genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23130759--23130812	27	2.0	27	88	0	81	62	3	0	33	1.12
23130782--23130880	20	5.2	20	76	11	84	65	1	1	32	1.06
23130725--23130891	18	8.8	20	68	16	72	65	2	1	29	1.17
23131058--23131267	9	22.0	9	69	20	56	29	4	1	64	1.25
23131084--23131269	10	19.6	9	67	19	51	27	4	2	65	1.25
23131060--23131135	21	3.7	21	77	10	77	31	7	0	60	1.25
23131178--23131252	20	3.8	19	77	18	82	32	0	4	64	1.12
23131178--23131252	9	7.8	9	79	10	62	32	0	4	64	1.12
23131810--23131864	23	2.4	23	100	0	110	40	7	0	52	1.29
23133327--23133374	24	2.0	25	87	4	71	58	2	0	39	1.10
23137328--23137390	20	3.2	20	88	8	101	25	6	25	42	1.78
23139455--23139553	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
23145428--23145458	15	2.1	15	100	0	62	22	25	25	25	2.00
23147385--23147483	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
23151460--23151489	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
23154797--23155044	39	6.3	39	79	12	208	25	27	20	26	1.99
23154830--23155051	40	5.7	40	81	11	228	25	27	22	24	1.99
23154830--23155044	117	1.8	118	82	8	278	26	27	21	25	1.99
23162780--23163000	79	2.8	79	83	9	281	25	28	21	24	1.99
23162761--23163002	40	6.1	40	83	8	282	25	27	21	25	2.00
23170105--23170186	28	2.9	27	82	10	85	35	25	19	19	1.95
23170510--23170563	27	2.0	28	85	7	76	31	18	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23173163--23173269	27	3.9	27	82	9	128	15	23	22	38	1.93
23173163--23173272	54	2.0	54	87	3	159	15	23	21	39	1.92
23180914--23181027	39	2.9	39	89	0	165	24	21	27	26	2.00
23182395--23182428	16	2.1	16	88	0	50	32	0	17	50	1.47
23203951--23204004	21	2.6	21	87	0	63	24	24	31	20	1.98
23205002--23205048	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
23205757--23205816	3	19.7	3	86	3	84	61	5	1	31	1.27
23209195--23209710	47	11.1	47	93	1	806	28	30	9	31	1.89
23209195--23209710	93	5.5	94	92	1	815	28	30	9	31	1.89
23209195--23209710	140	3.7	141	91	1	806	28	30	9	31	1.89
23213543--23213620	28	2.7	29	88	4	113	28	32	15	24	1.95
23213602--23213732	43	3.2	43	92	7	220	26	37	14	21	1.92
23213955--23213998	18	2.5	18	96	3	81	47	20	4	27	1.69
23233355--23233530	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23233352--23233523	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23240909--23241084	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23240906--23241077	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23243422--23243503	42	1.9	43	85	2	112	13	21	37	26	1.91
23246153--23246189	13	2.8	13	91	0	65	16	21	40	21	1.91
23248658--23248694	19	1.9	19	94	0	65	37	16	13	32	1.87
23253264--23253332	34	2.0	34	94	0	120	39	18	10	31	1.84
23254209--23254245	16	2.3	16	95	0	65	18	29	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23255728--23255845	57	2.1	58	88	1	175	46	12	6	33	1.68
23263263--23263364	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
23263483--23264173	47	14.6	47	93	1	1148	29	28	8	33	1.87
23263483--23264173	190	3.6	190	94	0	1179	29	28	8	33	1.87
23266758--23266802	21	2.0	23	91	8	76	15	20	22	42	1.89
23269552--23269677	23	5.5	23	83	7	118	16	25	19	38	1.93
23272676--23272705	14	2.1	14	100	0	60	36	0	13	50	1.42
23272981--23273250	48	5.6	48	79	4	285	27	20	29	22	1.98
23272968--23273250	96	3.0	96	84	1	352	27	20	29	23	1.99
23272981--23273250	95	2.8	96	84	2	337	27	20	29	22	1.98
23272978--23273250	143	1.9	144	86	5	392	27	20	29	22	1.99
23276606--23276857	46	5.5	46	76	14	218	27	19	28	24	1.98
23276601--23276856	93	2.8	92	81	5	261	27	19	28	23	1.99
23283998--23284112	29	4.0	28	78	8	124	28	28	14	27	1.95
23283993--23284104	58	2.0	57	87	3	163	27	29	16	26	1.97
23287317--23287349	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23291861--23292065	40	5.2	40	89	4	292	26	26	21	24	2.00
