genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20386769--20386804	8	4.2	8	86	13	54	75	0	0	25	0.81
20387448--20387489	14	3.2	13	81	18	52	57	0	0	42	0.99
20395329--20395378	19	2.6	19	90	3	73	30	10	8	52	1.64
20397441--20397481	21	2.0	21	85	9	57	51	0	19	29	1.47
20398517--20398701	43	4.3	43	85	0	262	24	15	28	32	1.95
20398517--20398701	86	2.2	86	90	0	289	24	15	28	32	1.95
20398680--20398991	56	5.6	56	88	1	448	25	12	25	35	1.92
20400995--20401040	18	2.6	18	89	0	74	41	15	19	23	1.89
20401389--20401514	27	4.7	27	86	2	173	42	18	13	26	1.87
20403172--20403204	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
20405926--20406056	41	3.1	41	61	28	94	39	6	24	29	1.81
20405887--20406065	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
20407231--20407415	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
20407284--20407446	79	2.1	79	82	6	197	26	21	26	25	1.99
20409181--20409311	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
20409194--20409294	30	3.2	30	67	26	82	42	16	16	23	1.88
20409616--20409662	16	3.1	15	77	16	53	29	0	0	70	0.88
20412437--20412468	16	2.0	16	100	0	64	12	18	18	50	1.78
20413144--20413226	43	1.9	43	85	9	116	28	20	20	30	1.98
20416492--20416847	43	8.3	43	90	2	493	26	16	26	30	1.96
20416826--20417096	56	4.8	56	80	2	285	28	14	23	33	1.94
20416826--20417096	112	2.4	112	81	1	319	28	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20419398--20419445	20	2.3	21	92	7	89	25	0	8	66	1.19
20427186--20427214	12	2.5	12	94	5	51	31	10	13	44	1.78
20432294--20432393	50	2.0	50	100	0	200	32	20	28	20	1.97
20435697--20435760	32	2.0	32	84	0	83	35	23	12	28	1.91
20437136--20437311	46	3.8	45	80	7	201	22	19	28	28	1.98
20437133--20437303	93	1.8	93	92	0	288	22	20	29	28	1.98
20442652--20442827	46	3.8	44	78	10	174	20	20	28	30	1.98
20442648--20442819	93	1.8	93	88	0	263	20	20	29	29	1.98
20445880--20445918	20	1.9	21	84	5	53	30	2	17	48	1.61
20447314--20447366	26	2.0	26	82	7	63	7	20	39	32	1.81
20457152--20457189	19	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
20459908--20460061	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
20461913--20461937	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20466926--20467148	40	5.6	39	86	8	274	23	23	27	25	2.00
20466966--20467148	79	2.3	79	88	3	271	23	23	27	25	2.00
20466966--20467171	79	2.6	77	83	6	261	23	23	26	25	2.00
20475028--20475219	40	4.8	39	85	6	228	22	22	28	26	1.99
20475024--20475235	80	2.7	81	79	15	271	24	22	27	25	2.00
20485865--20486004	29	4.9	29	83	2	140	28	15	29	26	1.96
20492905--20492998	27	3.4	28	83	2	120	34	18	24	23	1.96
20492886--20492999	55	2.1	55	87	6	162	35	18	23	22	1.96
20494679--20494710	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20496087--20496234	29	5.2	29	84	4	160	29	14	31	25	1.95
20497284--20497318	18	2.0	18	88	5	54	37	17	17	28	1.92
20511912--20512039	28	4.5	28	86	2	166	28	13	25	32	1.93
20527996--20528077	42	1.9	42	87	2	119	29	18	26	25	1.98
20537890--20538338	27	16.6	27	86	0	567	35	19	19	25	1.96
20540554--20540624	35	2.0	35	97	0	133	28	14	28	29	1.95
20545125--20545182	28	2.1	28	96	0	107	62	3	22	12	1.45
20547409--20547883	236	2.0	236	98	0	923	29	27	17	26	1.98
20559464--20559687	40	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
20559464--20559687	78	2.8	79	84	6	283	24	27	22	25	2.00
20559464--20559687	118	1.9	119	83	8	296	24	27	22	25	2.00
20574628--20574687	27	2.3	26	82	2	66	21	23	21	33	1.97
20581887--20582015	40	3.2	40	89	1	186	23	22	26	27	1.99
20583960--20584509	276	2.0	277	89	2	838	29	24	12	32	1.92
20588756--20588798	18	2.4	18	96	0	77	41	0	16	41	1.48
20589876--20589917	18	2.3	19	80	8	52	59	16	4	19	1.54
20595103--20595169	32	2.1	32	97	0	125	40	13	5	40	1.69
