genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71714339--71714363	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
71714974--71715033	31	2.0	30	87	9	86	33	5	3	58	1.36
71719094--71719142	9	5.4	9	76	9	55	51	0	24	24	1.49
71719087--71719139	27	2.0	27	85	7	72	50	0	26	22	1.49
71727145--71727209	28	2.3	28	81	0	85	40	9	21	29	1.84
71727282--71727533	39	6.5	39	96	0	434	17	23	30	28	1.97
71728759--71728804	16	3.0	16	81	6	51	67	0	17	15	1.24
71742964--71743118	47	3.1	47	81	7	148	34	25	12	27	1.92
71745010--71745053	23	1.9	23	90	0	70	29	2	25	43	1.67
71750130--71750190	11	5.9	10	75	12	52	19	9	1	68	1.26
71753844--71753954	44	2.5	44	82	0	141	30	7	18	44	1.76
71758620--71758703	26	3.2	26	94	0	141	36	23	5	33	1.79
71760462--71760517	20	2.9	18	82	12	58	46	5	5	42	1.49
71762179--71762251	38	1.9	38	97	0	137	32	4	26	36	1.75
71764786--71764985	100	2.0	100	88	1	294	24	28	26	22	1.99
71781213--71781276	18	3.6	18	78	0	65	37	9	10	42	1.73
71781227--71781283	18	3.2	18	73	9	53	38	14	8	38	1.77
71781191--71781284	36	2.6	36	77	1	100	41	12	9	36	1.76
71781253--71781302	26	2.0	24	84	7	64	38	18	10	34	1.84
71781260--71781319	26	2.3	26	79	0	66	35	18	11	35	1.87
71781293--71781360	18	3.7	19	76	5	68	45	14	8	30	1.76
71781482--71781606	53	2.4	53	91	0	205	42	21	19	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71782642--71782679	12	3.2	12	96	0	67	0	28	0	71	0.87
71782648--71782692	12	3.7	13	91	5	60	0	31	0	68	0.89
71782891--71782931	21	2.0	21	85	9	57	51	4	0	43	1.23
71784739--71784973	29	8.1	29	86	0	299	29	19	19	32	1.96
71785027--71785091	29	2.2	29	94	5	114	26	16	23	33	1.96
71784989--71785109	29	4.2	29	81	8	79	26	19	19	35	1.95
71785100--71785181	41	2.0	41	100	0	164	26	17	19	36	1.94
71785174--71785282	56	1.9	56	85	7	150	27	22	22	27	1.99
71785155--71785295	28	5.0	28	77	6	124	26	21	22	29	1.99
71799612--71799654	21	2.0	21	100	0	86	32	18	13	34	1.90
71804077--71804130	6	9.0	6	93	0	90	3	16	12	66	1.38
71807173--71807218	25	1.9	25	82	8	60	30	15	0	54	1.41
71807480--71807699	46	5.0	46	83	9	251	21	23	15	39	1.91
71807613--71807688	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
71807823--71807879	25	2.3	25	93	0	96	31	19	15	33	1.93
71814466--71814549	40	2.1	40	91	2	134	34	28	13	23	1.92
71822907--71822965	30	2.0	30	86	0	82	28	25	18	27	1.98
71824582--71824737	52	2.9	53	75	6	147	28	25	17	28	1.97
71827134--71827195	23	2.7	23	79	0	79	41	22	19	16	1.89
71828204--71828278	29	2.6	29	100	0	150	25	40	21	13	1.89
71829376--71829499	46	2.7	46	88	0	176	35	22	16	25	1.95
71832445--71832544	50	2.0	51	98	2	193	39	15	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71835495--71835682	49	3.8	49	80	2	214	29	25	18	27	1.98
71835500--71835683	100	1.8	100	92	0	314	29	25	18	26	1.98
71845853--71845896	22	1.9	22	81	9	52	45	4	0	50	1.22
71849086--71849120	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
71849675--71849716	14	2.9	15	79	13	52	57	9	0	33	1.31
71849667--71849713	15	3.2	15	74	17	53	57	8	2	31	1.41
71852794--71852852	31	1.9	31	85	0	82	33	3	3	59	1.31
71859098--71859167	28	2.4	29	81	11	81	40	0	1	58	1.07
71861379--71861408	6	5.0	6	100	0	60	33	16	33	16	1.92
71862294--71862336	20	2.1	21	95	4	79	44	9	13	32	1.76
71863705--71863744	19	2.1	19	90	0	62	55	7	0	37	1.29
71869280--71869480	101	2.0	101	100	0	402	35	9	11	42	1.74
71870434--71870499	9	6.9	10	77	18	61	65	0	4	30	1.13
71870434--71870491	18	3.2	19	80	11	68	65	0	3	31	1.09
