genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24579064--24579157	44	2.1	44	90	0	143	34	9	32	23	1.87
24580305--24580375	7	9.9	7	78	4	52	45	43	0	11	1.40
24580303--24580365	21	3.0	21	81	4	72	44	42	0	12	1.42
24580305--24580395	29	3.2	28	75	6	76	45	41	0	13	1.43
24580305--24580365	14	4.3	14	81	4	68	45	42	0	11	1.40
24580688--24581178	115	4.3	113	74	9	363	27	21	19	31	1.97
24580707--24581177	114	4.1	112	75	10	384	27	21	19	31	1.97
24581185--24581386	75	2.7	75	92	0	323	26	21	16	35	1.94
24581320--24581614	113	2.6	112	81	4	308	26	21	16	35	1.95
24581321--24581674	113	3.1	113	77	9	285	26	22	16	34	1.95
24583359--24583502	71	2.0	71	98	0	279	44	9	9	36	1.69
24585288--24585342	19	2.6	23	78	21	66	54	1	5	38	1.34
24589515--24589566	25	2.1	24	89	10	79	13	15	51	19	1.75
24589515--24589566	24	2.1	25	89	10	81	13	15	51	19	1.75
24589695--24589755	20	3.1	19	78	19	63	19	1	6	72	1.16
24590148--24590260	41	2.7	41	82	6	111	31	24	17	25	1.97
24590011--24590416	179	2.3	181	83	2	514	29	22	18	29	1.97
24590290--24590402	44	2.5	45	84	5	149	28	20	21	30	1.98
24590107--24590402	89	3.3	88	74	14	264	29	22	18	29	1.97
24592099--24592145	12	4.2	12	78	13	55	0	23	0	76	0.78
24593006--24593033	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
24597562--24597621	30	2.0	30	93	6	104	36	23	16	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24598898--24598981	22	3.8	23	79	6	86	44	17	26	11	1.84
24598898--24598984	44	2.0	44	88	0	129	43	18	25	12	1.85
24606273--24606312	17	2.4	17	87	4	55	72	7	0	20	1.08
24607789--24607814	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
24607840--24607897	27	2.2	26	84	3	71	60	8	1	29	1.36
24607867--24607910	17	2.7	15	83	10	52	61	9	0	29	1.27
24615367--24615395	15	1.9	15	100	0	58	27	44	0	27	1.54
24623170--24623211	18	2.2	20	83	8	52	52	0	2	45	1.13
24625006--24625779	100	7.9	100	82	6	901	24	21	22	32	1.98
24625006--24625723	50	14.6	50	68	6	349	24	20	22	32	1.98
24625436--24625779	92	3.7	91	83	8	442	24	21	23	30	1.99
24625006--24625779	190	4.0	190	84	5	911	24	21	22	32	1.98
24625525--24625722	98	2.0	101	89	3	303	25	20	21	31	1.98
24625843--24626220	98	4.0	96	81	10	463	28	20	17	33	1.95
24625946--24626296	44	7.8	42	74	14	240	28	20	17	33	1.96
24625891--24626296	185	2.2	186	91	2	647	28	20	18	32	1.96
24627687--24627742	14	4.0	14	79	6	51	17	12	0	69	1.18
24628567--24628612	22	2.0	22	83	4	56	0	26	0	73	0.83
24628630--24628702	34	2.1	37	85	10	100	5	10	10	72	1.26
24633417--24633458	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
24637571--24637642	17	4.2	17	74	22	62	65	2	1	30	1.15
24645058--24645116	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24650201--24650259	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
24658452--24658477	12	2.2	12	100	0	52	19	7	7	65	1.43
24681816--24681840	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
24682001--24682126	9	13.6	9	90	6	189	35	32	9	22	1.86
24682002--24682126	29	4.5	28	91	2	191	35	32	9	22	1.87
24682133--24682193	17	3.4	17	68	12	50	52	13	0	34	1.40
24682127--24682239	37	3.1	37	93	1	183	47	15	3	33	1.62
24682280--24682338	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
24685402--24685435	16	2.1	16	94	0	59	50	8	0	41	1.34
24686334--24686371	17	2.3	17	86	4	51	28	5	26	39	1.78
24686772--24686976	106	1.9	106	84	8	259	27	0	13	58	1.42
24687232--24687275	22	2.0	21	86	4	61	31	6	2	59	1.36
24688974--24689017	22	2.0	23	86	4	63	45	13	15	25	1.83
24692008--24692066	29	2.0	31	80	12	70	42	22	3	32	1.70
24692063--24692118	4	13.0	4	75	20	51	1	28	1	67	1.10
24692063--24692118	9	6.5	8	75	18	51	1	28	1	67	1.10
24692056--24692113	18	3.2	18	73	21	50	1	32	1	63	1.14
