genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3254377--3254403	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
3254629--3254706	39	2.0	39	100	0	156	35	15	12	35	1.86
3257415--3257458	18	2.4	18	88	11	63	72	4	2	20	1.13
3257416--3257460	20	2.3	19	88	3	63	75	4	2	17	1.07
3258992--3259039	14	3.4	14	72	16	53	43	0	2	54	1.12
3258981--3259039	29	2.0	29	100	0	118	44	0	3	52	1.17
3260871--3260967	49	2.0	49	97	0	185	43	12	11	32	1.78
3261625--3261654	14	2.1	15	93	6	53	73	0	0	26	0.84
3263971--3264000	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
3264439--3264494	28	2.0	28	85	0	76	16	12	17	53	1.73
3275918--3276108	38	5.0	38	89	1	256	21	21	25	31	1.98
3295357--3295476	39	3.1	39	96	0	222	21	25	30	23	1.99
3300256--3300337	39	2.1	39	100	0	164	19	25	31	23	1.98
3304771--3304811	14	2.9	14	85	3	55	46	0	29	24	1.53
3304816--3304844	15	2.0	15	93	6	51	20	3	55	20	1.58
3305102--3305507	125	3.3	123	80	6	417	28	20	15	35	1.93
3306640--3306680	21	2.0	21	85	0	55	26	19	26	26	1.99
3306732--3306805	3	25.0	3	83	8	71	62	6	29	1	1.29
3307982--3308024	15	2.9	15	92	0	77	58	23	0	18	1.40
3307984--3308150	7	23.4	7	67	19	78	53	24	1	19	1.54
3327101--3327268	55	3.1	55	86	4	214	38	14	21	25	1.92
3327101--3327279	27	6.5	27	78	5	162	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3328634--3328669	17	2.2	17	90	5	56	66	0	0	33	0.92
3337402--3337434	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
3341763--3341813	21	2.4	21	93	0	84	58	7	11	21	1.58
3343308--3343347	19	2.1	19	95	0	71	37	17	20	25	1.94
3346571--3346606	18	2.0	18	100	0	72	38	11	27	22	1.88
3347371--3347408	20	1.9	20	89	10	60	42	10	23	23	1.85
3349253--3349572	46	7.0	46	93	2	500	38	14	24	22	1.92
3351602--3351636	18	1.9	18	88	0	52	77	8	0	14	0.99
3352025--3352115	38	2.3	40	77	21	102	61	2	2	34	1.20
3353400--3353427	14	2.0	14	100	0	56	21	21	7	50	1.72
3353384--3353846	44	10.5	44	87	1	579	29	24	15	31	1.95
3353397--3353845	132	3.4	132	89	0	637	28	24	14	31	1.95
3365900--3365951	11	4.6	12	77	20	58	65	0	1	32	1.04
3365900--3365951	21	2.3	23	87	9	72	65	0	1	32	1.04
3365921--3366011	39	2.3	40	75	21	93	62	1	2	34	1.14
3372096--3372151	24	2.3	24	93	0	94	44	23	8	23	1.81
3377382--3377551	46	3.7	46	75	10	166	23	21	26	28	1.99
3377379--3377549	93	1.8	93	89	0	270	23	21	26	28	1.99
3386790--3386846	24	2.4	24	93	0	96	43	22	10	22	1.84
3392073--3392242	93	1.8	92	91	1	277	22	21	27	27	1.99
3392077--3392244	46	3.7	46	76	11	173	23	22	27	27	1.99
3515307--3515356	18	2.7	19	81	6	59	50	0	2	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3518575--3518612	14	2.7	14	88	8	51	44	5	10	39	1.61
3518703--3518743	16	2.6	16	88	0	55	48	0	2	48	1.14
3520294--3520346	25	2.1	25	82	6	63	43	11	15	30	1.81
3521326--3521360	17	2.1	17	100	0	70	45	25	17	11	1.81
3521697--3521722	6	4.3	6	100	0	52	19	0	80	0	0.71
3522448--3522512	18	3.4	19	73	26	57	52	0	0	47	1.00
3522462--3522518	22	2.5	23	77	13	64	54	0	0	45	0.99
3522448--3522525	38	2.0	39	83	11	99	53	0	0	46	1.00
3522543--3522584	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
3526564--3526591	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
3533831--3533858	13	2.2	13	100	0	56	35	10	0	53	1.36
3541337--3541479	10	14.9	10	66	10	59	31	2	3	62	1.23
3541396--3541450	19	2.9	19	81	10	69	32	0	1	65	1.03
3545348--3545819	130	3.6	129	80	5	402	35	19	19	26	1.95
3549480--3549542	32	1.9	34	90	6	103	23	9	11	55	1.64
3549471--3549560	32	2.9	30	79	15	101	22	11	12	54	1.68
3556587--3556691	27	3.9	27	78	9	90	34	19	25	20	1.96
