genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71770115--71770162	18	2.6	19	80	3	62	35	10	0	54	1.35
71771089--71771124	19	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
71773001--71773052	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
71774969--71775018	24	2.1	24	84	0	64	58	10	2	30	1.42
71776967--71777060	21	4.4	21	69	24	63	41	1	3	54	1.23
71776965--71777111	65	2.3	63	78	12	154	42	4	3	49	1.38
71782243--71782277	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71782387--71782421	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71782582--71782676	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
71782655--71782687	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
71782668--71782710	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
71785952--71785977	9	2.9	9	100	0	52	42	0	34	23	1.54
71793643--71793680	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
71793696--71793806	58	1.9	58	96	0	204	27	7	24	41	1.81
71798067--71798110	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
71798120--71798236	58	2.0	58	94	0	207	26	6	24	41	1.80
71801054--71801100	17	2.6	19	80	19	64	59	0	0	40	0.97
71801573--71801652	30	2.7	30	75	13	76	48	3	13	33	1.61
71808269--71808309	21	2.0	21	100	0	82	21	14	9	53	1.70
71808731--71808771	19	2.2	19	90	0	64	26	2	7	63	1.33
71817547--71817594	16	3.1	16	79	5	55	66	0	0	33	0.92
71817547--71817593	20	2.5	19	80	13	53	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71817964--71818013	20	2.4	21	86	3	66	56	4	6	34	1.43
71819111--71819153	5	9.0	5	84	5	54	34	2	2	60	1.22
71820433--71820525	18	5.2	18	86	0	132	27	21	17	33	1.96
71820433--71820525	36	2.6	36	91	0	150	27	21	17	33	1.96
71840363--71840422	31	1.9	32	90	6	97	38	18	0	43	1.50
71855535--71855684	75	2.0	75	100	0	300	33	8	12	46	1.70
71856132--71856176	17	2.5	17	82	7	54	53	4	4	37	1.41
71857034--71857101	29	2.2	31	82	12	79	38	4	14	42	1.66
71861450--71861485	12	2.9	13	92	8	58	25	0	0	75	0.81
71861838--71861881	15	3.0	15	87	9	56	31	0	6	61	1.22
71871230--71871428	50	3.8	50	82	4	209	24	27	20	27	1.99
71874079--71874133	21	2.6	21	80	8	67	50	1	0	47	1.11
71875616--71875649	4	8.5	4	100	0	68	26	0	23	50	1.50
71875942--71876031	42	2.1	42	97	2	171	43	4	14	37	1.66
71877164--71877238	33	2.2	34	86	11	102	40	5	8	46	1.56
71884149--71884249	49	2.1	49	80	7	109	57	0	4	37	1.20
71884574--71884609	3	12.7	3	88	11	58	30	0	0	69	0.89
71884567--71884608	14	3.1	13	83	12	57	28	0	2	69	1.01
71884574--71884609	17	2.1	17	94	0	63	30	0	0	69	0.89
71885215--71885449	44	5.5	42	82	5	215	35	26	17	20	1.95
71885304--71885495	84	2.3	83	89	2	280	34	25	17	23	1.96
71885305--71885494	41	4.6	41	83	6	222	34	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71887821--71887847	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
71904008--71904071	3	21.3	3	100	0	128	34	0	32	32	1.58
71904741--71905023	144	2.0	144	92	1	469	27	18	23	30	1.97
71909848--71909908	30	2.0	30	100	0	122	26	19	13	40	1.88
71911138--71911171	17	1.9	18	88	5	52	32	2	5	58	1.37
71919500--71919540	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
71922048--71922089	21	2.0	21	81	9	50	30	2	19	47	1.62
71928315--71928352	20	1.9	20	94	0	67	63	0	0	36	0.95
71935810--71935854	22	2.0	23	82	4	56	46	2	0	51	1.13
71937158--71937217	28	2.2	27	80	16	70	51	5	0	43	1.23
71946098--71946122	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
71983480--71983504	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
71993189--71993235	24	2.0	24	83	8	60	21	4	2	72	1.12
71998461--71998524	29	2.2	30	83	8	78	29	9	7	53	1.61
72003509--72003542	10	3.4	10	100	0	68	38	23	20	17	1.93
