genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76979521--76979583	28	2.2	29	86	5	85	26	3	6	63	1.34
76982487--76982520	18	1.9	17	88	5	50	29	2	5	61	1.34
76983562--76983589	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
76985586--76985644	22	2.7	22	72	0	55	32	22	28	16	1.96
76985640--76985688	20	2.3	22	89	6	75	36	24	26	12	1.91
76988115--76988219	23	4.6	23	69	17	58	60	4	5	29	1.41
76988162--76988220	23	2.5	23	86	8	75	61	5	5	28	1.39
76990769--76990851	40	2.1	40	86	0	112	32	10	16	39	1.84
76991156--76991190	17	1.9	19	88	11	56	17	14	17	51	1.77
76995846--76995903	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
76996958--76997031	35	2.1	35	84	0	94	52	5	4	37	1.43
76997520--76997641	39	3.1	40	89	3	176	29	20	3	46	1.66
76998254--76998298	22	2.0	22	87	8	65	33	31	4	31	1.78
77013549--77013584	18	1.9	19	88	5	56	30	16	11	41	1.83
77015944--77015988	23	2.0	23	90	0	72	24	13	20	42	1.87
77021733--77021821	37	2.3	37	82	5	97	60	0	7	31	1.25
77021775--77021839	29	2.3	29	84	7	80	61	0	7	30	1.24
77023300--77023329	14	2.1	14	93	0	51	6	3	3	86	0.77
77023653--77023717	26	2.6	24	79	13	76	7	12	9	70	1.33
77023653--77023723	25	2.8	25	79	10	81	7	12	8	71	1.29
77023885--77023975	21	4.0	23	70	12	71	41	0	1	57	1.06
77023885--77023941	23	2.5	23	85	5	71	38	0	1	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77023950--77024006	12	5.1	12	70	23	52	43	1	0	54	1.10
77023930--77023993	21	3.1	21	82	10	69	42	1	0	56	1.09
77023913--77023979	35	1.9	35	85	11	93	46	0	0	53	1.00
77030117--77030373	3	87.7	3	70	14	137	61	3	4	30	1.31
77030117--77030373	20	11.9	20	69	20	121	61	3	4	30	1.31
77032222--77032286	8	7.8	8	73	20	53	47	0	1	50	1.10
77032260--77032292	10	3.3	10	95	0	57	42	0	0	57	0.98
77032262--77032312	18	2.7	19	82	8	61	47	0	1	50	1.12
77032250--77032301	18	2.8	19	80	11	56	46	0	1	51	1.12
77032329--77032372	20	2.2	20	85	14	65	38	4	0	56	1.20
77032332--77032378	10	5.1	9	77	12	51	42	4	0	53	1.20
77032419--77032495	8	9.0	8	70	13	55	50	2	1	45	1.23
77032411--77032566	18	8.9	18	67	20	64	48	2	1	46	1.26
77032499--77032557	19	3.1	19	82	7	66	45	3	0	50	1.18
77032581--77032620	17	2.4	17	82	0	62	35	0	0	65	0.93
77032448--77032614	70	2.4	71	85	5	227	44	2	1	50	1.27
77032669--77032754	40	2.2	39	85	10	129	54	2	1	41	1.20
77034688--77034751	33	1.9	33	81	12	78	60	9	1	28	1.36
77043767--77043799	9	3.7	9	88	11	50	78	0	0	21	0.75
77049234--77049277	3	15.0	3	90	4	54	31	6	0	61	1.22
77049941--77049978	18	2.1	18	90	9	60	23	2	0	73	0.95
77054074--77054198	42	3.0	42	84	5	157	30	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77054157--77054280	47	2.7	46	85	5	160	29	26	15	28	1.96
77054305--77054464	31	5.2	31	90	0	248	25	26	21	26	1.99
77054305--77054484	31	5.8	31	88	3	247	25	27	20	27	1.99
77059526--77059868	108	3.2	108	95	0	605	35	27	5	30	1.81
77059635--77060119	251	1.9	252	93	0	828	36	27	5	30	1.81
77059887--77060160	108	2.5	108	93	0	469	39	24	5	30	1.78
77060002--77060324	168	1.9	168	91	0	529	40	22	5	30	1.77
77060170--77060369	108	1.9	108	93	0	346	39	26	5	29	1.77
77061358--77061937	215	2.7	221	78	11	579	27	12	17	42	1.86
77061358--77061973	216	2.8	221	77	12	576	27	12	17	42	1.86
77076198--77076282	43	2.0	43	82	13	104	29	28	17	24	1.97
77078866--77078890	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
77080823--77080886	31	2.1	31	87	0	92	42	7	14	35	1.74
77081891--77081938	25	1.9	25	95	0	87	58	0	2	39	1.10
77082414--77082458	13	3.7	13	77	17	60	44	0	0	55	0.99
77082405--77082473	23	3.1	23	93	6	117	44	0	0	55	0.99
77083086--77083119	6	5.8	6	86	6	52	35	0	0	64	0.94