3558289--3558344	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
3564512--3564669	27	5.9	27	79	11	155	33	20	24	20	1.97
3564530--3564669	54	2.6	54	89	2	210	33	22	24	20	1.97
3585730--3585785	23	2.5	21	83	11	67	35	1	3	58	1.26
3585799--3585846	16	3.0	15	76	11	51	29	4	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3586495--3586569	33	2.3	33	93	2	134	26	12	5	56	1.57
3594174--3594327	17	8.9	19	79	15	133	37	14	11	36	1.83
3594174--3594319	35	4.3	35	80	14	180	36	14	12	36	1.84
3594215--3594271	28	2.0	28	96	0	105	36	15	14	33	1.88
3594186--3594307	63	1.9	64	93	1	210	37	14	11	36	1.83
3594259--3594324	19	3.7	18	83	6	64	39	15	12	33	1.84
3594722--3595845	207	5.4	207	95	0	1962	29	23	17	29	1.97
3595852--3596213	85	4.3	85	86	8	481	25	21	22	30	1.99
3602872--3603014	17	7.9	18	88	4	193	36	15	11	37	1.83
3602872--3603014	35	4.0	36	88	6	211	36	15	11	37	1.83
3602872--3603014	52	2.7	54	89	5	227	36	15	11	37	1.83
3612001--3612108	3	36.7	3	66	20	50	33	1	0	63	1.11
3611987--3612107	18	6.4	19	71	18	85	32	2	0	64	1.12
3612057--3612108	7	8.0	7	77	16	58	38	0	0	61	0.96
3611991--3612108	20	5.8	19	71	21	71	32	2	0	64	1.13
3612120--3612157	14	2.8	14	84	4	51	34	7	0	57	1.28
3612289--3612347	22	2.7	23	82	14	72	37	5	0	57	1.21
3613628--3615485	686	2.6	682	81	10	2067	39	15	10	34	1.82
3615413--3615446	13	2.8	13	86	13	54	58	14	5	20	1.57
3615894--3615940	21	2.2	21	100	0	94	36	0	8	55	1.31
3617145--3617201	22	2.6	22	83	2	71	36	10	17	35	1.84
3617302--3617355	27	2.0	27	96	0	99	27	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3625708--3625741	17	1.9	18	88	5	52	67	8	0	23	1.18
3631565--3631595	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
3634035--3634068	15	2.2	16	94	5	61	41	0	0	58	0.98
3634531--3634687	54	2.9	53	88	3	233	27	29	15	27	1.96
3636200--3636271	24	3.0	24	76	21	80	37	1	1	59	1.15
3636203--3636285	20	3.8	20	77	20	76	34	1	1	62	1.11
3639365--3639472	53	2.0	53	98	0	207	16	13	25	43	1.85
3641848--3642222	173	2.2	172	80	5	389	44	22	10	21	1.83
3643572--3643606	17	1.9	19	88	11	56	34	14	5	45	1.68
3645569--3645627	21	2.9	19	74	23	50	44	3	11	40	1.58
3645844--3645869	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3650234--3650272	18	2.3	18	86	8	55	56	0	7	35	1.28
3662275--3662313	18	2.2	18	95	0	69	30	23	0	46	1.53
3662418--3662455	18	2.1	18	95	0	67	44	0	0	55	0.99
3662547--3662586	16	2.5	17	84	12	57	50	0	0	50	1.00
3662910--3662945	18	2.0	18	100	0	72	38	5	5	50	1.49
3667066--3667113	18	2.7	18	93	0	78	33	12	14	39	1.84
3667550--3667708	72	2.2	71	86	3	221	24	6	13	54	1.63
3673978--3675312	228	5.9	228	81	3	1042	23	25	20	30	1.99
3673945--3675312	456	3.0	453	80	2	1357	23	25	20	29	1.99
3679301--3680635	228	5.9	227	81	3	1036	23	25	20	30	1.99
3679268--3680635	456	3.0	455	80	2	1404	23	25	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3683119--3683226	56	1.9	56	100	0	216	50	16	3	29	1.63
3685800--3687097	228	5.7	228	84	2	1059	21	26	21	29	1.99
3685812--3687098	456	2.8	455	81	2	1388	21	26	21	30	1.99
3695114--3695138	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
3707988--3708577	87	6.8	87	73	11	402	25	22	21	30	1.99
3708065--3708360	131	2.3	131	79	7	307	25	22	21	30	1.99
3707936--3708625	218	3.2	218	96	0	1256	25	22	21	30	1.99
3708281--3708579	131	2.3	131	79	9	315	24	23	22	29	1.99
3721382--3721424	21	2.0	21	82	8	52	58	6	4	30	1.45
3723828--3723882	27	2.0	27	96	0	101	27	21	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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