genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14880856--14880939	40	2.1	40	84	4	107	66	10	2	20	1.33
14881100--14881188	21	4.1	21	64	15	56	61	28	5	4	1.38
14886489--14886528	19	2.0	20	90	4	64	32	12	12	42	1.80
14888763--14888983	40	5.6	40	92	2	340	26	23	27	21	1.99
14896849--14897029	40	4.6	40	90	2	269	26	24	27	21	1.99
14898719--14898743	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
14900174--14900224	21	2.4	21	75	12	50	39	1	3	54	1.30
14900200--14900233	17	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
14902375--14902428	22	2.6	20	80	11	63	33	1	11	53	1.47
14902924--14903019	19	5.1	19	77	18	69	65	4	0	30	1.11
14902948--14903019	18	4.1	18	81	13	87	68	4	0	27	1.08
14902924--14903019	10	10.2	10	70	20	73	65	4	0	30	1.11
14902937--14903012	35	2.1	36	87	4	109	65	5	0	28	1.14
14904163--14904201	17	2.4	16	83	8	51	20	5	5	69	1.28
14904300--14904338	17	2.3	17	91	8	62	25	0	0	74	0.82
14904299--14904338	8	4.9	8	81	6	53	27	0	0	72	0.85
14906165--14906211	18	2.7	18	90	3	69	14	36	27	21	1.93
14908794--14908879	30	2.9	30	78	11	79	30	22	17	30	1.96
14918894--14919169	39	7.1	39	90	0	435	24	28	25	21	1.99
14926229--14926543	39	8.1	39	92	0	513	23	28	25	21	1.99
14937705--14937746	19	2.3	18	83	4	57	61	4	0	33	1.17
14937744--14937788	12	3.9	11	80	8	54	64	2	6	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14944552--14944602	5	10.2	5	100	0	102	58	0	0	41	0.98
14947098--14947169	32	2.2	33	87	7	103	27	4	16	51	1.63
14947545--14947596	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
14947558--14947594	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
14950068--14950134	33	2.0	33	82	5	82	32	10	34	22	1.88
14952437--14952464	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
14956195--14956222	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
14959269--14959339	35	2.0	35	89	5	108	40	8	22	28	1.83
14962222--14962261	21	2.0	20	85	14	55	47	7	2	42	1.45
14965869--14965973	40	2.6	40	75	1	120	28	28	22	20	1.98
14972869--14972999	28	4.7	28	91	3	210	23	12	34	29	1.92
14977613--14977666	26	2.1	26	100	0	108	29	7	33	29	1.85
14980792--14980893	28	3.6	28	86	0	132	24	16	34	24	1.95
14982147--14982198	18	2.9	18	94	2	88	42	11	17	28	1.84
14984958--14985109	37	4.1	37	88	3	216	26	31	20	21	1.98
14985272--14985598	47	7.0	47	90	0	483	26	29	11	31	1.92
14989702--14990111	40	10.2	40	91	1	633	26	27	20	24	1.99
14991385--14991530	37	3.9	37	93	0	238	25	32	19	21	1.97
14991693--14992018	47	7.0	47	87	2	467	26	28	11	32	1.92
14991693--14992018	140	2.3	140	90	1	501	26	28	11	32	1.92
14992422--14992456	15	2.3	15	100	0	70	37	28	0	34	1.58
14995641--14995857	40	5.5	40	86	3	271	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15003702--15003887	40	4.7	40	89	4	288	24	23	27	24	2.00
15013058--15013241	40	4.6	40	86	5	239	25	23	26	25	2.00
15025295--15025928	345	1.8	345	98	0	1241	42	18	17	21	1.89
15037176--15037260	28	3.0	28	89	0	125	30	8	28	32	1.86
15037747--15037794	24	2.1	22	81	14	53	18	0	33	47	1.49
15040349--15040400	24	2.2	24	82	6	61	51	26	1	19	1.57
15042654--15042734	39	2.1	39	88	0	117	32	22	16	29	1.95
15045595--15045778	50	3.8	48	80	11	171	21	31	17	28	1.97
15045606--15045815	98	2.2	94	85	9	266	21	30	18	29	1.97
15048258--15048491	50	4.9	47	76	8	238	26	15	30	26	1.96
15048261--15048500	100	2.5	97	83	7	283	26	16	30	27	1.97
15050648--15050681	17	1.9	18	88	5	52	11	2	8	76	1.12
15053144--15053288	40	3.7	40	83	5	179	23	21	28	26	1.99
15053185--15053307	40	3.1	40	82	5	117	23	21	30	24	1.99
15053138--15053311	79	2.2	78	80	10	192	25	20	27	26	1.99
15063505--15063540	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
15065477--15065666	40	4.8	41	82	9	223	23	22	27	26	1.99
15065477--15065664	79	2.4	82	83	8	226	23	22	27	26	2.00
