genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8373274--8373356	41	2.0	41	100	0	166	16	31	2	49	1.59
8374547--8374579	15	2.2	15	100	0	66	33	12	6	48	1.65
8377600--8377638	14	2.8	14	92	0	60	43	25	0	30	1.55
8379902--8379958	20	2.9	20	74	12	55	28	8	5	57	1.50
8379899--8380038	19	7.3	19	69	18	78	30	6	2	60	1.37
8379922--8380043	57	2.1	58	85	8	162	29	6	2	61	1.34
8380137--8380362	92	2.5	89	85	9	298	31	9	22	36	1.86
8381503--8381538	19	1.9	18	94	5	63	77	0	0	22	0.76
8381505--8381547	19	2.3	19	84	8	52	79	2	2	16	0.95
8382137--8382196	21	2.7	23	80	19	74	36	3	1	58	1.25
8382251--8382284	16	2.2	15	89	5	50	38	8	2	50	1.49
8382640--8382687	20	2.4	21	82	10	64	68	6	0	25	1.12
8386114--8386156	6	7.2	6	89	0	68	51	0	48	0	1.00
8386390--8386434	20	2.3	20	96	3	83	28	4	0	66	1.11
8387016--8387146	46	2.7	47	82	8	147	18	2	30	48	1.60
8387146--8387297	81	1.9	80	95	1	277	19	27	21	30	1.98
8387146--8387297	40	3.8	40	94	0	268	19	27	21	30	1.98
8395387--8395422	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
8395331--8395492	88	1.8	88	88	2	245	25	16	20	36	1.94
8395475--8395593	59	2.0	59	91	3	195	31	13	16	38	1.88
8395613--8395643	14	2.2	14	94	0	53	22	12	6	58	1.58
8395558--8395769	88	2.4	87	96	2	388	28	16	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8395325--8396033	314	2.3	308	89	4	1059	27	16	19	36	1.93
8395558--8395795	88	2.7	86	91	5	379	27	16	21	34	1.95
8396008--8396052	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
8395919--8396230	100	3.1	100	87	4	398	23	17	18	41	1.90
8395956--8396314	99	3.8	97	84	6	389	25	16	19	38	1.92
8396228--8396512	75	3.9	78	84	5	284	28	16	22	32	1.96
8396240--8397442	147	8.3	143	80	9	1129	30	16	20	32	1.95
8396240--8397523	72	17.6	72	85	6	1448	30	16	20	32	1.94
8396516--8397518	296	3.4	296	95	1	1798	31	16	19	32	1.94
8396221--8397518	592	2.2	573	91	4	2077	30	16	20	32	1.94
8397612--8398602	463	2.1	463	98	0	1901	26	16	20	36	1.93
8398006--8398149	55	2.7	55	93	2	238	27	13	19	38	1.90
8398469--8398609	55	2.5	55	90	3	221	31	15	17	36	1.91
8400361--8400424	21	3.0	21	69	28	53	37	3	1	57	1.24
8400698--8400817	11	9.7	12	66	25	54	35	5	2	57	1.34
8400692--8400742	20	2.4	21	84	15	70	35	0	1	62	1.06
8400692--8400804	21	5.3	21	70	13	70	34	5	2	57	1.35
8402087--8402174	38	2.3	38	80	9	108	61	3	6	28	1.38
8408685--8408766	24	3.3	27	63	25	70	15	17	31	35	1.91
8408700--8408776	24	3.2	24	63	26	63	19	15	27	37	1.92
8408577--8408823	48	5.1	48	87	3	309	20	16	28	34	1.95
8408577--8408837	144	1.8	144	83	3	346	20	16	29	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8422415--8422535	23	5.4	23	65	20	67	28	15	20	34	1.94
8422278--8422560	46	6.2	46	79	5	211	30	14	21	33	1.93
8424989--8425172	48	3.8	48	79	4	199	28	17	28	25	1.98
8426978--8427016	18	2.2	18	86	9	53	64	5	0	30	1.15
8441245--8441288	23	2.0	22	82	13	54	9	18	11	61	1.55
8444125--8444192	31	2.2	30	79	7	75	23	10	19	47	1.80
8446748--8446796	15	3.4	14	88	5	71	44	0	4	51	1.20
8450720--8450844	9	13.6	9	66	17	60	65	0	3	30	1.14
8450733--8450885	19	7.3	19	68	24	69	64	1	2	30	1.18
8450811--8450845	10	3.6	10	84	7	54	74	2	0	22	0.95
8450811--8450885	21	3.7	20	77	13	66	69	4	0	26	1.06
8451076--8451127	19	2.8	20	75	19	58	23	9	1	65	1.32
8451112--8451184	28	2.6	28	91	2	110	35	6	2	54	1.41
8451227--8451278	19	2.8	18	80	13	52	30	1	1	65	1.14
8454907--8455013	55	1.9	55	86	3	153	22	23	30	23	1.99
8459042--8459084	22	2.0	22	85	0	59	23	11	46	18	1.82
8459420--8460128	44	15.6	44	72	9	454	28	19	18	33	1.95
