genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13037855--13037885	16	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
13037971--13038016	18	2.7	18	83	6	60	56	8	0	34	1.30
13040383--13040464	42	2.0	40	88	6	121	26	13	7	52	1.66
13040541--13040604	27	2.4	27	92	2	103	51	6	3	39	1.43
13044886--13044928	22	2.0	22	81	9	52	53	16	11	18	1.72
13052107--13052149	20	2.0	20	82	8	50	32	11	11	44	1.77
13080241--13080277	19	1.9	19	94	0	65	70	2	0	27	1.01
13080754--13080811	25	2.5	22	83	8	71	55	1	0	43	1.10
13087620--13087653	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
13088596--13088641	20	2.3	20	85	3	67	28	0	0	71	0.86
13088606--13088640	10	3.5	10	100	0	70	25	0	0	74	0.82
13098411--13098456	24	2.0	23	86	4	65	13	21	26	39	1.90
13102804--13102831	12	2.3	12	100	0	56	25	14	28	32	1.94
13104118--13104161	17	2.6	16	86	10	61	34	0	20	45	1.51
13104562--13104610	25	2.0	25	100	0	98	40	8	18	32	1.80
13107734--13107885	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
13107734--13107885	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
13114223--13114295	38	2.0	36	86	10	103	23	20	21	34	1.97
13115675--13115813	26	5.2	27	86	7	176	30	28	14	27	1.95
13115675--13115813	27	5.2	27	87	7	185	30	28	14	27	1.95
13115675--13115813	53	2.6	54	86	6	176	30	28	14	27	1.95
13122752--13122784	17	2.0	17	94	5	59	36	0	18	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13123776--13123822	25	2.0	24	87	8	69	23	2	27	46	1.63
13126197--13126349	27	5.6	27	92	4	234	26	14	28	30	1.95
13126197--13126349	56	2.8	55	92	2	252	26	14	28	30	1.95
13134236--13134385	27	5.5	27	93	3	237	26	13	28	31	1.94
13134236--13134385	55	2.7	55	94	0	255	26	13	28	31	1.94
13135742--13135819	38	2.1	38	100	0	156	34	17	17	29	1.94
13137177--13137276	42	2.3	43	81	5	123	29	19	21	31	1.97
13137441--13137475	18	1.9	18	94	0	61	31	8	25	34	1.86
13144966--13145021	20	2.8	20	78	8	51	39	3	23	33	1.72
13151545--13151594	20	2.5	20	86	0	64	34	10	32	24	1.88
13153964--13154346	50	7.8	50	79	5	349	25	20	30	23	1.98
13157208--13157259	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
13158929--13158987	25	2.4	25	97	2	111	28	6	27	37	1.82
13167451--13167734	50	5.8	49	80	4	288	27	18	30	22	1.98
13170323--13170377	24	2.3	24	81	15	69	16	27	0	56	1.40
13177592--13177720	48	2.8	46	79	4	143	31	27	20	20	1.97
13192940--13193115	27	6.6	27	82	5	169	28	28	15	26	1.96
13192940--13193115	54	3.3	54	83	3	212	28	28	15	26	1.96
13194994--13195503	47	10.8	47	93	3	823	32	8	29	29	1.86
13194994--13195503	96	5.4	96	93	3	849	32	8	29	29	1.86
13195375--13195452	25	3.2	25	64	10	72	33	3	29	33	1.76
13195622--13195700	37	2.1	37	86	4	106	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13212843--13212877	18	1.9	18	88	0	52	45	22	17	14	1.84
13215230--13215359	27	4.8	27	85	0	98	29	21	8	40	1.82
13215238--13215361	54	2.3	54	84	0	158	29	18	8	42	1.81
13215257--13215387	54	2.4	54	79	2	147	32	19	8	39	1.82
13215338--13215669	54	6.1	54	74	10	264	39	19	9	31	1.84
13215352--13215585	81	2.9	80	81	8	278	41	19	8	30	1.82
13215338--13215671	27	12.3	27	78	6	230	38	19	9	31	1.84
13215702--13215761	27	2.2	27	93	0	102	35	20	28	16	1.94
13215710--13215781	27	2.7	27	93	4	119	29	23	26	20	1.99
13216602--13216670	25	2.8	25	93	2	113	26	26	23	24	2.00
13216602--13216678	24	3.2	24	81	9	84	31	23	20	24	1.98
13216890--13217029	31	4.5	31	93	0	235	28	17	24	29	1.97
13217795--13217882	26	3.4	25	74	12	81	35	32	10	21	1.87
13217791--13217891	51	2.0	52	84	9	136	34	33	11	19	1.89
13219872--13219915	9	4.7	9	78	10	52	54	11	0	34	1.36
13220847--13220879	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
13222675--13222771	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
