genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71471865--71471940	9	8.4	9	72	20	61	30	2	1	65	1.14
71471860--71471909	19	2.7	19	84	3	75	32	4	0	64	1.12
71471860--71471948	27	3.3	26	76	10	72	35	2	1	60	1.16
71478778--71478820	21	2.0	21	100	0	86	9	13	13	62	1.53
71481234--71481292	28	2.1	29	81	9	68	59	1	13	25	1.44
71485743--71485809	33	2.0	34	82	8	84	49	16	2	31	1.61
71486678--71487192	128	3.8	125	75	16	349	59	4	4	31	1.38
71486773--71487193	151	3.0	143	79	12	483	59	4	4	31	1.38
71486672--71487192	277	1.9	280	84	9	713	59	4	4	31	1.38
71486762--71487259	135	3.5	138	80	10	521	58	4	4	32	1.38
71487136--71487271	3	45.0	3	69	12	59	59	2	4	33	1.32
71487916--71487945	14	2.2	13	94	5	51	90	0	0	10	0.47
71492499--71492669	93	1.8	93	92	2	290	28	30	20	21	1.98
71492491--71492663	46	3.8	45	78	11	199	28	30	19	21	1.98
71492496--71492685	46	4.1	45	70	22	119	28	30	20	21	1.98
71505079--71505191	53	2.1	54	96	1	210	31	2	3	61	1.26
71517560--71517656	44	2.2	45	80	10	110	29	23	15	30	1.95
71517225--71517901	177	3.8	177	86	0	915	27	25	16	29	1.97
71520611--71520878	125	2.1	126	90	3	416	33	15	14	36	1.88
71520911--71521025	34	3.3	36	81	7	123	45	20	0	34	1.51
71521384--71521465	41	2.0	41	97	0	155	24	8	9	57	1.59
71521549--71521590	22	2.0	21	86	13	59	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71521549--71521590	21	2.0	22	85	4	59	33	0	4	61	1.17
71521943--71521972	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
71532667--71532699	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
71532946--71533012	16	4.2	16	86	1	91	29	25	4	40	1.75
71533230--71533263	18	1.9	18	94	5	61	32	2	5	58	1.37
71535770--71535917	37	4.0	37	96	0	260	39	13	19	27	1.89
71535881--71536002	46	2.7	46	89	3	187	33	16	22	27	1.95
71538076--71538109	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
71541022--71541090	29	2.3	29	85	5	84	47	13	14	24	1.79
71542363--71542425	32	2.0	32	83	0	81	42	6	6	44	1.55
71543220--71543250	2	15.0	2	93	6	53	48	48	0	3	1.17
71550548--71550587	19	2.0	19	85	9	53	25	17	10	47	1.78
71550611--71550644	7	4.7	7	96	3	59	73	2	0	23	0.97
71550749--71550809	17	3.7	17	72	16	65	68	1	0	29	0.99
71550763--71550796	7	4.7	7	88	3	50	70	2	0	26	1.01
71550582--71550854	150	1.8	151	94	2	487	56	6	5	31	1.50
71557672--71557757	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
71557665--71557798	46	3.0	45	81	4	135	35	14	23	27	1.93
71560322--71560400	40	2.0	39	87	4	115	31	24	11	32	1.90
71562898--71562942	10	4.4	10	88	2	54	51	2	4	42	1.34
71562830--71562942	20	5.4	21	70	13	56	53	4	6	36	1.46
71563353--71563401	21	2.3	21	86	6	64	32	4	2	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71563446--71563491	10	4.6	10	79	17	51	26	2	2	69	1.11
71563447--71563490	9	4.6	9	83	13	52	27	2	2	68	1.14
71563956--71563995	21	1.9	21	84	0	53	55	2	7	35	1.42
71564101--71564136	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
71564967--71565000	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
71567800--71567840	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
71569744--71569777	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
71573094--71573273	50	3.6	49	82	3	198	29	26	17	26	1.98
71578951--71579017	29	2.3	29	94	0	125	41	22	1	34	1.63
71582493--71582523	15	2.1	15	100	0	62	41	12	25	19	1.87
71583400--71583440	21	2.0	21	90	0	64	24	19	29	26	1.98
71585167--71585196	15	2.0	15	93	0	51	33	16	6	43	1.74
71586334--71586450	39	3.0	38	93	4	207	13	24	23	37	1.92
71586403--71586495	46	2.0	46	85	4	125	11	24	24	38	1.89
71589372--71589429	30	1.9	30	92	0	98	37	8	18	34	1.82