77084597--77084663	14	4.7	14	85	3	80	37	17	7	37	1.79
77088955--77089000	19	2.3	21	92	7	78	56	0	2	41	1.11
77088959--77089010	9	5.4	9	80	11	50	55	0	1	42	1.10
77089802--77089830	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
77089847--77089908	27	2.2	28	86	8	83	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77089847--77089908	28	2.2	28	86	8	83	64	0	0	35	0.94
77091163--77091226	31	2.1	31	85	5	85	45	6	12	35	1.67
77095852--77095922	31	2.3	31	87	0	97	30	21	21	26	1.98
77100253--77100330	40	2.0	40	86	0	111	33	33	14	19	1.91
77101731--77101764	16	2.1	16	94	0	59	29	11	11	47	1.76
77101810--77101845	18	2.0	18	94	0	63	41	13	22	22	1.89
77106649--77106716	36	2.0	33	83	13	84	57	2	4	35	1.34
77108014--77108095	26	3.2	26	92	0	137	32	6	24	36	1.80
77113357--77113603	76	3.3	73	79	8	234	21	16	23	39	1.92
77113542--77113659	35	3.3	35	71	13	107	22	18	21	37	1.94
77113534--77113892	71	5.1	71	90	0	504	24	22	21	32	1.98
77118416--77118471	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
77118581--77118657	23	3.2	24	71	20	63	32	7	0	59	1.26
77119163--77119233	30	2.4	29	83	4	88	23	5	9	60	1.50
77121838--77121867	9	3.3	9	100	0	60	76	0	23	0	0.78
77122522--77122571	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
77132590--77132645	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
77133326--77133398	30	2.4	31	82	13	89	23	8	6	61	1.48
77135856--77135922	25	2.7	23	73	22	62	41	1	0	56	1.08
77139085--77139142	28	2.0	28	83	9	73	46	0	3	50	1.18
77145904--77145947	21	2.2	20	91	4	70	47	9	0	43	1.35
77162529--77162553	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77163731--77163784	10	5.1	11	77	11	51	35	3	0	61	1.14
77163689--77163784	28	3.4	27	78	13	72	33	4	1	61	1.22
77167698--77167744	24	2.0	24	83	8	60	8	10	8	72	1.29
77167695--77167744	21	2.3	22	76	13	59	10	12	8	70	1.35
77168456--77168480	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
77169942--77169968	14	1.9	14	100	0	54	37	18	14	29	1.91
77176818--77176929	12	9.3	12	66	24	51	58	3	4	33	1.36
77176816--77176885	18	3.9	17	77	18	63	61	1	4	32	1.24
77180001--77180045	20	2.3	20	84	3	56	31	17	24	26	1.97
77183985--77184092	26	4.2	26	89	0	171	36	23	8	32	1.84
77184481--77184506	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
77185489--77185734	3	84.3	3	66	17	67	62	2	6	28	1.34
77185487--77185570	23	3.5	25	74	12	86	64	3	3	28	1.27
77185655--77185702	19	2.4	19	86	10	60	62	4	2	31	1.26
77187214--77187260	23	2.0	25	87	8	71	53	6	2	38	1.39
77188986--77189041	14	3.9	15	88	6	89	35	0	12	51	1.40
77188982--77189039	29	2.1	27	93	6	98	34	0	12	53	1.38
77189413--77189520	21	5.0	23	85	7	120	14	20	25	39	1.90
77191461--77191568	21	5.0	23	85	7	120	39	25	20	14	1.90
77191939--77191995	15	3.8	15	88	6	89	50	12	0	36	1.40
77191942--77191999	29	2.1	27	93	6	98	53	12	0	34	1.38
77193751--77193798	23	2.1	22	84	3	60	58	4	4	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77193843--77193915	36	2.0	38	89	7	116	58	2	0	38	1.12
77193861--77193901	14	2.9	14	88	3	55	60	2	0	36	1.10
77193848--77193908	18	3.3	19	79	9	72	59	3	0	37	1.14
77193846--77193912	13	5.6	12	76	18	68	58	2	0	38	1.14
77194056--77194093	16	2.4	17	82	13	53	65	0	2	31	1.06
77194065--77194096	16	2.0	16	100	0	64	62	0	6	31	1.20
77196852--77196913	6	10.2	6	92	1	88	64	0	19	16	1.29
77199847--77199880	15	2.3	15	100	0	68	23	38	5	32	1.79
77203890--77203967	30	2.5	31	83	10	97	41	0	5	53	1.23
77204757--77204790	6	5.3	6	86	13	50	17	0	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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