8459543--8459987	89	4.9	89	75	6	291	28	19	17	34	1.95
8459633--8460127	140	3.6	141	77	8	487	28	20	17	33	1.95
8459633--8460126	273	1.8	273	85	1	704	28	20	17	33	1.95
8459636--8460125	229	2.1	224	80	7	549	28	20	17	33	1.95
8460761--8460839	39	2.0	39	90	0	122	27	22	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8472835--8472866	16	2.0	16	93	0	55	37	6	3	53	1.42
8476448--8476493	13	3.5	12	83	16	56	13	17	15	54	1.71
8479136--8479276	46	3.1	44	79	8	122	28	12	17	42	1.84
8481021--8481118	50	2.0	50	95	0	178	32	25	14	27	1.94
8495203--8495787	263	2.2	262	80	5	646	32	19	20	27	1.97
8495185--8495824	131	4.9	132	77	4	519	32	19	20	27	1.97
8505651--8505707	17	3.3	17	67	13	53	24	21	19	35	1.96
8505653--8505721	35	2.0	35	91	0	111	24	23	20	31	1.98
8510364--8510472	44	2.6	40	81	9	137	42	17	17	22	1.89
8510316--8510495	40	4.4	40	76	8	166	37	18	19	23	1.94
8510597--8510691	38	2.4	38	80	3	109	49	28	1	21	1.56
8510806--8510869	7	9.0	7	77	3	65	25	1	26	46	1.61
8510822--8510873	15	3.5	15	86	2	70	23	1	26	48	1.62
8510806--8510873	14	4.7	14	80	5	73	23	1	27	47	1.61
8511299--8511351	7	7.6	7	93	0	70	22	0	43	33	1.54
8511625--8511659	16	2.1	17	94	5	63	25	0	5	68	1.11
8512153--8512184	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8514158--8514192	6	5.5	6	87	12	52	20	2	0	77	0.90
8516566--8516598	12	2.6	13	90	9	59	54	0	6	39	1.25
8516706--8516790	43	2.0	44	88	2	127	25	16	31	25	1.96
8518911--8518942	7	4.7	7	96	3	57	46	0	9	43	1.35
8523425--8523575	75	2.0	75	93	0	257	29	12	17	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8527595--8527666	20	3.7	19	74	7	65	58	1	5	34	1.30
8532461--8532568	54	2.0	54	100	0	216	22	7	20	50	1.73
8539468--8539759	126	2.3	126	85	2	370	27	15	19	38	1.92
8539481--8539802	126	2.5	126	82	4	337	26	15	19	39	1.91
8554481--8554596	45	2.6	45	77	9	121	30	18	24	26	1.98
8554478--8554588	44	2.5	43	78	7	116	27	19	22	29	1.98
8554567--8554983	44	9.4	43	69	7	199	28	21	22	27	1.99
8554476--8554724	133	1.9	132	83	2	329	28	20	24	26	1.99
8554570--8554809	88	2.7	88	89	1	356	27	20	25	27	1.99
8554658--8555041	135	2.9	135	83	3	454	30	20	22	26	1.98
8554474--8554903	221	1.9	223	84	2	580	29	20	23	26	1.99
8555026--8555055	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
8555671--8555720	25	2.0	25	96	0	91	34	20	22	24	1.97
8557330--8557644	126	2.5	126	87	4	429	25	14	20	38	1.91
8558518--8558607	41	2.2	41	82	5	103	33	21	24	21	1.97
8558533--8558641	41	2.7	41	88	5	150	35	23	21	19	1.96
8558533--8558665	41	3.3	40	83	7	126	34	24	21	20	1.96
8558646--8559024	41	9.2	41	94	0	623	23	20	29	26	1.99
8559339--8559389	18	2.8	18	85	8	68	45	3	1	49	1.32
8559809--8559840	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
8559812--8559879	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
8564909--8564964	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565079--8565290	9	23.4	9	73	12	114	48	12	0	38	1.47
8565069--8565290	18	12.3	18	72	12	134	47	12	0	38	1.48
8565077--8565159	41	2.0	40	90	2	130	49	13	1	36	1.50
8565077--8565133	14	4.1	14	75	20	66	49	15	0	35	1.45
8565069--8565142	23	3.0	23	81	14	94	47	14	0	37	1.45
8565065--8565118	27	2.0	26	92	3	63	48	12	0	38	1.42
8570476--8570504	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
8570914--8570972	21	2.8	21	92	0	100	27	16	54	1	1.52
8571349--8571562	43	5.0	43	91	1	338	23	26	19	30	1.98
8571349--8571562	87	2.5	87	92	0	340	23	26	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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