15065483--15065689	79	2.6	79	78	12	219	24	22	27	25	2.00
15067237--15067370	56	2.4	56	87	0	187	26	16	23	33	1.95
15069747--15069801	26	2.1	26	82	0	65	32	25	21	20	1.97
15069796--15069842	24	2.0	24	95	0	85	31	25	23	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15070877--15070978	51	2.0	51	100	0	204	43	15	29	11	1.82
15083785--15083825	18	2.2	19	86	4	57	56	4	9	29	1.53
15092379--15092548	46	3.7	45	75	10	164	30	28	18	22	1.97
15092385--15092554	93	1.8	93	89	0	268	30	28	18	22	1.97
15094947--15095002	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
15097966--15098136	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
15097961--15098133	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
15101435--15101546	27	4.1	27	82	7	120	16	23	22	38	1.93
15101435--15101546	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93
15109641--15109701	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
15110843--15110885	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
15112129--15112240	27	4.1	27	79	7	120	16	24	21	37	1.94
15112132--15112238	54	2.0	54	85	3	144	17	24	19	38	1.93
15117967--15118011	22	2.0	22	86	0	63	6	22	2	68	1.24
15119256--15119365	27	4.1	26	79	10	105	16	24	21	37	1.93
15119256--15119365	54	2.0	54	84	6	143	16	24	21	37	1.93
15121360--15121405	20	2.3	20	96	0	83	43	17	15	23	1.87
15126727--15126765	18	2.2	18	95	0	69	28	28	15	28	1.96
15126629--15126865	118	2.0	118	90	0	375	27	25	18	27	1.98
15126745--15126911	49	3.4	49	84	3	244	27	26	19	26	1.99
15129390--15129445	15	3.7	15	74	25	64	62	10	14	12	1.55
15132452--15132838	100	3.9	100	96	0	704	27	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15132452--15132840	49	7.8	49	81	5	442	27	26	20	26	1.99
15132452--15132838	199	1.9	200	96	0	713	27	25	20	26	1.99
15135804--15135855	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
15135907--15135958	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
15135727--15135990	103	2.6	103	91	3	426	18	20	30	30	1.96
15143278--15143329	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
15143201--15143463	102	2.6	102	90	4	415	19	20	29	30	1.97
15143379--15143429	26	2.0	26	96	0	93	13	23	33	29	1.93
15146015--15146041	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
15150496--15150623	29	4.5	28	86	2	166	33	25	11	28	1.91
15150495--15150623	57	2.3	57	84	2	179	33	26	11	28	1.91
15158570--15158681	56	2.0	55	89	1	170	27	13	24	34	1.93
15159935--15159963	12	2.5	12	94	5	51	48	6	17	27	1.72
15160820--15160979	41	3.9	40	81	6	169	36	23	15	24	1.94
15160820--15160997	81	2.2	83	82	8	204	35	24	15	24	1.94
15163687--15163720	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
15163708--15163807	6	16.3	6	77	12	96	48	12	18	22	1.80
15163716--15163807	25	3.7	25	81	5	107	47	11	18	21	1.80
15164313--15164777	27	17.2	27	81	2	477	41	7	20	30	1.80
15164755--15164923	27	6.3	26	73	9	108	28	8	21	40	1.83
15164771--15164931	54	3.0	54	80	4	200	29	9	22	38	1.86
15166861--15166954	6	15.3	6	76	16	68	46	14	17	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15166882--15166949	25	2.7	25	88	0	100	45	16	17	20	1.85
15167067--15167126	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
15167471--15167936	27	17.2	27	85	2	569	40	6	21	31	1.78
15167931--15168082	54	2.8	53	80	6	171	29	7	21	41	1.80
15167969--15168082	27	4.3	27	83	5	124	29	7	21	41	1.80
15167930--15168082	27	5.7	25	77	6	108	29	7	22	41	1.80
15168023--15168082	26	2.3	25	85	8	75	26	6	23	43	1.78
15188530--15188708	41	4.3	41	84	4	209	36	24	15	23	1.93
15189115--15189180	29	2.3	28	84	5	78	30	24	1	43	1.63
15191997--15192151	43	3.6	42	80	9	172	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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