21	59	26	12	0	60	1.33
7482033--7482106	22	3.4	21	76	12	62	22	10	1	64	1.32
7482129--7482323	44	4.5	44	90	1	311	36	2	10	49	1.51
7482164--7482351	88	2.1	87	85	5	245	40	2	11	45	1.54
7488452--7488547	48	2.0	48	93	2	167	42	11	8	37	1.71
7491156--7491213	29	2.0	30	86	10	84	37	5	24	32	1.77
7493090--7493286	105	1.9	105	96	0	367	31	9	14	44	1.77
7495418--7495464	20	2.3	21	78	14	62	59	10	0	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7502703--7502762	30	2.0	31	83	9	79	40	1	38	20	1.62
7503024--7503053	12	2.5	12	100	0	60	60	10	10	20	1.57
7503704--7503757	19	2.8	19	97	0	99	38	11	14	35	1.82
7504047--7504120	26	2.7	26	81	10	69	22	5	1	70	1.16
7504047--7504120	27	2.7	27	81	10	71	22	5	1	70	1.16
7509731--7509756	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
7510867--7510912	22	2.1	22	88	8	67	80	4	4	10	0.99
7511447--7511808	46	8.6	45	88	8	422	35	13	21	29	1.92
7511483--7511627	36	4.0	36	96	0	263	37	11	20	30	1.88
7519932--7520000	30	2.3	31	77	7	79	44	8	7	39	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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