genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80825313--80825357	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
80826611--80826648	20	1.9	20	84	10	51	21	15	0	63	1.31
80827548--80827613	16	4.5	15	80	16	68	77	1	1	19	0.93
80827543--80827610	6	10.7	6	80	12	66	77	1	1	19	0.92
80827551--80827609	11	5.3	11	82	15	68	77	1	1	18	0.93
80827543--80827613	22	3.2	21	77	13	72	77	1	1	19	0.92
80830912--80831087	46	3.8	46	77	7	185	30	29	19	20	1.97
80830919--80831090	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
80834133--80834195	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
80834162--80834191	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
80835736--80835775	17	2.3	17	86	4	53	37	0	0	62	0.95
80846621--80846682	18	3.4	18	88	0	97	33	16	22	27	1.95
80858861--80858898	19	2.1	19	90	5	60	50	0	2	47	1.15
80862223--80862287	33	2.0	33	100	0	130	27	6	18	47	1.72
80877875--80877937	26	2.6	24	80	9	67	36	0	1	61	1.05
80880371--80880609	132	1.8	132	89	0	379	33	17	17	31	1.93
80881882--80881938	9	6.3	9	80	8	53	57	3	7	31	1.42
80881900--80881947	3	16.3	3	83	12	55	60	2	4	33	1.27
80881893--80881947	15	3.9	14	79	15	60	58	1	7	32	1.36
80881870--80881951	18	4.3	19	72	16	62	57	2	8	31	1.42
80912577--80912629	26	2.0	26	100	0	106	35	7	33	22	1.83
80914181--80914274	35	2.7	35	94	0	161	34	15	14	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80918698--80918732	10	3.6	10	88	7	54	62	2	5	28	1.32
80918696--80918750	19	2.9	18	78	7	56	58	3	5	32	1.38
80918784--80918875	17	5.1	18	74	14	64	55	3	1	40	1.23
80920090--80920152	30	2.1	30	87	0	90	23	1	14	60	1.43
80925246--80925751	129	3.9	126	83	9	550	50	11	8	28	1.68
80925250--80925786	130	4.1	127	84	7	615	50	11	8	28	1.68
80925256--80925770	64	8.0	62	77	14	429	50	12	8	28	1.69
80925259--80925774	62	8.0	62	75	14	269	51	11	8	28	1.68
80926137--80926184	4	12.5	4	82	8	64	25	0	25	50	1.50
80930034--80930393	120	3.0	119	90	1	526	32	11	15	39	1.84
80930274--80930631	130	2.7	130	81	5	398	35	12	12	39	1.81
80944030--80944073	13	3.5	13	81	12	56	25	2	0	72	0.96
80944026--80944065	16	2.4	16	95	4	71	25	0	0	75	0.81
80944020--80944079	9	7.0	8	79	20	52	25	3	0	71	1.01
80944706--80944755	23	2.2	23	85	7	66	52	4	0	44	1.20
80946412--80946445	17	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
80946394--80946449	28	2.0	28	83	13	71	62	0	0	37	0.95
80950158--80950190	2	17.0	2	93	6	59	0	0	48	51	1.00
80951338--80951395	30	2.0	29	82	3	71	44	5	8	41	1.57
80956607--80956658	25	2.1	25	85	7	70	48	13	3	34	1.61
80959712--80959756	21	2.0	22	83	8	56	42	11	4	42	1.60
80959850--80959888	21	1.9	20	84	5	51	28	5	10	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80963877--80963917	12	3.3	12	86	3	55	24	21	7	46	1.77
80963878--80963913	4	9.0	4	87	0	54	25	22	2	50	1.63
80968502--80968566	31	2.1	32	97	2	123	36	18	26	18	1.94
80972063--80972171	54	2.0	54	90	0	173	31	13	15	39	1.87
80972376--80972814	161	2.7	159	80	6	409	27	16	19	36	1.93
80972758--80972790	13	2.5	13	95	0	57	18	12	0	69	1.18
80972540--80972779	85	2.9	81	75	3	221	25	16	20	37	1.93
80974900--80974944	21	2.0	22	83	8	56	42	11	4	42	1.60
80975118--80975176	24	2.5	23	78	10	57	37	3	8	50	1.49
80978841--80978913	31	2.4	29	79	18	87	41	4	8	46	1.53
80981844--80981970	69	1.9	67	91	6	211	42	15	7	33	1.76
80990933--80991069	58	2.3	59	84	10	174	40	18	18	21	1.91
80992152--80992216	32	2.0	34	85	8	91	33	6	0	60	1.22
80993093--80993200	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
80996378--80996411	17	2.0	17	88	11	52	44	0	17	38	1.49
80997335--80997392	29	2.0	30	89	3	91	50	3	3	43	1.36