24695413--24695463	25	2.1	25	89	7	79	52	1	13	31	1.51
24695432--24695476	23	2.0	23	82	4	56	60	0	13	26	1.34
24709629--24709749	60	2.0	60	98	0	233	29	14	16	39	1.88
24712191--24712224	12	2.7	13	86	9	52	5	8	0	85	0.75
24716087--24716130	21	2.0	22	82	4	54	20	22	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24726338--24726371	10	3.4	10	91	0	50	47	0	8	44	1.34
24730003--24730045	21	2.1	20	87	12	61	25	6	6	60	1.48
24733952--24734037	43	2.0	43	84	4	111	51	1	20	26	1.55
24734988--24735084	49	2.0	49	87	0	140	44	5	23	26	1.74
24741519--24741604	43	2.0	43	86	0	118	47	2	23	26	1.63
24742863--24742959	49	2.0	49	91	0	158	43	5	26	24	1.75
24748922--24749018	49	2.0	49	91	0	158	30	15	7	46	1.73
24750818--24750845	14	2.0	14	100	0	56	14	0	28	57	1.38
24755113--24755202	45	2.0	45	97	0	171	32	11	21	35	1.88
24759337--24759502	82	2.0	83	98	1	325	45	16	6	31	1.72
24762932--24762973	22	1.9	22	90	0	66	40	0	9	50	1.35
24765012--24765095	35	2.4	34	80	5	89	25	1	28	45	1.61
24765450--24765567	59	2.1	55	92	6	191	40	9	13	36	1.77
24768098--24768139	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
24771534--24771564	11	2.7	12	90	10	55	58	6	0	35	1.24
24772206--24772277	3	23.7	3	74	23	53	27	5	1	65	1.23
24772206--24772377	13	13.5	13	66	28	54	26	4	2	67	1.20
24772290--24772334	14	3.1	14	83	3	54	20	0	2	77	0.87
24772294--24772338	22	2.0	22	83	8	56	20	0	2	77	0.87
24772345--24772385	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
24774719--24774765	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
24777805--24777863	22	2.8	21	78	12	57	72	0	16	10	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24779092--24779205	45	2.6	45	82	1	140	28	21	23	26	1.99
24779072--24779258	44	4.2	44	72	11	148	32	18	22	26	1.97
24779413--24780004	44	13.0	44	73	12	356	32	18	20	28	1.96
24781485--24781560	3	24.7	3	75	21	52	27	6	1	64	1.26
24781485--24781560	13	5.8	13	73	17	61	27	6	1	64	1.26
24781627--24781667	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
24781779--24781831	22	2.6	20	72	13	54	22	9	1	66	1.31
24783072--24783166	50	1.9	50	93	4	165	49	6	8	35	1.59
24786892--24787224	167	2.0	167	97	0	630	38	16	11	34	1.84
24788669--24788716	20	2.4	20	92	0	87	27	20	8	43	1.80
24788886--24788946	30	2.0	30	87	0	86	31	11	1	55	1.45
24792573--24792606	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
24807711--24807769	7	8.1	7	72	20	50	3	16	3	76	1.06
24807705--24807769	22	3.0	22	76	17	64	4	18	3	73	1.13
24807711--24807768	15	4.1	13	75	25	55	3	17	3	75	1.07
24810825--24810854	9	3.3	9	100	0	60	90	0	10	0	0.47
24823752--24823792	8	5.1	8	96	0	73	48	12	0	39	1.41
24823743--24823797	24	2.2	25	83	9	76	45	18	0	36	1.49
24827141--24827205	30	2.2	30	94	0	112	56	15	3	24	1.53
24827235--24827277	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
24827243--24827281	11	3.5	11	82	0	51	61	7	10	20	1.52
24833203--24833253	23	2.2	23	92	0	84	64	3	1	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24835211--24835259	25	1.9	26	84	12	66	42	8	12	36	1.72
24836496--24836520	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
24855130--24855175	18	2.3	21	89	10	71	43	0	56	0	0.99
24856894--24856922	7	4.1	7	100	0	58	0	0	27	72	0.85
24863206--24863312	33	3.2	33	94	0	169	40	30	7	21	1.81
24868517--24868603	33	2.7	32	77	13	97	45	18	9	26	1.79
24868594--24868633	20	2.0	20	95	0	71	45	12	10	32	1.75
24868584--24868648	34	1.9	33	87	9	96	41	13	9	35	1.77
24874836--24874899	12	5.2	12	80	12	67	73	10	0	15	1.09
24874852--24874906	23	2.4	22	82	11	65	74	9	0	16	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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