genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67418099--67418171	38	1.9	38	83	10	96	35	2	8	53	1.45
67419771--67419808	20	2.0	20	89	5	60	36	2	0	60	1.11
67425489--67425561	38	1.9	38	83	5	94	32	8	15	43	1.76
67428154--67428204	13	3.9	13	81	0	66	35	23	7	33	1.84
67428221--67428390	91	1.8	93	87	2	254	28	16	17	37	1.92
67428221--67428413	91	2.1	92	83	5	250	27	15	21	35	1.94
67431960--67432015	20	2.7	21	84	10	71	60	1	0	37	1.07
67432094--67432156	24	2.6	23	90	7	90	55	3	4	36	1.37
67433827--67433942	41	2.8	41	93	0	187	30	25	15	28	1.96
67433790--67433974	41	4.6	39	80	6	154	33	25	15	25	1.95
67438670--67438732	30	2.1	30	88	5	92	25	3	17	53	1.58
67438857--67438890	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
67442795--67442850	11	5.1	11	80	6	53	57	7	3	32	1.43
67442798--67442853	27	2.1	27	93	0	94	58	5	5	30	1.42
67449435--67449606	46	3.7	46	78	11	165	25	27	18	29	1.98
67449435--67449606	93	1.8	94	81	8	217	25	27	18	29	1.98
67449530--67449705	46	3.8	46	72	19	150	23	28	18	28	1.98
67452569--67452615	23	2.0	23	100	0	94	21	23	12	42	1.87
67457197--67457367	94	1.8	92	84	9	231	22	26	21	29	1.99
67459770--67459821	17	2.9	17	81	10	59	40	9	15	34	1.80
67459793--67459835	23	1.9	23	86	13	63	41	6	11	39	1.68
67464173--67464245	27	2.7	27	95	0	128	43	23	4	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67464228--67464639	27	15.3	27	89	0	545	35	18	20	26	1.95
67465054--67465141	6	14.3	6	72	17	56	19	21	13	45	1.84
67465062--67465121	19	3.6	18	69	30	60	16	25	16	41	1.89
67465062--67465132	31	2.3	31	92	0	115	18	23	14	43	1.86
67465786--67465863	41	1.9	41	84	2	104	33	26	12	26	1.93
67489321--67489394	18	4.3	17	77	6	69	64	0	2	32	1.07
67496026--67496064	20	2.0	20	89	0	60	76	2	10	10	1.10
67496596--67496639	20	2.1	21	91	4	72	22	13	2	61	1.43
67496601--67496645	20	2.2	20	84	4	54	24	15	2	57	1.49
67498165--67498283	46	2.6	46	89	2	168	27	20	30	21	1.98
67498158--67498324	46	3.6	46	83	4	167	28	20	28	22	1.99
67508192--67508349	49	3.2	49	75	4	142	27	20	27	23	1.99
67521781--67521812	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
67521864--67523024	580	2.0	578	90	2	1846	33	14	18	33	1.91
67526340--67526384	22	2.0	22	100	0	90	35	31	24	8	1.86
67533771--67533975	47	4.4	45	74	12	159	25	28	20	25	1.99
67533911--67534034	46	2.7	46	76	9	119	22	30	19	27	1.98
67539489--67539545	29	1.9	30	85	3	80	17	3	22	56	1.56
67540834--67540867	18	1.9	18	88	5	52	20	8	0	70	1.13
67546664--67546889	25	9.2	24	70	15	90	15	24	21	38	1.92
67546908--67546957	19	2.6	19	96	0	91	44	6	24	26	1.76
67547244--67547291	24	2.0	24	95	0	87	29	14	8	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67556664--67556715	23	2.3	23	83	9	63	40	3	0	55	1.18
67561108--67561173	34	2.0	34	87	3	98	27	19	25	27	1.99
67561125--67561198	34	2.2	34	85	4	96	28	20	27	24	1.99
67573075--67573109	17	2.1	18	89	10	56	48	0	17	34	1.47
67575828--67575853	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
67584598--67584652	17	3.4	17	75	10	60	50	3	9	36	1.51
67584889--67584920	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
67588944--67589313	181	2.0	182	90	1	582	25	15	27	31	1.96
67589389--67589421	14	2.2	16	89	10	52	66	3	0	30	1.06
67591651--67591693	18	2.5	16	82	14	50	48	9	2	39	1.48
67593738--67593817	42	1.9	42	84	5	108	36	25	10	28	1.88
67601754--67601904	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
67603692--67603813	41	3.0	41	92	1	199	32	18	16	31	1.93
67605713--67605767	27	2.0	27	100	0	110	32	10	25	30	1.90
67611300--67611359	16	3.7	16	73	8	59	46	1	0	51	1.10
67614266--67614551	50	5.8	50	91	2	461	20	30	23	25	1.99
67614266--67614553	97	2.9	97	93	2	459	20	30	23	26	1.99