71592179--71592220	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
71592201--71592275	34	2.4	29	79	18	73	53	0	1	45	1.08
71592316--71592358	21	2.0	22	86	4	61	41	2	0	55	1.12
71593140--71593179	16	2.5	16	91	0	62	50	2	0	47	1.14
71615338--71615466	46	2.8	46	93	0	222	29	27	21	20	1.98
71617848--71617925	15	5.4	15	77	13	83	60	12	16	10	1.59
71617859--71617934	15	5.2	15	78	10	70	57	14	15	11	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71620801--71620976	46	3.8	46	78	10	187	30	26	21	22	1.98
71620810--71620979	93	1.8	93	90	0	277	28	27	21	22	1.99
71620852--71620995	46	3.1	45	75	18	145	29	27	20	23	1.99
71621892--71621917	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
71623861--71623908	24	2.0	23	88	4	69	12	2	27	58	1.46
71629679--71629724	24	1.9	24	90	0	74	32	15	30	21	1.94
71630839--71630875	14	2.7	14	80	19	51	21	5	0	72	1.04
71643551--71643726	46	3.8	46	79	10	214	21	19	29	29	1.98
71643548--71643718	93	1.8	93	94	0	306	21	20	29	28	1.98
71646651--71646719	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71646642--71646729	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71648437--71648612	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	29	1.98
71648434--71648604	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
71651260--71651294	16	2.2	16	94	0	61	82	0	17	0	0.66
71656396--71656428	17	1.9	17	88	11	50	24	0	6	69	1.10
71661886--71661920	13	2.7	13	95	0	61	20	22	17	40	1.92
71669205--71669259	20	2.7	21	75	8	60	41	1	10	45	1.50
71684377--71684434	19	3.2	19	75	15	52	20	1	10	67	1.29
71686329--71686371	14	2.9	15	86	6	61	60	0	2	37	1.10
71686726--71687174	225	2.0	225	99	0	889	32	12	25	29	1.92
71692952--71693005	28	1.9	28	92	0	90	27	14	31	25	1.95
71694023--71694093	32	2.3	31	80	9	81	36	14	12	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71694159--71694202	3	14.7	3	90	0	70	68	0	27	4	1.09
71696672--71697271	59	10.3	58	83	4	719	46	2	5	46	1.38
71696672--71697271	235	2.6	233	88	5	876	46	2	5	46	1.38
71697028--71697249	32	7.7	28	68	20	118	46	2	4	46	1.37
71705426--71705597	68	2.5	69	84	3	206	30	14	22	32	1.94
71706188--71706362	70	2.5	69	84	4	201	32	14	21	32	1.93
71705426--71707760	192	12.2	192	98	0	4531	29	13	20	36	1.91
71706758--71706892	70	1.9	69	87	1	198	30	15	21	32	1.94
71707217--71707918	314	2.2	306	79	12	789	28	13	21	36	1.92
71707410--71707636	122	1.9	122	83	5	298	30	14	20	34	1.92
71707677--71707882	54	3.5	54	67	17	160	27	14	21	36	1.92
71707902--71707935	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
71707841--71708253	193	2.2	183	82	11	477	27	16	17	38	1.92
71707841--71708099	91	2.9	88	82	10	309	26	18	18	37	1.93
71708197--71708417	57	4.1	54	87	8	306	30	16	15	37	1.90
71708659--71708691	13	2.4	14	90	5	50	69	3	0	27	1.03
71708687--71708788	30	3.4	30	82	5	118	30	21	3	44	1.70
71708687--71708803	30	4.0	28	74	12	92	30	21	3	44	1.69
71709177--71709248	3	24.0	3	78	16	62	69	0	30	0	0.89
71709180--71709208	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
71709177--71709222	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
71709337--71709377	20	2.0	20	85	0	55	78	14	7	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71709508--71709576	11	6.3	11	74	22	56	79	0	20	0	0.73
71709511--71709574	14	4.4	14	69	19	51	81	0	18	0	0.70
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71709957--71710240	38	7.7	37	71	16	130	36	11	10	41	1.77
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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