71870438--71870491	8	6.1	8	76	19	54	66	0	3	29	1.09
71870434--71870499	19	3.6	18	80	19	73	65	0	4	30	1.13
71872238--71872262	6	4.2	6	100	0	50	0	0	32	68	0.90
71876536--71876579	3	15.7	3	78	21	51	70	0	0	29	0.88
71876536--71876579	13	3.4	13	80	20	56	70	0	0	29	0.88
71876563--71876633	26	2.7	26	73	18	67	57	4	0	38	1.18
71876544--71876579	8	4.5	8	92	0	63	72	0	0	27	0.85
71876831--71876889	30	1.9	31	86	3	84	27	22	3	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71877724--71878190	235	2.0	235	96	0	864	32	17	10	39	1.83
71879366--71879445	21	3.8	21	76	5	63	37	22	23	16	1.93
71879377--71879438	21	2.9	21	78	4	70	33	24	24	17	1.96
71887807--71887850	21	2.1	21	82	0	52	47	15	6	29	1.72
71888682--71888723	16	2.7	15	82	14	50	26	2	19	52	1.58
71889243--71889294	27	1.9	27	84	0	68	36	28	23	11	1.90
71889243--71889300	27	2.1	27	80	0	62	37	27	22	12	1.89
71892816--71893035	46	4.8	45	82	6	237	22	22	26	29	1.99
71892810--71892983	93	1.9	93	92	2	296	22	21	27	28	1.99
71896730--71896791	31	2.0	31	100	0	124	29	16	25	29	1.96
71904527--71904584	29	2.0	29	100	0	116	37	24	17	20	1.93
71913113--71913150	18	2.1	18	85	9	51	21	0	13	65	1.26
71915845--71915955	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
71925934--71926003	29	2.4	29	82	0	77	40	24	21	14	1.90
71926050--71926159	42	2.6	42	84	1	132	27	0	14	57	1.44
71927430--71927464	18	1.9	18	94	0	61	74	0	25	0	0.82
71929521--71929703	46	4.0	46	96	0	303	39	13	24	22	1.90
71929535--71929756	46	4.7	46	90	3	275	40	14	23	21	1.89
71932269--71932340	20	3.7	20	75	19	71	51	2	1	44	1.24
71937382--71937428	22	2.1	22	88	0	67	38	2	19	40	1.63
71945871--71945914	23	1.9	23	100	0	88	22	0	13	63	1.29
71947135--71947174	21	1.9	21	94	0	71	5	10	10	75	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71951797--71951904	26	4.2	26	90	0	171	31	8	25	35	1.85
71955503--71955529	12	2.2	12	100	0	54	0	33	0	66	0.92
71955610--71955636	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
71955599--71955637	13	2.9	13	82	17	53	58	0	2	38	1.12
71962060--71962085	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
71964513--71964565	23	2.3	23	84	9	65	35	18	24	20	1.95
71964576--71964627	24	2.2	24	86	6	70	30	19	28	21	1.97
71967862--71967979	39	3.1	39	85	6	161	27	27	22	22	1.99
71967958--71967991	16	2.1	16	100	0	68	23	23	17	35	1.95
71967920--71968030	54	2.0	55	94	1	197	25	27	21	26	2.00
71968964--71969041	34	2.3	34	79	0	84	37	16	6	39	1.74
71969767--71969808	20	2.2	19	86	4	57	16	9	0	73	1.08
71976165--71976398	29	8.3	29	87	5	345	35	12	28	23	1.91
71976299--71976347	23	2.1	23	96	0	89	36	10	28	24	1.88
71976161--71976398	81	2.9	82	86	5	336	35	12	28	24	1.91
71976165--71976396	110	2.1	111	88	4	340	35	12	28	24	1.91
71976391--71976554	33	5.0	33	84	1	213	33	10	21	33	1.89
71976391--71976561	65	2.6	66	85	1	245	33	11	22	32	1.89
71976392--71976596	98	2.1	99	78	4	236	36	12	22	28	1.91
71983356--71983416	24	2.5	25	89	2	88	47	6	18	27	1.73
71985618--71985672	28	2.0	28	88	0	83	60	1	12	25	1.43
71985618--71985660	14	3.1	14	75	0	50	65	2	9	23	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71991326--71991420	46	2.1	46	100	0	190	41	23	10	25	1.86
71993942--71993993	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
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71999969--71999998	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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