genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13749011--13749050	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
13750370--13750433	32	2.0	32	90	0	101	39	3	7	50	1.47
13767709--13767751	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
13767732--13767764	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
13767743--13767837	45	2.1	44	86	1	127	35	5	26	32	1.79
13767999--13768033	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13767957--13768029	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
13767918--13768189	144	1.9	147	93	3	478	46	2	2	47	1.32
13768143--13768177	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13768163--13768341	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
13768158--13768348	61	3.2	61	68	14	178	49	6	2	41	1.43
13768129--13768348	120	1.8	120	97	0	413	49	5	2	42	1.39
13768263--13768297	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
13768338--13768384	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
13768357--13768390	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
13768423--13768617	93	2.1	92	87	4	277	46	4	4	44	1.43
13772267--13772303	16	2.3	16	95	0	65	35	5	35	24	1.78
13772537--13772571	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13772552--13773100	61	9.1	60	64	20	200	47	3	3	44	1.38
13772591--13772637	23	2.0	24	84	15	64	48	4	6	40	1.48
13772657--13772691	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13772523--13773159	120	5.3	120	96	0	1080	48	3	3	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13773018--13773053	18	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
13774484--13774546	32	2.0	32	93	3	110	42	14	9	33	1.78
13780095--13780138	18	2.4	18	92	0	70	2	9	4	84	0.85
13780663--13780725	32	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
13787624--13787654	14	2.2	14	94	0	53	41	3	6	48	1.45
13788079--13788119	18	2.3	18	76	15	50	58	4	0	36	1.20
13788071--13788120	17	2.8	19	82	11	54	62	4	0	34	1.14
13792080--13792230	51	3.0	51	97	1	277	44	17	8	29	1.79
13792180--13792289	33	3.3	33	79	11	118	41	16	9	32	1.80
13795311--13796415	120	9.2	120	97	0	1998	43	2	6	47	1.42
13796364--13796398	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13796563--13796653	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
13796634--13796702	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
13796634--13796702	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
13806302--13806328	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13811726--13812121	126	3.2	124	86	3	499	29	16	16	37	1.91
13812176--13812309	34	3.9	33	82	8	162	43	15	0	41	1.47
13812182--13812309	70	1.9	69	87	8	190	42	16	0	40	1.48
13812278--13812334	29	2.0	29	86	6	80	38	15	1	43	1.57
13815417--13815488	25	2.9	24	74	13	74	23	1	4	70	1.12
13821870--13821904	16	2.1	18	89	10	56	60	0	5	34	1.21
13825379--13825411	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13835172--13835313	69	2.1	69	87	0	203	30	15	27	26	1.96
13836772--13836817	19	2.5	19	83	13	53	36	0	0	63	0.95
13848829--13848858	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
13849095--13849126	15	2.1	15	94	0	55	18	3	3	75	1.08
13861371--13861694	43	7.6	43	71	20	161	29	20	22	27	1.98
13861580--13861720	44	3.2	44	91	1	212	29	19	21	28	1.98
13862103--13862152	23	2.2	23	85	0	64	42	42	8	8	1.63
13862449--13862490	14	3.0	14	85	0	57	7	4	2	85	0.80
13863340--13863384	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
13863619--13863650	15	2.1	15	94	0	55	18	3	3	75	1.08
13883199--13883306	43	2.6	41	82	8	128	35	26	14	23	1.94
13883151--13883345	41	4.7	41	73	13	148	31	24	18	25	1.98
13887329--13887439	43	2.6	42	76	9	111	33	26	18	22	1.96
13887439--13887548	41	2.7	40	87	2	157	24	24	20	30	1.99
