genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4854--4916	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
5688--5734	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
10711--10773	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
11547--11593	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
12011--12044	17	1.9	17	88	5	50	73	17	5	2	1.16
16569--16631	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
17405--17451	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
20388--20695	23	13.8	23	68	14	117	39	24	5	30	1.78
20388--20501	46	2.5	46	83	0	138	40	23	4	31	1.74
20402--20536	69	2.0	69	81	8	159	41	24	3	30	1.72
20446--20683	129	1.8	129	86	0	341	39	24	5	29	1.79
21423--21491	22	3.1	22	97	0	129	46	8	4	40	1.55
24646--24719	18	3.9	18	85	7	94	43	27	25	4	1.72
24647--24721	36	2.0	38	89	10	118	42	26	25	5	1.76
25068--25125	30	1.9	30	96	0	107	32	10	20	36	1.87
27272--27302	14	2.2	14	100	0	62	35	19	22	22	1.96
34209--34258	25	2.0	25	100	0	100	20	16	20	44	1.87
36039--36122	42	2.0	42	100	0	168	50	4	16	28	1.66
36204--36250	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
40364--40440	23	3.4	22	77	13	75	36	23	5	35	1.77
41195--41241	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
42082--42389	23	13.8	23	68	14	117	39	24	5	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42082--42195	46	2.5	46	83	0	138	40	23	4	31	1.74
42096--42230	69	2.0	69	81	8	159	41	24	3	30	1.72
42140--42377	129	1.8	129	86	0	341	39	24	5	29	1.79
43117--43185	22	3.1	22	97	0	129	46	8	4	40	1.55
48215--48277	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
49051--49097	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
49515--49548	17	1.9	17	88	5	50	73	17	5	2	1.16
54074--54136	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
54909--54955	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
55373--55406	17	1.9	17	88	5	50	73	17	5	2	1.16
59931--59993	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
60767--60813	22	2.1	22	100	0	94	44	8	4	42	1.54
69575--69746	50	3.5	50	92	4	273	36	15	22	26	1.93
69722--69963	31	7.8	31	87	0	331	27	19	25	27	1.98
69985--70078	42	2.2	42	88	3	136	31	13	24	29	1.94
70001--70098	42	2.3	42	81	6	117	33	14	22	29	1.93
72515--72572	27	2.1	27	81	6	64	50	12	0	37	1.40
72544--72573	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
79130--79166	15	2.5	15	91	4	58	54	24	10	10	1.67
85084--85146	23	2.7	23	81	13	76	33	23	6	36	1.80
87843--88141	50	5.8	50	86	3	348	20	29	23	26	1.99
88466--88523	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89596--89709	46	2.5	46	86	0	156	42	22	3	31	1.71
89596--89902	23	13.8	23	68	12	131	41	23	5	30	1.76
101711--101839	53	2.4	53	87	2	179	27	14	27	30	1.95
101742--101856	53	2.1	54	92	6	189	26	13	26	33	1.93
101745--101891	53	3.0	49	83	10	158	25	16	27	30	1.96
109214--109356	53	2.7	53	84	6	180	26	13	27	32	1.94
110842--111007	50	3.4	49	91	4	250	36	15	22	26	1.93
110989--111231	31	7.8	31	89	2	335	27	19	26	26	1.99
110989--111223	94	2.5	93	87	2	337	28	18	26	26	1.98
111265--111346	42	2.0	42	87	4	121	29	13	28	29	1.94
111272--111364	42	2.2	42	80	5	107	33	13	23	29	1.94
113776--113807	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
113803--113860	27	2.1	27	81	6	64	50	12	0	37	1.40
113832--113861	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
116874--116938	21	3.2	21	74	12	82	40	21	26	12	1.88
116856--116956	39	2.6	39	96	0	184	36	23	26	12	1.91
120371--120412	6	7.0	6	86	13	52	78	0	0	21	0.75
120376--120408	10	3.2	11	87	12	52	78	0	0	21	0.75
120364--120412	7	7.3	7	88	9	59	75	2	0	22	0.90
131911--131948	20	1.9	19	85	15	51	55	7	5	31	1.51
131936--131967	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
131963--132020	27	2.1	27	81	6	64	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131992--132021	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
135626--135737	24	4.7	24	86	1	136	50	4	22	22	1.66
135963--135987	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
137125--137220	48	2.0	48	100	0	192	31	25	4	39	1.74
142427--142509	39	2.1	39	82	4	96	21	19	37	21	1.94
143776--143815	19	2.1	19	95	0	71	32	30	12	25	1.92
143823--143865	21	2.2	19	87	8	59	44	4	2	48	1.36
170111--170225	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
170111--170244	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
172962--173018	30	1.9	30	89	3	89	40	3	24	31	1.72
173229--173260	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
173355--173596	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
173355--173604	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
179168--179509	45	7.6	45	66	14	172	29	22	23	25	1.99
179164--179651	135	3.6	135	92	2	736	29	21	22	26	1.99
180978--181027	9	6.0	8	77	22	50	34	6	0	60	1.21
180984--181026	9	4.9	9	78	16	54	34	6	0	58	1.25
180978--181030	26	2.0	26	100	0	106	33	7	0	58	1.26
180978--181040	26	2.4	26	91	0	90	30	7	1	60	1.35
181243--181295	22	2.4	22	80	3	61	37	1	1	58	1.20
181287--181319	14	2.4	14	100	0	66	27	0	0	72	0.85
181277--181321	23	2.0	23	86	8	65	26	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181243--181316	9	7.3	10	73	13	53	33	1	1	63	1.11
182320--182357	18	2.2	18	90	4	60	68	0	2	28	1.03
185954--186004	25	2.0	25	81	7	59	39	9	3	47	1.55
186881--187014	70	1.9	70	96	0	250	38	5	12	44	1.65
188894--188927	17	2.1	16	88	5	50	61	0	0	38	0.96
189953--190008	28	2.0	28	100	0	112	35	3	14	46	1.62
189956--190017	28	2.2	28	91	5	99	40	4	12	41	1.65
197264--197293	6	4.8	6	95	4	51	13	0	3	83	0.77
210800--210859	22	2.8	21	75	5	57	33	20	26	20	1.97
215075--215144	34	2.1	34	94	2	124	27	5	10	57	1.54
217400--217470	35	2.0	35	97	0	133	49	16	7	26	1.72
222764--222869	39	2.7	39	79	0	113	33	21	14	31	1.93
223254--223285	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
232420--232460	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
252825--252859	4	8.8	4	100	0	70	48	0	0	51	1.00
255967--256047	38	2.1	38	93	0	135	30	22	7	39	1.81
256845--256882	20	1.9	19	94	5	67	47	5	7	39	1.55
257256--257289	16	2.0	18	88	11	54	35	17	0	47	1.48
258668--258692	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
264907--264951	22	2.0	23	82	4	56	53	6	2	37	1.40
268655--268701	14	2.8	17	75	24	55	40	4	2	53	1.32
271633--271674	2	21.5	2	95	4	77	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275328--275375	24	2.0	24	100	0	96	16	8	25	50	1.73
296960--297052	18	5.2	18	85	0	132	29	23	15	32	1.95
306100--306157	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
306369--306400	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
306495--306736	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
306495--306744	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
313865--313922	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
314134--314165	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
314260--314507	50	4.8	51	84	5	288	26	24	29	20	1.99
314260--314508	105	2.4	102	87	7	353	26	24	28	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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