genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  58  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16221392--16221548	79	2.0	80	85	6	212	24	21	27	26	1.99
16221393--16221576	40	4.6	39	82	9	185	25	21	27	26	1.99
16229450--16229634	40	4.7	40	79	9	184	23	21	28	26	1.99
16229484--16229657	79	2.2	78	78	10	183	26	20	26	26	1.99
16235695--16235723	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
16236239--16236269	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
16238174--16238276	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
16238879--16238906	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
16240321--16240566	40	6.2	40	88	2	361	24	20	24	30	1.99
16240305--16240566	120	2.2	120	90	2	411	25	20	24	29	1.99
16244021--16244118	45	2.2	45	98	1	189	41	6	11	40	1.65
16248862--16248945	25	3.4	24	82	9	71	26	22	21	29	1.99
16248875--16248947	25	2.9	25	85	2	101	26	21	24	27	2.00
16249001--16249057	9	5.9	9	80	15	69	38	21	7	33	1.80
16248993--16249069	20	3.8	20	96	0	145	36	19	10	33	1.86
16248979--16249063	40	2.1	40	85	10	120	35	18	11	34	1.88
16248993--16249068	11	7.5	11	71	16	74	35	19	10	34	1.86
16253934--16254054	41	2.8	45	81	6	124	23	19	27	29	1.98
16265585--16265690	32	3.4	32	74	20	125	26	30	21	21	1.99
16265556--16265756	60	3.3	60	90	5	284	27	27	19	24	1.99
16265746--16265791	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
16268224--16268430	56	3.7	56	90	0	308	35	22	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16270006--16270073	29	2.3	29	87	0	91	22	26	11	39	1.88
16276764--16276852	29	3.2	29	65	18	80	19	24	16	39	1.92
16276640--16276901	54	4.9	54	87	3	348	22	23	16	36	1.94
16276958--16277089	45	2.9	46	75	10	126	20	25	21	33	1.97
16277714--16277770	30	1.9	30	88	0	87	33	22	7	36	1.81
16280494--16280706	27	7.9	27	84	4	223	38	20	9	31	1.85
16280741--16280972	27	9.0	27	75	10	191	36	19	20	23	1.95
16280791--16280822	8	4.0	8	95	0	55	53	25	9	12	1.68
16280741--16280972	54	4.5	54	75	12	227	36	19	20	23	1.95
16280764--16280849	43	2.0	43	88	0	127	43	20	16	19	1.88
16280807--16280977	81	2.1	81	90	2	272	35	19	20	23	1.96
16280811--16280976	27	6.1	27	87	0	224	34	20	20	24	1.96
16283086--16283266	40	4.5	40	87	4	231	25	22	27	25	2.00
16290939--16291143	43	4.9	43	92	1	305	24	20	28	26	1.99
16290946--16291169	43	5.5	40	90	3	281	25	20	28	25	1.99
16292552--16292744	6	31.3	6	71	16	119	19	17	12	50	1.78
16292558--16292618	25	2.4	25	86	0	86	21	18	11	49	1.78
16292574--16292656	37	2.2	37	84	0	112	19	18	15	46	1.83
16292617--16292678	25	2.5	25	91	0	97	19	17	14	48	1.81
16292553--16292744	62	3.1	62	86	2	244	19	17	13	50	1.78
16292636--16292723	37	2.4	37	82	0	113	19	17	13	50	1.79
16299998--16300222	49	4.5	49	79	5	263	28	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16300456--16300509	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
16306147--16306176	12	2.4	12	94	5	51	33	0	10	56	1.32
16306581--16306634	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
16309633--16309670	18	2.1	19	90	9	62	36	26	7	28	1.84
16314243--16314333	45	2.0	45	95	0	164	36	25	14	24	1.93
16314262--16314337	21	3.5	21	68	16	64	36	26	14	22	1.92
16323597--16323659	29	2.2	29	85	0	81	28	9	23	38	1.86
16326129--16326217	33	2.7	33	77	10	92	30	23	22	23	1.99
16328581--16328636	29	2.0	28	89	3	85	17	23	26	32	1.97
16333555--16333666	27	4.1	27	83	7	138	37	22	24	16	1.93
16333555--16333666	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
16335084--16335154	24	3.0	24	93	0	115	25	36	2	35	1.71
16341409--16341487	27	2.9	26	83	9	95	40	21	24	13	1.90
16342754--16342925	46	3.7	46	73	14	174	22	20	26	30	1.98
16342752--16342920	92	1.8	93	93	1	295	21	21	27	29	1.99
16348282--16348454	46	3.7	46	75	13	192	22	20	27	29	1.99