13891987--13892037	21	2.4	22	86	3	68	7	33	1	56	1.39
13906301--13906360	31	2.0	31	90	3	95	41	8	10	40	1.69
13911101--13911151	21	2.5	20	81	9	59	33	0	0	66	0.92
13913383--13913410	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
13913611--13913663	22	2.4	22	90	6	81	54	15	7	22	1.65
13925279--13925335	30	1.9	30	88	0	87	40	15	36	7	1.75
13925198--13925333	72	1.9	72	84	3	184	36	16	35	11	1.85
13925279--13925329	15	3.4	15	71	10	50	43	13	35	7	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13935823--13935852	6	4.8	6	95	4	51	13	0	0	86	0.57
13943198--13943238	15	2.7	15	92	3	64	82	0	17	0	0.66
13943197--13943239	21	2.0	21	90	0	68	79	0	20	0	0.74
13943404--13943828	206	2.1	204	91	0	697	42	2	20	35	1.65
13944354--13944443	40	2.3	40	83	9	116	22	18	24	34	1.96
13944713--13944763	13	3.9	13	81	0	66	35	25	5	33	1.80
13947271--13947313	21	2.0	21	82	8	52	44	2	2	51	1.27
13951819--13951999	92	2.0	92	95	0	326	27	13	22	37	1.91
13965568--13965606	18	2.2	18	85	0	51	10	35	0	53	1.35
13967797--13967856	31	1.9	31	89	0	93	48	5	25	21	1.70
13973275--13973304	15	2.1	15	93	6	53	80	0	6	13	0.91
13978250--13978499	82	3.1	81	63	24	186	45	3	4	46	1.40
13978255--13978562	157	2.0	157	94	0	535	47	4	3	44	1.42
13978692--13978759	16	4.2	16	96	0	109	38	32	0	29	1.58
13982471--13982507	15	2.5	15	95	4	67	81	8	5	5	0.99
13982697--13982721	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13999836--13999874	14	2.7	14	85	14	53	30	0	2	66	1.05
14001153--14001231	39	2.0	39	97	0	149	45	15	11	27	1.80
14001152--14001218	17	3.6	17	72	18	62	46	13	11	28	1.79
14006159--14006220	22	3.0	22	68	22	71	45	14	11	29	1.80
14006142--14006220	39	2.0	39	95	0	140	45	13	11	29	1.79
14008910--14009012	49	2.2	45	91	6	161	33	1	57	7	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14009025--14009094	30	2.3	30	85	4	88	35	10	24	30	1.88
14009318--14009377	30	2.0	31	83	3	77	30	11	5	53	1.58
14010417--14010470	8	7.0	8	77	8	58	64	0	0	35	0.94
14010418--14010479	23	2.7	23	92	0	97	64	0	0	35	0.94
14010412--14010449	16	2.3	18	82	17	55	65	0	0	34	0.93
14011099--14011127	8	3.8	8	95	4	51	86	0	0	13	0.58
14011086--14011158	38	2.0	37	86	7	105	69	0	0	30	0.88
14012971--14013023	26	2.0	26	100	0	106	47	11	0	41	1.39
14013332--14013375	23	1.9	23	100	0	88	54	13	0	31	1.39
14013375--14013661	132	2.2	132	90	2	443	26	19	23	30	1.98
14013581--14013686	43	2.4	44	80	9	110	27	16	26	29	1.97
14013890--14013983	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
14013890--14013990	40	2.7	38	88	8	152	37	9	15	36	1.81
14013924--14014006	21	3.9	22	81	15	86	37	7	14	40	1.74
14015015--14015039	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
14015322--14015512	98	1.9	98	96	0	355	27	10	24	37	1.88
14020809--14021593	132	5.9	132	93	0	1295	27	17	24	29	1.97
14021822--14021915	19	4.8	19	88	5	134	36	9	15	38	1.81
14021822--14021922	40	2.7	38	85	8	134	36	8	15	38	1.79
14021856--14021938	21	3.9	22	81	15	86	37	7	14	40	1.74
14022950--14022974	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
14023258--14023448	98	1.9	98	95	0	346	28	9	24	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14028868--14028904	9	4.1	9	85	0	56	45	16	8	29	1.76
14029280--14029318	20	2.0	20	90	5	62	23	25	0	51	1.49
14031287--14031325	19	2.0	20	90	5	62	30	0	0	69	0.89
14031288--14031382	30	3.2	28	78	19	86	29	0	4	66	1.10
14032818--14032869	19	2.6	20	85	11	63	63	3	1	30	1.23
14034160--14034194	14	2.6	14	90	4	54	40	2	25	31	1.70
14035860--14036227	103	3.6	103	91	2	560	18	21	29	31	1.96
14038621--14038815	98	2.0	98	91	0	318	36	22	11	29	1.89
14039660--14039710	25	2.1	24	92	3	84	58	3	3	33	1.35
14040270--14040420	19	7.8	19	91	2	239	36	14	11	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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