72003974--72004045	29	2.5	28	80	10	83	37	12	11	38	1.79
72015673--72015731	29	2.0	29	87	6	84	45	0	3	50	1.18
72028611--72028644	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
72032049--72032089	21	2.0	21	86	9	59	2	24	2	70	1.11
72032811--72032887	30	2.6	29	78	8	84	33	19	3	42	1.69
72035356--72035601	120	2.0	120	98	0	474	21	22	20	34	1.97
72039243--72039290	20	2.5	19	83	6	62	27	0	2	70	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72048647--72048677	16	1.9	16	100	0	62	54	6	0	38	1.26
72049734--72049791	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
72054328--72054369	21	1.9	23	85	9	61	16	23	35	23	1.95
72057971--72058114	42	3.4	42	92	0	225	31	27	15	26	1.96
72067391--72067431	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
72073650--72073722	31	2.4	30	80	11	85	54	6	0	38	1.27
72073659--72073718	32	1.9	31	86	10	86	53	8	0	38	1.31
72080596--72080622	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
72080612--72080652	20	2.0	21	90	4	66	36	0	4	58	1.20
72082229--72082261	15	2.2	15	89	10	50	72	0	6	21	1.05
72090603--72090637	12	3.0	12	87	4	54	54	0	20	25	1.45
72093051--72093116	31	2.1	31	89	10	100	40	1	1	56	1.18
72096345--72096396	24	2.2	24	82	0	68	36	3	7	51	1.49
72096362--72096408	24	2.0	24	83	8	60	36	6	12	44	1.68
72097254--72097329	40	1.9	40	91	0	125	38	30	19	11	1.88
72098890--72098924	15	2.2	16	90	5	54	37	0	14	48	1.44
72103883--72103934	23	2.3	23	86	0	68	30	9	19	40	1.83
72104899--72104939	19	2.1	20	95	4	75	36	0	0	63	0.95
72104876--72104946	28	2.4	28	81	13	90	42	1	0	56	1.08
72118231--72118289	20	2.9	20	72	7	57	52	1	0	45	1.10
72120971--72121003	3	11.0	3	93	0	57	30	33	0	36	1.58
72124267--72124333	30	2.2	29	80	15	73	53	4	1	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72125752--72125812	28	2.2	28	87	0	86	32	4	3	59	1.35
72128990--72129030	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
72133273--72133332	31	1.9	32	89	3	95	73	0	26	0	0.84
72133266--72133342	25	3.0	25	81	9	86	76	0	23	0	0.78
72133266--72133342	6	12.3	6	78	8	66	76	0	23	0	0.78
72134124--72134173	18	2.8	17	76	8	55	36	14	6	44	1.69
72134284--72134351	18	3.8	18	73	13	68	35	19	8	36	1.83
72134308--72134535	18	12.6	18	69	14	112	32	15	9	42	1.79
72134295--72134368	35	2.1	35	92	0	121	35	16	9	39	1.81
72134296--72134402	34	3.1	34	86	4	108	35	14	9	40	1.79
72134431--72134534	38	2.7	38	84	1	136	33	13	9	43	1.77
72134561--72134632	21	3.4	21	94	3	119	37	6	8	47	1.61
72134612--72134647	16	2.2	16	90	9	56	33	5	11	50	1.61
72134591--72134668	37	2.1	37	83	9	97	37	5	12	44	1.65
72134705--72134815	17	6.3	17	74	15	91	35	11	10	42	1.76
72134654--72134928	36	7.2	36	71	19	134	31	9	12	46	1.73
72134807--72134879	21	3.4	21	94	5	121	38	6	8	46	1.60
72134859--72134894	16	2.2	16	90	9	56	33	8	11	47	1.69
72134457--72135009	247	2.2	246	94	2	959	32	10	11	46	1.73
72137791--72137873	29	2.8	31	76	12	84	59	8	2	30	1.40
72138401--72138503	13	7.5	13	70	12	55	67	3	24	3	1.24
72140685--72140725	21	2.0	21	90	9	66	43	9	7	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72142843--72142906	30	2.1	30	82	5	76	37	12	4	45	1.63
72143017--72143060	11	3.3	15	73	26	53	34	6	11	47	1.66
72148228--72148304	39	2.0	39	97	0	145	23	14	28	33	1.94
72150694--72150733	21	1.9	21	89	0	62	30	0	2	67	1.04
72151290--72151373	30	2.8	31	78	7	84	57	0	2	40	1.12
72155789--72156229	216	2.0	216	96	0	801	30	20	19	28	1.97
72163598--72163672	30	2.4	31	80	10	91	42	1	0	56	1.08
72163959--72163999	19	2.0	20	86	13	57	43	0	0	56	0.99
72163971--72164053	30	2.8	31	76	8	84	54	0	3	42	1.18
72165360--72165398	20	2.0	20	95	5	71	25	33	5	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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