16348279--16348449	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
16348675--16348782	40	2.7	39	88	4	153	24	25	23	26	2.00
16348841--16348932	41	2.3	41	86	3	125	32	20	15	31	1.94
16348561--16349021	155	3.0	155	91	2	755	28	20	20	30	1.98
16349511--16349565	27	2.0	27	100	0	110	40	25	14	20	1.90
16349619--16349747	11	11.0	11	69	19	66	50	13	17	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16349619--16349766	29	5.2	29	70	19	105	48	13	17	20	1.80
16349619--16349747	6	21.8	6	70	19	85	50	13	17	19	1.78
16349887--16349960	27	2.8	26	83	6	85	35	21	24	18	1.96
16349911--16349968	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
16350516--16350710	27	7.2	27	82	8	211	28	20	15	35	1.93
16350715--16351309	27	22.1	27	83	6	645	41	9	21	27	1.84
16350720--16351300	107	5.4	106	87	5	703	41	9	21	27	1.84
16352470--16352522	27	2.0	28	85	7	74	56	3	9	30	1.49
16352734--16352776	11	3.9	11	96	0	77	20	0	41	37	1.53
16352780--16352820	14	2.9	14	85	7	55	19	0	46	34	1.50
16353783--16353821	18	2.2	18	90	4	62	79	0	2	17	0.84
16356034--16356098	23	2.8	23	85	2	85	26	33	6	33	1.81
16365551--16365620	1	70.0	1	79	0	77	90	1	2	5	0.61
16365554--16365617	30	2.2	29	91	2	101	89	1	3	6	0.65
16371691--16371755	28	2.3	28	79	10	78	35	24	9	30	1.87
16378219--16378251	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
16379309--16379373	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
16379479--16379566	25	3.2	27	82	14	110	19	25	23	31	1.98
16379489--16379577	25	3.2	28	81	10	94	21	26	20	31	1.98
16380564--16380597	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
16385942--16385974	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
16387036--16387100	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16387206--16387295	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
16387206--16387320	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
16394694--16394750	28	2.0	28	100	0	114	50	3	35	10	1.54
16395793--16395828	15	2.4	15	95	0	63	16	11	5	66	1.40
16401910--16402051	40	3.6	39	78	3	149	24	28	16	30	1.96
16412328--16412361	11	3.0	11	86	4	50	23	0	5	70	1.09
16412483--16412546	31	2.1	31	88	2	94	57	14	3	25	1.51
16428826--16428871	19	2.5	17	80	19	56	21	36	28	13	1.91
16434357--16434397	6	6.8	6	88	0	64	14	2	14	68	1.32
16441061--16441133	35	2.1	35	97	0	137	34	13	9	42	1.77
16449991--16450131	46	3.0	44	71	20	101	30	29	18	21	1.97
16455146--16455175	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
16456824--16456877	17	3.2	15	76	20	54	46	46	3	3	1.38
16458720--16458784	3	22.0	3	76	9	53	32	9	0	58	1.30
16464206--16464263	23	2.8	19	79	20	71	74	3	3	18	1.11
16464206--16464264	21	2.8	20	81	18	75	74	3	3	18	1.10
16466141--16466229	12	7.0	12	69	15	54	34	3	2	59	1.26
16466056--16466224	26	6.6	25	71	16	116	27	5	5	61	1.41
16468442--16468487	19	2.4	19	85	7	58	19	21	13	45	1.84
16480851--16480891	21	1.9	22	85	5	57	34	0	21	43	1.53
16482183--16482221	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
16482870--16482919	26	1.9	26	87	0	73	14	38	34	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16483187--16483246	31	2.0	31	90	3	95	25	3	13	58	1.50
16484065--16484145	23	3.3	23	65	18	65	43	1	18	37	1.58
16484064--16484159	50	1.9	50	100	0	192	44	2	16	36	1.60
16484237--16484322	41	2.1	41	97	0	163	45	16	15	23	1.85
16486062--16486355	68	4.3	68	85	1	356	36	15	21	26	1.93
16486062--16486359	136	2.2	136	85	0	398	36	15	21	26	1.93
16488811--16488978	45	3.7	45	87	0	246	31	27	16	25	1.96
16488809--16488976	90	1.9	90	92	0	282	31	27	16	25	1.96
16490066--16490094	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
16494473--16494516	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253