80998422--80998466	22	2.0	22	86	0	63	37	24	4	33	1.76
80999443--80999482	19	2.1	19	100	0	80	57	15	5	22	1.57
81001152--81001226	36	2.1	35	83	7	98	18	2	16	62	1.44
81002583--81002609	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
81010387--81010437	24	2.1	24	85	0	66	11	7	15	64	1.48
81027124--81027846	378	1.9	377	84	3	963	23	31	10	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81029252--81029290	19	2.0	20	90	5	62	51	12	0	35	1.40
81034030--81034081	23	2.2	23	96	3	95	42	0	7	50	1.31
81036718--81036779	28	2.2	28	91	0	97	43	1	3	51	1.27
81037359--81037409	26	1.9	27	84	4	68	56	0	9	33	1.32
81039102--81039191	36	2.5	36	88	0	126	18	23	28	28	1.98
81040280--81040430	75	2.0	76	98	1	295	47	14	14	23	1.81
81044266--81044307	20	2.1	20	86	8	59	38	4	2	54	1.34
81047686--81047820	69	2.0	69	100	0	270	30	5	25	38	1.79
81051334--81051371	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
81054182--81054218	16	2.3	16	95	0	65	59	2	5	32	1.34
81054245--81054300	26	2.2	26	86	0	76	51	1	14	32	1.52
81054435--81054513	34	2.2	37	82	11	101	50	1	2	45	1.23
81054447--81054513	34	1.9	36	87	6	102	52	1	2	43	1.25
81054849--81054902	9	6.2	9	81	14	69	66	0	0	33	0.92
81054849--81054902	17	3.1	17	82	12	65	66	0	0	33	0.92
81054849--81054902	26	2.1	26	86	6	74	66	0	0	33	0.92
81056691--81056757	31	2.2	31	86	0	89	46	13	10	29	1.76
81060712--81060750	4	10.0	4	83	5	53	46	23	0	30	1.53
81060714--81060747	11	2.9	12	91	8	61	44	23	0	32	1.54
81061400--81061426	8	3.4	8	100	0	54	59	0	25	14	1.36
81063964--81064231	132	2.0	131	92	4	441	27	11	13	47	1.77
81070512--81070547	19	2.0	17	89	10	54	16	0	5	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81075323--81075348	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
81079019--81079102	43	2.0	43	92	0	141	42	35	1	20	1.60
81079557--81079614	16	3.7	16	69	26	52	36	6	0	56	1.26
81081795--81081851	21	2.7	21	76	12	55	63	1	0	35	1.05
81091979--81092031	27	2.0	27	100	0	106	47	11	15	26	1.79
81091989--81092111	60	2.1	59	83	5	153	38	10	16	34	1.83
81095457--81095487	16	1.9	16	93	0	53	45	35	3	16	1.63
81099102--81099161	22	2.5	25	74	15	63	11	5	10	73	1.24
81111235--81111275	20	2.0	20	100	0	82	68	4	0	26	1.10
81111679--81111734	29	1.9	29	85	0	76	42	10	8	37	1.71
81113144--81113427	141	2.0	142	93	2	482	44	19	10	25	1.83
81113532--81113970	171	2.6	171	80	9	450	42	17	11	28	1.84
81114412--81114556	72	2.0	71	97	1	272	44	3	4	47	1.39
81119816--81119844	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
81123598--81123646	23	2.3	21	80	19	57	22	2	4	71	1.13
81124989--81125023	13	2.7	13	91	8	54	65	0	5	28	1.15
81125439--81125510	31	2.3	31	97	0	135	34	11	9	44	1.73
81130670--81130732	31	2.0	31	96	0	117	31	9	22	36	1.86
81132965--81133021	29	1.9	29	85	3	78	26	7	12	54	1.63
81133008--81133032	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
81138329--81138393	29	2.2	30	80	5	78	35	9	16	38	1.81
81138339--81138414	29	2.6	29	82	4	89	38	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81138618--81138725	54	2.0	54	100	0	216	31	12	18	37	1.89
81145726--81145800	37	2.0	37	100	0	150	29	26	5	38	1.78
81146077--81146183	53	2.0	53	100	0	214	31	14	21	31	1.94
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81157487--81157527	20	2.0	20	85	0	55	46	2	0	51	1.14
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81179915--81180026	2	56.5	2	85	1	154	43	0	56	0	0.99
81189061--81189090	16	1.9	15	93	6	51	43	0	3	53	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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