67614266--67614551	147	1.9	148	92	2	475	20	30	23	25	1.99
67614647--67614677	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
67619960--67619985	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
67624802--67624841	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
67630196--67630227	17	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67630370--67630396	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67630454--67630539	44	2.0	44	88	0	127	46	2	9	41	1.48
67630146--67630617	259	1.8	257	82	7	603	47	6	7	38	1.59
67630633--67630673	6	6.8	6	94	0	73	48	14	2	34	1.57
67630824--67630853	15	2.0	15	93	0	51	30	3	13	53	1.56
67630889--67630930	21	2.0	21	85	0	57	45	0	0	54	0.99
67641130--67641175	22	2.1	22	100	0	92	39	13	13	34	1.83
67650771--67650796	11	2.4	11	100	0	52	46	15	0	38	1.46
67655131--67655163	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
67655444--67655732	46	6.0	47	81	9	291	22	24	13	40	1.89
67655459--67655732	92	2.9	92	86	6	332	22	24	12	40	1.88
67655618--67655726	57	1.9	57	98	0	209	23	25	11	38	1.89
67663907--67663963	29	2.0	29	100	0	114	40	17	17	24	1.91
67669089--67669131	18	2.4	19	88	11	72	16	16	23	44	1.86
67671375--67671552	40	4.5	40	86	4	211	23	27	25	23	2.00
67679334--67679540	40	5.2	40	89	5	289	25	28	23	22	1.99
67684526--67684551	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
67686390--67687319	44	21.1	44	84	1	1020	25	29	15	29	1.96
67687499--67688569	260	4.1	262	89	3	1290	27	25	18	29	1.98
67688209--67688545	45	7.6	45	65	9	127	25	24	18	31	1.98
67687499--67688569	132	8.2	133	85	3	1182	27	25	18	29	1.98
67692371--67692422	5	10.6	5	84	12	72	38	17	21	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67692361--67692415	24	2.3	24	93	0	101	41	16	20	21	1.90
67699467--67699513	18	2.6	18	74	12	51	25	14	27	31	1.95
67706084--67706114	4	7.5	4	96	3	53	77	0	0	22	0.77
67707540--67707734	103	1.9	102	82	5	241	33	16	22	26	1.96
67709037--67709095	27	2.2	27	96	0	109	32	10	5	52	1.57
67709259--67709310	24	2.2	24	85	0	68	32	3	9	53	1.51
67710402--67710561	43	3.7	42	78	9	144	21	21	26	30	1.98
67710403--67710561	42	3.7	42	77	10	153	22	21	26	30	1.99
67710402--67710569	85	2.0	86	80	8	191	22	20	26	31	1.98
67710642--67710695	27	2.0	27	96	0	99	38	9	14	37	1.79
67724871--67724988	58	2.1	58	82	4	141	32	17	16	33	1.92
67729870--67729985	39	3.0	39	94	0	196	20	21	30	27	1.98
67735629--67735669	4	10.2	4	100	0	82	26	0	0	73	0.84
67736375--67736456	24	3.4	24	86	3	85	43	0	4	51	1.23
67748182--67748269	42	2.1	42	100	0	176	38	21	9	30	1.85
67748265--67748443	62	2.9	62	87	0	241	39	25	6	28	1.81
67755867--67755971	31	3.4	31	91	0	156	18	33	27	20	1.96
67756639--67756663	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
67758859--67758897	16	2.4	16	86	4	51	66	0	33	0	0.92
67760557--67760667	45	2.5	44	78	10	118	22	18	18	40	1.91
67760847--67760893	18	2.6	18	86	0	67	31	12	17	38	1.87
67760910--67760973	18	3.6	18	78	0	65	35	7	17	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67760900--67760982	36	2.3	36	80	0	85	36	7	16	39	1.77
67762082--67762118	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
67764281--67764599	46	7.0	46	90	1	417	38	15	24	21	1.92
67764281--67764622	137	2.5	138	85	2	440	39	15	23	21	1.92
67767457--67767493	18	2.1	18	100	0	74	35	5	21	37	1.77
67770918--67770960	15	2.6	18	78	17	56	37	0	4	58	1.19
67775629--67775778	43	3.5	43	80	5	169	32	24	14	29	1.94
67776665--67776697	17	1.9	17	93	0	57	33	15	0	51	1.43
67777503--67777541	20	2.0	20	94	0	69	33	12	17	35	1.88
67781128--67781165	18	2.1	18	95	0	67	0	55	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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