13227976--13228043	34	2.0	34	82	0	82	23	20	22	33	1.97
13229393--13229477	41	2.1	41	97	0	161	40	10	14	35	1.80
13230669--13230777	28	3.9	28	90	0	155	23	13	33	29	1.93
13235469--13235599	47	2.8	47	80	1	145	22	13	26	36	1.92
13257020--13257142	27	4.5	27	81	6	122	35	13	21	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13257020--13257142	54	2.2	55	85	5	160	35	13	21	29	1.92
13258780--13259150	53	7.0	53	80	4	363	42	11	21	24	1.86
13258780--13259150	159	2.3	159	82	1	431	42	11	21	24	1.86
13260863--13260898	10	3.7	10	88	7	56	8	13	0	77	0.98
13261157--13261186	15	1.9	16	93	6	53	16	3	0	80	0.85
13264973--13267726	916	3.0	917	97	0	5179	33	14	15	37	1.87
13268381--13268553	46	3.8	45	72	13	154	21	20	26	31	1.98
13268378--13268548	93	1.8	93	88	0	261	21	20	27	30	1.98
13283371--13283416	24	2.0	23	86	4	65	36	0	0	63	0.95
13287294--13287359	20	3.3	19	76	14	69	19	1	7	71	1.18
13293191--13293216	7	3.7	7	100	0	52	84	0	15	0	0.62
13296117--13296227	54	2.1	54	100	0	222	32	12	13	41	1.82
13296140--13296228	26	3.2	30	60	18	73	31	13	11	43	1.79
13300809--13300885	29	2.6	29	77	6	84	29	7	10	51	1.64
13302239--13302290	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
13302330--13302365	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
13303573--13303631	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
13303678--13303710	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
13307060--13307129	20	3.5	20	80	7	79	18	28	22	30	1.98
13307051--13307148	40	2.5	40	82	0	106	15	32	22	29	1.95
13309128--13309160	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
13309162--13309201	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13317956--13317991	5	7.0	5	93	6	63	80	0	0	19	0.71
13317957--13317992	11	3.4	11	96	3	65	83	0	0	16	0.65
13326799--13326829	15	2.1	15	100	0	62	67	0	6	25	1.14
13333427--13333486	24	2.5	24	86	5	77	38	5	38	18	1.73
13341885--13341926	20	2.2	19	87	12	59	16	21	4	57	1.58
13342571--13342790	25	8.8	25	83	5	225	28	22	21	27	1.99
13342571--13342787	50	4.3	50	85	2	292	28	22	21	27	1.99
13342571--13342790	75	2.9	74	85	2	296	28	22	21	27	1.99
13345928--13345971	24	1.9	24	86	9	65	45	18	4	31	1.69
13352588--13352619	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
13362332--13362384	22	2.4	22	84	6	63	49	16	13	20	1.79
13362885--13364474	539	2.9	541	93	1	2724	37	14	19	28	1.91
13373973--13374040	23	3.0	23	74	8	66	41	17	22	19	1.91
13382277--13382335	3	19.7	3	81	6	66	32	0	5	62	1.17
13382667--13382707	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
13388592--13388644	3	18.0	3	79	11	56	32	0	5	62	1.19
13388589--13388660	32	2.2	33	78	16	78	34	0	6	58	1.25
13391841--13391881	22	1.9	21	85	14	57	73	2	12	12	1.20
13394373--13394649	68	4.1	68	84	3	333	36	16	22	24	1.94
13394388--13394650	136	1.9	136	87	3	386	36	15	22	25	1.93
13397454--13397502	20	2.5	20	93	6	82	32	24	8	34	1.85
13398309--13398340	16	1.9	17	93	6	57	40	15	0	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13401170--13401220	26	2.0	26	96	0	93	43	9	3	43	1.56
13405120--13405165	23	2.0	24	91	4	76	36	8	6	47	1.60
13407211--13407262	26	2.0	26	96	0	95	40	11	5	42	1.65
13409311--13409362	26	2.0	26	96	0	95	40	11	5	42	1.65
13410089--13410153	34	2.0	34	84	6	89	27	26	20	26	1.99
13410461--13410513	26	2.0	26	82	7	63	24	13	20	41	1.88
13419028--13419067	12	3.2	12	82	10	53	15	5	0	80	0.88
13420976--13421025	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
13423088--13423137	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
13425201--13425250	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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