23300174--23300337	40	4.2	39	91	5	242	25	28	22	24	2.00
23300174--23300337	79	2.1	79	88	6	244	25	28	22	24	2.00
23304199--23304423	48	4.7	47	80	7	247	27	21	28	21	1.99
23304199--23304427	96	2.4	95	86	2	307	27	21	29	21	1.99
23307996--23308171	46	3.8	46	77	10	196	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23307992--23308163	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
23312234--23312298	20	3.2	20	72	20	71	33	21	18	26	1.96
23313523--23313706	40	4.6	40	79	10	207	24	27	22	25	2.00
23313490--23313707	79	2.7	79	82	8	239	24	26	22	26	2.00
23324742--23325008	48	5.6	48	85	6	321	25	16	29	28	1.97
23324742--23324978	95	2.5	96	87	7	324	24	16	29	28	1.97
23324742--23325008	143	1.9	142	82	8	344	25	16	29	28	1.97
23330579--23330722	53	2.7	53	82	4	164	21	25	18	35	1.95
23330591--23330787	55	3.6	54	78	8	195	22	23	17	36	1.94
23330767--23330887	47	2.6	47	95	0	215	26	24	13	35	1.92
23337268--23337467	53	3.7	54	82	5	217	21	25	18	35	1.96
23337279--23337475	55	3.6	54	84	4	229	20	24	18	36	1.95
23337454--23337575	47	2.6	47	94	0	208	26	24	13	35	1.93
23338330--23338393	30	2.1	31	88	2	94	34	21	9	34	1.86
23347724--23347771	20	2.4	20	85	0	60	43	18	25	12	1.85
23360498--23360682	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
23360499--23360682	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
23360551--23360715	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
23364072--23364148	38	2.0	38	100	0	154	42	28	10	18	1.83
23365594--23365719	48	2.7	49	80	12	147	25	28	18	27	1.98
23380446--23380507	28	2.2	28	97	0	115	22	32	25	19	1.97
23385360--23385511	27	5.6	27	78	1	144	33	11	21	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23385420--23385523	54	1.9	54	86	3	147	33	11	19	35	1.88
23385360--23385511	81	1.9	81	81	2	189	33	11	21	32	1.90
23387356--23387522	90	1.9	90	81	5	203	29	19	24	26	1.99
23387400--23387558	42	3.6	42	71	12	122	25	22	26	25	2.00
23389272--23389462	77	2.5	78	81	6	201	30	25	21	22	1.99
23389267--23389433	38	4.3	38	83	2	199	32	25	20	21	1.98
23389272--23389462	38	4.9	39	79	7	140	30	25	21	22	1.99
23393856--23394205	43	8.1	43	92	0	547	32	33	22	11	1.89
23395766--23395957	38	5.0	38	83	5	210	31	24	21	22	1.98
23395774--23395923	75	2.0	78	86	4	216	32	23	22	22	1.98
23395766--23395957	75	2.5	76	82	5	210	31	24	21	22	1.98
23408809--23408841	14	2.3	15	89	5	50	42	9	3	45	1.51
23409637--23409674	19	2.0	19	100	0	76	26	26	5	42	1.76
23422824--23423018	42	4.6	43	77	9	179	25	17	26	30	1.98
23426891--23426945	28	2.0	28	96	0	101	45	12	12	29	1.79
23431592--23431814	40	5.6	40	84	4	274	24	21	26	26	2.00
23439626--23439808	40	4.6	40	89	6	257	26	21	26	25	2.00
23442829--23442954	27	4.7	27	81	2	137	32	18	22	26	1.97
23442831--23442951	54	2.3	54	85	1	163	33	16	23	27	1.96
23443283--23443341	22	2.7	22	81	0	64	22	25	22	30	1.99
23443498--23443633	27	5.0	26	80	7	137	20	22	19	37	1.94
23443498--23443632	55	2.5	54	80	7	148	20	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23443751--23443854	6	16.8	6	72	16	79	20	18	14	47	1.83
23443754--23443815	25	2.5	25	89	0	88	20	19	14	45	1.85
23443751--23443854	31	3.4	31	72	15	106	20	18	14	47	1.83
23443780--23443852	37	2.0	37	91	0	119	20	16	15	47	1.82
23443788--23443866	37	2.1	37	85	0	104	21	17	11	49	1.78
23446830--23446914	43	2.0	43	100	0	170	22	28	21	28	1.99
23458052--23458090	20	1.9	21	89	5	62	15	5	0	79	0.90
23469650--23469701	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
23469747--23469809	21	3.0	21	83	4	74	28	15	14	41	1.87
23469757--23469809	11	5.0	11	75	6	56	28	16	15	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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