20611410--20611580	93	1.8	93	93	0	297	28	30	19	21	1.97
20611401--20611576	46	3.8	46	78	15	200	29	30	19	21	1.97
20613951--20614039	30	3.0	30	80	8	101	58	15	15	10	1.63
20613951--20614030	15	5.4	15	83	4	92	60	13	16	10	1.59
20613951--20614039	15	6.0	15	79	8	85	58	15	15	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20616933--20617103	92	1.8	93	94	1	308	27	29	21	21	1.98
20616925--20617099	46	3.8	46	80	11	214	28	29	21	21	1.98
20675295--20675450	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
20675300--20675451	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
20680692--20680782	40	2.3	40	86	3	121	25	17	26	30	1.97
20694527--20694629	42	2.4	43	80	6	120	29	17	23	30	1.97
20707955--20708370	219	1.9	219	95	0	751	36	7	14	41	1.75
20710637--20710704	23	3.0	23	95	0	127	42	11	19	26	1.85
20718506--20718535	14	2.1	14	93	0	51	26	0	40	33	1.57
20718459--20718582	61	2.0	61	98	0	239	30	6	32	30	1.83
20718335--20718521	47	4.0	47	96	0	329	31	8	29	30	1.87
20718335--20718743	94	4.2	94	85	8	512	32	8	30	29	1.87
20718412--20718629	108	2.0	108	96	0	400	31	7	31	29	1.85
20718520--20718743	47	4.8	47	89	0	304	32	8	30	27	1.87
20718365--20718676	155	2.0	155	94	0	543	31	7	30	30	1.85
20718862--20718940	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
20723634--20723796	43	3.8	42	80	9	150	26	17	22	33	1.96
20725382--20725441	30	2.0	31	83	3	77	16	23	16	43	1.87
20729177--20729206	15	2.0	15	93	0	51	70	0	23	6	1.11
20734781--20734879	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
20741834--20741973	43	3.3	41	75	12	113	27	25	20	26	1.99
20756508--20756652	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20760455--20760537	38	2.2	39	91	2	132	24	22	25	27	2.00
20761994--20762034	18	2.3	17	83	8	55	21	51	17	9	1.74
20770174--20770207	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
20781525--20781558	13	2.6	13	95	0	59	8	29	38	23	1.85
20781767--20781798	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
20788745--20788844	29	3.5	29	86	4	123	32	26	13	29	1.93
20801407--20801538	45	2.9	44	75	14	151	23	18	27	30	1.98
20807973--20808256	47	6.2	47	72	15	222	33	10	30	25	1.90
20808042--20808147	19	5.1	19	71	22	88	32	11	31	25	1.91
20807995--20808194	66	3.0	66	96	0	364	32	11	30	25	1.91
20808129--20808204	24	3.2	23	66	23	59	30	11	32	25	1.91
20808132--20808206	22	3.3	22	66	29	57	30	12	32	25	1.92
20808127--20808276	47	3.2	46	87	3	192	32	9	30	27	1.88
20808280--20808406	46	2.8	46	85	0	173	34	10	31	23	1.88
20810519--20810645	28	4.5	28	84	3	146	33	25	11	29	1.90
20810519--20810646	29	4.5	29	84	4	154	33	26	10	28	1.90
20810518--20810644	57	2.2	57	84	2	166	33	26	10	29	1.89
20813116--20813349	40	5.9	40	90	2	366	24	22	26	26	2.00
20813116--20813351	79	3.0	79	92	1	375	24	22	26	26	2.00
20813357--20813467	57	1.9	57	90	0	177	24	20	27	27	1.99
20813361--20813458	28	3.5	28	75	8	99	22	22	26	28	1.99
20813389--20813489	28	3.6	28	71	14	73	24	18	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20817319--20817408	47	1.9	47	95	0	162	33	11	28	26	1.91
20817388--20817427	19	2.1	19	100	0	80	32	10	30	27	1.89
20817341--20817474	66	2.0	66	98	0	259	32	11	29	26	1.92
20817407--20817583	47	3.8	47	93	0	291	33	10	28	26	1.90
20817412--20817486	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
20817319--20817522	113	1.8	113	96	0	381	32	11	29	25	1.92
20817407--20817623	47	4.6	47	88	1	274	33	11	29	26	1.91
20817610--20817733	46	2.7	46	83	0	158	33	11	30	24	1.90
20831388--20831424	9	3.8	10	86	13	51	35	0	21	43	1.53
20831385--20831424	20	2.0	20	85	9	55	35	2	20	42	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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